National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27 1                             1      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                     1
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18             1     1                  
Q     15                                      
R     15                               1      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                     2

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Uganda 27394 A 133 133
1 Uganda 27395 T 133 133
2 Uganda 27396 G 133 133
3 Uganda 27397 A 133 133
4 Uganda 27398 A 133 133
5 Uganda 27399 A 133 133
6 Uganda 27400 A 133 133
7 Uganda 27401 T 133 133
8 Uganda 27402 T 133 133
9 Uganda 27403 A 133 133
10 Uganda 27404 T 133 133
11 Uganda 27405 T 133 133
12 Uganda 27406 C 133 133
13 Uganda 27407 T 133 133
14 Uganda 27408 T 133 133
15 Uganda 27409 T 133 133
16 Uganda 27410 T 133 133
17 Uganda 27411 C 133 133
18 Uganda 27412 T 133 133
19 Uganda 27413 T 133 133
20 Uganda 27414 G 133 133
21 Uganda 27415 G 133 133
22 Uganda 27416 C 133 133
23 Uganda 27417 A 133 132
24 Uganda 27418 C 133 132
25 Uganda 27419 T 133 133
26 Uganda 27420 G 133 133
27 Uganda 27421 A 133 133
28 Uganda 27422 T 133 133
29 Uganda 27423 A 133 133
30 Uganda 27424 A 133 133
31 Uganda 27425 C 133 133
32 Uganda 27426 A 133 133
33 Uganda 27427 C 133 133
34 Uganda 27428 T 133 133
35 Uganda 27429 C 133 133
36 Uganda 27430 G 133 133
37 Uganda 27431 C 133 133
38 Uganda 27432 T 133 133
39 Uganda 27433 A 133 133
40 Uganda 27434 C 133 133
41 Uganda 27435 T 133 133
42 Uganda 27436 T 133 133
43 Uganda 27437 G 133 133
44 Uganda 27438 T 133 133
45 Uganda 27439 G 133 133
46 Uganda 27440 A 133 133
47 Uganda 27441 G 133 133
48 Uganda 27442 C 133 133
49 Uganda 27443 T 133 133
50 Uganda 27444 T 133 133
51 Uganda 27445 T 133 133
52 Uganda 27446 A 133 133
53 Uganda 27447 T 133 133
54 Uganda 27448 C 133 133
55 Uganda 27449 A 133 133
56 Uganda 27450 C 133 133
57 Uganda 27451 T 133 133
58 Uganda 27452 A 133 133
59 Uganda 27453 C 133 133
60 Uganda 27454 C 133 133
61 Uganda 27455 A 133 133
62 Uganda 27456 A 133 133
63 Uganda 27457 G 133 133
64 Uganda 27458 A 133 133
65 Uganda 27459 G 133 133
66 Uganda 27460 T 133 133
67 Uganda 27461 G 133 133
68 Uganda 27462 T 133 133
69 Uganda 27463 G 133 133
70 Uganda 27464 T 133 133
71 Uganda 27465 T 133 133
72 Uganda 27466 A 133 133
73 Uganda 27467 G 133 133
74 Uganda 27468 A 133 133
75 Uganda 27469 G 133 133
76 Uganda 27470 G 133 133
77 Uganda 27471 T 133 133
78 Uganda 27472 A 133 133
79 Uganda 27473 C 133 133
80 Uganda 27474 A 133 133
81 Uganda 27475 A 133 133
82 Uganda 27476 C 133 133
83 Uganda 27477 A 133 133
84 Uganda 27478 G 133 133
85 Uganda 27479 T 133 133
86 Uganda 27480 A 133 133
87 Uganda 27481 C 133 133
88 Uganda 27482 T 133 133
89 Uganda 27483 T 133 133
90 Uganda 27484 T 133 133
91 Uganda 27485 T 133 133
92 Uganda 27486 A 133 133
93 Uganda 27487 A 133 133
94 Uganda 27488 A 133 133
95 Uganda 27489 A 133 133
96 Uganda 27490 G 133 133
97 Uganda 27491 A 133 133
98 Uganda 27492 A 133 133
99 Uganda 27493 C 133 133
100 Uganda 27494 C T 133 132 Pro34Leu
101 Uganda 27495 T 133 133
102 Uganda 27496 T 133 133
103 Uganda 27497 G 133 133
104 Uganda 27498 C 133 133
105 Uganda 27499 T 133 133
106 Uganda 27500 C 133 133
107 Uganda 27501 T 133 133
108 Uganda 27502 T 133 133
109 Uganda 27503 C 133 133
110 Uganda 27504 T 133 133
111 Uganda 27505 G 133 133
112 Uganda 27506 G 133 133
113 Uganda 27507 A 133 133
114 Uganda 27508 A 133 133
115 Uganda 27509 C 133 133
116 Uganda 27510 A 133 133
117 Uganda 27511 T 133 133
118 Uganda 27512 A 133 133
119 Uganda 27513 C T 133 132 Tyr40Tyr
120 Uganda 27514 G 133 133
121 Uganda 27515 A 133 133
122 Uganda 27516 G 133 133
123 Uganda 27517 G 133 133
124 Uganda 27518 G 133 133
125 Uganda 27519 C 133 133
126 Uganda 27520 A 133 133
127 Uganda 27521 A 133 133
128 Uganda 27522 T 133 133
129 Uganda 27523 T 133 133
130 Uganda 27524 C 133 133
131 Uganda 27525 A 133 133
132 Uganda 27526 C 133 133
133 Uganda 27527 C 133 133
134 Uganda 27528 A 133 133
135 Uganda 27529 T 133 133
136 Uganda 27530 T 133 133
137 Uganda 27531 T 133 133
138 Uganda 27532 C 133 133
139 Uganda 27533 A 133 133
140 Uganda 27534 T 133 133
141 Uganda 27535 C 133 133
142 Uganda 27536 C A 133 132 Pro48His
143 Uganda 27537 T 133 133
144 Uganda 27538 C 133 133
145 Uganda 27539 T 133 133
146 Uganda 27540 A 133 133
147 Uganda 27541 G 133 133
148 Uganda 27542 C 133 133
149 Uganda 27543 T 133 133
150 Uganda 27544 G 133 133
151 Uganda 27545 A 133 133
152 Uganda 27546 T 133 133
153 Uganda 27547 A 133 133
154 Uganda 27548 A 133 133
155 Uganda 27549 C 133 133
156 Uganda 27550 A 133 133
157 Uganda 27551 A 133 133
158 Uganda 27552 A 133 133
159 Uganda 27553 T 133 133
160 Uganda 27554 T 133 133
161 Uganda 27555 T 133 133
162 Uganda 27556 G T 133 132 Ala55Ser
163 Uganda 27557 C 133 133
164 Uganda 27558 A 133 133
165 Uganda 27559 C 133 133
166 Uganda 27560 T 133 133
167 Uganda 27561 G 133 133
168 Uganda 27562 A 133 133
169 Uganda 27563 C 133 133
170 Uganda 27564 T 133 133
171 Uganda 27565 T 133 133
172 Uganda 27566 G 133 133
173 Uganda 27567 C 133 133
174 Uganda 27568 T 133 133
175 Uganda 27569 T 133 133
176 Uganda 27570 T 133 133
177 Uganda 27571 A 133 133
178 Uganda 27572 G 133 133
179 Uganda 27573 C 133 133
180 Uganda 27574 A 133 133
181 Uganda 27575 C 133 133
182 Uganda 27576 T 133 133
183 Uganda 27577 C 133 133
184 Uganda 27578 A 133 133
185 Uganda 27579 A 133 133
186 Uganda 27580 T 133 133
187 Uganda 27581 T 133 133
188 Uganda 27582 T 133 133
189 Uganda 27583 G 133 133
190 Uganda 27584 C 133 133
191 Uganda 27585 T 133 133
192 Uganda 27586 T 133 133
193 Uganda 27587 T 133 133
194 Uganda 27588 T 133 133
195 Uganda 27589 G 133 133
196 Uganda 27590 C 133 133
197 Uganda 27591 T 133 133
198 Uganda 27592 T 133 133
199 Uganda 27593 G 133 133
200 Uganda 27594 T 133 133
201 Uganda 27595 C 133 133
202 Uganda 27596 C 133 133
203 Uganda 27597 T 133 133
204 Uganda 27598 G 133 133
205 Uganda 27599 A 133 133
206 Uganda 27600 C 133 133
207 Uganda 27601 G 133 133
208 Uganda 27602 G 133 133
209 Uganda 27603 C 133 133
210 Uganda 27604 G 133 133
211 Uganda 27605 T 133 133
212 Uganda 27606 A 133 133
213 Uganda 27607 A 133 133
214 Uganda 27608 A 133 133
215 Uganda 27609 A 133 133
216 Uganda 27610 C T 133 132 His73Tyr
217 Uganda 27611 A 133 133
218 Uganda 27612 C 133 133
219 Uganda 27613 G 133 133
220 Uganda 27614 T 133 133
221 Uganda 27615 C 133 133
222 Uganda 27616 T 133 133
223 Uganda 27617 A 133 133
224 Uganda 27618 T 133 133
225 Uganda 27619 C 133 133
226 Uganda 27620 A 133 133
227 Uganda 27621 G 133 133
228 Uganda 27622 T 133 133
229 Uganda 27623 T 133 133
230 Uganda 27624 A 133 133
231 Uganda 27625 C 133 133
232 Uganda 27626 G 133 133
233 Uganda 27627 T 133 133
234 Uganda 27628 G 133 133
235 Uganda 27629 C 133 133
236 Uganda 27630 C T 133 132 Ala79Ala
237 Uganda 27631 A 133 133
238 Uganda 27632 G 133 133
239 Uganda 27633 A 133 133
240 Uganda 27634 T 133 133
241 Uganda 27635 C 133 133
242 Uganda 27636 A 133 133
243 Uganda 27637 G 133 133
244 Uganda 27638 T 133 133
245 Uganda 27639 T 133 133
246 Uganda 27640 T 133 133
247 Uganda 27641 C 133 133
248 Uganda 27642 A 133 133
249 Uganda 27643 C 133 133
250 Uganda 27644 C 133 133
251 Uganda 27645 T 133 133
252 Uganda 27646 A 133 133
253 Uganda 27647 A 133 133
254 Uganda 27648 A 133 133
255 Uganda 27649 C 133 133
256 Uganda 27650 T 133 133
257 Uganda 27651 G 133 133
258 Uganda 27652 T 133 133
259 Uganda 27653 T 133 133
260 Uganda 27654 C 133 133
261 Uganda 27655 A 133 133
262 Uganda 27656 T 133 133
263 Uganda 27657 C 133 133
264 Uganda 27658 A 133 133
265 Uganda 27659 G 133 133
266 Uganda 27660 A 133 133
267 Uganda 27661 C 133 133
268 Uganda 27662 A 133 133
269 Uganda 27663 A 133 133
270 Uganda 27664 G 133 133
271 Uganda 27665 A 133 133
272 Uganda 27666 G 133 133
273 Uganda 27667 G 133 133
274 Uganda 27668 A 133 133
275 Uganda 27669 A 133 133
276 Uganda 27670 G 133 133
277 Uganda 27671 T 133 133
278 Uganda 27672 T 133 133
279 Uganda 27673 C 133 133
280 Uganda 27674 A 133 133
281 Uganda 27675 A 133 132
282 Uganda 27676 G 133 133
283 Uganda 27677 A 133 133
284 Uganda 27678 A 133 133
285 Uganda 27679 C 133 133
286 Uganda 27680 T 133 133
287 Uganda 27681 T 133 133
288 Uganda 27682 T 133 133
289 Uganda 27683 A 133 133
290 Uganda 27684 C T 133 131 Tyr97Tyr
291 Uganda 27685 T 133 132
292 Uganda 27686 C 133 133
293 Uganda 27687 T 133 133
294 Uganda 27688 C 133 133
295 Uganda 27689 C 133 133
296 Uganda 27690 A 133 133
297 Uganda 27691 A 133 133
298 Uganda 27692 T 133 133
299 Uganda 27693 T 133 133
300 Uganda 27694 T 133 133
301 Uganda 27695 T 133 133
302 Uganda 27696 T 133 133
303 Uganda 27697 C 133 133
304 Uganda 27698 T 133 133
305 Uganda 27699 T 133 133
306 Uganda 27700 A 133 133
307 Uganda 27701 T 133 133
308 Uganda 27702 T 133 133
309 Uganda 27703 G 133 133
310 Uganda 27704 T 133 133
311 Uganda 27705 T 133 133
312 Uganda 27706 G 133 133
313 Uganda 27707 C 133 133
314 Uganda 27708 G 133 133
315 Uganda 27709 G 133 133
316 Uganda 27710 C 133 133
317 Uganda 27711 A 133 133
318 Uganda 27712 A 133 133
319 Uganda 27713 T 133 133
320 Uganda 27714 A 133 133
321 Uganda 27715 G 133 133
322 Uganda 27716 T 133 133
323 Uganda 27717 G 133 133
324 Uganda 27718 T 133 133
325 Uganda 27719 T 133 133
326 Uganda 27720 T 133 133
327 Uganda 27721 A 133 133
328 Uganda 27722 T 133 133
329 Uganda 27723 A 133 133
330 Uganda 27724 A 133 133
331 Uganda 27725 C 133 133
332 Uganda 27726 A 133 133
333 Uganda 27727 C 133 133
334 Uganda 27728 T 133 133
335 Uganda 27729 T 133 133
336 Uganda 27730 T 133 133
337 Uganda 27731 G 133 133
338 Uganda 27732 C 133 133
339 Uganda 27733 T 133 133
340 Uganda 27734 T 133 133
341 Uganda 27735 C 133 133
342 Uganda 27736 A 133 133
343 Uganda 27737 C 133 133
344 Uganda 27738 A 133 133
345 Uganda 27739 C 133 133
346 Uganda 27740 T 133 133
347 Uganda 27741 C 133 133
348 Uganda 27742 A 133 133
349 Uganda 27743 A 133 133
350 Uganda 27744 A 133 133
351 Uganda 27745 A 133 133
352 Uganda 27746 G 133 133
353 Uganda 27747 A T 133 131 Arg118Ser
354 Uganda 27748 A 133 133
355 Uganda 27749 A 133 133
356 Uganda 27750 G 133 133
357 Uganda 27751 A 133 133
358 Uganda 27752 C 133 133
359 Uganda 27753 A 133 133
360 Uganda 27754 G 133 133
361 Uganda 27755 A 133 133
362 Uganda 27756 A 133 133
363 Uganda 27757 T 133 133
364 Uganda 27758 G 133 133
365 Uganda 27759 A 133 133