National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30         1                     1      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                   1                  
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30               2                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Tunisia 27394 A 79 79
1 Tunisia 27395 T 79 79
2 Tunisia 27396 G 79 79
3 Tunisia 27397 A 79 79
4 Tunisia 27398 A 79 79
5 Tunisia 27399 A 79 79
6 Tunisia 27400 A 79 79
7 Tunisia 27401 T 79 79
8 Tunisia 27402 T 79 79
9 Tunisia 27403 A 79 79
10 Tunisia 27404 T 79 79
11 Tunisia 27405 T 79 79
12 Tunisia 27406 C 79 79
13 Tunisia 27407 T 79 79
14 Tunisia 27408 T 79 79
15 Tunisia 27409 T 79 79
16 Tunisia 27410 T C 79 78 Phe6Ser
17 Tunisia 27411 C 79 79
18 Tunisia 27412 T 79 79
19 Tunisia 27413 T 79 79
20 Tunisia 27414 G 79 79
21 Tunisia 27415 G 79 79
22 Tunisia 27416 C 79 79
23 Tunisia 27417 A 79 79
24 Tunisia 27418 C 79 79
25 Tunisia 27419 T 79 79
26 Tunisia 27420 G 79 79
27 Tunisia 27421 A C 79 78 Ile10Leu
28 Tunisia 27422 T 79 79
29 Tunisia 27423 A 79 79
30 Tunisia 27424 A 79 79
31 Tunisia 27425 C 79 79
32 Tunisia 27426 A 79 79
33 Tunisia 27427 C 79 79
34 Tunisia 27428 T 79 79
35 Tunisia 27429 C 79 79
36 Tunisia 27430 G 79 79
37 Tunisia 27431 C 79 79
38 Tunisia 27432 T 79 79
39 Tunisia 27433 A 79 79
40 Tunisia 27434 C T 79 73 Thr14Ile
41 Tunisia 27435 T 79 79
42 Tunisia 27436 T 79 79
43 Tunisia 27437 G 79 79
44 Tunisia 27438 T 79 79
45 Tunisia 27439 G 79 79
46 Tunisia 27440 A 79 79
47 Tunisia 27441 G 79 79
48 Tunisia 27442 C 79 79
49 Tunisia 27443 T 79 79
50 Tunisia 27444 T 79 79
51 Tunisia 27445 T 79 79
52 Tunisia 27446 A 79 79
53 Tunisia 27447 T 79 79
54 Tunisia 27448 C 79 79
55 Tunisia 27449 A 79 79
56 Tunisia 27450 C 79 79
57 Tunisia 27451 T 79 79
58 Tunisia 27452 A 79 79
59 Tunisia 27453 C 79 79
60 Tunisia 27454 C 79 79
61 Tunisia 27455 A 79 79
62 Tunisia 27456 A 79 79
63 Tunisia 27457 G 79 79
64 Tunisia 27458 A 79 79
65 Tunisia 27459 G 79 79
66 Tunisia 27460 T 79 79
67 Tunisia 27461 G 79 79
68 Tunisia 27462 T 79 79
69 Tunisia 27463 G 79 79
70 Tunisia 27464 T 79 79
71 Tunisia 27465 T 79 79
72 Tunisia 27466 A 79 79
73 Tunisia 27467 G 79 79
74 Tunisia 27468 A 79 79
75 Tunisia 27469 G 79 79
76 Tunisia 27470 G 79 79
77 Tunisia 27471 T 79 79
78 Tunisia 27472 A 79 79
79 Tunisia 27473 C 79 79
80 Tunisia 27474 A 79 79
81 Tunisia 27475 A 79 79
82 Tunisia 27476 C 79 79
83 Tunisia 27477 A 79 79
84 Tunisia 27478 G 79 79
85 Tunisia 27479 T 79 79
86 Tunisia 27480 A 79 79
87 Tunisia 27481 C 79 79
88 Tunisia 27482 T 79 79
89 Tunisia 27483 T 79 79
90 Tunisia 27484 T 79 79
91 Tunisia 27485 T 79 79
92 Tunisia 27486 A 79 79
93 Tunisia 27487 A 79 79
94 Tunisia 27488 A 79 79
95 Tunisia 27489 A 79 79
96 Tunisia 27490 G 79 79
97 Tunisia 27491 A 79 79
98 Tunisia 27492 A 79 79
99 Tunisia 27493 C 79 79
100 Tunisia 27494 C 79 79
101 Tunisia 27495 T 79 79
102 Tunisia 27496 T 79 79
103 Tunisia 27497 G 79 79
104 Tunisia 27498 C 79 79
105 Tunisia 27499 T 79 79
106 Tunisia 27500 C 79 79
107 Tunisia 27501 T 79 79
108 Tunisia 27502 T 79 79
109 Tunisia 27503 C 79 79
110 Tunisia 27504 T 79 79
111 Tunisia 27505 G 79 79
112 Tunisia 27506 G 79 79
113 Tunisia 27507 A 79 79
114 Tunisia 27508 A 79 79
115 Tunisia 27509 C 79 79
116 Tunisia 27510 A 79 79
117 Tunisia 27511 T 79 79
118 Tunisia 27512 A 79 79
119 Tunisia 27513 C 79 79
120 Tunisia 27514 G 79 79
121 Tunisia 27515 A 79 79
122 Tunisia 27516 G 79 79
123 Tunisia 27517 G 79 79
124 Tunisia 27518 G 79 79
125 Tunisia 27519 C 79 79
126 Tunisia 27520 A 79 79
127 Tunisia 27521 A 79 79
128 Tunisia 27522 T 79 79
129 Tunisia 27523 T 79 79
130 Tunisia 27524 C 79 79
131 Tunisia 27525 A 79 79
132 Tunisia 27526 C 79 79
133 Tunisia 27527 C 79 79
134 Tunisia 27528 A 79 79
135 Tunisia 27529 T 79 79
136 Tunisia 27530 T 79 79
137 Tunisia 27531 T 79 79
138 Tunisia 27532 C 79 79
139 Tunisia 27533 A 79 79
140 Tunisia 27534 T 79 79
141 Tunisia 27535 C 79 79
142 Tunisia 27536 C 79 79
143 Tunisia 27537 T 79 79
144 Tunisia 27538 C 79 79
145 Tunisia 27539 T 79 79
146 Tunisia 27540 A 79 79
147 Tunisia 27541 G 79 79
148 Tunisia 27542 C 79 79
149 Tunisia 27543 T 79 79
150 Tunisia 27544 G 79 79
151 Tunisia 27545 A 79 79
152 Tunisia 27546 T 79 79
153 Tunisia 27547 A 79 79
154 Tunisia 27548 A 79 79
155 Tunisia 27549 C 79 79
156 Tunisia 27550 A 79 79
157 Tunisia 27551 A 79 79
158 Tunisia 27552 A 79 79
159 Tunisia 27553 T 79 79
160 Tunisia 27554 T 79 79
161 Tunisia 27555 T 79 79
162 Tunisia 27556 G 79 79
163 Tunisia 27557 C 79 79
164 Tunisia 27558 A 79 79
165 Tunisia 27559 C 79 79
166 Tunisia 27560 T 79 79
167 Tunisia 27561 G 79 79
168 Tunisia 27562 A 79 79
169 Tunisia 27563 C 79 79
170 Tunisia 27564 T 79 79
171 Tunisia 27565 T 79 79
172 Tunisia 27566 G 79 79
173 Tunisia 27567 C 79 79
174 Tunisia 27568 T 79 79
175 Tunisia 27569 T 79 79
176 Tunisia 27570 T 79 79
177 Tunisia 27571 A 79 79
178 Tunisia 27572 G 79 79
179 Tunisia 27573 C 79 79
180 Tunisia 27574 A 79 79
181 Tunisia 27575 C 79 79
182 Tunisia 27576 T 79 79
183 Tunisia 27577 C 79 79
184 Tunisia 27578 A 79 79
185 Tunisia 27579 A 79 79
186 Tunisia 27580 T 79 79
187 Tunisia 27581 T 79 79
188 Tunisia 27582 T 79 79
189 Tunisia 27583 G 79 79
190 Tunisia 27584 C 79 79
191 Tunisia 27585 T 79 79
192 Tunisia 27586 T 79 79
193 Tunisia 27587 T 79 79
194 Tunisia 27588 T 79 79
195 Tunisia 27589 G 79 79
196 Tunisia 27590 C 79 79
197 Tunisia 27591 T 79 79
198 Tunisia 27592 T 79 79
199 Tunisia 27593 G 79 79
200 Tunisia 27594 T 79 79
201 Tunisia 27595 C 79 79
202 Tunisia 27596 C 79 79
203 Tunisia 27597 T 79 79
204 Tunisia 27598 G 79 79
205 Tunisia 27599 A 79 79
206 Tunisia 27600 C 79 79
207 Tunisia 27601 G 79 79
208 Tunisia 27602 G 79 79
209 Tunisia 27603 C 79 79
210 Tunisia 27604 G 79 79
211 Tunisia 27605 T 79 79
212 Tunisia 27606 A 79 79
213 Tunisia 27607 A 79 79
214 Tunisia 27608 A 79 79
215 Tunisia 27609 A 79 79
216 Tunisia 27610 C 79 79
217 Tunisia 27611 A 79 79
218 Tunisia 27612 C 79 79
219 Tunisia 27613 G 79 79
220 Tunisia 27614 T 79 79
221 Tunisia 27615 C 79 79
222 Tunisia 27616 T 79 79
223 Tunisia 27617 A 79 79
224 Tunisia 27618 T 79 79
225 Tunisia 27619 C 79 79
226 Tunisia 27620 A 79 79
227 Tunisia 27621 G 79 79
228 Tunisia 27622 T 79 79
229 Tunisia 27623 T 79 79
230 Tunisia 27624 A 79 79
231 Tunisia 27625 C 79 79
232 Tunisia 27626 G 79 79
233 Tunisia 27627 T 79 79
234 Tunisia 27628 G 79 79
235 Tunisia 27629 C 79 79
236 Tunisia 27630 C 79 79
237 Tunisia 27631 A 79 79
238 Tunisia 27632 G 79 79
239 Tunisia 27633 A 79 79
240 Tunisia 27634 T 79 79
241 Tunisia 27635 C 79 79
242 Tunisia 27636 A 79 79
243 Tunisia 27637 G 79 79
244 Tunisia 27638 T 79 79
245 Tunisia 27639 T 79 79
246 Tunisia 27640 T 79 79
247 Tunisia 27641 C 79 79
248 Tunisia 27642 A 79 79
249 Tunisia 27643 C 79 79
250 Tunisia 27644 C 79 79
251 Tunisia 27645 T 79 79
252 Tunisia 27646 A 79 79
253 Tunisia 27647 A 79 79
254 Tunisia 27648 A 79 79
255 Tunisia 27649 C 79 79
256 Tunisia 27650 T 79 79
257 Tunisia 27651 G 79 79
258 Tunisia 27652 T 79 79
259 Tunisia 27653 T 79 79
260 Tunisia 27654 C T 79 78 Phe87Phe
261 Tunisia 27655 A 79 79
262 Tunisia 27656 T 79 79
263 Tunisia 27657 C 79 79
264 Tunisia 27658 A 79 79
265 Tunisia 27659 G 79 79
266 Tunisia 27660 A 79 79
267 Tunisia 27661 C 79 79
268 Tunisia 27662 A 79 79
269 Tunisia 27663 A 79 79
270 Tunisia 27664 G 79 79
271 Tunisia 27665 A 79 79
272 Tunisia 27666 G 79 79
273 Tunisia 27667 G 79 79
274 Tunisia 27668 A 79 79
275 Tunisia 27669 A 79 79
276 Tunisia 27670 G 79 79
277 Tunisia 27671 T 79 79
278 Tunisia 27672 T 79 79
279 Tunisia 27673 C 79 79
280 Tunisia 27674 A 79 79
281 Tunisia 27675 A 79 79
282 Tunisia 27676 G 79 79
283 Tunisia 27677 A 79 79
284 Tunisia 27678 A 79 79
285 Tunisia 27679 C 79 79
286 Tunisia 27680 T 79 79
287 Tunisia 27681 T 79 79
288 Tunisia 27682 T 79 79
289 Tunisia 27683 A 79 79
290 Tunisia 27684 C 79 79
291 Tunisia 27685 T 79 79
292 Tunisia 27686 C 79 79
293 Tunisia 27687 T 79 79
294 Tunisia 27688 C 79 79
295 Tunisia 27689 C 79 79
296 Tunisia 27690 A 79 79
297 Tunisia 27691 A 79 79
298 Tunisia 27692 T 79 79
299 Tunisia 27693 T 79 79
300 Tunisia 27694 T 79 79
301 Tunisia 27695 T 79 79
302 Tunisia 27696 T 79 79
303 Tunisia 27697 C 79 78
304 Tunisia 27698 T 79 78
305 Tunisia 27699 T 79 78
306 Tunisia 27700 A 79 79
307 Tunisia 27701 T 79 79
308 Tunisia 27702 T 79 79
309 Tunisia 27703 G 79 79
310 Tunisia 27704 T 79 79
311 Tunisia 27705 T 79 79
312 Tunisia 27706 G 79 79
313 Tunisia 27707 C 79 79
314 Tunisia 27708 G 79 79
315 Tunisia 27709 G 79 79
316 Tunisia 27710 C 79 79
317 Tunisia 27711 A 79 79
318 Tunisia 27712 A 79 79
319 Tunisia 27713 T 79 79
320 Tunisia 27714 A 79 79
321 Tunisia 27715 G 79 79
322 Tunisia 27716 T 79 79
323 Tunisia 27717 G 79 79
324 Tunisia 27718 T 79 79
325 Tunisia 27719 T 79 79
326 Tunisia 27720 T 79 79
327 Tunisia 27721 A 79 79
328 Tunisia 27722 T 79 79
329 Tunisia 27723 A 79 79
330 Tunisia 27724 A 79 79
331 Tunisia 27725 C 79 79
332 Tunisia 27726 A 79 79
333 Tunisia 27727 C 79 79
334 Tunisia 27728 T 79 79
335 Tunisia 27729 T 79 79
336 Tunisia 27730 T 79 79
337 Tunisia 27731 G 79 79
338 Tunisia 27732 C 79 79
339 Tunisia 27733 T 79 79
340 Tunisia 27734 T 79 79
341 Tunisia 27735 C 79 79
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343 Tunisia 27737 C 79 79
344 Tunisia 27738 A 79 79
345 Tunisia 27739 C 79 79
346 Tunisia 27740 T 79 79
347 Tunisia 27741 C 79 79
348 Tunisia 27742 A 79 79
349 Tunisia 27743 A 79 79
350 Tunisia 27744 A 79 79
351 Tunisia 27745 A 79 79
352 Tunisia 27746 G 79 79
353 Tunisia 27747 A 79 79
354 Tunisia 27748 A 79 79
355 Tunisia 27749 A 79 79
356 Tunisia 27750 G 79 79
357 Tunisia 27751 A 79 79
358 Tunisia 27752 C T 79 78 Thr120Ile
359 Tunisia 27753 A 79 79
360 Tunisia 27754 G 79 79
361 Tunisia 27755 A 79 79
362 Tunisia 27756 A 79 79
363 Tunisia 27757 T 79 79
364 Tunisia 27758 G 79 79
365 Tunisia 27759 A 79 79