National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                   1  
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 27394 A 60 60
1 Sri_Lanka 27395 T 60 60
2 Sri_Lanka 27396 G 60 60
3 Sri_Lanka 27397 A 60 60
4 Sri_Lanka 27398 A 60 60
5 Sri_Lanka 27399 A 60 60
6 Sri_Lanka 27400 A 60 60
7 Sri_Lanka 27401 T 60 60
8 Sri_Lanka 27402 T 60 60
9 Sri_Lanka 27403 A 60 60
10 Sri_Lanka 27404 T 60 60
11 Sri_Lanka 27405 T 60 60
12 Sri_Lanka 27406 C 60 60
13 Sri_Lanka 27407 T 60 60
14 Sri_Lanka 27408 T 60 60
15 Sri_Lanka 27409 T 60 60
16 Sri_Lanka 27410 T 60 60
17 Sri_Lanka 27411 C 60 60
18 Sri_Lanka 27412 T 60 60
19 Sri_Lanka 27413 T 60 60
20 Sri_Lanka 27414 G 60 60
21 Sri_Lanka 27415 G 60 60
22 Sri_Lanka 27416 C 60 60
23 Sri_Lanka 27417 A 60 60
24 Sri_Lanka 27418 C 60 60
25 Sri_Lanka 27419 T 60 60
26 Sri_Lanka 27420 G 60 60
27 Sri_Lanka 27421 A 60 60
28 Sri_Lanka 27422 T 60 60
29 Sri_Lanka 27423 A 60 60
30 Sri_Lanka 27424 A 60 60
31 Sri_Lanka 27425 C 60 60
32 Sri_Lanka 27426 A 60 60
33 Sri_Lanka 27427 C 60 60
34 Sri_Lanka 27428 T 60 60
35 Sri_Lanka 27429 C 60 60
36 Sri_Lanka 27430 G 60 60
37 Sri_Lanka 27431 C 60 60
38 Sri_Lanka 27432 T 60 60
39 Sri_Lanka 27433 A 60 60
40 Sri_Lanka 27434 C 60 60
41 Sri_Lanka 27435 T 60 60
42 Sri_Lanka 27436 T 60 60
43 Sri_Lanka 27437 G 60 60
44 Sri_Lanka 27438 T 60 60
45 Sri_Lanka 27439 G 60 60
46 Sri_Lanka 27440 A 60 60
47 Sri_Lanka 27441 G 60 60
48 Sri_Lanka 27442 C 60 60
49 Sri_Lanka 27443 T 60 60
50 Sri_Lanka 27444 T 60 60
51 Sri_Lanka 27445 T 60 60
52 Sri_Lanka 27446 A 60 60
53 Sri_Lanka 27447 T 60 60
54 Sri_Lanka 27448 C 60 60
55 Sri_Lanka 27449 A 60 60
56 Sri_Lanka 27450 C 60 60
57 Sri_Lanka 27451 T 60 60
58 Sri_Lanka 27452 A 60 60
59 Sri_Lanka 27453 C 60 60
60 Sri_Lanka 27454 C 60 60
61 Sri_Lanka 27455 A 60 60
62 Sri_Lanka 27456 A 60 60
63 Sri_Lanka 27457 G 60 60
64 Sri_Lanka 27458 A 60 60
65 Sri_Lanka 27459 G 60 60
66 Sri_Lanka 27460 T 60 60
67 Sri_Lanka 27461 G 60 60
68 Sri_Lanka 27462 T 60 60
69 Sri_Lanka 27463 G 60 60
70 Sri_Lanka 27464 T 60 60
71 Sri_Lanka 27465 T 60 60
72 Sri_Lanka 27466 A 60 60
73 Sri_Lanka 27467 G 60 60
74 Sri_Lanka 27468 A 60 60
75 Sri_Lanka 27469 G 60 60
76 Sri_Lanka 27470 G 60 60
77 Sri_Lanka 27471 T 60 60
78 Sri_Lanka 27472 A 60 60
79 Sri_Lanka 27473 C 60 60
80 Sri_Lanka 27474 A 60 60
81 Sri_Lanka 27475 A 60 60
82 Sri_Lanka 27476 C 60 60
83 Sri_Lanka 27477 A 60 60
84 Sri_Lanka 27478 G 60 60
85 Sri_Lanka 27479 T 60 60
86 Sri_Lanka 27480 A 60 60
87 Sri_Lanka 27481 C 60 60
88 Sri_Lanka 27482 T 60 60
89 Sri_Lanka 27483 T 60 60
90 Sri_Lanka 27484 T 60 60
91 Sri_Lanka 27485 T 60 60
92 Sri_Lanka 27486 A 60 60
93 Sri_Lanka 27487 A 60 60
94 Sri_Lanka 27488 A 60 60
95 Sri_Lanka 27489 A 60 60
96 Sri_Lanka 27490 G 60 60
97 Sri_Lanka 27491 A 60 60
98 Sri_Lanka 27492 A 60 60
99 Sri_Lanka 27493 C 60 60
100 Sri_Lanka 27494 C 60 60
101 Sri_Lanka 27495 T 60 60
102 Sri_Lanka 27496 T 60 60
103 Sri_Lanka 27497 G 60 60
104 Sri_Lanka 27498 C 60 60
105 Sri_Lanka 27499 T 60 60
106 Sri_Lanka 27500 C 60 60
107 Sri_Lanka 27501 T 60 60
108 Sri_Lanka 27502 T 60 60
109 Sri_Lanka 27503 C 60 60
110 Sri_Lanka 27504 T 60 60
111 Sri_Lanka 27505 G 60 60
112 Sri_Lanka 27506 G 60 60
113 Sri_Lanka 27507 A 60 60
114 Sri_Lanka 27508 A 60 60
115 Sri_Lanka 27509 C 60 60
116 Sri_Lanka 27510 A 60 60
117 Sri_Lanka 27511 T 60 60
118 Sri_Lanka 27512 A 60 60
119 Sri_Lanka 27513 C 60 60
120 Sri_Lanka 27514 G 60 60
121 Sri_Lanka 27515 A 60 60
122 Sri_Lanka 27516 G 60 60
123 Sri_Lanka 27517 G 60 60
124 Sri_Lanka 27518 G 60 60
125 Sri_Lanka 27519 C 60 60
126 Sri_Lanka 27520 A 60 60
127 Sri_Lanka 27521 A 60 60
128 Sri_Lanka 27522 T 60 60
129 Sri_Lanka 27523 T 60 60
130 Sri_Lanka 27524 C 60 60
131 Sri_Lanka 27525 A 60 60
132 Sri_Lanka 27526 C 60 60
133 Sri_Lanka 27527 C 60 60
134 Sri_Lanka 27528 A 60 60
135 Sri_Lanka 27529 T 60 60
136 Sri_Lanka 27530 T 60 60
137 Sri_Lanka 27531 T 60 60
138 Sri_Lanka 27532 C 60 60
139 Sri_Lanka 27533 A 60 60
140 Sri_Lanka 27534 T 60 60
141 Sri_Lanka 27535 C 60 60
142 Sri_Lanka 27536 C 60 60
143 Sri_Lanka 27537 T 60 60
144 Sri_Lanka 27538 C 60 60
145 Sri_Lanka 27539 T 60 60
146 Sri_Lanka 27540 A 60 60
147 Sri_Lanka 27541 G 60 60
148 Sri_Lanka 27542 C 60 60
149 Sri_Lanka 27543 T 60 60
150 Sri_Lanka 27544 G 60 60
151 Sri_Lanka 27545 A 60 60
152 Sri_Lanka 27546 T 60 60
153 Sri_Lanka 27547 A 60 60
154 Sri_Lanka 27548 A 60 60
155 Sri_Lanka 27549 C 60 60
156 Sri_Lanka 27550 A 60 60
157 Sri_Lanka 27551 A 60 60
158 Sri_Lanka 27552 A 60 60
159 Sri_Lanka 27553 T 60 60
160 Sri_Lanka 27554 T 60 60
161 Sri_Lanka 27555 T 60 60
162 Sri_Lanka 27556 G 60 60
163 Sri_Lanka 27557 C 60 60
164 Sri_Lanka 27558 A 60 60
165 Sri_Lanka 27559 C 60 60
166 Sri_Lanka 27560 T 60 60
167 Sri_Lanka 27561 G 60 60
168 Sri_Lanka 27562 A 60 60
169 Sri_Lanka 27563 C 60 60
170 Sri_Lanka 27564 T 60 60
171 Sri_Lanka 27565 T 60 60
172 Sri_Lanka 27566 G 60 60
173 Sri_Lanka 27567 C 60 60
174 Sri_Lanka 27568 T 60 60
175 Sri_Lanka 27569 T 60 60
176 Sri_Lanka 27570 T 60 60
177 Sri_Lanka 27571 A 60 60
178 Sri_Lanka 27572 G 60 60
179 Sri_Lanka 27573 C 60 60
180 Sri_Lanka 27574 A 60 60
181 Sri_Lanka 27575 C 60 60
182 Sri_Lanka 27576 T 60 60
183 Sri_Lanka 27577 C 60 60
184 Sri_Lanka 27578 A 60 60
185 Sri_Lanka 27579 A 60 60
186 Sri_Lanka 27580 T 60 60
187 Sri_Lanka 27581 T 60 60
188 Sri_Lanka 27582 T 60 60
189 Sri_Lanka 27583 G 60 60
190 Sri_Lanka 27584 C 60 60
191 Sri_Lanka 27585 T 60 60
192 Sri_Lanka 27586 T 60 60
193 Sri_Lanka 27587 T 60 60
194 Sri_Lanka 27588 T 60 60
195 Sri_Lanka 27589 G 60 60
196 Sri_Lanka 27590 C 60 60
197 Sri_Lanka 27591 T 60 60
198 Sri_Lanka 27592 T 60 60
199 Sri_Lanka 27593 G 60 60
200 Sri_Lanka 27594 T 60 60
201 Sri_Lanka 27595 C 60 60
202 Sri_Lanka 27596 C 60 60
203 Sri_Lanka 27597 T 60 60
204 Sri_Lanka 27598 G 60 60
205 Sri_Lanka 27599 A 59 58
206 Sri_Lanka 27600 C 59 58
207 Sri_Lanka 27601 G 59 58
208 Sri_Lanka 27602 G 59 58
209 Sri_Lanka 27603 C 59 58
210 Sri_Lanka 27604 G 59 58
211 Sri_Lanka 27605 T 59 58
212 Sri_Lanka 27606 A 59 58
213 Sri_Lanka 27607 A 59 58
214 Sri_Lanka 27608 A 59 58
215 Sri_Lanka 27609 A 59 48
216 Sri_Lanka 27610 C 59 48
217 Sri_Lanka 27611 A 59 48
218 Sri_Lanka 27612 C 59 48
219 Sri_Lanka 27613 G 59 48
220 Sri_Lanka 27614 T 59 48
221 Sri_Lanka 27615 C 59 48
222 Sri_Lanka 27616 T 59 48
223 Sri_Lanka 27617 A 59 48
224 Sri_Lanka 27618 T 59 48
225 Sri_Lanka 27619 C 59 48
226 Sri_Lanka 27620 A 59 48
227 Sri_Lanka 27621 G 59 48
228 Sri_Lanka 27622 T 59 48
229 Sri_Lanka 27623 T 59 48
230 Sri_Lanka 27624 A 59 56
231 Sri_Lanka 27625 C 59 56
232 Sri_Lanka 27626 G 59 56
233 Sri_Lanka 27627 T 59 56
234 Sri_Lanka 27628 G 59 56
235 Sri_Lanka 27629 C T 59 54 Ala79Val
236 Sri_Lanka 27630 C 59 54
237 Sri_Lanka 27631 A 59 54
238 Sri_Lanka 27632 G 59 54
239 Sri_Lanka 27633 A 59 54
240 Sri_Lanka 27634 T 59 54
241 Sri_Lanka 27635 C 59 59
242 Sri_Lanka 27636 A 59 59
243 Sri_Lanka 27637 G 59 59
244 Sri_Lanka 27638 T 59 59
245 Sri_Lanka 27639 T 59 59
246 Sri_Lanka 27640 T 59 59
247 Sri_Lanka 27641 C 59 59
248 Sri_Lanka 27642 A 59 59
249 Sri_Lanka 27643 C 59 59
250 Sri_Lanka 27644 C 59 59
251 Sri_Lanka 27645 T 59 59
252 Sri_Lanka 27646 A 59 59
253 Sri_Lanka 27647 A 59 59
254 Sri_Lanka 27648 A 59 59
255 Sri_Lanka 27649 C 59 59
256 Sri_Lanka 27650 T 59 59
257 Sri_Lanka 27651 G 59 59
258 Sri_Lanka 27652 T 59 59
259 Sri_Lanka 27653 T 59 59
260 Sri_Lanka 27654 C 59 59
261 Sri_Lanka 27655 A 59 59
262 Sri_Lanka 27656 T 59 59
263 Sri_Lanka 27657 C 59 59
264 Sri_Lanka 27658 A 59 59
265 Sri_Lanka 27659 G 59 59
266 Sri_Lanka 27660 A 59 59
267 Sri_Lanka 27661 C 59 59
268 Sri_Lanka 27662 A 59 59
269 Sri_Lanka 27663 A 59 59
270 Sri_Lanka 27664 G 59 59
271 Sri_Lanka 27665 A 59 59
272 Sri_Lanka 27666 G 59 59
273 Sri_Lanka 27667 G 59 59
274 Sri_Lanka 27668 A 59 59
275 Sri_Lanka 27669 A 59 59
276 Sri_Lanka 27670 G 59 59
277 Sri_Lanka 27671 T 59 59
278 Sri_Lanka 27672 T 59 59
279 Sri_Lanka 27673 C 59 59
280 Sri_Lanka 27674 A 59 59
281 Sri_Lanka 27675 A 59 59
282 Sri_Lanka 27676 G 59 59
283 Sri_Lanka 27677 A 59 59
284 Sri_Lanka 27678 A 59 59
285 Sri_Lanka 27679 C 59 59
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288 Sri_Lanka 27682 T 59 59
289 Sri_Lanka 27683 A 59 59
290 Sri_Lanka 27684 C 59 59
291 Sri_Lanka 27685 T 59 59
292 Sri_Lanka 27686 C 59 59
293 Sri_Lanka 27687 T 59 59
294 Sri_Lanka 27688 C 59 59
295 Sri_Lanka 27689 C 59 59
296 Sri_Lanka 27690 A 59 59
297 Sri_Lanka 27691 A 59 59
298 Sri_Lanka 27692 T 59 59
299 Sri_Lanka 27693 T 59 59
300 Sri_Lanka 27694 T 59 59
301 Sri_Lanka 27695 T 59 59
302 Sri_Lanka 27696 T 59 59
303 Sri_Lanka 27697 C 59 59
304 Sri_Lanka 27698 T 59 59
305 Sri_Lanka 27699 T 59 59
306 Sri_Lanka 27700 A 59 59
307 Sri_Lanka 27701 T 59 59
308 Sri_Lanka 27702 T 59 59
309 Sri_Lanka 27703 G 59 59
310 Sri_Lanka 27704 T 59 59
311 Sri_Lanka 27705 T 59 59
312 Sri_Lanka 27706 G 59 59
313 Sri_Lanka 27707 C 59 59
314 Sri_Lanka 27708 G 59 59
315 Sri_Lanka 27709 G 59 59
316 Sri_Lanka 27710 C 59 59
317 Sri_Lanka 27711 A 50 48
318 Sri_Lanka 27712 A 50 47
319 Sri_Lanka 27713 T 50 47
320 Sri_Lanka 27714 A 50 46
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