National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                 1    
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                 1    
S     21                                      
T     30               1                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Slovenia 27394 A 148 148
1 Slovenia 27395 T 148 148
2 Slovenia 27396 G 148 148
3 Slovenia 27397 A 148 148
4 Slovenia 27398 A 148 148
5 Slovenia 27399 A 148 148
6 Slovenia 27400 A 148 148
7 Slovenia 27401 T 148 148
8 Slovenia 27402 T 148 148
9 Slovenia 27403 A 148 148
10 Slovenia 27404 T 148 148
11 Slovenia 27405 T 148 148
12 Slovenia 27406 C 148 148
13 Slovenia 27407 T 148 148
14 Slovenia 27408 T 148 148
15 Slovenia 27409 T 148 148
16 Slovenia 27410 T 148 148
17 Slovenia 27411 C 148 148
18 Slovenia 27412 T 148 148
19 Slovenia 27413 T 148 148
20 Slovenia 27414 G 148 148
21 Slovenia 27415 G A 148 143 Ala8Thr
22 Slovenia 27416 C 148 148
23 Slovenia 27417 A 148 148
24 Slovenia 27418 C 148 148
25 Slovenia 27419 T 148 148
26 Slovenia 27420 G 148 148
27 Slovenia 27421 A 148 148
28 Slovenia 27422 T 148 148
29 Slovenia 27423 A 148 148
30 Slovenia 27424 A 148 148
31 Slovenia 27425 C 148 148
32 Slovenia 27426 A 148 148
33 Slovenia 27427 C 148 148
34 Slovenia 27428 T 148 148
35 Slovenia 27429 C 148 148
36 Slovenia 27430 G 148 148
37 Slovenia 27431 C 148 148
38 Slovenia 27432 T 148 148
39 Slovenia 27433 A 148 148
40 Slovenia 27434 C T 148 146 Thr14Ile
41 Slovenia 27435 T 148 148
42 Slovenia 27436 T 148 148
43 Slovenia 27437 G 148 148
44 Slovenia 27438 T 148 148
45 Slovenia 27439 G 148 148
46 Slovenia 27440 A 148 148
47 Slovenia 27441 G 148 148
48 Slovenia 27442 C 148 148
49 Slovenia 27443 T 148 148
50 Slovenia 27444 T 148 148
51 Slovenia 27445 T 148 148
52 Slovenia 27446 A 148 148
53 Slovenia 27447 T 148 148
54 Slovenia 27448 C 148 148
55 Slovenia 27449 A 148 148
56 Slovenia 27450 C 148 148
57 Slovenia 27451 T 148 148
58 Slovenia 27452 A 148 148
59 Slovenia 27453 C 148 148
60 Slovenia 27454 C 148 148
61 Slovenia 27455 A 148 148
62 Slovenia 27456 A 148 148
63 Slovenia 27457 G 148 148
64 Slovenia 27458 A 148 148
65 Slovenia 27459 G 148 148
66 Slovenia 27460 T 148 148
67 Slovenia 27461 G 148 148
68 Slovenia 27462 T 148 148
69 Slovenia 27463 G 148 148
70 Slovenia 27464 T 148 148
71 Slovenia 27465 T 148 148
72 Slovenia 27466 A 148 148
73 Slovenia 27467 G 148 148
74 Slovenia 27468 A 148 148
75 Slovenia 27469 G 148 148
76 Slovenia 27470 G 148 148
77 Slovenia 27471 T 148 148
78 Slovenia 27472 A 148 148
79 Slovenia 27473 C 148 148
80 Slovenia 27474 A 148 148
81 Slovenia 27475 A 148 148
82 Slovenia 27476 C 148 148
83 Slovenia 27477 A 148 148
84 Slovenia 27478 G 148 148
85 Slovenia 27479 T 148 148
86 Slovenia 27480 A 148 148
87 Slovenia 27481 C 148 148
88 Slovenia 27482 T 148 148
89 Slovenia 27483 T 148 148
90 Slovenia 27484 T 148 148
91 Slovenia 27485 T 148 148
92 Slovenia 27486 A 148 148
93 Slovenia 27487 A 148 148
94 Slovenia 27488 A 148 148
95 Slovenia 27489 A 148 148
96 Slovenia 27490 G 148 148
97 Slovenia 27491 A 148 148
98 Slovenia 27492 A 148 148
99 Slovenia 27493 C 148 148
100 Slovenia 27494 C 147 147
101 Slovenia 27495 T 147 147
102 Slovenia 27496 T 147 147
103 Slovenia 27497 G 147 147
104 Slovenia 27498 C 147 147
105 Slovenia 27499 T 147 147
106 Slovenia 27500 C 147 147
107 Slovenia 27501 T 147 147
108 Slovenia 27502 T 147 147
109 Slovenia 27503 C 147 147
110 Slovenia 27504 T 147 147
111 Slovenia 27505 G 147 147
112 Slovenia 27506 G 147 147
113 Slovenia 27507 A 147 147
114 Slovenia 27508 A 147 147
115 Slovenia 27509 C 147 147
116 Slovenia 27510 A 147 147
117 Slovenia 27511 T 147 147
118 Slovenia 27512 A 147 147
119 Slovenia 27513 C 147 147
120 Slovenia 27514 G 147 147
121 Slovenia 27515 A 147 147
122 Slovenia 27516 G 147 147
123 Slovenia 27517 G 147 147
124 Slovenia 27518 G 147 147
125 Slovenia 27519 C 147 147
126 Slovenia 27520 A 147 147
127 Slovenia 27521 A 147 147
128 Slovenia 27522 T 147 147
129 Slovenia 27523 T 147 147
130 Slovenia 27524 C 147 147
131 Slovenia 27525 A 147 147
132 Slovenia 27526 C 147 147
133 Slovenia 27527 C 147 147
134 Slovenia 27528 A 147 147
135 Slovenia 27529 T 147 147
136 Slovenia 27530 T 147 147
137 Slovenia 27531 T 147 147
138 Slovenia 27532 C 147 147
139 Slovenia 27533 A 147 147
140 Slovenia 27534 T 147 147
141 Slovenia 27535 C 147 147
142 Slovenia 27536 C 147 147
143 Slovenia 27537 T 147 147
144 Slovenia 27538 C 147 147
145 Slovenia 27539 T 147 147
146 Slovenia 27540 A 147 147
147 Slovenia 27541 G 147 147
148 Slovenia 27542 C 147 147
149 Slovenia 27543 T 147 147
150 Slovenia 27544 G 147 147
151 Slovenia 27545 A 147 147
152 Slovenia 27546 T 147 147
153 Slovenia 27547 A 147 147
154 Slovenia 27548 A 147 147
155 Slovenia 27549 C 147 147
156 Slovenia 27550 A 147 147
157 Slovenia 27551 A 147 147
158 Slovenia 27552 A 147 147
159 Slovenia 27553 T 147 147
160 Slovenia 27554 T 147 147
161 Slovenia 27555 T 147 147
162 Slovenia 27556 G 147 147
163 Slovenia 27557 C 147 147
164 Slovenia 27558 A 147 147
165 Slovenia 27559 C 147 147
166 Slovenia 27560 T 147 147
167 Slovenia 27561 G 147 147
168 Slovenia 27562 A 147 147
169 Slovenia 27563 C 147 147
170 Slovenia 27564 T 147 147
171 Slovenia 27565 T 147 147
172 Slovenia 27566 G 147 147
173 Slovenia 27567 C 147 147
174 Slovenia 27568 T 147 147
175 Slovenia 27569 T 147 147
176 Slovenia 27570 T 147 147
177 Slovenia 27571 A 147 147
178 Slovenia 27572 G 147 147
179 Slovenia 27573 C 147 147
180 Slovenia 27574 A 147 147
181 Slovenia 27575 C 147 147
182 Slovenia 27576 T 147 147
183 Slovenia 27577 C 147 147
184 Slovenia 27578 A 147 147
185 Slovenia 27579 A 147 147
186 Slovenia 27580 T 147 147
187 Slovenia 27581 T 147 147
188 Slovenia 27582 T 147 147
189 Slovenia 27583 G 147 147
190 Slovenia 27584 C 147 147
191 Slovenia 27585 T 147 147
192 Slovenia 27586 T 147 147
193 Slovenia 27587 T 147 147
194 Slovenia 27588 T 147 147
195 Slovenia 27589 G 147 147
196 Slovenia 27590 C 147 147
197 Slovenia 27591 T 147 147
198 Slovenia 27592 T 147 147
199 Slovenia 27593 G 147 147
200 Slovenia 27594 T 147 147
201 Slovenia 27595 C 147 147
202 Slovenia 27596 C 147 147
203 Slovenia 27597 T 147 147
204 Slovenia 27598 G 147 147
205 Slovenia 27599 A 147 147
206 Slovenia 27600 C 147 147
207 Slovenia 27601 G 147 147
208 Slovenia 27602 G 147 147
209 Slovenia 27603 C 147 147
210 Slovenia 27604 G 147 147
211 Slovenia 27605 T 147 147
212 Slovenia 27606 A 147 147
213 Slovenia 27607 A 147 147
214 Slovenia 27608 A 147 147
215 Slovenia 27609 A 147 147
216 Slovenia 27610 C 147 147
217 Slovenia 27611 A 147 147
218 Slovenia 27612 C 147 147
219 Slovenia 27613 G 147 147
220 Slovenia 27614 T 147 147
221 Slovenia 27615 C 147 147
222 Slovenia 27616 T 147 147
223 Slovenia 27617 A 147 147
224 Slovenia 27618 T 147 147
225 Slovenia 27619 C 147 147
226 Slovenia 27620 A 147 147
227 Slovenia 27621 G 147 147
228 Slovenia 27622 T 147 147
229 Slovenia 27623 T 147 147
230 Slovenia 27624 A 147 147
231 Slovenia 27625 C 147 147
232 Slovenia 27626 G 147 147
233 Slovenia 27627 T 147 147
234 Slovenia 27628 G 147 147
235 Slovenia 27629 C 147 147
236 Slovenia 27630 C 147 147
237 Slovenia 27631 A 147 147
238 Slovenia 27632 G C 147 146 Arg80Thr
239 Slovenia 27633 A 147 147
240 Slovenia 27634 T 147 147
241 Slovenia 27635 C 147 147
242 Slovenia 27636 A 147 147
243 Slovenia 27637 G 147 147
244 Slovenia 27638 T 147 147
245 Slovenia 27639 T 147 147
246 Slovenia 27640 T 147 147
247 Slovenia 27641 C 147 147
248 Slovenia 27642 A 147 147
249 Slovenia 27643 C 147 147
250 Slovenia 27644 C 147 147
251 Slovenia 27645 T 147 147
252 Slovenia 27646 A 147 147
253 Slovenia 27647 A 147 147
254 Slovenia 27648 A 147 147
255 Slovenia 27649 C 147 147
256 Slovenia 27650 T 147 147
257 Slovenia 27651 G 147 147
258 Slovenia 27652 T 147 147
259 Slovenia 27653 T 147 147
260 Slovenia 27654 C 147 147
261 Slovenia 27655 A 147 147
262 Slovenia 27656 T 147 147
263 Slovenia 27657 C 147 147
264 Slovenia 27658 A 147 147
265 Slovenia 27659 G 147 147
266 Slovenia 27660 A 147 147
267 Slovenia 27661 C 147 147
268 Slovenia 27662 A 147 147
269 Slovenia 27663 A 147 147
270 Slovenia 27664 G 147 147
271 Slovenia 27665 A 147 147
272 Slovenia 27666 G 147 147
273 Slovenia 27667 G 147 147
274 Slovenia 27668 A 147 147
275 Slovenia 27669 A 147 147
276 Slovenia 27670 G 147 147
277 Slovenia 27671 T 147 147
278 Slovenia 27672 T 147 147
279 Slovenia 27673 C 147 147
280 Slovenia 27674 A 147 147
281 Slovenia 27675 A 147 147
282 Slovenia 27676 G 147 147
283 Slovenia 27677 A 147 147
284 Slovenia 27678 A 147 147
285 Slovenia 27679 C 147 147
286 Slovenia 27680 T 147 147
287 Slovenia 27681 T 147 147
288 Slovenia 27682 T 147 147
289 Slovenia 27683 A 147 147
290 Slovenia 27684 C 147 147
291 Slovenia 27685 T 147 147
292 Slovenia 27686 C 147 147
293 Slovenia 27687 T 147 147
294 Slovenia 27688 C 147 147
295 Slovenia 27689 C 147 147
296 Slovenia 27690 A 147 147
297 Slovenia 27691 A 147 147
298 Slovenia 27692 T 147 147
299 Slovenia 27693 T 147 147
300 Slovenia 27694 T 147 147
301 Slovenia 27695 T 147 147
302 Slovenia 27696 T 147 147
303 Slovenia 27697 C 147 147
304 Slovenia 27698 T 147 147
305 Slovenia 27699 T 147 147
306 Slovenia 27700 A 147 147
307 Slovenia 27701 T 147 147
308 Slovenia 27702 T 147 147
309 Slovenia 27703 G 147 147
310 Slovenia 27704 T 147 147
311 Slovenia 27705 T 147 147
312 Slovenia 27706 G 147 147
313 Slovenia 27707 C 147 147
314 Slovenia 27708 G 147 147
315 Slovenia 27709 G 147 147
316 Slovenia 27710 C 147 147
317 Slovenia 27711 A 147 147
318 Slovenia 27712 A 147 147
319 Slovenia 27713 T 147 147
320 Slovenia 27714 A 147 147
321 Slovenia 27715 G 147 147
322 Slovenia 27716 T 147 147
323 Slovenia 27717 G 147 147
324 Slovenia 27718 T 147 147
325 Slovenia 27719 T 147 147
326 Slovenia 27720 T 147 147
327 Slovenia 27721 A 147 147
328 Slovenia 27722 T 147 147
329 Slovenia 27723 A 147 147
330 Slovenia 27724 A 147 147
331 Slovenia 27725 C 147 147
332 Slovenia 27726 A 147 147
333 Slovenia 27727 C 147 147
334 Slovenia 27728 T 147 147
335 Slovenia 27729 T 147 147
336 Slovenia 27730 T 147 147
337 Slovenia 27731 G 147 147
338 Slovenia 27732 C 147 147
339 Slovenia 27733 T 147 147
340 Slovenia 27734 T 147 147
341 Slovenia 27735 C 147 147
342 Slovenia 27736 A 147 147
343 Slovenia 27737 C 147 147
344 Slovenia 27738 A 147 147
345 Slovenia 27739 C 147 147
346 Slovenia 27740 T 147 147
347 Slovenia 27741 C 147 147
348 Slovenia 27742 A 147 147
349 Slovenia 27743 A 147 147
350 Slovenia 27744 A 147 147
351 Slovenia 27745 A 147 147
352 Slovenia 27746 G 147 147
353 Slovenia 27747 A 147 147
354 Slovenia 27748 A 147 147
355 Slovenia 27749 A 147 147
356 Slovenia 27750 G 147 147
357 Slovenia 27751 A 147 147
358 Slovenia 27752 C 147 147
359 Slovenia 27753 A 147 147
360 Slovenia 27754 G 147 147
361 Slovenia 27755 A 147 147
362 Slovenia 27756 A 147 147
363 Slovenia 27757 T 147 147
364 Slovenia 27758 G 147 147
365 Slovenia 27759 A 147 147