National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                     1
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24         1                            
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 27394 A 11 11
1 Sierra_Leone 27395 T 11 11
2 Sierra_Leone 27396 G 11 11
3 Sierra_Leone 27397 A 11 11
4 Sierra_Leone 27398 A 11 11
5 Sierra_Leone 27399 A 11 11
6 Sierra_Leone 27400 A 11 11
7 Sierra_Leone 27401 T 11 11
8 Sierra_Leone 27402 T 11 11
9 Sierra_Leone 27403 A 11 11
10 Sierra_Leone 27404 T 11 11
11 Sierra_Leone 27405 T 11 11
12 Sierra_Leone 27406 C 11 11
13 Sierra_Leone 27407 T 11 11
14 Sierra_Leone 27408 T 11 11
15 Sierra_Leone 27409 T 11 11
16 Sierra_Leone 27410 T 11 11
17 Sierra_Leone 27411 C 11 11
18 Sierra_Leone 27412 T 11 11
19 Sierra_Leone 27413 T 11 11
20 Sierra_Leone 27414 G 11 11
21 Sierra_Leone 27415 G 11 11
22 Sierra_Leone 27416 C 11 11
23 Sierra_Leone 27417 A 11 11
24 Sierra_Leone 27418 C 11 11
25 Sierra_Leone 27419 T 11 11
26 Sierra_Leone 27420 G 11 11
27 Sierra_Leone 27421 A 11 11
28 Sierra_Leone 27422 T 11 11
29 Sierra_Leone 27423 A 11 11
30 Sierra_Leone 27424 A 11 11
31 Sierra_Leone 27425 C 11 11
32 Sierra_Leone 27426 A 11 11
33 Sierra_Leone 27427 C 11 11
34 Sierra_Leone 27428 T 11 11
35 Sierra_Leone 27429 C 11 11
36 Sierra_Leone 27430 G 11 11
37 Sierra_Leone 27431 C 11 11
38 Sierra_Leone 27432 T 11 11
39 Sierra_Leone 27433 A 11 11
40 Sierra_Leone 27434 C 11 11
41 Sierra_Leone 27435 T 11 11
42 Sierra_Leone 27436 T 11 11
43 Sierra_Leone 27437 G 11 11
44 Sierra_Leone 27438 T 11 11
45 Sierra_Leone 27439 G 11 11
46 Sierra_Leone 27440 A 11 11
47 Sierra_Leone 27441 G 11 11
48 Sierra_Leone 27442 C 11 11
49 Sierra_Leone 27443 T 11 11
50 Sierra_Leone 27444 T 11 11
51 Sierra_Leone 27445 T 11 11
52 Sierra_Leone 27446 A 11 11
53 Sierra_Leone 27447 T 11 11
54 Sierra_Leone 27448 C 11 11
55 Sierra_Leone 27449 A 11 11
56 Sierra_Leone 27450 C 11 11
57 Sierra_Leone 27451 T 11 11
58 Sierra_Leone 27452 A 11 11
59 Sierra_Leone 27453 C 11 11
60 Sierra_Leone 27454 C 11 11
61 Sierra_Leone 27455 A 11 11
62 Sierra_Leone 27456 A 11 11
63 Sierra_Leone 27457 G 11 11
64 Sierra_Leone 27458 A 11 11
65 Sierra_Leone 27459 G 11 11
66 Sierra_Leone 27460 T 11 11
67 Sierra_Leone 27461 G 11 11
68 Sierra_Leone 27462 T 11 11
69 Sierra_Leone 27463 G 11 11
70 Sierra_Leone 27464 T 11 11
71 Sierra_Leone 27465 T 11 11
72 Sierra_Leone 27466 A 11 11
73 Sierra_Leone 27467 G 11 11
74 Sierra_Leone 27468 A 11 11
75 Sierra_Leone 27469 G 11 11
76 Sierra_Leone 27470 G 11 11
77 Sierra_Leone 27471 T 11 11
78 Sierra_Leone 27472 A 11 11
79 Sierra_Leone 27473 C 11 11
80 Sierra_Leone 27474 A 11 11
81 Sierra_Leone 27475 A 11 11
82 Sierra_Leone 27476 C 11 11
83 Sierra_Leone 27477 A 11 11
84 Sierra_Leone 27478 G 11 11
85 Sierra_Leone 27479 T 11 11
86 Sierra_Leone 27480 A 11 11
87 Sierra_Leone 27481 C 11 11
88 Sierra_Leone 27482 T 11 11
89 Sierra_Leone 27483 T 11 11
90 Sierra_Leone 27484 T 11 11
91 Sierra_Leone 27485 T 11 11
92 Sierra_Leone 27486 A 11 11
93 Sierra_Leone 27487 A 11 11
94 Sierra_Leone 27488 A 11 11
95 Sierra_Leone 27489 A 11 11
96 Sierra_Leone 27490 G 11 11
97 Sierra_Leone 27491 A 11 11
98 Sierra_Leone 27492 A 11 11
99 Sierra_Leone 27493 C 11 11
100 Sierra_Leone 27494 C 11 11
101 Sierra_Leone 27495 T 11 11
102 Sierra_Leone 27496 T 11 11
103 Sierra_Leone 27497 G 11 11
104 Sierra_Leone 27498 C 11 11
105 Sierra_Leone 27499 T 11 11
106 Sierra_Leone 27500 C 11 11
107 Sierra_Leone 27501 T 11 11
108 Sierra_Leone 27502 T 11 11
109 Sierra_Leone 27503 C 11 11
110 Sierra_Leone 27504 T 11 11
111 Sierra_Leone 27505 G 11 11
112 Sierra_Leone 27506 G 11 11
113 Sierra_Leone 27507 A 11 11
114 Sierra_Leone 27508 A 11 11
115 Sierra_Leone 27509 C 11 11
116 Sierra_Leone 27510 A 11 11
117 Sierra_Leone 27511 T 11 11
118 Sierra_Leone 27512 A 11 11
119 Sierra_Leone 27513 C 11 11
120 Sierra_Leone 27514 G 11 11
121 Sierra_Leone 27515 A 11 11
122 Sierra_Leone 27516 G 11 11
123 Sierra_Leone 27517 G 11 11
124 Sierra_Leone 27518 G 11 11
125 Sierra_Leone 27519 C 11 11
126 Sierra_Leone 27520 A T 11 10 Asn43Tyr
127 Sierra_Leone 27521 A 11 11
128 Sierra_Leone 27522 T 11 11
129 Sierra_Leone 27523 T 11 11
130 Sierra_Leone 27524 C 11 11
131 Sierra_Leone 27525 A 11 11
132 Sierra_Leone 27526 C 11 11
133 Sierra_Leone 27527 C 11 11
134 Sierra_Leone 27528 A 11 11
135 Sierra_Leone 27529 T 11 11
136 Sierra_Leone 27530 T 11 11
137 Sierra_Leone 27531 T 11 11
138 Sierra_Leone 27532 C 11 11
139 Sierra_Leone 27533 A 11 11
140 Sierra_Leone 27534 T 11 11
141 Sierra_Leone 27535 C 11 11
142 Sierra_Leone 27536 C 11 11
143 Sierra_Leone 27537 T 11 11
144 Sierra_Leone 27538 C 11 11
145 Sierra_Leone 27539 T 11 11
146 Sierra_Leone 27540 A 11 11
147 Sierra_Leone 27541 G 11 11
148 Sierra_Leone 27542 C 11 11
149 Sierra_Leone 27543 T 11 11
150 Sierra_Leone 27544 G 11 11
151 Sierra_Leone 27545 A 11 11
152 Sierra_Leone 27546 T 11 11
153 Sierra_Leone 27547 A 11 11
154 Sierra_Leone 27548 A 11 11
155 Sierra_Leone 27549 C 11 11
156 Sierra_Leone 27550 A 11 11
157 Sierra_Leone 27551 A 11 11
158 Sierra_Leone 27552 A 11 11
159 Sierra_Leone 27553 T 11 11
160 Sierra_Leone 27554 T 11 11
161 Sierra_Leone 27555 T 11 11
162 Sierra_Leone 27556 G 11 11
163 Sierra_Leone 27557 C 11 11
164 Sierra_Leone 27558 A 11 11
165 Sierra_Leone 27559 C 11 11
166 Sierra_Leone 27560 T 11 11
167 Sierra_Leone 27561 G 11 11
168 Sierra_Leone 27562 A 11 11
169 Sierra_Leone 27563 C 11 11
170 Sierra_Leone 27564 T 11 11
171 Sierra_Leone 27565 T 11 11
172 Sierra_Leone 27566 G 11 11
173 Sierra_Leone 27567 C 11 11
174 Sierra_Leone 27568 T 11 11
175 Sierra_Leone 27569 T 11 11
176 Sierra_Leone 27570 T 11 11
177 Sierra_Leone 27571 A 11 11
178 Sierra_Leone 27572 G 11 11
179 Sierra_Leone 27573 C 11 11
180 Sierra_Leone 27574 A 11 11
181 Sierra_Leone 27575 C 11 11
182 Sierra_Leone 27576 T 11 11
183 Sierra_Leone 27577 C 11 11
184 Sierra_Leone 27578 A 11 11
185 Sierra_Leone 27579 A 11 11
186 Sierra_Leone 27580 T 11 11
187 Sierra_Leone 27581 T 11 11
188 Sierra_Leone 27582 T 11 11
189 Sierra_Leone 27583 G 11 11
190 Sierra_Leone 27584 C 11 11
191 Sierra_Leone 27585 T 11 11
192 Sierra_Leone 27586 T 11 11
193 Sierra_Leone 27587 T 11 11
194 Sierra_Leone 27588 T 11 11
195 Sierra_Leone 27589 G 11 11
196 Sierra_Leone 27590 C 11 11
197 Sierra_Leone 27591 T 11 11
198 Sierra_Leone 27592 T 11 11
199 Sierra_Leone 27593 G 11 11
200 Sierra_Leone 27594 T 11 11
201 Sierra_Leone 27595 C 11 11
202 Sierra_Leone 27596 C 11 11
203 Sierra_Leone 27597 T 11 11
204 Sierra_Leone 27598 G 11 11
205 Sierra_Leone 27599 A 11 11
206 Sierra_Leone 27600 C 11 11
207 Sierra_Leone 27601 G 11 11
208 Sierra_Leone 27602 G 11 11
209 Sierra_Leone 27603 C 11 11
210 Sierra_Leone 27604 G 11 11
211 Sierra_Leone 27605 T 11 11
212 Sierra_Leone 27606 A 11 11
213 Sierra_Leone 27607 A 11 11
214 Sierra_Leone 27608 A 11 11
215 Sierra_Leone 27609 A 11 11
216 Sierra_Leone 27610 C 11 11
217 Sierra_Leone 27611 A 11 11
218 Sierra_Leone 27612 C 11 11
219 Sierra_Leone 27613 G 11 11
220 Sierra_Leone 27614 T 11 11
221 Sierra_Leone 27615 C 11 11
222 Sierra_Leone 27616 T 11 11
223 Sierra_Leone 27617 A 11 11
224 Sierra_Leone 27618 T 11 11
225 Sierra_Leone 27619 C 11 11
226 Sierra_Leone 27620 A 11 11
227 Sierra_Leone 27621 G 11 11
228 Sierra_Leone 27622 T 11 11
229 Sierra_Leone 27623 T 11 11
230 Sierra_Leone 27624 A 11 11
231 Sierra_Leone 27625 C 11 11
232 Sierra_Leone 27626 G 11 11
233 Sierra_Leone 27627 T 11 11
234 Sierra_Leone 27628 G 11 11
235 Sierra_Leone 27629 C 11 11
236 Sierra_Leone 27630 C 11 11
237 Sierra_Leone 27631 A 11 11
238 Sierra_Leone 27632 G 11 11
239 Sierra_Leone 27633 A 11 11
240 Sierra_Leone 27634 T 11 11
241 Sierra_Leone 27635 C 11 11
242 Sierra_Leone 27636 A 11 11
243 Sierra_Leone 27637 G 11 11
244 Sierra_Leone 27638 T 11 11
245 Sierra_Leone 27639 T 11 11
246 Sierra_Leone 27640 T 11 11
247 Sierra_Leone 27641 C 11 11
248 Sierra_Leone 27642 A 11 11
249 Sierra_Leone 27643 C 11 11
250 Sierra_Leone 27644 C 11 11
251 Sierra_Leone 27645 T 11 11
252 Sierra_Leone 27646 A 11 11
253 Sierra_Leone 27647 A 11 11
254 Sierra_Leone 27648 A 11 11
255 Sierra_Leone 27649 C 11 11
256 Sierra_Leone 27650 T 11 11
257 Sierra_Leone 27651 G 11 11
258 Sierra_Leone 27652 T 11 11
259 Sierra_Leone 27653 T 11 11
260 Sierra_Leone 27654 C 11 11
261 Sierra_Leone 27655 A 11 11
262 Sierra_Leone 27656 T 11 11
263 Sierra_Leone 27657 C 11 11
264 Sierra_Leone 27658 A 11 11
265 Sierra_Leone 27659 G 11 11
266 Sierra_Leone 27660 A 11 11
267 Sierra_Leone 27661 C 11 11
268 Sierra_Leone 27662 A 11 11
269 Sierra_Leone 27663 A 11 11
270 Sierra_Leone 27664 G 11 11
271 Sierra_Leone 27665 A 11 11
272 Sierra_Leone 27666 G 11 11
273 Sierra_Leone 27667 G 11 11
274 Sierra_Leone 27668 A 11 11
275 Sierra_Leone 27669 A 11 11
276 Sierra_Leone 27670 G 11 11
277 Sierra_Leone 27671 T 11 11
278 Sierra_Leone 27672 T 11 11
279 Sierra_Leone 27673 C 11 11
280 Sierra_Leone 27674 A 11 11
281 Sierra_Leone 27675 A 11 11
282 Sierra_Leone 27676 G 11 11
283 Sierra_Leone 27677 A 11 11
284 Sierra_Leone 27678 A 11 11
285 Sierra_Leone 27679 C 11 11
286 Sierra_Leone 27680 T 11 11
287 Sierra_Leone 27681 T 11 11
288 Sierra_Leone 27682 T 11 11
289 Sierra_Leone 27683 A 11 11
290 Sierra_Leone 27684 C 11 11
291 Sierra_Leone 27685 T 11 11
292 Sierra_Leone 27686 C 11 11
293 Sierra_Leone 27687 T 11 11
294 Sierra_Leone 27688 C 11 11
295 Sierra_Leone 27689 C 11 11
296 Sierra_Leone 27690 A 11 11
297 Sierra_Leone 27691 A 11 11
298 Sierra_Leone 27692 T 11 11
299 Sierra_Leone 27693 T 11 11
300 Sierra_Leone 27694 T 11 11
301 Sierra_Leone 27695 T 11 11
302 Sierra_Leone 27696 T 11 11
303 Sierra_Leone 27697 C 11 11
304 Sierra_Leone 27698 T 11 11
305 Sierra_Leone 27699 T 11 11
306 Sierra_Leone 27700 A 11 11
307 Sierra_Leone 27701 T 11 11
308 Sierra_Leone 27702 T 11 11
309 Sierra_Leone 27703 G T 11 10 Val104Phe
310 Sierra_Leone 27704 T 11 11
311 Sierra_Leone 27705 T 11 11
312 Sierra_Leone 27706 G 11 11
313 Sierra_Leone 27707 C 11 11
314 Sierra_Leone 27708 G 11 11
315 Sierra_Leone 27709 G 11 11
316 Sierra_Leone 27710 C 11 11
317 Sierra_Leone 27711 A 11 11
318 Sierra_Leone 27712 A 11 11
319 Sierra_Leone 27713 T 11 11
320 Sierra_Leone 27714 A 11 11
321 Sierra_Leone 27715 G 11 11
322 Sierra_Leone 27716 T 11 11
323 Sierra_Leone 27717 G 11 11
324 Sierra_Leone 27718 T 11 11
325 Sierra_Leone 27719 T 11 11
326 Sierra_Leone 27720 T 11 11
327 Sierra_Leone 27721 A 11 11
328 Sierra_Leone 27722 T 11 11
329 Sierra_Leone 27723 A 11 11
330 Sierra_Leone 27724 A 11 11
331 Sierra_Leone 27725 C 11 11
332 Sierra_Leone 27726 A 11 11
333 Sierra_Leone 27727 C 11 11
334 Sierra_Leone 27728 T 11 11
335 Sierra_Leone 27729 T 11 11
336 Sierra_Leone 27730 T 11 11
337 Sierra_Leone 27731 G 11 11
338 Sierra_Leone 27732 C 11 11
339 Sierra_Leone 27733 T 11 11
340 Sierra_Leone 27734 T 11 11
341 Sierra_Leone 27735 C 11 11
342 Sierra_Leone 27736 A 11 11
343 Sierra_Leone 27737 C 11 11
344 Sierra_Leone 27738 A 11 11
345 Sierra_Leone 27739 C 11 11
346 Sierra_Leone 27740 T 11 11
347 Sierra_Leone 27741 C 11 11
348 Sierra_Leone 27742 A 11 11
349 Sierra_Leone 27743 A 11 11
350 Sierra_Leone 27744 A 11 11
351 Sierra_Leone 27745 A 11 11
352 Sierra_Leone 27746 G 11 11
353 Sierra_Leone 27747 A 11 11
354 Sierra_Leone 27748 A 11 11
355 Sierra_Leone 27749 A 11 11
356 Sierra_Leone 27750 G 11 11
357 Sierra_Leone 27751 A 11 11
358 Sierra_Leone 27752 C 11 11
359 Sierra_Leone 27753 A 11 11
360 Sierra_Leone 27754 G 11 11
361 Sierra_Leone 27755 A 11 11
362 Sierra_Leone 27756 A 11 11
363 Sierra_Leone 27757 T 11 11
364 Sierra_Leone 27758 G 11 11
365 Sierra_Leone 27759 A 11 11