National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                   1  
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                             1        
L     45                   1     1            
M     6                                      
N     6                                      
P     18                   3                  
Q     15                                      
R     15   1               1                  
S     21         1                            
T     30               1                      
V     24                                   1  
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 27394 A 942 942
1 Saudi_Arabia 27395 T 942 942
2 Saudi_Arabia 27396 G 942 942
3 Saudi_Arabia 27397 A 942 942
4 Saudi_Arabia 27398 A G 942 941 Lys2Arg
5 Saudi_Arabia 27399 A 942 942
6 Saudi_Arabia 27400 A 942 942
7 Saudi_Arabia 27401 T 942 942
8 Saudi_Arabia 27402 T 942 942
9 Saudi_Arabia 27403 A 942 942
10 Saudi_Arabia 27404 T 942 942
11 Saudi_Arabia 27405 T 942 942
12 Saudi_Arabia 27406 C 942 942
13 Saudi_Arabia 27407 T 942 942
14 Saudi_Arabia 27408 T 942 942
15 Saudi_Arabia 27409 T 942 942
16 Saudi_Arabia 27410 T 942 942
17 Saudi_Arabia 27411 C 942 942
18 Saudi_Arabia 27412 T 942 942
19 Saudi_Arabia 27413 T 942 942
20 Saudi_Arabia 27414 G 942 942
21 Saudi_Arabia 27415 G 942 942
22 Saudi_Arabia 27416 C 942 942
23 Saudi_Arabia 27417 A 942 942
24 Saudi_Arabia 27418 C 942 942
25 Saudi_Arabia 27419 T 942 942
26 Saudi_Arabia 27420 G 942 942
27 Saudi_Arabia 27421 A 942 942
28 Saudi_Arabia 27422 T 942 942
29 Saudi_Arabia 27423 A 942 942
30 Saudi_Arabia 27424 A 942 942
31 Saudi_Arabia 27425 C 942 942
32 Saudi_Arabia 27426 A 942 942
33 Saudi_Arabia 27427 C 942 942
34 Saudi_Arabia 27428 T C 942 941 Leu12Pro
35 Saudi_Arabia 27429 C 942 942
36 Saudi_Arabia 27430 G 942 942
37 Saudi_Arabia 27431 C 942 942
38 Saudi_Arabia 27432 T 942 942
39 Saudi_Arabia 27433 A 942 942
40 Saudi_Arabia 27434 C 942 942
41 Saudi_Arabia 27435 T 942 942
42 Saudi_Arabia 27436 T 942 942
43 Saudi_Arabia 27437 G 942 942
44 Saudi_Arabia 27438 T 942 942
45 Saudi_Arabia 27439 G 942 942
46 Saudi_Arabia 27440 A 942 942
47 Saudi_Arabia 27441 G 942 942
48 Saudi_Arabia 27442 C 942 942
49 Saudi_Arabia 27443 T 942 942
50 Saudi_Arabia 27444 T 942 942
51 Saudi_Arabia 27445 T 942 942
52 Saudi_Arabia 27446 A 942 942
53 Saudi_Arabia 27447 T 942 942
54 Saudi_Arabia 27448 C 942 942
55 Saudi_Arabia 27449 A 942 942
56 Saudi_Arabia 27450 C 942 942
57 Saudi_Arabia 27451 T 942 942
58 Saudi_Arabia 27452 A 942 942
59 Saudi_Arabia 27453 C 942 942
60 Saudi_Arabia 27454 C 942 942
61 Saudi_Arabia 27455 A 942 942
62 Saudi_Arabia 27456 A 942 942
63 Saudi_Arabia 27457 G 942 942
64 Saudi_Arabia 27458 A 942 942
65 Saudi_Arabia 27459 G 942 942
66 Saudi_Arabia 27460 T 942 942
67 Saudi_Arabia 27461 G 942 942
68 Saudi_Arabia 27462 T 942 942
69 Saudi_Arabia 27463 G 942 942
70 Saudi_Arabia 27464 T 942 942
71 Saudi_Arabia 27465 T 942 942
72 Saudi_Arabia 27466 A 942 942
73 Saudi_Arabia 27467 G 942 942
74 Saudi_Arabia 27468 A 942 942
75 Saudi_Arabia 27469 G 942 942
76 Saudi_Arabia 27470 G 942 942
77 Saudi_Arabia 27471 T 942 942
78 Saudi_Arabia 27472 A 942 942
79 Saudi_Arabia 27473 C 942 942
80 Saudi_Arabia 27474 A 942 942
81 Saudi_Arabia 27475 A 942 942
82 Saudi_Arabia 27476 C T 942 941 Thr28Ile
83 Saudi_Arabia 27477 A 942 942
84 Saudi_Arabia 27478 G 942 942
85 Saudi_Arabia 27479 T 942 942
86 Saudi_Arabia 27480 A 942 942
87 Saudi_Arabia 27481 C 942 942
88 Saudi_Arabia 27482 T 942 942
89 Saudi_Arabia 27483 T 942 942
90 Saudi_Arabia 27484 T C 942 932 Leu31Leu
91 Saudi_Arabia 27485 T 942 942
92 Saudi_Arabia 27486 A 942 942
93 Saudi_Arabia 27487 A 942 942
94 Saudi_Arabia 27488 A 942 942
95 Saudi_Arabia 27489 A 942 942
96 Saudi_Arabia 27490 G 942 942
97 Saudi_Arabia 27491 A 942 942
98 Saudi_Arabia 27492 A 942 942
99 Saudi_Arabia 27493 C 942 942
100 Saudi_Arabia 27494 C T 942 941 Pro34Leu
101 Saudi_Arabia 27495 T 942 942
102 Saudi_Arabia 27496 T 942 942
103 Saudi_Arabia 27497 G 942 942
104 Saudi_Arabia 27498 C 942 942
105 Saudi_Arabia 27499 T 942 942
106 Saudi_Arabia 27500 C 942 942
107 Saudi_Arabia 27501 T 942 942
108 Saudi_Arabia 27502 T 942 942
109 Saudi_Arabia 27503 C T 942 940 Ser37Phe
110 Saudi_Arabia 27504 T 942 942
111 Saudi_Arabia 27505 G 942 942
112 Saudi_Arabia 27506 G 942 942
113 Saudi_Arabia 27507 A 942 942
114 Saudi_Arabia 27508 A 942 942
115 Saudi_Arabia 27509 C 942 942
116 Saudi_Arabia 27510 A 942 942
117 Saudi_Arabia 27511 T 942 942
118 Saudi_Arabia 27512 A 942 942
119 Saudi_Arabia 27513 C 942 942
120 Saudi_Arabia 27514 G 942 942
121 Saudi_Arabia 27515 A 942 942
122 Saudi_Arabia 27516 G 942 942
123 Saudi_Arabia 27517 G 942 942
124 Saudi_Arabia 27518 G 942 942
125 Saudi_Arabia 27519 C 942 942
126 Saudi_Arabia 27520 A 942 942
127 Saudi_Arabia 27521 A 942 942
128 Saudi_Arabia 27522 T 942 942
129 Saudi_Arabia 27523 T 942 942
130 Saudi_Arabia 27524 C 942 942
131 Saudi_Arabia 27525 A 942 942
132 Saudi_Arabia 27526 C 942 942
133 Saudi_Arabia 27527 C T 942 939 Pro45Leu
134 Saudi_Arabia 27528 A 942 942
135 Saudi_Arabia 27529 T 942 942
136 Saudi_Arabia 27530 T 942 942
137 Saudi_Arabia 27531 T 942 942
138 Saudi_Arabia 27532 C 942 942
139 Saudi_Arabia 27533 A 942 942
140 Saudi_Arabia 27534 T 937 936
141 Saudi_Arabia 27535 C 928 925
142 Saudi_Arabia 27536 C 925 920
143 Saudi_Arabia 27537 T 923 919
144 Saudi_Arabia 27538 C 923 919
145 Saudi_Arabia 27539 T 923 919
146 Saudi_Arabia 27540 A 923 918
147 Saudi_Arabia 27541 G 923 918
148 Saudi_Arabia 27542 C 923 918
149 Saudi_Arabia 27543 T 923 918
150 Saudi_Arabia 27544 G 923 918
151 Saudi_Arabia 27545 A 923 918
152 Saudi_Arabia 27546 T 923 918
153 Saudi_Arabia 27547 A 923 918
154 Saudi_Arabia 27548 A 923 918
155 Saudi_Arabia 27549 C 923 918
156 Saudi_Arabia 27550 A 923 918
157 Saudi_Arabia 27551 A 923 918
158 Saudi_Arabia 27552 A 923 918
159 Saudi_Arabia 27553 T 923 918
160 Saudi_Arabia 27554 T 923 920
161 Saudi_Arabia 27555 T 923 920
162 Saudi_Arabia 27556 G 923 920
163 Saudi_Arabia 27557 C 923 920
164 Saudi_Arabia 27558 A 923 920
165 Saudi_Arabia 27559 C 923 920
166 Saudi_Arabia 27560 T 923 920
167 Saudi_Arabia 27561 G 923 920
168 Saudi_Arabia 27562 A 923 920
169 Saudi_Arabia 27563 C 923 920
170 Saudi_Arabia 27564 T 923 920
171 Saudi_Arabia 27565 T 923 920
172 Saudi_Arabia 27566 G 923 920
173 Saudi_Arabia 27567 C 923 920
174 Saudi_Arabia 27568 T 923 920
175 Saudi_Arabia 27569 T 923 920
176 Saudi_Arabia 27570 T 923 921
177 Saudi_Arabia 27571 A 923 921
178 Saudi_Arabia 27572 G 923 921
179 Saudi_Arabia 27573 C 923 921
180 Saudi_Arabia 27574 A 923 922
181 Saudi_Arabia 27575 C 923 922
182 Saudi_Arabia 27576 T 923 922
183 Saudi_Arabia 27577 C 923 922
184 Saudi_Arabia 27578 A 923 922
185 Saudi_Arabia 27579 A 923 922
186 Saudi_Arabia 27580 T 923 922
187 Saudi_Arabia 27581 T 923 922
188 Saudi_Arabia 27582 T 923 923
189 Saudi_Arabia 27583 G 923 923
190 Saudi_Arabia 27584 C 923 923
191 Saudi_Arabia 27585 T 923 923
192 Saudi_Arabia 27586 T 923 923
193 Saudi_Arabia 27587 T 923 923
194 Saudi_Arabia 27588 T 923 923
195 Saudi_Arabia 27589 G 923 923
196 Saudi_Arabia 27590 C 923 923
197 Saudi_Arabia 27591 T 923 923
198 Saudi_Arabia 27592 T 923 923
199 Saudi_Arabia 27593 G 923 923
200 Saudi_Arabia 27594 T 923 923
201 Saudi_Arabia 27595 C 923 923
202 Saudi_Arabia 27596 C 923 923
203 Saudi_Arabia 27597 T 923 923
204 Saudi_Arabia 27598 G 923 923
205 Saudi_Arabia 27599 A 923 923
206 Saudi_Arabia 27600 C 923 920
207 Saudi_Arabia 27601 G 923 919
208 Saudi_Arabia 27602 G 923 919
209 Saudi_Arabia 27603 C 923 920
210 Saudi_Arabia 27604 G 925 925
211 Saudi_Arabia 27605 T 925 925
212 Saudi_Arabia 27606 A 925 925
213 Saudi_Arabia 27607 A 925 925
214 Saudi_Arabia 27608 A 925 925
215 Saudi_Arabia 27609 A 925 925
216 Saudi_Arabia 27610 C 925 925
217 Saudi_Arabia 27611 A 925 925
218 Saudi_Arabia 27612 C 925 925
219 Saudi_Arabia 27613 G 925 925
220 Saudi_Arabia 27614 T 925 925
221 Saudi_Arabia 27615 C T 925 924 Val74Val
222 Saudi_Arabia 27616 T 925 925
223 Saudi_Arabia 27617 A 925 925
224 Saudi_Arabia 27618 T 925 925
225 Saudi_Arabia 27619 C 925 925
226 Saudi_Arabia 27620 A 925 925
227 Saudi_Arabia 27621 G 925 925
228 Saudi_Arabia 27622 T 925 925
229 Saudi_Arabia 27623 T 925 925
230 Saudi_Arabia 27624 A 925 925
231 Saudi_Arabia 27625 C T 925 923 Arg78Cys
232 Saudi_Arabia 27626 G T 925 924 Arg78Leu
233 Saudi_Arabia 27627 T 925 925
234 Saudi_Arabia 27628 G 925 925
235 Saudi_Arabia 27629 C 925 925
236 Saudi_Arabia 27630 C 925 925
237 Saudi_Arabia 27631 A 925 925
238 Saudi_Arabia 27632 G 925 925
239 Saudi_Arabia 27633 A 925 925
240 Saudi_Arabia 27634 T 925 925
241 Saudi_Arabia 27635 C 925 925
242 Saudi_Arabia 27636 A 925 925
243 Saudi_Arabia 27637 G 925 925
244 Saudi_Arabia 27638 T 925 925
245 Saudi_Arabia 27639 T 925 925
246 Saudi_Arabia 27640 T 925 925
247 Saudi_Arabia 27641 C 925 925
248 Saudi_Arabia 27642 A 925 925
249 Saudi_Arabia 27643 C 925 925
250 Saudi_Arabia 27644 C T 925 924 Pro84Leu
251 Saudi_Arabia 27645 T 925 925
252 Saudi_Arabia 27646 A 925 925
253 Saudi_Arabia 27647 A 925 925
254 Saudi_Arabia 27648 A 925 925
255 Saudi_Arabia 27649 C 925 925
256 Saudi_Arabia 27650 T 925 925
257 Saudi_Arabia 27651 G 925 925
258 Saudi_Arabia 27652 T 925 925
259 Saudi_Arabia 27653 T 925 925
260 Saudi_Arabia 27654 C 925 925
261 Saudi_Arabia 27655 A 925 925
262 Saudi_Arabia 27656 T 925 925
263 Saudi_Arabia 27657 C 925 925
264 Saudi_Arabia 27658 A 925 925
265 Saudi_Arabia 27659 G 925 925
266 Saudi_Arabia 27660 A 925 925
267 Saudi_Arabia 27661 C 925 925
268 Saudi_Arabia 27662 A 925 925
269 Saudi_Arabia 27663 A 925 925
270 Saudi_Arabia 27664 G 925 925
271 Saudi_Arabia 27665 A 925 925
272 Saudi_Arabia 27666 G 925 925
273 Saudi_Arabia 27667 G 925 925
274 Saudi_Arabia 27668 A 925 925
275 Saudi_Arabia 27669 A 925 925
276 Saudi_Arabia 27670 G 925 925
277 Saudi_Arabia 27671 T 925 925
278 Saudi_Arabia 27672 T 925 925
279 Saudi_Arabia 27673 C 925 925
280 Saudi_Arabia 27674 A 925 925
281 Saudi_Arabia 27675 A 925 925
282 Saudi_Arabia 27676 G 925 925
283 Saudi_Arabia 27677 A 925 925
284 Saudi_Arabia 27678 A 925 925
285 Saudi_Arabia 27679 C 925 925
286 Saudi_Arabia 27680 T 925 925
287 Saudi_Arabia 27681 T 925 925
288 Saudi_Arabia 27682 T 925 925
289 Saudi_Arabia 27683 A 925 925
290 Saudi_Arabia 27684 C 925 925
291 Saudi_Arabia 27685 T 925 925
292 Saudi_Arabia 27686 C 925 925
293 Saudi_Arabia 27687 T 925 925
294 Saudi_Arabia 27688 C 925 925
295 Saudi_Arabia 27689 C 925 925
296 Saudi_Arabia 27690 A 925 925
297 Saudi_Arabia 27691 A 925 925
298 Saudi_Arabia 27692 T 925 925
299 Saudi_Arabia 27693 T 925 925
300 Saudi_Arabia 27694 T 920 920
301 Saudi_Arabia 27695 T 920 920
302 Saudi_Arabia 27696 T 920 920
303 Saudi_Arabia 27697 C 920 920
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305 Saudi_Arabia 27699 T 920 919
306 Saudi_Arabia 27700 A 920 919
307 Saudi_Arabia 27701 T 920 920
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310 Saudi_Arabia 27704 T 920 920
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312 Saudi_Arabia 27706 G 920 920
313 Saudi_Arabia 27707 C T 920 919 Ala105Val
314 Saudi_Arabia 27708 G 920 920
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364 Saudi_Arabia 27758 G 915 915
365 Saudi_Arabia 27759 A 915 915