National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Rwanda 27394 A 33 33
1 Rwanda 27395 T 33 33
2 Rwanda 27396 G 33 33
3 Rwanda 27397 A 33 33
4 Rwanda 27398 A 33 33
5 Rwanda 27399 A 33 33
6 Rwanda 27400 A 33 33
7 Rwanda 27401 T 33 33
8 Rwanda 27402 T 33 33
9 Rwanda 27403 A 33 33
10 Rwanda 27404 T 33 33
11 Rwanda 27405 T 33 33
12 Rwanda 27406 C 33 33
13 Rwanda 27407 T 33 33
14 Rwanda 27408 T 33 33
15 Rwanda 27409 T 33 33
16 Rwanda 27410 T 33 33
17 Rwanda 27411 C 33 33
18 Rwanda 27412 T 33 33
19 Rwanda 27413 T 33 33
20 Rwanda 27414 G 33 33
21 Rwanda 27415 G 33 33
22 Rwanda 27416 C 33 33
23 Rwanda 27417 A 33 33
24 Rwanda 27418 C 33 33
25 Rwanda 27419 T 33 33
26 Rwanda 27420 G 33 33
27 Rwanda 27421 A 33 33
28 Rwanda 27422 T 33 33
29 Rwanda 27423 A 33 33
30 Rwanda 27424 A 33 33
31 Rwanda 27425 C 33 33
32 Rwanda 27426 A 33 33
33 Rwanda 27427 C 33 33
34 Rwanda 27428 T 33 33
35 Rwanda 27429 C 33 33
36 Rwanda 27430 G 33 33
37 Rwanda 27431 C 33 33
38 Rwanda 27432 T 33 33
39 Rwanda 27433 A 33 33
40 Rwanda 27434 C 33 33
41 Rwanda 27435 T 33 33
42 Rwanda 27436 T 33 33
43 Rwanda 27437 G 33 33
44 Rwanda 27438 T 33 33
45 Rwanda 27439 G 33 33
46 Rwanda 27440 A 33 33
47 Rwanda 27441 G 33 33
48 Rwanda 27442 C 33 33
49 Rwanda 27443 T 33 33
50 Rwanda 27444 T 33 33
51 Rwanda 27445 T 33 33
52 Rwanda 27446 A 33 33
53 Rwanda 27447 T 33 33
54 Rwanda 27448 C 33 33
55 Rwanda 27449 A 33 33
56 Rwanda 27450 C 33 33
57 Rwanda 27451 T 33 33
58 Rwanda 27452 A 33 33
59 Rwanda 27453 C 33 33
60 Rwanda 27454 C 33 33
61 Rwanda 27455 A 33 33
62 Rwanda 27456 A 33 33
63 Rwanda 27457 G 33 33
64 Rwanda 27458 A 33 33
65 Rwanda 27459 G 33 33
66 Rwanda 27460 T 33 33
67 Rwanda 27461 G 33 33
68 Rwanda 27462 T 33 33
69 Rwanda 27463 G 33 33
70 Rwanda 27464 T 33 33
71 Rwanda 27465 T 33 33
72 Rwanda 27466 A 33 33
73 Rwanda 27467 G 33 33
74 Rwanda 27468 A 33 33
75 Rwanda 27469 G 33 33
76 Rwanda 27470 G 33 33
77 Rwanda 27471 T 33 33
78 Rwanda 27472 A 33 33
79 Rwanda 27473 C 33 33
80 Rwanda 27474 A 33 33
81 Rwanda 27475 A 33 33
82 Rwanda 27476 C 33 33
83 Rwanda 27477 A 33 33
84 Rwanda 27478 G 33 33
85 Rwanda 27479 T 33 33
86 Rwanda 27480 A 33 33
87 Rwanda 27481 C 33 33
88 Rwanda 27482 T 33 33
89 Rwanda 27483 T 33 33
90 Rwanda 27484 T 33 33
91 Rwanda 27485 T 33 33
92 Rwanda 27486 A 33 33
93 Rwanda 27487 A 33 33
94 Rwanda 27488 A 33 33
95 Rwanda 27489 A 33 33
96 Rwanda 27490 G 33 33
97 Rwanda 27491 A 33 33
98 Rwanda 27492 A 33 33
99 Rwanda 27493 C 33 33
100 Rwanda 27494 C 33 33
101 Rwanda 27495 T 33 33
102 Rwanda 27496 T 33 33
103 Rwanda 27497 G 33 33
104 Rwanda 27498 C 33 33
105 Rwanda 27499 T 33 33
106 Rwanda 27500 C 33 33
107 Rwanda 27501 T 33 33
108 Rwanda 27502 T 33 33
109 Rwanda 27503 C 33 33
110 Rwanda 27504 T 33 33
111 Rwanda 27505 G 33 33
112 Rwanda 27506 G 33 33
113 Rwanda 27507 A 33 33
114 Rwanda 27508 A 33 33
115 Rwanda 27509 C 33 33
116 Rwanda 27510 A 33 33
117 Rwanda 27511 T 33 33
118 Rwanda 27512 A 9 9
119 Rwanda 27513 C 9 9
120 Rwanda 27514 G 9 9
121 Rwanda 27515 A 9 9
122 Rwanda 27516 G 9 9
123 Rwanda 27517 G 9 9
124 Rwanda 27518 G 9 9
125 Rwanda 27519 C 9 9
126 Rwanda 27520 A 9 9
127 Rwanda 27521 A 9 9
128 Rwanda 27522 T 9 9
129 Rwanda 27523 T 9 9
130 Rwanda 27524 C 9 9
131 Rwanda 27525 A 9 9
132 Rwanda 27526 C 9 9
133 Rwanda 27527 C 9 9
134 Rwanda 27528 A 9 9
135 Rwanda 27529 T 9 9
136 Rwanda 27530 T 9 9
137 Rwanda 27531 T 9 9
138 Rwanda 27532 C 9 9
139 Rwanda 27533 A 9 9
140 Rwanda 27534 T 9 9
141 Rwanda 27535 C 9 9
142 Rwanda 27536 C 9 9
143 Rwanda 27537 T 9 9
144 Rwanda 27538 C 9 9
145 Rwanda 27539 T 9 9
146 Rwanda 27540 A 9 9
147 Rwanda 27541 G 9 9
148 Rwanda 27542 C 9 9
149 Rwanda 27543 T 9 9
150 Rwanda 27544 G 9 9
151 Rwanda 27545 A 9 9
152 Rwanda 27546 T 9 9
153 Rwanda 27547 A 9 9
154 Rwanda 27548 A 9 9
155 Rwanda 27549 C 9 9
156 Rwanda 27550 A 9 9
157 Rwanda 27551 A 9 9
158 Rwanda 27552 A 9 9
159 Rwanda 27553 T 9 9
160 Rwanda 27554 T 9 9
161 Rwanda 27555 T 9 9
162 Rwanda 27556 G 9 9
163 Rwanda 27557 C 9 9
164 Rwanda 27558 A 9 9
165 Rwanda 27559 C 9 9
166 Rwanda 27560 T 9 9
167 Rwanda 27561 G 9 9
168 Rwanda 27562 A 9 9
169 Rwanda 27563 C 9 9
170 Rwanda 27564 T 9 9
171 Rwanda 27565 T 9 9
172 Rwanda 27566 G 9 9
173 Rwanda 27567 C 9 9
174 Rwanda 27568 T 9 9
175 Rwanda 27569 T 9 9
176 Rwanda 27570 T 9 9
177 Rwanda 27571 A 9 9
178 Rwanda 27572 G 9 9
179 Rwanda 27573 C 9 9
180 Rwanda 27574 A 9 9
181 Rwanda 27575 C 9 9
182 Rwanda 27576 T 9 9
183 Rwanda 27577 C 9 9
184 Rwanda 27578 A 9 9
185 Rwanda 27579 A 9 9
186 Rwanda 27580 T 9 9
187 Rwanda 27581 T 9 9
188 Rwanda 27582 T 9 9
189 Rwanda 27583 G 9 9
190 Rwanda 27584 C 9 9
191 Rwanda 27585 T 9 9
192 Rwanda 27586 T 9 9
193 Rwanda 27587 T 9 9
194 Rwanda 27588 T 9 9
195 Rwanda 27589 G 9 9
196 Rwanda 27590 C 9 9
197 Rwanda 27591 T 9 9
198 Rwanda 27592 T 9 9
199 Rwanda 27593 G 9 9
200 Rwanda 27594 T 9 9
201 Rwanda 27595 C 9 9
202 Rwanda 27596 C 9 9
203 Rwanda 27597 T 9 9
204 Rwanda 27598 G 9 9
205 Rwanda 27599 A 9 9
206 Rwanda 27600 C 9 9
207 Rwanda 27601 G 9 9
208 Rwanda 27602 G 9 9
209 Rwanda 27603 C 9 9
210 Rwanda 27604 G 9 9
211 Rwanda 27605 T 9 9
212 Rwanda 27606 A 9 9
213 Rwanda 27607 A 9 9
214 Rwanda 27608 A 9 9
215 Rwanda 27609 A 9 9
216 Rwanda 27610 C 9 9
217 Rwanda 27611 A 9 9
218 Rwanda 27612 C 9 9
219 Rwanda 27613 G 9 9
220 Rwanda 27614 T 9 9
221 Rwanda 27615 C 9 9
222 Rwanda 27616 T 9 9
223 Rwanda 27617 A 9 9
224 Rwanda 27618 T 9 9
225 Rwanda 27619 C 9 9
226 Rwanda 27620 A 9 9
227 Rwanda 27621 G 9 9
228 Rwanda 27622 T 9 9
229 Rwanda 27623 T 9 9
230 Rwanda 27624 A 9 9
231 Rwanda 27625 C 9 9
232 Rwanda 27626 G 9 9
233 Rwanda 27627 T 9 9
234 Rwanda 27628 G 9 9
235 Rwanda 27629 C 9 9
236 Rwanda 27630 C 9 9
237 Rwanda 27631 A 9 9
238 Rwanda 27632 G 9 9
239 Rwanda 27633 A 9 9
240 Rwanda 27634 T 9 9
241 Rwanda 27635 C 9 9
242 Rwanda 27636 A 9 9
243 Rwanda 27637 G 9 9
244 Rwanda 27638 T 9 9
245 Rwanda 27639 T 9 9
246 Rwanda 27640 T 9 9
247 Rwanda 27641 C 9 9
248 Rwanda 27642 A 9 9
249 Rwanda 27643 C 9 9
250 Rwanda 27644 C 9 9
251 Rwanda 27645 T 9 9
252 Rwanda 27646 A 9 9
253 Rwanda 27647 A 9 9
254 Rwanda 27648 A 9 9
255 Rwanda 27649 C 9 9
256 Rwanda 27650 T 9 9
257 Rwanda 27651 G 9 9
258 Rwanda 27652 T 9 9
259 Rwanda 27653 T 9 9
260 Rwanda 27654 C 9 9
261 Rwanda 27655 A 9 9
262 Rwanda 27656 T 9 9
263 Rwanda 27657 C 9 9
264 Rwanda 27658 A 9 9
265 Rwanda 27659 G 9 9
266 Rwanda 27660 A 9 9
267 Rwanda 27661 C 9 9
268 Rwanda 27662 A 9 9
269 Rwanda 27663 A 9 9
270 Rwanda 27664 G 9 9
271 Rwanda 27665 A 9 9
272 Rwanda 27666 G 9 9
273 Rwanda 27667 G 9 9
274 Rwanda 27668 A 9 9
275 Rwanda 27669 A 9 9
276 Rwanda 27670 G 9 9
277 Rwanda 27671 T 9 9
278 Rwanda 27672 T 9 9
279 Rwanda 27673 C 9 9
280 Rwanda 27674 A 9 9
281 Rwanda 27675 A 9 9
282 Rwanda 27676 G 9 9
283 Rwanda 27677 A 9 9
284 Rwanda 27678 A 9 9
285 Rwanda 27679 C 9 9
286 Rwanda 27680 T 9 9
287 Rwanda 27681 T 9 9
288 Rwanda 27682 T 9 9
289 Rwanda 27683 A 9 9
290 Rwanda 27684 C 9 9
291 Rwanda 27685 T 9 9
292 Rwanda 27686 C 9 9
293 Rwanda 27687 T 9 9
294 Rwanda 27688 C 9 9
295 Rwanda 27689 C 9 9
296 Rwanda 27690 A 9 9
297 Rwanda 27691 A 9 9
298 Rwanda 27692 T 9 9
299 Rwanda 27693 T 9 9
300 Rwanda 27694 T 9 9
301 Rwanda 27695 T 9 9
302 Rwanda 27696 T 9 9
303 Rwanda 27697 C 9 9
304 Rwanda 27698 T 9 9
305 Rwanda 27699 T 9 9
306 Rwanda 27700 A 9 9
307 Rwanda 27701 T 9 9
308 Rwanda 27702 T 9 9
309 Rwanda 27703 G 9 9
310 Rwanda 27704 T 9 9
311 Rwanda 27705 T 9 9
312 Rwanda 27706 G 9 9
313 Rwanda 27707 C 9 9
314 Rwanda 27708 G 9 9
315 Rwanda 27709 G 9 9
316 Rwanda 27710 C 9 9
317 Rwanda 27711 A 9 9
318 Rwanda 27712 A 9 9
319 Rwanda 27713 T 9 9
320 Rwanda 27714 A 9 9
321 Rwanda 27715 G 9 9
322 Rwanda 27716 T 9 9
323 Rwanda 27717 G 9 9
324 Rwanda 27718 T 9 9
325 Rwanda 27719 T 9 9
326 Rwanda 27720 T 9 9
327 Rwanda 27721 A 9 9
328 Rwanda 27722 T 9 9
329 Rwanda 27723 A 9 9
330 Rwanda 27724 A 9 9
331 Rwanda 27725 C 9 9
332 Rwanda 27726 A 9 9
333 Rwanda 27727 C 9 9
334 Rwanda 27728 T 9 9
335 Rwanda 27729 T 9 9
336 Rwanda 27730 T 9 9
337 Rwanda 27731 G 9 9
338 Rwanda 27732 C 9 9
339 Rwanda 27733 T 9 9
340 Rwanda 27734 T 9 9
341 Rwanda 27735 C 9 9
342 Rwanda 27736 A 9 9
343 Rwanda 27737 C 9 9
344 Rwanda 27738 A 9 9
345 Rwanda 27739 C 9 9
346 Rwanda 27740 T 9 9
347 Rwanda 27741 C 9 9
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350 Rwanda 27744 A 9 9
351 Rwanda 27745 A 9 9
352 Rwanda 27746 G 9 9
353 Rwanda 27747 A 9 9
354 Rwanda 27748 A 9 9
355 Rwanda 27749 A 9 9
356 Rwanda 27750 G 9 9
357 Rwanda 27751 A 9 9
358 Rwanda 27752 C 9 9
359 Rwanda 27753 A 9 9
360 Rwanda 27754 G 9 9
361 Rwanda 27755 A 9 9
362 Rwanda 27756 A 9 9
363 Rwanda 27757 T 9 9
364 Rwanda 27758 G 9 9
365 Rwanda 27759 A 9 9