National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                   2  
C     18                                      
D     6                                      
E     24       1                   1          
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45         1         2                  
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                             1        
S     21                                      
T     30               1                      
V     24         1     1                      
Y     15                       1              

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Romania 27394 A 382 382
1 Romania 27395 T 382 382
2 Romania 27396 G 382 382
3 Romania 27397 A 382 382
4 Romania 27398 A 382 382
5 Romania 27399 A 382 382
6 Romania 27400 A 382 382
7 Romania 27401 T 382 382
8 Romania 27402 T 382 382
9 Romania 27403 A 382 382
10 Romania 27404 T 382 382
11 Romania 27405 T 382 382
12 Romania 27406 C 382 382
13 Romania 27407 T 382 382
14 Romania 27408 T 382 382
15 Romania 27409 T 382 382
16 Romania 27410 T 382 382
17 Romania 27411 C 382 382
18 Romania 27412 T 382 382
19 Romania 27413 T 382 382
20 Romania 27414 G 382 382
21 Romania 27415 G 382 382
22 Romania 27416 C 382 382
23 Romania 27417 A 382 382
24 Romania 27418 C 382 382
25 Romania 27419 T 382 382
26 Romania 27420 G 382 382
27 Romania 27421 A 382 382
28 Romania 27422 T 382 382
29 Romania 27423 A 382 382
30 Romania 27424 A 382 382
31 Romania 27425 C 382 382
32 Romania 27426 A 382 382
33 Romania 27427 C 382 382
34 Romania 27428 T 382 382
35 Romania 27429 C 382 382
36 Romania 27430 G 382 382
37 Romania 27431 C T 382 378 Ala13Val
38 Romania 27432 T 382 382
39 Romania 27433 A 382 382
40 Romania 27434 C 382 382
41 Romania 27435 T 382 382
42 Romania 27436 T 382 382
43 Romania 27437 G 382 382
44 Romania 27438 T 382 382
45 Romania 27439 G 382 382
46 Romania 27440 A 382 382
47 Romania 27441 G 382 382
48 Romania 27442 C 382 382
49 Romania 27443 T 382 382
50 Romania 27444 T 382 382
51 Romania 27445 T 382 382
52 Romania 27446 A 382 382
53 Romania 27447 T 382 382
54 Romania 27448 C 382 382
55 Romania 27449 A 382 382
56 Romania 27450 C 382 382
57 Romania 27451 T A 382 378 Tyr20Asn
58 Romania 27452 A 382 382
59 Romania 27453 C 382 382
60 Romania 27454 C 382 382
61 Romania 27455 A 382 382
62 Romania 27456 A 382 382
63 Romania 27457 G 382 382
64 Romania 27458 A 382 382
65 Romania 27459 G A 382 380 Glu22Glu
66 Romania 27460 T 382 382
67 Romania 27461 G 382 382
68 Romania 27462 T 382 382
69 Romania 27463 G 382 382
70 Romania 27464 T 382 382
71 Romania 27465 T 382 382
72 Romania 27466 A 382 382
73 Romania 27467 G 382 382
74 Romania 27468 A G 382 380 Arg25Arg
75 Romania 27469 G 382 382
76 Romania 27470 G 382 382
77 Romania 27471 T 382 382
78 Romania 27472 A 382 382
79 Romania 27473 C 382 382
80 Romania 27474 A 382 382
81 Romania 27475 A 382 382
82 Romania 27476 C 382 382
83 Romania 27477 A 382 382
84 Romania 27478 G 382 382
85 Romania 27479 T 382 382
86 Romania 27480 A 382 382
87 Romania 27481 C 382 382
88 Romania 27482 T 382 382
89 Romania 27483 T 382 382
90 Romania 27484 T C 382 378 Leu31Leu
91 Romania 27485 T 382 382
92 Romania 27486 A 382 382
93 Romania 27487 A 382 382
94 Romania 27488 A 382 382
95 Romania 27489 A 382 382
96 Romania 27490 G 382 382
97 Romania 27491 A 382 382
98 Romania 27492 A 382 382
99 Romania 27493 C 382 382
100 Romania 27494 C 382 382
101 Romania 27495 T 382 382
102 Romania 27496 T 382 382
103 Romania 27497 G 382 382
104 Romania 27498 C 382 382
105 Romania 27499 T 382 382
106 Romania 27500 C 382 382
107 Romania 27501 T 382 382
108 Romania 27502 T 382 382
109 Romania 27503 C 382 382
110 Romania 27504 T 382 382
111 Romania 27505 G 382 382
112 Romania 27506 G 382 382
113 Romania 27507 A 382 382
114 Romania 27508 A 382 382
115 Romania 27509 C T 382 380 Thr39Ile
116 Romania 27510 A 382 382
117 Romania 27511 T 382 382
118 Romania 27512 A 382 382
119 Romania 27513 C 382 382
120 Romania 27514 G 382 382
121 Romania 27515 A 382 382
122 Romania 27516 G 382 382
123 Romania 27517 G 382 382
124 Romania 27518 G 382 382
125 Romania 27519 C 382 382
126 Romania 27520 A 382 382
127 Romania 27521 A 382 382
128 Romania 27522 T 382 382
129 Romania 27523 T 382 382
130 Romania 27524 C 382 382
131 Romania 27525 A 382 382
132 Romania 27526 C 382 382
133 Romania 27527 C 382 382
134 Romania 27528 A 382 382
135 Romania 27529 T 382 382
136 Romania 27530 T 382 382
137 Romania 27531 T 382 382
138 Romania 27532 C 382 382
139 Romania 27533 A 382 382
140 Romania 27534 T 382 382
141 Romania 27535 C 382 382
142 Romania 27536 C 382 382
143 Romania 27537 T 382 382
144 Romania 27538 C 382 382
145 Romania 27539 T 382 382
146 Romania 27540 A 382 382
147 Romania 27541 G 382 382
148 Romania 27542 C 382 382
149 Romania 27543 T 382 382
150 Romania 27544 G 382 382
151 Romania 27545 A 382 382
152 Romania 27546 T 382 382
153 Romania 27547 A 382 382
154 Romania 27548 A 382 382
155 Romania 27549 C 382 382
156 Romania 27550 A 382 382
157 Romania 27551 A 382 382
158 Romania 27552 A 382 382
159 Romania 27553 T 382 382
160 Romania 27554 T 382 382
161 Romania 27555 T 382 382
162 Romania 27556 G 382 382
163 Romania 27557 C 382 382
164 Romania 27558 A 382 382
165 Romania 27559 C 382 382
166 Romania 27560 T 382 382
167 Romania 27561 G 382 382
168 Romania 27562 A 382 382
169 Romania 27563 C 382 382
170 Romania 27564 T 382 382
171 Romania 27565 T 382 382
172 Romania 27566 G 382 382
173 Romania 27567 C 382 382
174 Romania 27568 T 382 382
175 Romania 27569 T 382 382
176 Romania 27570 T 382 382
177 Romania 27571 A 382 382
178 Romania 27572 G 382 382
179 Romania 27573 C 382 382
180 Romania 27574 A 382 382
181 Romania 27575 C 382 382
182 Romania 27576 T 382 382
183 Romania 27577 C 382 382
184 Romania 27578 A 382 382
185 Romania 27579 A 382 382
186 Romania 27580 T 382 382
187 Romania 27581 T 382 382
188 Romania 27582 T 382 382
189 Romania 27583 G 382 382
190 Romania 27584 C 382 382
191 Romania 27585 T 382 382
192 Romania 27586 T 382 382
193 Romania 27587 T 382 382
194 Romania 27588 T 382 382
195 Romania 27589 G 382 382
196 Romania 27590 C 382 382
197 Romania 27591 T 382 382
198 Romania 27592 T 382 382
199 Romania 27593 G 382 382
200 Romania 27594 T 382 382
201 Romania 27595 C 382 382
202 Romania 27596 C 382 382
203 Romania 27597 T 382 382
204 Romania 27598 G 382 382
205 Romania 27599 A 382 382
206 Romania 27600 C 382 382
207 Romania 27601 G 382 382
208 Romania 27602 G 382 382
209 Romania 27603 C 382 382
210 Romania 27604 G 382 382
211 Romania 27605 T 382 382
212 Romania 27606 A 382 382
213 Romania 27607 A 382 382
214 Romania 27608 A 382 382
215 Romania 27609 A 382 382
216 Romania 27610 C 382 382
217 Romania 27611 A 382 382
218 Romania 27612 C 382 382
219 Romania 27613 G A 382 378 Val74Ile
220 Romania 27614 T 382 382
221 Romania 27615 C 382 382
222 Romania 27616 T 382 382
223 Romania 27617 A 382 382
224 Romania 27618 T 382 382
225 Romania 27619 C 382 382
226 Romania 27620 A 382 382
227 Romania 27621 G 382 382
228 Romania 27622 T 382 382
229 Romania 27623 T 382 382
230 Romania 27624 A 382 382
231 Romania 27625 C 382 382
232 Romania 27626 G 382 382
233 Romania 27627 T 382 382
234 Romania 27628 G 382 382
235 Romania 27629 C 382 382
236 Romania 27630 C 382 382
237 Romania 27631 A 382 382
238 Romania 27632 G 382 382
239 Romania 27633 A 382 382
240 Romania 27634 T 382 382
241 Romania 27635 C 382 382
242 Romania 27636 A 382 382
243 Romania 27637 G 382 382
244 Romania 27638 T 382 382
245 Romania 27639 T 382 382
246 Romania 27640 T 382 382
247 Romania 27641 C 382 382
248 Romania 27642 A 382 382
249 Romania 27643 C 382 382
250 Romania 27644 C 382 382
251 Romania 27645 T 382 382
252 Romania 27646 A 382 382
253 Romania 27647 A 382 382
254 Romania 27648 A 382 382
255 Romania 27649 C 382 382
256 Romania 27650 T 382 382
257 Romania 27651 G 382 382
258 Romania 27652 T 382 382
259 Romania 27653 T 382 382
260 Romania 27654 C 382 382
261 Romania 27655 A 382 382
262 Romania 27656 T 382 382
263 Romania 27657 C 382 382
264 Romania 27658 A 382 382
265 Romania 27659 G 382 382
266 Romania 27660 A 382 382
267 Romania 27661 C 382 382
268 Romania 27662 A 382 382
269 Romania 27663 A 382 382
270 Romania 27664 G 382 382
271 Romania 27665 A 382 382
272 Romania 27666 G 382 382
273 Romania 27667 G 382 382
274 Romania 27668 A 382 382
275 Romania 27669 A 382 382
276 Romania 27670 G 382 382
277 Romania 27671 T 382 382
278 Romania 27672 T 382 382
279 Romania 27673 C 382 382
280 Romania 27674 A 382 382
281 Romania 27675 A 382 382
282 Romania 27676 G C 382 380 Glu95Gln
283 Romania 27677 A 382 382
284 Romania 27678 A 382 382
285 Romania 27679 C T 382 380 Leu96Phe
286 Romania 27680 T 382 382
287 Romania 27681 T 382 382
288 Romania 27682 T 382 382
289 Romania 27683 A 382 382
290 Romania 27684 C 382 382
291 Romania 27685 T 382 382
292 Romania 27686 C 382 382
293 Romania 27687 T 382 382
294 Romania 27688 C 382 382
295 Romania 27689 C 382 382
296 Romania 27690 A 382 382
297 Romania 27691 A 382 382
298 Romania 27692 T 382 382
299 Romania 27693 T 382 382
300 Romania 27694 T 382 382
301 Romania 27695 T 382 382
302 Romania 27696 T 382 382
303 Romania 27697 C 382 382
304 Romania 27698 T 382 382
305 Romania 27699 T 382 382
306 Romania 27700 A 382 382
307 Romania 27701 T 382 382
308 Romania 27702 T 382 382
309 Romania 27703 G T 382 378 Val104Phe
310 Romania 27704 T 382 382
311 Romania 27705 T 382 382
312 Romania 27706 G 382 382
313 Romania 27707 C T 382 356 Ala105Val
314 Romania 27708 G 382 382
315 Romania 27709 G 382 382
316 Romania 27710 C 382 382
317 Romania 27711 A 382 382
318 Romania 27712 A 382 382
319 Romania 27713 T 382 382
320 Romania 27714 A 382 382
321 Romania 27715 G 382 382
322 Romania 27716 T 382 382
323 Romania 27717 G 382 382
324 Romania 27718 T 382 382
325 Romania 27719 T 382 382
326 Romania 27720 T 382 382
327 Romania 27721 A 382 382
328 Romania 27722 T 382 382
329 Romania 27723 A 382 382
330 Romania 27724 A 382 382
331 Romania 27725 C 382 382
332 Romania 27726 A 382 382
333 Romania 27727 C 382 382
334 Romania 27728 T 382 382
335 Romania 27729 T 382 382
336 Romania 27730 T 382 382
337 Romania 27731 G 382 382
338 Romania 27732 C 382 382
339 Romania 27733 T 382 382
340 Romania 27734 T 382 382
341 Romania 27735 C 382 382
342 Romania 27736 A 382 382
343 Romania 27737 C 382 382
344 Romania 27738 A 382 382
345 Romania 27739 C 382 382
346 Romania 27740 T 382 382
347 Romania 27741 C T 382 378 Leu116Leu
348 Romania 27742 A 382 382
349 Romania 27743 A 382 382
350 Romania 27744 A 382 382
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353 Romania 27747 A 382 382
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355 Romania 27749 A 382 382
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359 Romania 27753 A 382 382
360 Romania 27754 G 382 382
361 Romania 27755 A 382 382
362 Romania 27756 A 382 382
363 Romania 27757 T 382 382
364 Romania 27758 G 382 382
365 Romania 27759 A 382 382