National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24       1                              
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                     1   1            
M     6                                      
N     6                                      
P     18                         1            
Q     15                                      
R     15                                 1    
S     21                   1                  
T     30                                      
V     24                                   1  
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Panama 27394 A 309 309
1 Panama 27395 T 309 309
2 Panama 27396 G 309 309
3 Panama 27397 A 309 309
4 Panama 27398 A 309 309
5 Panama 27399 A 309 309
6 Panama 27400 A 309 309
7 Panama 27401 T 309 309
8 Panama 27402 T 309 309
9 Panama 27403 A 309 309
10 Panama 27404 T 309 309
11 Panama 27405 T 309 309
12 Panama 27406 C 309 309
13 Panama 27407 T 309 309
14 Panama 27408 T 309 309
15 Panama 27409 T 309 309
16 Panama 27410 T 309 309
17 Panama 27411 C 309 309
18 Panama 27412 T 309 309
19 Panama 27413 T 309 309
20 Panama 27414 G 309 309
21 Panama 27415 G 309 309
22 Panama 27416 C 309 309
23 Panama 27417 A 309 309
24 Panama 27418 C 309 309
25 Panama 27419 T 309 309
26 Panama 27420 G 309 309
27 Panama 27421 A 309 309
28 Panama 27422 T 309 309
29 Panama 27423 A 309 309
30 Panama 27424 A 309 309
31 Panama 27425 C 309 309
32 Panama 27426 A 309 309
33 Panama 27427 C 309 309
34 Panama 27428 T 309 309
35 Panama 27429 C 309 309
36 Panama 27430 G 309 309
37 Panama 27431 C 309 309
38 Panama 27432 T 309 309
39 Panama 27433 A 309 309
40 Panama 27434 C 309 309
41 Panama 27435 T 309 309
42 Panama 27436 T 309 309
43 Panama 27437 G 309 309
44 Panama 27438 T 309 309
45 Panama 27439 G 309 309
46 Panama 27440 A 309 309
47 Panama 27441 G 309 309
48 Panama 27442 C 309 309
49 Panama 27443 T 309 309
50 Panama 27444 T 309 309
51 Panama 27445 T 309 309
52 Panama 27446 A 309 309
53 Panama 27447 T 309 309
54 Panama 27448 C 309 309
55 Panama 27449 A 309 309
56 Panama 27450 C 309 309
57 Panama 27451 T 309 309
58 Panama 27452 A 309 309
59 Panama 27453 C 309 309
60 Panama 27454 C 309 309
61 Panama 27455 A 309 309
62 Panama 27456 A 309 309
63 Panama 27457 G 309 309
64 Panama 27458 A 309 309
65 Panama 27459 G A 309 302 Glu22Glu
66 Panama 27460 T 309 309
67 Panama 27461 G 309 309
68 Panama 27462 T 309 309
69 Panama 27463 G 309 309
70 Panama 27464 T 309 309
71 Panama 27465 T 309 309
72 Panama 27466 A 309 309
73 Panama 27467 G C 309 308 Arg25Thr
74 Panama 27468 A 309 309
75 Panama 27469 G 308 308
76 Panama 27470 G 308 308
77 Panama 27471 T 308 308
78 Panama 27472 A 308 308
79 Panama 27473 C 309 309
80 Panama 27474 A 309 309
81 Panama 27475 A 309 309
82 Panama 27476 C 309 309
83 Panama 27477 A 308 308
84 Panama 27478 G 308 307
85 Panama 27479 T 308 308
86 Panama 27480 A 308 308
87 Panama 27481 C 308 308
88 Panama 27482 T 308 308
89 Panama 27483 T 308 308
90 Panama 27484 T 308 308
91 Panama 27485 T 308 308
92 Panama 27486 A 308 308
93 Panama 27487 A 308 308
94 Panama 27488 A 308 308
95 Panama 27489 A 308 308
96 Panama 27490 G 308 308
97 Panama 27491 A 308 308
98 Panama 27492 A 308 307
99 Panama 27493 C 308 308
100 Panama 27494 C 308 308
101 Panama 27495 T C 308 307 Pro34Pro
102 Panama 27496 T 308 308
103 Panama 27497 G 308 308
104 Panama 27498 C 308 308
105 Panama 27499 T 308 308
106 Panama 27500 C 307 307
107 Panama 27501 T 307 307
108 Panama 27502 T 307 307
109 Panama 27503 C 307 307
110 Panama 27504 T 307 307
111 Panama 27505 G 307 307
112 Panama 27506 G 307 307
113 Panama 27507 A 307 307
114 Panama 27508 A 306 306
115 Panama 27509 C 306 306
116 Panama 27510 A 306 306
117 Panama 27511 T 305 305
118 Panama 27512 A 305 305
119 Panama 27513 C 305 305
120 Panama 27514 G 305 305
121 Panama 27515 A 303 303
122 Panama 27516 G 303 303
123 Panama 27517 G 301 301
124 Panama 27518 G 301 301
125 Panama 27519 C 301 301
126 Panama 27520 A 297 297
127 Panama 27521 A 296 296
128 Panama 27522 T 296 296
129 Panama 27523 T 296 296
130 Panama 27524 C 296 296
131 Panama 27525 A 293 291
132 Panama 27526 C 293 291
133 Panama 27527 C 284 279
134 Panama 27528 A 276 267
135 Panama 27529 T 276 267
136 Panama 27530 T 276 267
137 Panama 27531 T 276 268
138 Panama 27532 C 276 268
139 Panama 27533 A 276 268
140 Panama 27534 T 274 267
141 Panama 27535 C 273 266
142 Panama 27536 C 273 266
143 Panama 27537 T 273 264
144 Panama 27538 C 273 265
145 Panama 27539 T 273 265
146 Panama 27540 A 273 264
147 Panama 27541 G 273 265
148 Panama 27542 C 273 265
149 Panama 27543 T 273 265
150 Panama 27544 G 273 266
151 Panama 27545 A 271 264
152 Panama 27546 T 271 264
153 Panama 27547 A 271 264
154 Panama 27548 A 271 264
155 Panama 27549 C 271 264
156 Panama 27550 A 270 263
157 Panama 27551 A 270 265
158 Panama 27552 A 270 264
159 Panama 27553 T 270 264
160 Panama 27554 T 270 264
161 Panama 27555 T 270 265
162 Panama 27556 G 270 265
163 Panama 27557 C 270 265
164 Panama 27558 A 269 264
165 Panama 27559 C 268 263
166 Panama 27560 T 268 263
167 Panama 27561 G 268 265
168 Panama 27562 A 268 264
169 Panama 27563 C 268 265
170 Panama 27564 T 268 265
171 Panama 27565 T 268 265
172 Panama 27566 G 269 265
173 Panama 27567 C 269 267
174 Panama 27568 T 269 266
175 Panama 27569 T 269 267
176 Panama 27570 T 269 267
177 Panama 27571 A 268 265
178 Panama 27572 G 268 265
179 Panama 27573 C 268 266
180 Panama 27574 A 268 266
181 Panama 27575 C 268 267
182 Panama 27576 T 267 266
183 Panama 27577 C 267 267
184 Panama 27578 A 267 266
185 Panama 27579 A 267 267
186 Panama 27580 T 266 266
187 Panama 27581 T 266 266
188 Panama 27582 T 266 266
189 Panama 27583 G 266 266
190 Panama 27584 C 266 265
191 Panama 27585 T 266 264
192 Panama 27586 T 266 265
193 Panama 27587 T 266 265
194 Panama 27588 T 266 264
195 Panama 27589 G 266 265
196 Panama 27590 C 266 265
197 Panama 27591 T 266 265
198 Panama 27592 T 266 266
199 Panama 27593 G 267 267
200 Panama 27594 T 267 267
201 Panama 27595 C 267 267
202 Panama 27596 C 267 267
203 Panama 27597 T 267 267
204 Panama 27598 G 267 267
205 Panama 27599 A 267 267
206 Panama 27600 C 267 267
207 Panama 27601 G 267 267
208 Panama 27602 G 266 266
209 Panama 27603 C 266 266
210 Panama 27604 G 266 266
211 Panama 27605 T 266 266
212 Panama 27606 A G 266 265 Val71Val
213 Panama 27607 A 266 266
214 Panama 27608 A 266 266
215 Panama 27609 A 266 266
216 Panama 27610 C 266 266
217 Panama 27611 A 266 266
218 Panama 27612 C 265 265
219 Panama 27613 G 265 265
220 Panama 27614 T 266 266
221 Panama 27615 C 265 265
222 Panama 27616 T 265 265
223 Panama 27617 A 265 265
224 Panama 27618 T 265 263
225 Panama 27619 C 265 264
226 Panama 27620 A 265 263
227 Panama 27621 G 264 261
228 Panama 27622 T 264 262
229 Panama 27623 T 264 262
230 Panama 27624 A 264 261
231 Panama 27625 C 264 261
232 Panama 27626 G 264 261
233 Panama 27627 T 264 261
234 Panama 27628 G 264 261
235 Panama 27629 C 264 261
236 Panama 27630 C 264 262
237 Panama 27631 A 264 262
238 Panama 27632 G 264 263
239 Panama 27633 A 264 263
240 Panama 27634 T 264 262
241 Panama 27635 C T 264 261 Ser81Leu
242 Panama 27636 A 261 260
243 Panama 27637 G 261 260
244 Panama 27638 T 261 259
245 Panama 27639 T 261 260
246 Panama 27640 T 261 260
247 Panama 27641 C 261 260
248 Panama 27642 A 261 259
249 Panama 27643 C 261 260
250 Panama 27644 C 261 260
251 Panama 27645 T 261 260
252 Panama 27646 A 260 259
253 Panama 27647 A 260 259
254 Panama 27648 A 260 259
255 Panama 27649 C A 260 259 Leu86Met
256 Panama 27650 T C 259 257 Leu86Pro
257 Panama 27651 G 259 259
258 Panama 27652 T 259 259
259 Panama 27653 T 259 259
260 Panama 27654 C 259 259
261 Panama 27655 A 259 259
262 Panama 27656 T 259 257
263 Panama 27657 C 259 259
264 Panama 27658 A 259 259
265 Panama 27659 G 259 259
266 Panama 27660 A 259 259
267 Panama 27661 C 259 259
268 Panama 27662 A 259 259
269 Panama 27663 A 259 259
270 Panama 27664 G 259 259
271 Panama 27665 A 259 259
272 Panama 27666 G 259 258
273 Panama 27667 G 259 258
274 Panama 27668 A 259 258
275 Panama 27669 A 259 258
276 Panama 27670 G 259 258
277 Panama 27671 T 259 258
278 Panama 27672 T 259 258
279 Panama 27673 C 259 258
280 Panama 27674 A 259 258
281 Panama 27675 A 259 258
282 Panama 27676 G 259 258
283 Panama 27677 A 259 258
284 Panama 27678 A 259 257
285 Panama 27679 C 259 258
286 Panama 27680 T 259 258
287 Panama 27681 T 259 258
288 Panama 27682 T 259 258
289 Panama 27683 A 259 258
290 Panama 27684 C 259 258
291 Panama 27685 T 259 258
292 Panama 27686 C 257 256
293 Panama 27687 T 257 256
294 Panama 27688 C 257 255
295 Panama 27689 C 257 256
296 Panama 27690 A 257 256
297 Panama 27691 A 257 256
298 Panama 27692 T 257 255
299 Panama 27693 T 257 256
300 Panama 27694 T 257 256
301 Panama 27695 T 255 254
302 Panama 27696 T 255 254
303 Panama 27697 C 255 254
304 Panama 27698 T 254 253
305 Panama 27699 T 254 253
306 Panama 27700 A 254 253
307 Panama 27701 T 254 253
308 Panama 27702 T 254 253
309 Panama 27703 G 254 253
310 Panama 27704 T 254 253
311 Panama 27705 T 254 252
312 Panama 27706 G 254 254
313 Panama 27707 C 254 254
314 Panama 27708 G 254 254
315 Panama 27709 G 253 253
316 Panama 27710 C 253 253
317 Panama 27711 A 253 253
318 Panama 27712 A 253 253
319 Panama 27713 T 253 253
320 Panama 27714 A 253 253
321 Panama 27715 G 253 253
322 Panama 27716 T 252 252
323 Panama 27717 G 252 251
324 Panama 27718 T 252 251
325 Panama 27719 T 252 251
326 Panama 27720 T 252 251
327 Panama 27721 A 252 251
328 Panama 27722 T 252 251
329 Panama 27723 A 252 251
330 Panama 27724 A 252 252
331 Panama 27725 C 252 252
332 Panama 27726 A 251 251
333 Panama 27727 C 251 251
334 Panama 27728 T 249 249
335 Panama 27729 T 249 249
336 Panama 27730 T 249 249
337 Panama 27731 G 249 249
338 Panama 27732 C 249 249
339 Panama 27733 T 248 248
340 Panama 27734 T 248 248
341 Panama 27735 C 248 248
342 Panama 27736 A 248 248
343 Panama 27737 C 248 248
344 Panama 27738 A 247 246
345 Panama 27739 C 247 246
346 Panama 27740 T 247 247
347 Panama 27741 C 247 247
348 Panama 27742 A 247 247
349 Panama 27743 A 247 247
350 Panama 27744 A 247 247
351 Panama 27745 A 247 246
352 Panama 27746 G 247 247
353 Panama 27747 A 247 247
354 Panama 27748 A 247 247
355 Panama 27749 A 247 247
356 Panama 27750 G 246 246
357 Panama 27751 A 246 246
358 Panama 27752 C 246 246
359 Panama 27753 A 245 245
360 Panama 27754 G 245 245
361 Panama 27755 A 245 244
362 Panama 27756 A 245 244
363 Panama 27757 T 245 244
364 Panama 27758 G 245 245
365 Panama 27759 A 245 245