National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                   1                  
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30               1                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Palestine 27394 A 78 78
1 Palestine 27395 T 78 78
2 Palestine 27396 G 78 78
3 Palestine 27397 A 78 78
4 Palestine 27398 A 78 78
5 Palestine 27399 A 78 78
6 Palestine 27400 A 78 78
7 Palestine 27401 T 78 78
8 Palestine 27402 T 78 78
9 Palestine 27403 A 78 78
10 Palestine 27404 T 78 78
11 Palestine 27405 T 78 78
12 Palestine 27406 C 78 78
13 Palestine 27407 T 78 78
14 Palestine 27408 T 78 78
15 Palestine 27409 T 78 78
16 Palestine 27410 T 78 78
17 Palestine 27411 C 78 78
18 Palestine 27412 T 78 78
19 Palestine 27413 T 78 78
20 Palestine 27414 G 78 78
21 Palestine 27415 G 78 78
22 Palestine 27416 C 78 78
23 Palestine 27417 A 78 78
24 Palestine 27418 C 78 78
25 Palestine 27419 T 78 78
26 Palestine 27420 G 78 78
27 Palestine 27421 A 78 78
28 Palestine 27422 T 78 78
29 Palestine 27423 A 78 78
30 Palestine 27424 A 78 78
31 Palestine 27425 C 78 78
32 Palestine 27426 A 78 78
33 Palestine 27427 C 78 78
34 Palestine 27428 T 78 78
35 Palestine 27429 C 78 78
36 Palestine 27430 G 78 78
37 Palestine 27431 C 78 78
38 Palestine 27432 T 78 78
39 Palestine 27433 A 78 78
40 Palestine 27434 C 78 78
41 Palestine 27435 T 78 78
42 Palestine 27436 T 78 78
43 Palestine 27437 G 78 78
44 Palestine 27438 T 78 78
45 Palestine 27439 G 78 78
46 Palestine 27440 A 78 78
47 Palestine 27441 G 78 78
48 Palestine 27442 C 78 78
49 Palestine 27443 T 78 78
50 Palestine 27444 T 78 78
51 Palestine 27445 T 78 78
52 Palestine 27446 A 78 78
53 Palestine 27447 T 78 78
54 Palestine 27448 C 78 78
55 Palestine 27449 A 78 78
56 Palestine 27450 C 78 78
57 Palestine 27451 T 78 78
58 Palestine 27452 A 78 78
59 Palestine 27453 C 78 78
60 Palestine 27454 C 78 78
61 Palestine 27455 A 78 78
62 Palestine 27456 A 78 78
63 Palestine 27457 G 78 78
64 Palestine 27458 A 78 78
65 Palestine 27459 G 78 78
66 Palestine 27460 T 78 78
67 Palestine 27461 G 78 78
68 Palestine 27462 T 78 78
69 Palestine 27463 G 78 78
70 Palestine 27464 T 78 78
71 Palestine 27465 T 78 78
72 Palestine 27466 A 78 78
73 Palestine 27467 G 78 78
74 Palestine 27468 A 78 78
75 Palestine 27469 G 78 78
76 Palestine 27470 G 78 78
77 Palestine 27471 T 78 78
78 Palestine 27472 A 78 78
79 Palestine 27473 C 78 78
80 Palestine 27474 A 78 78
81 Palestine 27475 A 78 78
82 Palestine 27476 C 78 78
83 Palestine 27477 A 78 78
84 Palestine 27478 G 78 78
85 Palestine 27479 T 78 78
86 Palestine 27480 A 78 78
87 Palestine 27481 C 78 78
88 Palestine 27482 T 78 78
89 Palestine 27483 T 78 78
90 Palestine 27484 T 78 78
91 Palestine 27485 T 78 78
92 Palestine 27486 A 78 78
93 Palestine 27487 A 78 78
94 Palestine 27488 A 78 78
95 Palestine 27489 A 78 78
96 Palestine 27490 G 78 78
97 Palestine 27491 A 78 78
98 Palestine 27492 A 78 78
99 Palestine 27493 C 78 78
100 Palestine 27494 C 78 78
101 Palestine 27495 T 78 78
102 Palestine 27496 T 78 78
103 Palestine 27497 G 78 78
104 Palestine 27498 C 78 78
105 Palestine 27499 T 78 78
106 Palestine 27500 C 78 78
107 Palestine 27501 T 78 78
108 Palestine 27502 T 78 78
109 Palestine 27503 C 78 78
110 Palestine 27504 T 78 78
111 Palestine 27505 G 78 78
112 Palestine 27506 G 78 78
113 Palestine 27507 A 78 78
114 Palestine 27508 A 78 78
115 Palestine 27509 C 78 78
116 Palestine 27510 A 78 78
117 Palestine 27511 T 78 78
118 Palestine 27512 A 78 78
119 Palestine 27513 C 78 78
120 Palestine 27514 G 78 78
121 Palestine 27515 A 78 78
122 Palestine 27516 G 78 78
123 Palestine 27517 G 78 78
124 Palestine 27518 G 78 78
125 Palestine 27519 C 78 78
126 Palestine 27520 A 78 78
127 Palestine 27521 A 78 78
128 Palestine 27522 T 78 78
129 Palestine 27523 T 78 78
130 Palestine 27524 C 78 78
131 Palestine 27525 A 78 78
132 Palestine 27526 C 78 78
133 Palestine 27527 C 78 78
134 Palestine 27528 A 78 78
135 Palestine 27529 T 78 78
136 Palestine 27530 T 78 78
137 Palestine 27531 T 78 78
138 Palestine 27532 C 78 78
139 Palestine 27533 A 78 78
140 Palestine 27534 T 78 78
141 Palestine 27535 C 78 78
142 Palestine 27536 C 78 78
143 Palestine 27537 T 78 78
144 Palestine 27538 C 78 78
145 Palestine 27539 T 78 78
146 Palestine 27540 A 78 78
147 Palestine 27541 G 78 78
148 Palestine 27542 C 78 78
149 Palestine 27543 T 78 77
150 Palestine 27544 G 78 77
151 Palestine 27545 A 78 77
152 Palestine 27546 T 78 77
153 Palestine 27547 A 78 77
154 Palestine 27548 A 78 77
155 Palestine 27549 C 78 77
156 Palestine 27550 A 78 77
157 Palestine 27551 A 78 78
158 Palestine 27552 A 78 78
159 Palestine 27553 T 78 78
160 Palestine 27554 T 78 78
161 Palestine 27555 T 78 78
162 Palestine 27556 G 78 78
163 Palestine 27557 C 78 78
164 Palestine 27558 A 78 78
165 Palestine 27559 C 78 78
166 Palestine 27560 T 78 78
167 Palestine 27561 G 78 78
168 Palestine 27562 A 78 78
169 Palestine 27563 C 78 78
170 Palestine 27564 T 78 78
171 Palestine 27565 T 78 78
172 Palestine 27566 G 78 78
173 Palestine 27567 C 78 78
174 Palestine 27568 T 78 78
175 Palestine 27569 T 78 78
176 Palestine 27570 T 78 78
177 Palestine 27571 A 78 78
178 Palestine 27572 G 78 78
179 Palestine 27573 C 78 77
180 Palestine 27574 A 78 78
181 Palestine 27575 C T 78 77 Thr61Ile
182 Palestine 27576 T 78 78
183 Palestine 27577 C 78 78
184 Palestine 27578 A 78 78
185 Palestine 27579 A 78 78
186 Palestine 27580 T 78 78
187 Palestine 27581 T 78 78
188 Palestine 27582 T 78 78
189 Palestine 27583 G 78 78
190 Palestine 27584 C 78 78
191 Palestine 27585 T 78 78
192 Palestine 27586 T 78 78
193 Palestine 27587 T 78 78
194 Palestine 27588 T 78 78
195 Palestine 27589 G 78 78
196 Palestine 27590 C 78 78
197 Palestine 27591 T 78 78
198 Palestine 27592 T 78 78
199 Palestine 27593 G 78 78
200 Palestine 27594 T 78 78
201 Palestine 27595 C 78 78
202 Palestine 27596 C 78 78
203 Palestine 27597 T 78 78
204 Palestine 27598 G 78 78
205 Palestine 27599 A 78 78
206 Palestine 27600 C 78 78
207 Palestine 27601 G 78 78
208 Palestine 27602 G 78 78
209 Palestine 27603 C 78 78
210 Palestine 27604 G 78 78
211 Palestine 27605 T 78 78
212 Palestine 27606 A 78 78
213 Palestine 27607 A 78 78
214 Palestine 27608 A 78 78
215 Palestine 27609 A 78 78
216 Palestine 27610 C 78 78
217 Palestine 27611 A 78 78
218 Palestine 27612 C 78 78
219 Palestine 27613 G 78 78
220 Palestine 27614 T 78 78
221 Palestine 27615 C 78 78
222 Palestine 27616 T 78 78
223 Palestine 27617 A 78 78
224 Palestine 27618 T 78 78
225 Palestine 27619 C 78 78
226 Palestine 27620 A 78 78
227 Palestine 27621 G 78 78
228 Palestine 27622 T 78 78
229 Palestine 27623 T 78 78
230 Palestine 27624 A 78 78
231 Palestine 27625 C 78 78
232 Palestine 27626 G 78 78
233 Palestine 27627 T 78 78
234 Palestine 27628 G 78 78
235 Palestine 27629 C 78 78
236 Palestine 27630 C 78 78
237 Palestine 27631 A 78 78
238 Palestine 27632 G 78 78
239 Palestine 27633 A 78 78
240 Palestine 27634 T 78 78
241 Palestine 27635 C 78 77
242 Palestine 27636 A 78 77
243 Palestine 27637 G 78 77
244 Palestine 27638 T 78 77
245 Palestine 27639 T 78 77
246 Palestine 27640 T 78 77
247 Palestine 27641 C 78 78
248 Palestine 27642 A 78 78
249 Palestine 27643 C 78 78
250 Palestine 27644 C 78 78
251 Palestine 27645 T 78 78
252 Palestine 27646 A 78 78
253 Palestine 27647 A 78 78
254 Palestine 27648 A 78 78
255 Palestine 27649 C 78 78
256 Palestine 27650 T 78 77
257 Palestine 27651 G 78 77
258 Palestine 27652 T 78 78
259 Palestine 27653 T 78 78
260 Palestine 27654 C 78 78
261 Palestine 27655 A 78 78
262 Palestine 27656 T 78 78
263 Palestine 27657 C 78 78
264 Palestine 27658 A 78 78
265 Palestine 27659 G 78 78
266 Palestine 27660 A 78 78
267 Palestine 27661 C 78 78
268 Palestine 27662 A 78 78
269 Palestine 27663 A 78 78
270 Palestine 27664 G 78 78
271 Palestine 27665 A 78 78
272 Palestine 27666 G 78 78
273 Palestine 27667 G 78 78
274 Palestine 27668 A 78 78
275 Palestine 27669 A 78 78
276 Palestine 27670 G 78 78
277 Palestine 27671 T 78 78
278 Palestine 27672 T 78 78
279 Palestine 27673 C 78 78
280 Palestine 27674 A 78 78
281 Palestine 27675 A 78 78
282 Palestine 27676 G 78 77
283 Palestine 27677 A 78 77
284 Palestine 27678 A 78 77
285 Palestine 27679 C 78 77
286 Palestine 27680 T 78 77
287 Palestine 27681 T 78 77
288 Palestine 27682 T 78 77
289 Palestine 27683 A 78 77
290 Palestine 27684 C 78 77
291 Palestine 27685 T 78 77
292 Palestine 27686 C 78 77
293 Palestine 27687 T 78 77
294 Palestine 27688 C 78 77
295 Palestine 27689 C 78 77
296 Palestine 27690 A 78 77
297 Palestine 27691 A 78 77
298 Palestine 27692 T 78 78
299 Palestine 27693 T 78 78
300 Palestine 27694 T 78 78
301 Palestine 27695 T 78 78
302 Palestine 27696 T 78 78
303 Palestine 27697 C 78 78
304 Palestine 27698 T 78 78
305 Palestine 27699 T 78 78
306 Palestine 27700 A 78 78
307 Palestine 27701 T 78 78
308 Palestine 27702 T 78 78
309 Palestine 27703 G 78 78
310 Palestine 27704 T 78 78
311 Palestine 27705 T 78 78
312 Palestine 27706 G 78 78
313 Palestine 27707 C 78 78
314 Palestine 27708 G 78 78
315 Palestine 27709 G 78 78
316 Palestine 27710 C 78 78
317 Palestine 27711 A 78 78
318 Palestine 27712 A 78 78
319 Palestine 27713 T 78 78
320 Palestine 27714 A 78 78
321 Palestine 27715 G 78 78
322 Palestine 27716 T 78 78
323 Palestine 27717 G 78 78
324 Palestine 27718 T 78 78
325 Palestine 27719 T 78 78
326 Palestine 27720 T 78 78
327 Palestine 27721 A 78 78
328 Palestine 27722 T 78 78
329 Palestine 27723 A 78 78
330 Palestine 27724 A 78 78
331 Palestine 27725 C 78 78
332 Palestine 27726 A 78 78
333 Palestine 27727 C 78 78
334 Palestine 27728 T 78 78
335 Palestine 27729 T 78 78
336 Palestine 27730 T 78 78
337 Palestine 27731 G 78 78
338 Palestine 27732 C 78 78
339 Palestine 27733 T 78 78
340 Palestine 27734 T 78 78
341 Palestine 27735 C 78 78
342 Palestine 27736 A 78 78
343 Palestine 27737 C 78 78
344 Palestine 27738 A 78 78
345 Palestine 27739 C 78 78
346 Palestine 27740 T 78 78
347 Palestine 27741 C T 78 76 Leu116Leu
348 Palestine 27742 A 78 78
349 Palestine 27743 A 78 78
350 Palestine 27744 A 78 78
351 Palestine 27745 A 78 78
352 Palestine 27746 G 78 78
353 Palestine 27747 A 78 78
354 Palestine 27748 A 78 78
355 Palestine 27749 A 78 78
356 Palestine 27750 G 78 78
357 Palestine 27751 A 78 78
358 Palestine 27752 C 78 78
359 Palestine 27753 A 78 78
360 Palestine 27754 G 78 78
361 Palestine 27755 A 78 78
362 Palestine 27756 A 78 78
363 Palestine 27757 T 78 78
364 Palestine 27758 G 78 78
365 Palestine 27759 A 78 78