National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27 1                                    
C     18                                      
D     6                                      
E     24     1                                
F     30                                      
G     12 1                                 1  
H     9             1                        
I     25               1                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                   1     1            
Q     15                                      
R     15               1                      
S     21                                      
T     30               1                      
V     24                   1                  
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Nigeria 27394 A 235 235
1 Nigeria 27395 T 238 238
2 Nigeria 27396 G 239 239
3 Nigeria 27397 A 239 239
4 Nigeria 27398 A 239 239
5 Nigeria 27399 A 239 239
6 Nigeria 27400 A 239 239
7 Nigeria 27401 T 239 239
8 Nigeria 27402 T 239 239
9 Nigeria 27403 A 239 239
10 Nigeria 27404 T 239 239
11 Nigeria 27405 T 239 239
12 Nigeria 27406 C 239 239
13 Nigeria 27407 T 240 240
14 Nigeria 27408 T 240 240
15 Nigeria 27409 T 240 240
16 Nigeria 27410 T 244 244
17 Nigeria 27411 C 244 244
18 Nigeria 27412 T 244 243
19 Nigeria 27413 T 244 243
20 Nigeria 27414 G 245 244
21 Nigeria 27415 G 246 245
22 Nigeria 27416 C 246 245
23 Nigeria 27417 A 246 245
24 Nigeria 27418 C 246 245
25 Nigeria 27419 T 247 246
26 Nigeria 27420 G 249 249
27 Nigeria 27421 A 249 249
28 Nigeria 27422 T 249 249
29 Nigeria 27423 A 249 249
30 Nigeria 27424 A 249 249
31 Nigeria 27425 C 249 249
32 Nigeria 27426 A 249 249
33 Nigeria 27427 C 249 249
34 Nigeria 27428 T 249 249
35 Nigeria 27429 C 249 249
36 Nigeria 27430 G 249 249
37 Nigeria 27431 C 249 249
38 Nigeria 27432 T 249 249
39 Nigeria 27433 A 249 249
40 Nigeria 27434 C 250 250
41 Nigeria 27435 T 250 250
42 Nigeria 27436 T 250 250
43 Nigeria 27437 G 250 250
44 Nigeria 27438 T 250 249
45 Nigeria 27439 G 250 249
46 Nigeria 27440 A 250 250
47 Nigeria 27441 G T 250 249 Glu16Asp
48 Nigeria 27442 C 251 250
49 Nigeria 27443 T 250 249
50 Nigeria 27444 T 250 249
51 Nigeria 27445 T 250 249
52 Nigeria 27446 A 250 249
53 Nigeria 27447 T 250 249
54 Nigeria 27448 C 250 249
55 Nigeria 27449 A 250 249
56 Nigeria 27450 C 250 249
57 Nigeria 27451 T 250 250
58 Nigeria 27452 A 250 249
59 Nigeria 27453 C 250 250
60 Nigeria 27454 C 250 250
61 Nigeria 27455 A 250 250
62 Nigeria 27456 A 250 250
63 Nigeria 27457 G 250 249
64 Nigeria 27458 A 250 249
65 Nigeria 27459 G 251 250
66 Nigeria 27460 T 251 250
67 Nigeria 27461 G 251 251
68 Nigeria 27462 T 251 251
69 Nigeria 27463 G 251 251
70 Nigeria 27464 T 251 251
71 Nigeria 27465 T 251 251
72 Nigeria 27466 A 251 251
73 Nigeria 27467 G T 251 250 Arg25Ile
74 Nigeria 27468 A 252 252
75 Nigeria 27469 G 252 252
76 Nigeria 27470 G 252 252
77 Nigeria 27471 T 252 252
78 Nigeria 27472 A 252 252
79 Nigeria 27473 C 252 252
80 Nigeria 27474 A 252 252
81 Nigeria 27475 A 252 252
82 Nigeria 27476 C 252 252
83 Nigeria 27477 A 252 252
84 Nigeria 27478 G T 252 251 Val29Leu
85 Nigeria 27479 T 252 252
86 Nigeria 27480 A 252 252
87 Nigeria 27481 C 252 252
88 Nigeria 27482 T 252 252
89 Nigeria 27483 T 252 251
90 Nigeria 27484 T 252 251
91 Nigeria 27485 T 252 251
92 Nigeria 27486 A 252 251
93 Nigeria 27487 A 252 251
94 Nigeria 27488 A 252 251
95 Nigeria 27489 A 252 251
96 Nigeria 27490 G 252 251
97 Nigeria 27491 A 252 251
98 Nigeria 27492 A 252 251
99 Nigeria 27493 C 252 251
100 Nigeria 27494 C 252 251
101 Nigeria 27495 T 252 251
102 Nigeria 27496 T 252 251
103 Nigeria 27497 G 252 251
104 Nigeria 27498 C 252 251
105 Nigeria 27499 T 252 251
106 Nigeria 27500 C 252 251
107 Nigeria 27501 T 252 251
108 Nigeria 27502 T 252 251
109 Nigeria 27503 C 252 251
110 Nigeria 27504 T 252 251
111 Nigeria 27505 G 252 251
112 Nigeria 27506 G T,C 252 249 Gly38Val-p.Gly38Ala
113 Nigeria 27507 A 252 251
114 Nigeria 27508 A 252 251
115 Nigeria 27509 C 252 251
116 Nigeria 27510 A 252 251
117 Nigeria 27511 T 252 251
118 Nigeria 27512 A 240 239
119 Nigeria 27513 C 240 239
120 Nigeria 27514 G 240 239
121 Nigeria 27515 A 240 238
122 Nigeria 27516 G 240 238
123 Nigeria 27517 G 240 238
124 Nigeria 27518 G 240 238
125 Nigeria 27519 C 240 238
126 Nigeria 27520 A 240 238
127 Nigeria 27521 A 240 239
128 Nigeria 27522 T 240 239
129 Nigeria 27523 T 240 239
130 Nigeria 27524 C 240 240
131 Nigeria 27525 A 240 240
132 Nigeria 27526 C 240 240
133 Nigeria 27527 C 240 240
134 Nigeria 27528 A G 240 238 Pro45Pro
135 Nigeria 27529 T 240 239
136 Nigeria 27530 T 240 239
137 Nigeria 27531 T 240 239
138 Nigeria 27532 C 240 239
139 Nigeria 27533 A 239 238
140 Nigeria 27534 T 239 239
141 Nigeria 27535 C 239 239
142 Nigeria 27536 C 239 239
143 Nigeria 27537 T 239 239
144 Nigeria 27538 C 239 239
145 Nigeria 27539 T 239 239
146 Nigeria 27540 A 239 239
147 Nigeria 27541 G 239 239
148 Nigeria 27542 C 238 238
149 Nigeria 27543 T 238 236
150 Nigeria 27544 G 238 236
151 Nigeria 27545 A 238 236
152 Nigeria 27546 T 238 236
153 Nigeria 27547 A 238 236
154 Nigeria 27548 A 238 236
155 Nigeria 27549 C 238 236
156 Nigeria 27550 A 238 236
157 Nigeria 27551 A 238 236
158 Nigeria 27552 A 238 236
159 Nigeria 27553 T 238 236
160 Nigeria 27554 T 238 236
161 Nigeria 27555 T 238 236
162 Nigeria 27556 G 238 237
163 Nigeria 27557 C 238 237
164 Nigeria 27558 A 238 236
165 Nigeria 27559 C 238 236
166 Nigeria 27560 T 237 235
167 Nigeria 27561 G 237 235
168 Nigeria 27562 A 237 235
169 Nigeria 27563 C 238 236
170 Nigeria 27564 T 238 236
171 Nigeria 27565 T 238 236
172 Nigeria 27566 G 238 236
173 Nigeria 27567 C 238 236
174 Nigeria 27568 T 238 236
175 Nigeria 27569 T 238 236
176 Nigeria 27570 T 238 236
177 Nigeria 27571 A 238 236
178 Nigeria 27572 G 238 236
179 Nigeria 27573 C 238 236
180 Nigeria 27574 A 238 236
181 Nigeria 27575 C 238 236
182 Nigeria 27576 T 238 235
183 Nigeria 27577 C 238 236
184 Nigeria 27578 A 238 236
185 Nigeria 27579 A 238 236
186 Nigeria 27580 T 238 236
187 Nigeria 27581 T 238 236
188 Nigeria 27582 T 238 236
189 Nigeria 27583 G 238 236
190 Nigeria 27584 C 238 236
191 Nigeria 27585 T 238 236
192 Nigeria 27586 T 238 236
193 Nigeria 27587 T 238 236
194 Nigeria 27588 T 238 236
195 Nigeria 27589 G 238 237
196 Nigeria 27590 C 238 237
197 Nigeria 27591 T 238 237
198 Nigeria 27592 T 238 237
199 Nigeria 27593 G 238 237
200 Nigeria 27594 T 238 237
201 Nigeria 27595 C 238 237
202 Nigeria 27596 C 238 237
203 Nigeria 27597 T 238 237
204 Nigeria 27598 G 238 237
205 Nigeria 27599 A 238 237
206 Nigeria 27600 C 238 237
207 Nigeria 27601 G 238 237
208 Nigeria 27602 G 238 237
209 Nigeria 27603 C 238 237
210 Nigeria 27604 G 238 237
211 Nigeria 27605 T 238 237
212 Nigeria 27606 A 238 237
213 Nigeria 27607 A 238 237
214 Nigeria 27608 A 238 237
215 Nigeria 27609 A 238 238
216 Nigeria 27610 C 238 238
217 Nigeria 27611 A 238 238
218 Nigeria 27612 C T 238 237 His73His
219 Nigeria 27613 G 238 238
220 Nigeria 27614 T 238 238
221 Nigeria 27615 C 238 238
222 Nigeria 27616 T 238 238
223 Nigeria 27617 A 238 238
224 Nigeria 27618 T 238 238
225 Nigeria 27619 C 238 238
226 Nigeria 27620 A 238 238
227 Nigeria 27621 G 238 238
228 Nigeria 27622 T 238 238
229 Nigeria 27623 T 238 238
230 Nigeria 27624 A 238 238
231 Nigeria 27625 C 238 238
232 Nigeria 27626 G 237 237
233 Nigeria 27627 T 237 237
234 Nigeria 27628 G 237 237
235 Nigeria 27629 C 237 237
236 Nigeria 27630 C 237 236
237 Nigeria 27631 A 237 236
238 Nigeria 27632 G 237 236
239 Nigeria 27633 A 237 236
240 Nigeria 27634 T 237 236
241 Nigeria 27635 C 237 236
242 Nigeria 27636 A 237 234
243 Nigeria 27637 G 237 234
244 Nigeria 27638 T 237 234
245 Nigeria 27639 T 237 233
246 Nigeria 27640 T 237 233
247 Nigeria 27641 C 237 233
248 Nigeria 27642 A 237 233
249 Nigeria 27643 C 237 233
250 Nigeria 27644 C 237 233
251 Nigeria 27645 T 237 233
252 Nigeria 27646 A 237 233
253 Nigeria 27647 A 237 233
254 Nigeria 27648 A 237 233
255 Nigeria 27649 C 237 233
256 Nigeria 27650 T 237 233
257 Nigeria 27651 G 238 234
258 Nigeria 27652 T 238 234
259 Nigeria 27653 T 238 234
260 Nigeria 27654 C 238 234
261 Nigeria 27655 A 238 234
262 Nigeria 27656 T 238 234
263 Nigeria 27657 C T 238 233 Ile88Ile
264 Nigeria 27658 A 238 234
265 Nigeria 27659 G 239 236
266 Nigeria 27660 A 239 236
267 Nigeria 27661 C 239 237
268 Nigeria 27662 A 239 237
269 Nigeria 27663 A 240 240
270 Nigeria 27664 G 239 239
271 Nigeria 27665 A 239 239
272 Nigeria 27666 G 239 239
273 Nigeria 27667 G 239 238
274 Nigeria 27668 A 239 238
275 Nigeria 27669 A 239 238
276 Nigeria 27670 G 239 238
277 Nigeria 27671 T 239 238
278 Nigeria 27672 T 239 238
279 Nigeria 27673 C 239 239
280 Nigeria 27674 A 239 239
281 Nigeria 27675 A 239 239
282 Nigeria 27676 G 239 239
283 Nigeria 27677 A 239 239
284 Nigeria 27678 A 239 239
285 Nigeria 27679 C 239 239
286 Nigeria 27680 T 239 239
287 Nigeria 27681 T 239 239
288 Nigeria 27682 T 239 239
289 Nigeria 27683 A 239 239
290 Nigeria 27684 C 239 239
291 Nigeria 27685 T 239 239
292 Nigeria 27686 C 239 239
293 Nigeria 27687 T 239 239
294 Nigeria 27688 C 239 239
295 Nigeria 27689 C T 239 238 Pro99Leu
296 Nigeria 27690 A 239 239
297 Nigeria 27691 A 239 239
298 Nigeria 27692 T 239 239
299 Nigeria 27693 T 239 239
300 Nigeria 27694 T 239 238
301 Nigeria 27695 T 239 237
302 Nigeria 27696 T 239 237
303 Nigeria 27697 C 239 237
304 Nigeria 27698 T 239 237
305 Nigeria 27699 T 239 237
306 Nigeria 27700 A 239 238
307 Nigeria 27701 T 239 238
308 Nigeria 27702 T 239 238
309 Nigeria 27703 G 239 239
310 Nigeria 27704 T 239 239
311 Nigeria 27705 T 239 239
312 Nigeria 27706 G 239 239
313 Nigeria 27707 C 239 239
314 Nigeria 27708 G 239 239
315 Nigeria 27709 G 239 239
316 Nigeria 27710 C 239 239
317 Nigeria 27711 A T 239 238 Ala106Ala
318 Nigeria 27712 A 239 239
319 Nigeria 27713 T 239 239
320 Nigeria 27714 A 239 239
321 Nigeria 27715 G 239 239
322 Nigeria 27716 T 238 238
323 Nigeria 27717 G 238 238
324 Nigeria 27718 T 238 238
325 Nigeria 27719 T 238 238
326 Nigeria 27720 T 238 238
327 Nigeria 27721 A 238 238
328 Nigeria 27722 T 238 238
329 Nigeria 27723 A 238 238
330 Nigeria 27724 A 238 238
331 Nigeria 27725 C 238 238
332 Nigeria 27726 A 238 238
333 Nigeria 27727 C 238 238
334 Nigeria 27728 T 237 237
335 Nigeria 27729 T 237 237
336 Nigeria 27730 T 237 237
337 Nigeria 27731 G 237 237
338 Nigeria 27732 C 237 237
339 Nigeria 27733 T 237 237
340 Nigeria 27734 T 237 237
341 Nigeria 27735 C 237 237
342 Nigeria 27736 A 236 236
343 Nigeria 27737 C 236 236
344 Nigeria 27738 A 236 236
345 Nigeria 27739 C 236 235
346 Nigeria 27740 T 236 236
347 Nigeria 27741 C 236 236
348 Nigeria 27742 A 235 235
349 Nigeria 27743 A 235 235
350 Nigeria 27744 A 235 235
351 Nigeria 27745 A 235 234
352 Nigeria 27746 G 235 235
353 Nigeria 27747 A 235 235
354 Nigeria 27748 A 235 235
355 Nigeria 27749 A 235 235
356 Nigeria 27750 G 235 235
357 Nigeria 27751 A 234 234
358 Nigeria 27752 C T 234 233 Thr120Ile
359 Nigeria 27753 A 234 234
360 Nigeria 27754 G 234 234
361 Nigeria 27755 A 234 234
362 Nigeria 27756 A 234 234
363 Nigeria 27757 T 234 234
364 Nigeria 27758 G 234 234
365 Nigeria 27759 A 233 233