National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                   1  
C     18                                      
D     6                                      
E     24     1 1                   1          
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                 1                    
L     45         2         4                  
M     6                                      
N     6                                      
P     18                   1           1 1    
Q     15             1                        
R     15                                      
S     21                   1     1            
T     30               4                      
V     24         2                            
Y     15                                     2

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 New_Zealand 27394 A 1094 1094
1 New_Zealand 27395 T 1094 1094
2 New_Zealand 27396 G 1094 1094
3 New_Zealand 27397 A 1094 1094
4 New_Zealand 27398 A 1094 1094
5 New_Zealand 27399 A 1094 1094
6 New_Zealand 27400 A 1094 1094
7 New_Zealand 27401 T 1094 1094
8 New_Zealand 27402 T 1094 1094
9 New_Zealand 27403 A 1094 1094
10 New_Zealand 27404 T 1094 1094
11 New_Zealand 27405 T 1094 1094
12 New_Zealand 27406 C 1094 1094
13 New_Zealand 27407 T 1094 1094
14 New_Zealand 27408 T 1094 1094
15 New_Zealand 27409 T 1094 1094
16 New_Zealand 27410 T 1094 1094
17 New_Zealand 27411 C 1094 1094
18 New_Zealand 27412 T 1094 1094
19 New_Zealand 27413 T 1094 1094
20 New_Zealand 27414 G 1094 1094
21 New_Zealand 27415 G 1094 1094
22 New_Zealand 27416 C 1094 1094
23 New_Zealand 27417 A 1094 1094
24 New_Zealand 27418 C 1094 1094
25 New_Zealand 27419 T 1094 1094
26 New_Zealand 27420 G 1094 1094
27 New_Zealand 27421 A 1094 1094
28 New_Zealand 27422 T 1094 1094
29 New_Zealand 27423 A 1094 1094
30 New_Zealand 27424 A 1094 1094
31 New_Zealand 27425 C 1094 1094
32 New_Zealand 27426 A 1094 1094
33 New_Zealand 27427 C 1094 1094
34 New_Zealand 27428 T 1094 1094
35 New_Zealand 27429 C 1094 1094
36 New_Zealand 27430 G 1094 1094
37 New_Zealand 27431 C 1094 1094
38 New_Zealand 27432 T 1094 1094
39 New_Zealand 27433 A 1094 1094
40 New_Zealand 27434 C T 1094 1093 Thr14Ile
41 New_Zealand 27435 T 1094 1094
42 New_Zealand 27436 T 1094 1094
43 New_Zealand 27437 G 1094 1094
44 New_Zealand 27438 T 1094 1094
45 New_Zealand 27439 G 1094 1094
46 New_Zealand 27440 A 1094 1094
47 New_Zealand 27441 G T 1094 1093 Glu16Asp
48 New_Zealand 27442 C 1094 1094
49 New_Zealand 27443 T 1094 1094
50 New_Zealand 27444 T 1094 1094
51 New_Zealand 27445 T 1094 1094
52 New_Zealand 27446 A 1094 1094
53 New_Zealand 27447 T 1094 1094
54 New_Zealand 27448 C 1094 1094
55 New_Zealand 27449 A 1094 1094
56 New_Zealand 27450 C 1094 1094
57 New_Zealand 27451 T 1094 1094
58 New_Zealand 27452 A 1094 1094
59 New_Zealand 27453 C 1094 1094
60 New_Zealand 27454 C 1094 1094
61 New_Zealand 27455 A 1094 1094
62 New_Zealand 27456 A 1094 1094
63 New_Zealand 27457 G 1094 1094
64 New_Zealand 27458 A 1094 1094
65 New_Zealand 27459 G 1094 1094
66 New_Zealand 27460 T 1094 1094
67 New_Zealand 27461 G 1094 1094
68 New_Zealand 27462 T 1094 1094
69 New_Zealand 27463 G T 1094 1093 Val24Phe
70 New_Zealand 27464 T 1094 1094
71 New_Zealand 27465 T 1094 1094
72 New_Zealand 27466 A 1094 1094
73 New_Zealand 27467 G 1094 1094
74 New_Zealand 27468 A 1094 1094
75 New_Zealand 27469 G 1094 1094
76 New_Zealand 27470 G 1094 1094
77 New_Zealand 27471 T 1094 1094
78 New_Zealand 27472 A 1094 1094
79 New_Zealand 27473 C 1094 1094
80 New_Zealand 27474 A 1094 1094
81 New_Zealand 27475 A 1094 1094
82 New_Zealand 27476 C 1094 1094
83 New_Zealand 27477 A 1094 1094
84 New_Zealand 27478 G 1094 1094
85 New_Zealand 27479 T 1094 1094
86 New_Zealand 27480 A 1094 1094
87 New_Zealand 27481 C 1094 1094
88 New_Zealand 27482 T 1094 1094
89 New_Zealand 27483 T 1094 1094
90 New_Zealand 27484 T 1094 1094
91 New_Zealand 27485 T 1094 1094
92 New_Zealand 27486 A 1094 1094
93 New_Zealand 27487 A 1094 1094
94 New_Zealand 27488 A 1094 1094
95 New_Zealand 27489 A G 1094 1092 Lys32Lys
96 New_Zealand 27490 G 1094 1094
97 New_Zealand 27491 A 1094 1094
98 New_Zealand 27492 A 1094 1094
99 New_Zealand 27493 C T 1094 1093 Pro34Ser
100 New_Zealand 27494 C T 1094 1093 Pro34Leu
101 New_Zealand 27495 T 1094 1094
102 New_Zealand 27496 T 1094 1094
103 New_Zealand 27497 G 1094 1094
104 New_Zealand 27498 C 1094 1094
105 New_Zealand 27499 T 1094 1094
106 New_Zealand 27500 C 1094 1094
107 New_Zealand 27501 T 1094 1094
108 New_Zealand 27502 T 1094 1094
109 New_Zealand 27503 C 1094 1094
110 New_Zealand 27504 T 1094 1094
111 New_Zealand 27505 G 1094 1094
112 New_Zealand 27506 G 1094 1094
113 New_Zealand 27507 A 1094 1094
114 New_Zealand 27508 A 1094 1094
115 New_Zealand 27509 C T 1094 1093 Thr39Ile
116 New_Zealand 27510 A 1094 1094
117 New_Zealand 27511 T 1094 1094
118 New_Zealand 27512 A 1068 1067
119 New_Zealand 27513 C T 1068 1062 Tyr40Tyr
120 New_Zealand 27514 G 1067 1066
121 New_Zealand 27515 A 1067 1066
122 New_Zealand 27516 G 1067 1066
123 New_Zealand 27517 G 1067 1066
124 New_Zealand 27518 G 1067 1066
125 New_Zealand 27519 C 1067 1066
126 New_Zealand 27520 A 1067 1066
127 New_Zealand 27521 A 1067 1066
128 New_Zealand 27522 T 1067 1066
129 New_Zealand 27523 T 1067 1066
130 New_Zealand 27524 C 1067 1066
131 New_Zealand 27525 A 1067 1066
132 New_Zealand 27526 C 1067 1066
133 New_Zealand 27527 C 1067 1066
134 New_Zealand 27528 A 1067 1066
135 New_Zealand 27529 T 1067 1066
136 New_Zealand 27530 T 1067 1066
137 New_Zealand 27531 T 1067 1066
138 New_Zealand 27532 C 1067 1066
139 New_Zealand 27533 A 1067 1066
140 New_Zealand 27534 T 1067 1067
141 New_Zealand 27535 C A 1067 1064 Pro48Thr
142 New_Zealand 27536 C 1067 1067
143 New_Zealand 27537 T 1067 1067
144 New_Zealand 27538 C 1067 1067
145 New_Zealand 27539 T 1067 1067
146 New_Zealand 27540 A 1067 1067
147 New_Zealand 27541 G 1067 1067
148 New_Zealand 27542 C 1067 1067
149 New_Zealand 27543 T 1067 1067
150 New_Zealand 27544 G 1067 1067
151 New_Zealand 27545 A 1067 1067
152 New_Zealand 27546 T 1067 1067
153 New_Zealand 27547 A 1067 1067
154 New_Zealand 27548 A 1067 1067
155 New_Zealand 27549 C 1067 1067
156 New_Zealand 27550 A 1067 1067
157 New_Zealand 27551 A 1067 1067
158 New_Zealand 27552 A 1067 1067
159 New_Zealand 27553 T 1067 1067
160 New_Zealand 27554 T 1067 1067
161 New_Zealand 27555 T 1067 1067
162 New_Zealand 27556 G 1067 1067
163 New_Zealand 27557 C 1067 1067
164 New_Zealand 27558 A 1067 1067
165 New_Zealand 27559 C T 1067 1065 Leu56Leu
166 New_Zealand 27560 T 1067 1067
167 New_Zealand 27561 G T 1067 1065 Leu56Leu
168 New_Zealand 27562 A 1067 1067
169 New_Zealand 27563 C 1067 1067
170 New_Zealand 27564 T 1067 1067
171 New_Zealand 27565 T 1067 1067
172 New_Zealand 27566 G 1067 1067
173 New_Zealand 27567 C 1067 1067
174 New_Zealand 27568 T 1067 1067
175 New_Zealand 27569 T 1067 1067
176 New_Zealand 27570 T 1067 1067
177 New_Zealand 27571 A 1067 1067
178 New_Zealand 27572 G 1067 1067
179 New_Zealand 27573 C 1067 1067
180 New_Zealand 27574 A 1064 1064
181 New_Zealand 27575 C T 1064 1060 Thr61Ile
182 New_Zealand 27576 T 1064 1064
183 New_Zealand 27577 C 1064 1064
184 New_Zealand 27578 A 1064 1064
185 New_Zealand 27579 A 1064 1064
186 New_Zealand 27580 T 1064 1064
187 New_Zealand 27581 T 1064 1064
188 New_Zealand 27582 T 1064 1064
189 New_Zealand 27583 G 1064 1064
190 New_Zealand 27584 C 1064 1064
191 New_Zealand 27585 T 1064 1064
192 New_Zealand 27586 T 1064 1064
193 New_Zealand 27587 T 1064 1064
194 New_Zealand 27588 T 1064 1064
195 New_Zealand 27589 G 1064 1064
196 New_Zealand 27590 C 1064 1064
197 New_Zealand 27591 T 1064 1064
198 New_Zealand 27592 T 1064 1064
199 New_Zealand 27593 G 1064 1064
200 New_Zealand 27594 T 1064 1064
201 New_Zealand 27595 C 1064 1064
202 New_Zealand 27596 C 1064 1064
203 New_Zealand 27597 T 1064 1064
204 New_Zealand 27598 G 1064 1064
205 New_Zealand 27599 A 1064 1064
206 New_Zealand 27600 C 1064 1064
207 New_Zealand 27601 G 1064 1064
208 New_Zealand 27602 G 1064 1064
209 New_Zealand 27603 C 1064 1064
210 New_Zealand 27604 G 1064 1064
211 New_Zealand 27605 T 1064 1064
212 New_Zealand 27606 A 1064 1064
213 New_Zealand 27607 A 1064 1064
214 New_Zealand 27608 A 1064 1064
215 New_Zealand 27609 A 1064 1064
216 New_Zealand 27610 C 1064 1063
217 New_Zealand 27611 A 1064 1064
218 New_Zealand 27612 C 1064 1064
219 New_Zealand 27613 G 1064 1064
220 New_Zealand 27614 T 1064 1064
221 New_Zealand 27615 C 1064 1064
222 New_Zealand 27616 T 1064 1064
223 New_Zealand 27617 A 1064 1064
224 New_Zealand 27618 T 1064 1064
225 New_Zealand 27619 C 1064 1064
226 New_Zealand 27620 A 1064 1064
227 New_Zealand 27621 G 1064 1064
228 New_Zealand 27622 T 1064 1064
229 New_Zealand 27623 T 1064 1064
230 New_Zealand 27624 A 1064 1064
231 New_Zealand 27625 C 1064 1064
232 New_Zealand 27626 G 1064 1064
233 New_Zealand 27627 T 1064 1064
234 New_Zealand 27628 G 1064 1064
235 New_Zealand 27629 C 1064 1064
236 New_Zealand 27630 C 1064 1064
237 New_Zealand 27631 A 1064 1064
238 New_Zealand 27632 G 1064 1064
239 New_Zealand 27633 A 1064 1064
240 New_Zealand 27634 T C 1065 1063 Ser81Pro
241 New_Zealand 27635 C T 1065 1055 Ser81Leu
242 New_Zealand 27636 A 1065 1065
243 New_Zealand 27637 G 1065 1065
244 New_Zealand 27638 T 1065 1065
245 New_Zealand 27639 T 1065 1065
246 New_Zealand 27640 T 1065 1065
247 New_Zealand 27641 C 1065 1065
248 New_Zealand 27642 A 1065 1065
249 New_Zealand 27643 C 1065 1065
250 New_Zealand 27644 C 1065 1065
251 New_Zealand 27645 T 1065 1065
252 New_Zealand 27646 A 1065 1065
253 New_Zealand 27647 A 1065 1065
254 New_Zealand 27648 A 1065 1065
255 New_Zealand 27649 C 1065 1065
256 New_Zealand 27650 T 1065 1064
257 New_Zealand 27651 G 1065 1065
258 New_Zealand 27652 T 1065 1065
259 New_Zealand 27653 T 1065 1065
260 New_Zealand 27654 C 1065 1065
261 New_Zealand 27655 A 1065 1065
262 New_Zealand 27656 T 1065 1065
263 New_Zealand 27657 C 1065 1065
264 New_Zealand 27658 A 1065 1065
265 New_Zealand 27659 G 1065 1065
266 New_Zealand 27660 A 1065 1065
267 New_Zealand 27661 C 1065 1065
268 New_Zealand 27662 A 1065 1065
269 New_Zealand 27663 A 1065 1065
270 New_Zealand 27664 G 1065 1065
271 New_Zealand 27665 A 1065 1065
272 New_Zealand 27666 G 1065 1065
273 New_Zealand 27667 G 1065 1065
274 New_Zealand 27668 A 1065 1065
275 New_Zealand 27669 A G 1065 1063 Glu92Glu
276 New_Zealand 27670 G 1065 1065
277 New_Zealand 27671 T 1065 1065
278 New_Zealand 27672 T 1065 1065
279 New_Zealand 27673 C 1065 1065
280 New_Zealand 27674 A 1065 1065
281 New_Zealand 27675 A C 1065 1064 Gln94His
282 New_Zealand 27676 G 1065 1065
283 New_Zealand 27677 A 1065 1065
284 New_Zealand 27678 A 1065 1065
285 New_Zealand 27679 C T 1065 1064 Leu96Phe
286 New_Zealand 27680 T 1065 1065
287 New_Zealand 27681 T 1065 1065
288 New_Zealand 27682 T 1065 1065
289 New_Zealand 27683 A 1065 1065
290 New_Zealand 27684 C T 1065 1064 Tyr97Tyr
291 New_Zealand 27685 T 1065 1065
292 New_Zealand 27686 C 1065 1064
293 New_Zealand 27687 T 1065 1065
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295 New_Zealand 27689 C 1065 1065
296 New_Zealand 27690 A 1065 1065
297 New_Zealand 27691 A 1065 1065
298 New_Zealand 27692 T 1065 1065
299 New_Zealand 27693 T 1065 1065
300 New_Zealand 27694 T 1068 1068
301 New_Zealand 27695 T 1068 1068
302 New_Zealand 27696 T 1068 1068
303 New_Zealand 27697 C 1068 1067
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309 New_Zealand 27703 G T 1068 1066 Val104Phe
310 New_Zealand 27704 T 1068 1068
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313 New_Zealand 27707 C T 1068 1067 Ala105Val
314 New_Zealand 27708 G 1068 1068
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320 New_Zealand 27714 A 1068 1068
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326 New_Zealand 27720 T 1068 1068
327 New_Zealand 27721 A 1068 1068
328 New_Zealand 27722 T 1068 1068
329 New_Zealand 27723 A 1068 1068
330 New_Zealand 27724 A 1068 1068
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343 New_Zealand 27737 C 1068 1068
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347 New_Zealand 27741 C T,G 1068 1066 Leu116Leu-p.Leu116Leu
348 New_Zealand 27742 A 1068 1068
349 New_Zealand 27743 A 1068 1068
350 New_Zealand 27744 A 1068 1068
351 New_Zealand 27745 A 1068 1068
352 New_Zealand 27746 G 1068 1067
353 New_Zealand 27747 A 1068 1068
354 New_Zealand 27748 A 1068 1068
355 New_Zealand 27749 A 1068 1068
356 New_Zealand 27750 G 1068 1068
357 New_Zealand 27751 A 1068 1068
358 New_Zealand 27752 C T 1068 1067 Thr120Ile
359 New_Zealand 27753 A 1068 1068
360 New_Zealand 27754 G C 1068 1065 Glu121Gln
361 New_Zealand 27755 A 1068 1068
362 New_Zealand 27756 A 1068 1068
363 New_Zealand 27757 T 1068 1068
364 New_Zealand 27758 G 1068 1068
365 New_Zealand 27759 A 1068 1068