National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 27394 A 13 13
1 Malta 27395 T 13 13
2 Malta 27396 G 13 13
3 Malta 27397 A 13 13
4 Malta 27398 A 13 13
5 Malta 27399 A 13 13
6 Malta 27400 A 13 13
7 Malta 27401 T 13 13
8 Malta 27402 T 13 13
9 Malta 27403 A 13 13
10 Malta 27404 T 13 13
11 Malta 27405 T 13 13
12 Malta 27406 C 13 13
13 Malta 27407 T 13 13
14 Malta 27408 T 13 13
15 Malta 27409 T 13 13
16 Malta 27410 T 13 13
17 Malta 27411 C 13 13
18 Malta 27412 T 13 13
19 Malta 27413 T 13 13
20 Malta 27414 G 13 13
21 Malta 27415 G 13 13
22 Malta 27416 C 13 13
23 Malta 27417 A 13 13
24 Malta 27418 C 13 13
25 Malta 27419 T 13 13
26 Malta 27420 G 13 13
27 Malta 27421 A 13 13
28 Malta 27422 T 13 13
29 Malta 27423 A 13 13
30 Malta 27424 A 13 13
31 Malta 27425 C 13 13
32 Malta 27426 A 13 13
33 Malta 27427 C 13 13
34 Malta 27428 T 13 13
35 Malta 27429 C 13 13
36 Malta 27430 G 13 13
37 Malta 27431 C 13 13
38 Malta 27432 T 13 13
39 Malta 27433 A 13 13
40 Malta 27434 C 13 13
41 Malta 27435 T 13 13
42 Malta 27436 T 13 13
43 Malta 27437 G 13 13
44 Malta 27438 T 13 13
45 Malta 27439 G 13 13
46 Malta 27440 A 13 13
47 Malta 27441 G 13 13
48 Malta 27442 C 13 13
49 Malta 27443 T 13 13
50 Malta 27444 T 13 13
51 Malta 27445 T 13 13
52 Malta 27446 A 13 13
53 Malta 27447 T 13 13
54 Malta 27448 C 13 13
55 Malta 27449 A 13 13
56 Malta 27450 C 13 13
57 Malta 27451 T 13 13
58 Malta 27452 A 13 13
59 Malta 27453 C 13 13
60 Malta 27454 C 13 13
61 Malta 27455 A 13 13
62 Malta 27456 A 13 13
63 Malta 27457 G 13 13
64 Malta 27458 A 13 13
65 Malta 27459 G 13 13
66 Malta 27460 T 13 13
67 Malta 27461 G 13 13
68 Malta 27462 T 13 13
69 Malta 27463 G 13 13
70 Malta 27464 T 13 13
71 Malta 27465 T 13 13
72 Malta 27466 A 13 13
73 Malta 27467 G 13 13
74 Malta 27468 A 13 13
75 Malta 27469 G 13 13
76 Malta 27470 G 13 13
77 Malta 27471 T 13 13
78 Malta 27472 A 13 13
79 Malta 27473 C 13 13
80 Malta 27474 A 13 13
81 Malta 27475 A 13 13
82 Malta 27476 C 13 13
83 Malta 27477 A 13 13
84 Malta 27478 G 13 13
85 Malta 27479 T 13 13
86 Malta 27480 A 13 13
87 Malta 27481 C 13 13
88 Malta 27482 T 13 13
89 Malta 27483 T 13 13
90 Malta 27484 T 13 13
91 Malta 27485 T 13 13
92 Malta 27486 A 13 13
93 Malta 27487 A 13 13
94 Malta 27488 A 13 13
95 Malta 27489 A 13 13
96 Malta 27490 G 13 13
97 Malta 27491 A 13 13
98 Malta 27492 A 13 13
99 Malta 27493 C 13 13
100 Malta 27494 C 13 13
101 Malta 27495 T 13 13
102 Malta 27496 T 13 13
103 Malta 27497 G 13 13
104 Malta 27498 C 13 13
105 Malta 27499 T 13 13
106 Malta 27500 C 13 13
107 Malta 27501 T 13 13
108 Malta 27502 T 13 13
109 Malta 27503 C 13 13
110 Malta 27504 T 13 13
111 Malta 27505 G 13 13
112 Malta 27506 G 13 13
113 Malta 27507 A 13 13
114 Malta 27508 A 13 13
115 Malta 27509 C 13 13
116 Malta 27510 A 13 13
117 Malta 27511 T 13 13
118 Malta 27512 A 12 12
119 Malta 27513 C 12 12
120 Malta 27514 G 12 12
121 Malta 27515 A 12 12
122 Malta 27516 G 12 12
123 Malta 27517 G 12 12
124 Malta 27518 G 12 12
125 Malta 27519 C 12 12
126 Malta 27520 A 12 12
127 Malta 27521 A 12 12
128 Malta 27522 T 12 12
129 Malta 27523 T 12 12
130 Malta 27524 C 12 12
131 Malta 27525 A 12 12
132 Malta 27526 C 12 12
133 Malta 27527 C 12 12
134 Malta 27528 A 12 12
135 Malta 27529 T 12 12
136 Malta 27530 T 12 12
137 Malta 27531 T 12 12
138 Malta 27532 C 12 12
139 Malta 27533 A 12 12
140 Malta 27534 T 9 9
141 Malta 27535 C 9 9
142 Malta 27536 C 9 9
143 Malta 27537 T 9 9
144 Malta 27538 C 9 9
145 Malta 27539 T 9 9
146 Malta 27540 A 9 9
147 Malta 27541 G 9 9
148 Malta 27542 C 9 9
149 Malta 27543 T 9 9
150 Malta 27544 G 9 9
151 Malta 27545 A 9 9
152 Malta 27546 T 9 9
153 Malta 27547 A 9 9
154 Malta 27548 A 9 9
155 Malta 27549 C 9 9
156 Malta 27550 A 9 9
157 Malta 27551 A 9 9
158 Malta 27552 A 9 9
159 Malta 27553 T 9 9
160 Malta 27554 T 9 9
161 Malta 27555 T 9 9
162 Malta 27556 G 9 9
163 Malta 27557 C 9 9
164 Malta 27558 A 9 9
165 Malta 27559 C 9 9
166 Malta 27560 T 9 9
167 Malta 27561 G 9 9
168 Malta 27562 A 9 9
169 Malta 27563 C 9 9
170 Malta 27564 T 9 9
171 Malta 27565 T 9 9
172 Malta 27566 G 9 9
173 Malta 27567 C 9 9
174 Malta 27568 T 9 9
175 Malta 27569 T 9 9
176 Malta 27570 T 9 9
177 Malta 27571 A 9 9
178 Malta 27572 G 9 9
179 Malta 27573 C 9 9
180 Malta 27574 A 9 9
181 Malta 27575 C 9 9
182 Malta 27576 T 9 9
183 Malta 27577 C 9 9
184 Malta 27578 A 9 9
185 Malta 27579 A 9 9
186 Malta 27580 T 9 9
187 Malta 27581 T 9 9
188 Malta 27582 T 9 9
189 Malta 27583 G 9 9
190 Malta 27584 C 9 9
191 Malta 27585 T 9 9
192 Malta 27586 T 9 9
193 Malta 27587 T 9 9
194 Malta 27588 T 9 9
195 Malta 27589 G 9 9
196 Malta 27590 C 9 9
197 Malta 27591 T 9 9
198 Malta 27592 T 9 9
199 Malta 27593 G 9 9
200 Malta 27594 T 9 9
201 Malta 27595 C 9 9
202 Malta 27596 C 9 9
203 Malta 27597 T 9 9
204 Malta 27598 G 9 9
205 Malta 27599 A 9 9
206 Malta 27600 C 9 9
207 Malta 27601 G 9 9
208 Malta 27602 G 9 9
209 Malta 27603 C 9 9
210 Malta 27604 G 9 9
211 Malta 27605 T 9 9
212 Malta 27606 A 9 9
213 Malta 27607 A 9 9
214 Malta 27608 A 9 9
215 Malta 27609 A 9 9
216 Malta 27610 C 9 9
217 Malta 27611 A 9 9
218 Malta 27612 C 9 9
219 Malta 27613 G 9 9
220 Malta 27614 T 9 9
221 Malta 27615 C 9 9
222 Malta 27616 T 9 9
223 Malta 27617 A 9 9
224 Malta 27618 T 9 9
225 Malta 27619 C 9 9
226 Malta 27620 A 9 9
227 Malta 27621 G 9 9
228 Malta 27622 T 9 9
229 Malta 27623 T 9 9
230 Malta 27624 A 9 9
231 Malta 27625 C 9 9
232 Malta 27626 G 9 9
233 Malta 27627 T 9 9
234 Malta 27628 G 9 9
235 Malta 27629 C 9 9
236 Malta 27630 C 9 9
237 Malta 27631 A 9 9
238 Malta 27632 G 9 9
239 Malta 27633 A 9 9
240 Malta 27634 T 9 9
241 Malta 27635 C 9 9
242 Malta 27636 A 9 9
243 Malta 27637 G 9 9
244 Malta 27638 T 9 9
245 Malta 27639 T 9 9
246 Malta 27640 T 9 9
247 Malta 27641 C 9 9
248 Malta 27642 A 9 9
249 Malta 27643 C 9 9
250 Malta 27644 C 9 9
251 Malta 27645 T 9 9
252 Malta 27646 A 9 9
253 Malta 27647 A 9 9
254 Malta 27648 A 9 9
255 Malta 27649 C 9 9
256 Malta 27650 T 9 9
257 Malta 27651 G 9 9
258 Malta 27652 T 9 9
259 Malta 27653 T 9 9
260 Malta 27654 C 9 9
261 Malta 27655 A 9 9
262 Malta 27656 T 9 9
263 Malta 27657 C 9 9
264 Malta 27658 A 9 9
265 Malta 27659 G 9 9
266 Malta 27660 A 9 9
267 Malta 27661 C 9 9
268 Malta 27662 A 9 9
269 Malta 27663 A 9 9
270 Malta 27664 G 9 9
271 Malta 27665 A 9 9
272 Malta 27666 G 9 9
273 Malta 27667 G 9 9
274 Malta 27668 A 9 9
275 Malta 27669 A 9 9
276 Malta 27670 G 9 9
277 Malta 27671 T 9 9
278 Malta 27672 T 9 9
279 Malta 27673 C 9 9
280 Malta 27674 A 9 9
281 Malta 27675 A 9 9
282 Malta 27676 G 9 9
283 Malta 27677 A 9 9
284 Malta 27678 A 9 9
285 Malta 27679 C 9 9
286 Malta 27680 T 9 9
287 Malta 27681 T 9 9
288 Malta 27682 T 9 9
289 Malta 27683 A 9 9
290 Malta 27684 C 9 9
291 Malta 27685 T 9 9
292 Malta 27686 C 9 9
293 Malta 27687 T 9 9
294 Malta 27688 C 9 9
295 Malta 27689 C 9 9
296 Malta 27690 A 9 9
297 Malta 27691 A 9 9
298 Malta 27692 T 9 9
299 Malta 27693 T 9 9
300 Malta 27694 T 9 9
301 Malta 27695 T 9 9
302 Malta 27696 T 9 9
303 Malta 27697 C 9 9
304 Malta 27698 T 9 9
305 Malta 27699 T 9 9
306 Malta 27700 A 9 9
307 Malta 27701 T 9 9
308 Malta 27702 T 9 9
309 Malta 27703 G 9 9
310 Malta 27704 T 9 9
311 Malta 27705 T 9 9
312 Malta 27706 G 9 9
313 Malta 27707 C 9 9
314 Malta 27708 G 9 9
315 Malta 27709 G 9 9
316 Malta 27710 C 9 9
317 Malta 27711 A 9 9
318 Malta 27712 A 9 9
319 Malta 27713 T 9 9
320 Malta 27714 A 9 9
321 Malta 27715 G 9 9
322 Malta 27716 T 9 9
323 Malta 27717 G 9 9
324 Malta 27718 T 9 9
325 Malta 27719 T 9 9
326 Malta 27720 T 9 9
327 Malta 27721 A 9 9
328 Malta 27722 T 9 9
329 Malta 27723 A 9 9
330 Malta 27724 A 9 9
331 Malta 27725 C 9 9
332 Malta 27726 A 9 9
333 Malta 27727 C 9 9
334 Malta 27728 T 9 9
335 Malta 27729 T 9 9
336 Malta 27730 T 9 9
337 Malta 27731 G 9 9
338 Malta 27732 C 9 9
339 Malta 27733 T 9 9
340 Malta 27734 T 9 9
341 Malta 27735 C 9 9
342 Malta 27736 A 9 9
343 Malta 27737 C 9 9
344 Malta 27738 A 9 9
345 Malta 27739 C 9 9
346 Malta 27740 T 9 9
347 Malta 27741 C 9 9
348 Malta 27742 A 9 9
349 Malta 27743 A 9 9
350 Malta 27744 A 9 9
351 Malta 27745 A 9 9
352 Malta 27746 G 9 9
353 Malta 27747 A 9 9
354 Malta 27748 A 9 9
355 Malta 27749 A 9 9
356 Malta 27750 G 9 9
357 Malta 27751 A 9 9
358 Malta 27752 C 9 9
359 Malta 27753 A 9 9
360 Malta 27754 G 9 9
361 Malta 27755 A 9 9
362 Malta 27756 A 9 9
363 Malta 27757 T 9 9
364 Malta 27758 G 9 9
365 Malta 27759 A 9 9