National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Mali 27394 A 24 24
1 Mali 27395 T 24 24
2 Mali 27396 G 24 24
3 Mali 27397 A 24 24
4 Mali 27398 A 24 24
5 Mali 27399 A 24 24
6 Mali 27400 A 24 24
7 Mali 27401 T 24 24
8 Mali 27402 T 24 24
9 Mali 27403 A 24 24
10 Mali 27404 T 24 24
11 Mali 27405 T 24 24
12 Mali 27406 C 24 24
13 Mali 27407 T 24 24
14 Mali 27408 T 24 24
15 Mali 27409 T 24 24
16 Mali 27410 T 24 24
17 Mali 27411 C 24 24
18 Mali 27412 T 24 24
19 Mali 27413 T 24 24
20 Mali 27414 G 24 24
21 Mali 27415 G 24 24
22 Mali 27416 C 24 24
23 Mali 27417 A 24 24
24 Mali 27418 C 24 24
25 Mali 27419 T 24 24
26 Mali 27420 G 24 24
27 Mali 27421 A 24 24
28 Mali 27422 T 24 24
29 Mali 27423 A 24 24
30 Mali 27424 A 24 24
31 Mali 27425 C 24 24
32 Mali 27426 A 24 24
33 Mali 27427 C 24 24
34 Mali 27428 T 24 24
35 Mali 27429 C 24 24
36 Mali 27430 G 24 24
37 Mali 27431 C 24 24
38 Mali 27432 T 24 24
39 Mali 27433 A 24 24
40 Mali 27434 C 24 24
41 Mali 27435 T 24 24
42 Mali 27436 T 24 24
43 Mali 27437 G 24 24
44 Mali 27438 T 24 24
45 Mali 27439 G 24 24
46 Mali 27440 A 24 24
47 Mali 27441 G 24 24
48 Mali 27442 C 24 24
49 Mali 27443 T 24 24
50 Mali 27444 T 24 24
51 Mali 27445 T 24 24
52 Mali 27446 A 24 24
53 Mali 27447 T 24 24
54 Mali 27448 C 24 24
55 Mali 27449 A 24 24
56 Mali 27450 C 24 24
57 Mali 27451 T 24 24
58 Mali 27452 A 24 24
59 Mali 27453 C 24 24
60 Mali 27454 C 24 24
61 Mali 27455 A 24 24
62 Mali 27456 A 24 24
63 Mali 27457 G 24 24
64 Mali 27458 A 24 24
65 Mali 27459 G 24 24
66 Mali 27460 T 24 24
67 Mali 27461 G 24 24
68 Mali 27462 T 24 24
69 Mali 27463 G 24 24
70 Mali 27464 T 24 24
71 Mali 27465 T 24 24
72 Mali 27466 A 24 24
73 Mali 27467 G 24 24
74 Mali 27468 A 24 24
75 Mali 27469 G 24 24
76 Mali 27470 G 24 24
77 Mali 27471 T 24 24
78 Mali 27472 A 24 24
79 Mali 27473 C 24 24
80 Mali 27474 A 24 24
81 Mali 27475 A 24 24
82 Mali 27476 C 24 24
83 Mali 27477 A 24 24
84 Mali 27478 G 24 24
85 Mali 27479 T 24 24
86 Mali 27480 A 24 24
87 Mali 27481 C 24 24
88 Mali 27482 T 24 24
89 Mali 27483 T 24 24
90 Mali 27484 T 24 24
91 Mali 27485 T 24 24
92 Mali 27486 A 24 24
93 Mali 27487 A 24 24
94 Mali 27488 A 24 24
95 Mali 27489 A 24 24
96 Mali 27490 G 24 24
97 Mali 27491 A 24 24
98 Mali 27492 A 24 24
99 Mali 27493 C 24 24
100 Mali 27494 C 24 24
101 Mali 27495 T 24 24
102 Mali 27496 T 24 24
103 Mali 27497 G 24 24
104 Mali 27498 C 24 24
105 Mali 27499 T 24 24
106 Mali 27500 C 24 24
107 Mali 27501 T 24 24
108 Mali 27502 T 24 24
109 Mali 27503 C 24 24
110 Mali 27504 T 24 24
111 Mali 27505 G 24 24
112 Mali 27506 G 24 24
113 Mali 27507 A 24 24
114 Mali 27508 A 24 24
115 Mali 27509 C 24 24
116 Mali 27510 A 24 24
117 Mali 27511 T 24 24
118 Mali 27512 A 24 24
119 Mali 27513 C 24 24
120 Mali 27514 G 24 24
121 Mali 27515 A 24 24
122 Mali 27516 G 24 24
123 Mali 27517 G 24 24
124 Mali 27518 G 24 24
125 Mali 27519 C 24 24
126 Mali 27520 A 24 24
127 Mali 27521 A 24 24
128 Mali 27522 T 24 24
129 Mali 27523 T 24 24
130 Mali 27524 C 24 24
131 Mali 27525 A 24 24
132 Mali 27526 C 24 24
133 Mali 27527 C 24 24
134 Mali 27528 A 24 24
135 Mali 27529 T 24 24
136 Mali 27530 T 24 24
137 Mali 27531 T 24 24
138 Mali 27532 C 24 24
139 Mali 27533 A 24 24
140 Mali 27534 T 24 24
141 Mali 27535 C 24 24
142 Mali 27536 C 24 24
143 Mali 27537 T 24 24
144 Mali 27538 C 24 24
145 Mali 27539 T 24 24
146 Mali 27540 A 24 24
147 Mali 27541 G 24 24
148 Mali 27542 C 24 24
149 Mali 27543 T 24 24
150 Mali 27544 G 24 24
151 Mali 27545 A 24 24
152 Mali 27546 T 24 24
153 Mali 27547 A 24 24
154 Mali 27548 A 24 24
155 Mali 27549 C 24 24
156 Mali 27550 A 24 24
157 Mali 27551 A 24 24
158 Mali 27552 A 24 24
159 Mali 27553 T 24 24
160 Mali 27554 T 24 24
161 Mali 27555 T 24 24
162 Mali 27556 G 24 24
163 Mali 27557 C 24 24
164 Mali 27558 A 24 24
165 Mali 27559 C 24 24
166 Mali 27560 T 24 24
167 Mali 27561 G 24 24
168 Mali 27562 A 24 24
169 Mali 27563 C 24 24
170 Mali 27564 T 24 24
171 Mali 27565 T 24 24
172 Mali 27566 G 24 24
173 Mali 27567 C 24 24
174 Mali 27568 T 24 24
175 Mali 27569 T 24 24
176 Mali 27570 T 24 24
177 Mali 27571 A 24 24
178 Mali 27572 G 24 24
179 Mali 27573 C 24 24
180 Mali 27574 A 24 24
181 Mali 27575 C 24 24
182 Mali 27576 T 24 24
183 Mali 27577 C 24 24
184 Mali 27578 A 24 24
185 Mali 27579 A 24 24
186 Mali 27580 T 24 24
187 Mali 27581 T 24 24
188 Mali 27582 T 24 24
189 Mali 27583 G 24 24
190 Mali 27584 C 24 24
191 Mali 27585 T 24 24
192 Mali 27586 T 24 24
193 Mali 27587 T 24 24
194 Mali 27588 T 24 24
195 Mali 27589 G 24 24
196 Mali 27590 C 24 24
197 Mali 27591 T 24 24
198 Mali 27592 T 24 24
199 Mali 27593 G 24 24
200 Mali 27594 T 24 24
201 Mali 27595 C 24 24
202 Mali 27596 C 24 24
203 Mali 27597 T 24 24
204 Mali 27598 G 24 24
205 Mali 27599 A 24 24
206 Mali 27600 C 24 24
207 Mali 27601 G 24 24
208 Mali 27602 G 24 24
209 Mali 27603 C 24 24
210 Mali 27604 G 24 24
211 Mali 27605 T 24 24
212 Mali 27606 A 24 24
213 Mali 27607 A 24 24
214 Mali 27608 A 24 24
215 Mali 27609 A 24 24
216 Mali 27610 C 24 24
217 Mali 27611 A 24 24
218 Mali 27612 C 24 24
219 Mali 27613 G 24 24
220 Mali 27614 T 24 24
221 Mali 27615 C 24 24
222 Mali 27616 T 24 24
223 Mali 27617 A 24 24
224 Mali 27618 T 24 24
225 Mali 27619 C 24 24
226 Mali 27620 A 24 24
227 Mali 27621 G 24 24
228 Mali 27622 T 24 24
229 Mali 27623 T 24 24
230 Mali 27624 A 24 24
231 Mali 27625 C 24 24
232 Mali 27626 G 24 24
233 Mali 27627 T 24 24
234 Mali 27628 G 24 24
235 Mali 27629 C 24 24
236 Mali 27630 C 24 24
237 Mali 27631 A 24 24
238 Mali 27632 G 24 24
239 Mali 27633 A 24 24
240 Mali 27634 T 24 24
241 Mali 27635 C 24 24
242 Mali 27636 A 24 24
243 Mali 27637 G 24 24
244 Mali 27638 T 24 24
245 Mali 27639 T 24 24
246 Mali 27640 T 24 24
247 Mali 27641 C 24 24
248 Mali 27642 A 24 24
249 Mali 27643 C 24 24
250 Mali 27644 C 24 24
251 Mali 27645 T 24 24
252 Mali 27646 A 24 24
253 Mali 27647 A 24 24
254 Mali 27648 A 24 24
255 Mali 27649 C 24 24
256 Mali 27650 T 24 24
257 Mali 27651 G 24 24
258 Mali 27652 T 24 24
259 Mali 27653 T 24 24
260 Mali 27654 C 24 24
261 Mali 27655 A 24 24
262 Mali 27656 T 24 24
263 Mali 27657 C 24 24
264 Mali 27658 A 24 24
265 Mali 27659 G 24 24
266 Mali 27660 A 24 24
267 Mali 27661 C 24 24
268 Mali 27662 A 24 24
269 Mali 27663 A 24 24
270 Mali 27664 G 24 24
271 Mali 27665 A 24 24
272 Mali 27666 G 24 24
273 Mali 27667 G 24 24
274 Mali 27668 A 24 24
275 Mali 27669 A 24 24
276 Mali 27670 G 24 24
277 Mali 27671 T 24 24
278 Mali 27672 T 24 24
279 Mali 27673 C 24 24
280 Mali 27674 A 24 24
281 Mali 27675 A 24 24
282 Mali 27676 G 24 24
283 Mali 27677 A 24 24
284 Mali 27678 A 24 24
285 Mali 27679 C 24 24
286 Mali 27680 T 24 24
287 Mali 27681 T 24 24
288 Mali 27682 T 24 24
289 Mali 27683 A 24 24
290 Mali 27684 C 24 24
291 Mali 27685 T 24 24
292 Mali 27686 C 24 24
293 Mali 27687 T 24 24
294 Mali 27688 C 24 24
295 Mali 27689 C 24 24
296 Mali 27690 A 24 24
297 Mali 27691 A 24 24
298 Mali 27692 T 24 24
299 Mali 27693 T 24 24
300 Mali 27694 T 24 24
301 Mali 27695 T 24 24
302 Mali 27696 T 24 24
303 Mali 27697 C 24 24
304 Mali 27698 T 24 24
305 Mali 27699 T 24 24
306 Mali 27700 A 24 24
307 Mali 27701 T 24 24
308 Mali 27702 T 24 24
309 Mali 27703 G 24 24
310 Mali 27704 T 24 24
311 Mali 27705 T 24 24
312 Mali 27706 G 24 24
313 Mali 27707 C 24 24
314 Mali 27708 G 24 24
315 Mali 27709 G 24 24
316 Mali 27710 C 24 24
317 Mali 27711 A 24 24
318 Mali 27712 A 24 24
319 Mali 27713 T 24 24
320 Mali 27714 A 24 24
321 Mali 27715 G 24 24
322 Mali 27716 T 24 24
323 Mali 27717 G 24 24
324 Mali 27718 T 24 24
325 Mali 27719 T 24 24
326 Mali 27720 T 24 24
327 Mali 27721 A 24 24
328 Mali 27722 T 24 24
329 Mali 27723 A 24 24
330 Mali 27724 A 24 24
331 Mali 27725 C 24 24
332 Mali 27726 A 24 24
333 Mali 27727 C 24 24
334 Mali 27728 T 24 24
335 Mali 27729 T 24 24
336 Mali 27730 T 24 24
337 Mali 27731 G 24 24
338 Mali 27732 C 24 24
339 Mali 27733 T 24 24
340 Mali 27734 T 24 24
341 Mali 27735 C 24 24
342 Mali 27736 A 24 24
343 Mali 27737 C 24 24
344 Mali 27738 A 24 24
345 Mali 27739 C 24 24
346 Mali 27740 T 24 24
347 Mali 27741 C 24 24
348 Mali 27742 A 24 24
349 Mali 27743 A 24 24
350 Mali 27744 A 24 24
351 Mali 27745 A 24 24
352 Mali 27746 G 24 24
353 Mali 27747 A 24 24
354 Mali 27748 A 24 24
355 Mali 27749 A 24 24
356 Mali 27750 G 24 24
357 Mali 27751 A 24 24
358 Mali 27752 C 24 24
359 Mali 27753 A 24 24
360 Mali 27754 G 24 24
361 Mali 27755 A 24 24
362 Mali 27756 A 24 24
363 Mali 27757 T 24 24
364 Mali 27758 G 24 24
365 Mali 27759 A 24 24