National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27 1                                 1  
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                     1
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15   1                                  
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                     1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malaysia 27394 A 318 318
1 Malaysia 27395 T 318 318
2 Malaysia 27396 G 318 318
3 Malaysia 27397 A 318 318
4 Malaysia 27398 A 318 318
5 Malaysia 27399 A 318 318
6 Malaysia 27400 A 318 318
7 Malaysia 27401 T 318 318
8 Malaysia 27402 T 318 318
9 Malaysia 27403 A 318 318
10 Malaysia 27404 T 318 318
11 Malaysia 27405 T 318 318
12 Malaysia 27406 C 318 318
13 Malaysia 27407 T 318 318
14 Malaysia 27408 T 318 318
15 Malaysia 27409 T 318 318
16 Malaysia 27410 T 318 318
17 Malaysia 27411 C 318 318
18 Malaysia 27412 T 318 318
19 Malaysia 27413 T 318 318
20 Malaysia 27414 G 318 318
21 Malaysia 27415 G 318 318
22 Malaysia 27416 C 318 318
23 Malaysia 27417 A 318 318
24 Malaysia 27418 C 318 318
25 Malaysia 27419 T 318 318
26 Malaysia 27420 G 318 318
27 Malaysia 27421 A 318 318
28 Malaysia 27422 T 318 318
29 Malaysia 27423 A 318 318
30 Malaysia 27424 A 318 318
31 Malaysia 27425 C 318 318
32 Malaysia 27426 A 318 318
33 Malaysia 27427 C 318 318
34 Malaysia 27428 T 318 318
35 Malaysia 27429 C 318 318
36 Malaysia 27430 G 318 318
37 Malaysia 27431 C 318 318
38 Malaysia 27432 T 318 318
39 Malaysia 27433 A 318 318
40 Malaysia 27434 C 318 318
41 Malaysia 27435 T 318 318
42 Malaysia 27436 T 318 318
43 Malaysia 27437 G 318 318
44 Malaysia 27438 T 318 318
45 Malaysia 27439 G 318 318
46 Malaysia 27440 A 318 318
47 Malaysia 27441 G 318 318
48 Malaysia 27442 C 318 318
49 Malaysia 27443 T 318 318
50 Malaysia 27444 T 318 318
51 Malaysia 27445 T 318 318
52 Malaysia 27446 A 318 318
53 Malaysia 27447 T 318 318
54 Malaysia 27448 C 318 318
55 Malaysia 27449 A 318 318
56 Malaysia 27450 C 318 318
57 Malaysia 27451 T 318 318
58 Malaysia 27452 A 318 318
59 Malaysia 27453 C 318 318
60 Malaysia 27454 C 318 318
61 Malaysia 27455 A 318 318
62 Malaysia 27456 A 318 318
63 Malaysia 27457 G 318 318
64 Malaysia 27458 A 318 318
65 Malaysia 27459 G 318 318
66 Malaysia 27460 T 318 318
67 Malaysia 27461 G 318 318
68 Malaysia 27462 T 318 318
69 Malaysia 27463 G 318 318
70 Malaysia 27464 T 318 318
71 Malaysia 27465 T 318 318
72 Malaysia 27466 A 318 318
73 Malaysia 27467 G 318 318
74 Malaysia 27468 A 318 318
75 Malaysia 27469 G 318 318
76 Malaysia 27470 G 318 318
77 Malaysia 27471 T 318 318
78 Malaysia 27472 A 318 318
79 Malaysia 27473 C 318 318
80 Malaysia 27474 A 318 318
81 Malaysia 27475 A 318 318
82 Malaysia 27476 C 318 318
83 Malaysia 27477 A 318 318
84 Malaysia 27478 G 318 318
85 Malaysia 27479 T 318 318
86 Malaysia 27480 A 318 318
87 Malaysia 27481 C 318 318
88 Malaysia 27482 T 318 318
89 Malaysia 27483 T 318 318
90 Malaysia 27484 T 318 318
91 Malaysia 27485 T 318 318
92 Malaysia 27486 A 318 318
93 Malaysia 27487 A 318 318
94 Malaysia 27488 A 318 318
95 Malaysia 27489 A 318 318
96 Malaysia 27490 G 318 318
97 Malaysia 27491 A 318 318
98 Malaysia 27492 A 318 318
99 Malaysia 27493 C 318 318
100 Malaysia 27494 C 318 318
101 Malaysia 27495 T 318 318
102 Malaysia 27496 T 318 318
103 Malaysia 27497 G 318 318
104 Malaysia 27498 C 318 318
105 Malaysia 27499 T 318 318
106 Malaysia 27500 C 318 318
107 Malaysia 27501 T 318 318
108 Malaysia 27502 T 318 318
109 Malaysia 27503 C 318 318
110 Malaysia 27504 T 318 318
111 Malaysia 27505 G 318 318
112 Malaysia 27506 G 318 318
113 Malaysia 27507 A 318 318
114 Malaysia 27508 A 318 318
115 Malaysia 27509 C 318 318
116 Malaysia 27510 A 318 318
117 Malaysia 27511 T 318 318
118 Malaysia 27512 A 318 318
119 Malaysia 27513 C 318 318
120 Malaysia 27514 G 318 318
121 Malaysia 27515 A 318 318
122 Malaysia 27516 G 318 318
123 Malaysia 27517 G 318 318
124 Malaysia 27518 G 318 318
125 Malaysia 27519 C 318 318
126 Malaysia 27520 A 318 318
127 Malaysia 27521 A 318 318
128 Malaysia 27522 T 318 318
129 Malaysia 27523 T 318 318
130 Malaysia 27524 C 318 318
131 Malaysia 27525 A 318 318
132 Malaysia 27526 C 318 318
133 Malaysia 27527 C 318 318
134 Malaysia 27528 A 318 318
135 Malaysia 27529 T 318 318
136 Malaysia 27530 T 318 318
137 Malaysia 27531 T 318 318
138 Malaysia 27532 C T 318 317 His47Tyr
139 Malaysia 27533 A 318 318
140 Malaysia 27534 T 318 318
141 Malaysia 27535 C 318 318
142 Malaysia 27536 C 318 317
143 Malaysia 27537 T 318 318
144 Malaysia 27538 C 318 318
145 Malaysia 27539 T 318 318
146 Malaysia 27540 A 318 318
147 Malaysia 27541 G 318 318
148 Malaysia 27542 C 318 318
149 Malaysia 27543 T 318 318
150 Malaysia 27544 G 318 318
151 Malaysia 27545 A 318 318
152 Malaysia 27546 T 318 318
153 Malaysia 27547 A 318 318
154 Malaysia 27548 A 318 318
155 Malaysia 27549 C 318 318
156 Malaysia 27550 A 318 318
157 Malaysia 27551 A 318 318
158 Malaysia 27552 A 318 318
159 Malaysia 27553 T 318 318
160 Malaysia 27554 T 318 318
161 Malaysia 27555 T 318 318
162 Malaysia 27556 G 318 318
163 Malaysia 27557 C T 318 317 Ala55Val
164 Malaysia 27558 A 318 318
165 Malaysia 27559 C 318 318
166 Malaysia 27560 T 318 318
167 Malaysia 27561 G 318 318
168 Malaysia 27562 A 318 318
169 Malaysia 27563 C 318 318
170 Malaysia 27564 T 318 318
171 Malaysia 27565 T 318 318
172 Malaysia 27566 G 318 318
173 Malaysia 27567 C 318 318
174 Malaysia 27568 T 318 318
175 Malaysia 27569 T 318 318
176 Malaysia 27570 T 318 318
177 Malaysia 27571 A 318 318
178 Malaysia 27572 G 318 318
179 Malaysia 27573 C 318 318
180 Malaysia 27574 A 315 315
181 Malaysia 27575 C 315 315
182 Malaysia 27576 T 315 315
183 Malaysia 27577 C 315 315
184 Malaysia 27578 A 315 315
185 Malaysia 27579 A 315 315
186 Malaysia 27580 T 315 315
187 Malaysia 27581 T 315 315
188 Malaysia 27582 T 315 315
189 Malaysia 27583 G 315 315
190 Malaysia 27584 C 315 315
191 Malaysia 27585 T 315 315
192 Malaysia 27586 T 315 315
193 Malaysia 27587 T 315 315
194 Malaysia 27588 T 315 315
195 Malaysia 27589 G 315 315
196 Malaysia 27590 C 315 315
197 Malaysia 27591 T 315 315
198 Malaysia 27592 T 315 315
199 Malaysia 27593 G 315 315
200 Malaysia 27594 T 315 315
201 Malaysia 27595 C 315 315
202 Malaysia 27596 C 315 315
203 Malaysia 27597 T 315 315
204 Malaysia 27598 G 315 315
205 Malaysia 27599 A 315 315
206 Malaysia 27600 C 315 315
207 Malaysia 27601 G 315 315
208 Malaysia 27602 G 315 315
209 Malaysia 27603 C 315 315
210 Malaysia 27604 G 315 315
211 Malaysia 27605 T 315 315
212 Malaysia 27606 A 315 315
213 Malaysia 27607 A 315 315
214 Malaysia 27608 A 315 315
215 Malaysia 27609 A 315 315
216 Malaysia 27610 C 315 315
217 Malaysia 27611 A 315 315
218 Malaysia 27612 C 315 315
219 Malaysia 27613 G 315 315
220 Malaysia 27614 T 315 315
221 Malaysia 27615 C 315 315
222 Malaysia 27616 T 315 315
223 Malaysia 27617 A 315 315
224 Malaysia 27618 T C 315 314 Tyr75Tyr
225 Malaysia 27619 C 315 315
226 Malaysia 27620 A 315 315
227 Malaysia 27621 G 315 315
228 Malaysia 27622 T 315 315
229 Malaysia 27623 T 315 315
230 Malaysia 27624 A 315 315
231 Malaysia 27625 C T 315 313 Arg78Cys
232 Malaysia 27626 G 315 315
233 Malaysia 27627 T 315 315
234 Malaysia 27628 G 315 315
235 Malaysia 27629 C 315 315
236 Malaysia 27630 C T 315 314 Ala79Ala
237 Malaysia 27631 A 315 315
238 Malaysia 27632 G 315 315
239 Malaysia 27633 A 315 315
240 Malaysia 27634 T 318 318
241 Malaysia 27635 C 318 318
242 Malaysia 27636 A 318 318
243 Malaysia 27637 G 318 318
244 Malaysia 27638 T 318 318
245 Malaysia 27639 T 318 318
246 Malaysia 27640 T 318 318
247 Malaysia 27641 C 318 318
248 Malaysia 27642 A 318 318
249 Malaysia 27643 C 318 318
250 Malaysia 27644 C 318 318
251 Malaysia 27645 T 318 318
252 Malaysia 27646 A 318 318
253 Malaysia 27647 A 318 318
254 Malaysia 27648 A 318 318
255 Malaysia 27649 C 318 318
256 Malaysia 27650 T 318 318
257 Malaysia 27651 G 318 318
258 Malaysia 27652 T 318 318
259 Malaysia 27653 T 318 318
260 Malaysia 27654 C 318 318
261 Malaysia 27655 A 318 318
262 Malaysia 27656 T 318 318
263 Malaysia 27657 C 318 318
264 Malaysia 27658 A 318 318
265 Malaysia 27659 G 318 318
266 Malaysia 27660 A 318 318
267 Malaysia 27661 C 318 318
268 Malaysia 27662 A 318 318
269 Malaysia 27663 A 318 318
270 Malaysia 27664 G 318 318
271 Malaysia 27665 A 318 318
272 Malaysia 27666 G 318 318
273 Malaysia 27667 G 318 318
274 Malaysia 27668 A 318 318
275 Malaysia 27669 A 318 318
276 Malaysia 27670 G 318 318
277 Malaysia 27671 T 318 318
278 Malaysia 27672 T 318 318
279 Malaysia 27673 C 318 318
280 Malaysia 27674 A 318 318
281 Malaysia 27675 A 318 318
282 Malaysia 27676 G 318 318
283 Malaysia 27677 A 318 318
284 Malaysia 27678 A 318 318
285 Malaysia 27679 C 318 318
286 Malaysia 27680 T 318 318
287 Malaysia 27681 T 318 318
288 Malaysia 27682 T 318 318
289 Malaysia 27683 A 318 318
290 Malaysia 27684 C 318 318
291 Malaysia 27685 T 318 318
292 Malaysia 27686 C 318 318
293 Malaysia 27687 T 318 318
294 Malaysia 27688 C 318 318
295 Malaysia 27689 C 318 318
296 Malaysia 27690 A 318 318
297 Malaysia 27691 A 318 318
298 Malaysia 27692 T 318 318
299 Malaysia 27693 T 318 318
300 Malaysia 27694 T 318 318
301 Malaysia 27695 T 318 318
302 Malaysia 27696 T 318 318
303 Malaysia 27697 C 318 318
304 Malaysia 27698 T 318 318
305 Malaysia 27699 T 318 318
306 Malaysia 27700 A 318 318
307 Malaysia 27701 T 318 318
308 Malaysia 27702 T 318 318
309 Malaysia 27703 G 318 318
310 Malaysia 27704 T 318 318
311 Malaysia 27705 T 318 318
312 Malaysia 27706 G 318 318
313 Malaysia 27707 C 318 318
314 Malaysia 27708 G 318 318
315 Malaysia 27709 G 318 318
316 Malaysia 27710 C 318 318
317 Malaysia 27711 A 318 318
318 Malaysia 27712 A 318 318
319 Malaysia 27713 T 318 318
320 Malaysia 27714 A 318 318
321 Malaysia 27715 G 318 318
322 Malaysia 27716 T 318 318
323 Malaysia 27717 G 318 318
324 Malaysia 27718 T 318 318
325 Malaysia 27719 T 318 318
326 Malaysia 27720 T 318 318
327 Malaysia 27721 A 318 318
328 Malaysia 27722 T 318 318
329 Malaysia 27723 A 318 318
330 Malaysia 27724 A 318 318
331 Malaysia 27725 C 318 318
332 Malaysia 27726 A 318 318
333 Malaysia 27727 C 318 318
334 Malaysia 27728 T 318 318
335 Malaysia 27729 T 318 318
336 Malaysia 27730 T 318 318
337 Malaysia 27731 G 318 318
338 Malaysia 27732 C 318 318
339 Malaysia 27733 T 318 318
340 Malaysia 27734 T 318 318
341 Malaysia 27735 C 318 318
342 Malaysia 27736 A 318 318
343 Malaysia 27737 C 318 318
344 Malaysia 27738 A 318 318
345 Malaysia 27739 C 318 318
346 Malaysia 27740 T 318 318
347 Malaysia 27741 C 318 318
348 Malaysia 27742 A 318 318
349 Malaysia 27743 A 318 318
350 Malaysia 27744 A 318 318
351 Malaysia 27745 A 318 318
352 Malaysia 27746 G 318 318
353 Malaysia 27747 A 318 318
354 Malaysia 27748 A 318 318
355 Malaysia 27749 A 318 318
356 Malaysia 27750 G 318 318
357 Malaysia 27751 A 318 318
358 Malaysia 27752 C 318 318
359 Malaysia 27753 A 318 318
360 Malaysia 27754 G 318 318
361 Malaysia 27755 A 318 318
362 Malaysia 27756 A 318 318
363 Malaysia 27757 T 318 318
364 Malaysia 27758 G 318 318
365 Malaysia 27759 A 318 318