National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Madagascar 27394 A 6 6
1 Madagascar 27395 T 6 6
2 Madagascar 27396 G 6 6
3 Madagascar 27397 A 6 6
4 Madagascar 27398 A 6 6
5 Madagascar 27399 A 6 6
6 Madagascar 27400 A 6 6
7 Madagascar 27401 T 6 6
8 Madagascar 27402 T 6 6
9 Madagascar 27403 A 6 6
10 Madagascar 27404 T 6 6
11 Madagascar 27405 T 6 6
12 Madagascar 27406 C 6 6
13 Madagascar 27407 T 6 6
14 Madagascar 27408 T 6 6
15 Madagascar 27409 T 6 6
16 Madagascar 27410 T 6 6
17 Madagascar 27411 C 6 6
18 Madagascar 27412 T 6 6
19 Madagascar 27413 T 6 6
20 Madagascar 27414 G 6 6
21 Madagascar 27415 G 6 6
22 Madagascar 27416 C 6 6
23 Madagascar 27417 A 6 6
24 Madagascar 27418 C 6 6
25 Madagascar 27419 T 6 6
26 Madagascar 27420 G 6 6
27 Madagascar 27421 A 6 6
28 Madagascar 27422 T 6 6
29 Madagascar 27423 A 6 6
30 Madagascar 27424 A 6 6
31 Madagascar 27425 C 6 6
32 Madagascar 27426 A 6 6
33 Madagascar 27427 C 6 6
34 Madagascar 27428 T 6 6
35 Madagascar 27429 C 6 6
36 Madagascar 27430 G 6 6
37 Madagascar 27431 C 6 6
38 Madagascar 27432 T 6 6
39 Madagascar 27433 A 6 6
40 Madagascar 27434 C 6 6
41 Madagascar 27435 T 6 6
42 Madagascar 27436 T 6 6
43 Madagascar 27437 G 6 6
44 Madagascar 27438 T 6 6
45 Madagascar 27439 G 6 6
46 Madagascar 27440 A 6 6
47 Madagascar 27441 G 6 6
48 Madagascar 27442 C 6 6
49 Madagascar 27443 T 6 6
50 Madagascar 27444 T 6 6
51 Madagascar 27445 T 6 6
52 Madagascar 27446 A 6 6
53 Madagascar 27447 T 6 6
54 Madagascar 27448 C 6 6
55 Madagascar 27449 A 6 6
56 Madagascar 27450 C 6 6
57 Madagascar 27451 T 6 6
58 Madagascar 27452 A 6 6
59 Madagascar 27453 C 6 6
60 Madagascar 27454 C 6 6
61 Madagascar 27455 A 6 6
62 Madagascar 27456 A 6 6
63 Madagascar 27457 G 6 6
64 Madagascar 27458 A 6 6
65 Madagascar 27459 G 6 6
66 Madagascar 27460 T 6 6
67 Madagascar 27461 G 6 6
68 Madagascar 27462 T 6 6
69 Madagascar 27463 G 6 6
70 Madagascar 27464 T 6 6
71 Madagascar 27465 T 6 6
72 Madagascar 27466 A 6 6
73 Madagascar 27467 G 6 6
74 Madagascar 27468 A 6 6
75 Madagascar 27469 G 6 6
76 Madagascar 27470 G 6 6
77 Madagascar 27471 T 6 6
78 Madagascar 27472 A 6 6
79 Madagascar 27473 C 6 6
80 Madagascar 27474 A 6 6
81 Madagascar 27475 A 6 6
82 Madagascar 27476 C 6 6
83 Madagascar 27477 A 6 6
84 Madagascar 27478 G 6 6
85 Madagascar 27479 T 6 6
86 Madagascar 27480 A 6 6
87 Madagascar 27481 C 6 6
88 Madagascar 27482 T 6 6
89 Madagascar 27483 T 6 6
90 Madagascar 27484 T 6 6
91 Madagascar 27485 T 6 6
92 Madagascar 27486 A 6 6
93 Madagascar 27487 A 6 6
94 Madagascar 27488 A 6 6
95 Madagascar 27489 A 6 6
96 Madagascar 27490 G 6 6
97 Madagascar 27491 A 6 6
98 Madagascar 27492 A 6 6
99 Madagascar 27493 C 6 6
100 Madagascar 27494 C 6 6
101 Madagascar 27495 T 6 6
102 Madagascar 27496 T 6 6
103 Madagascar 27497 G 6 6
104 Madagascar 27498 C 6 6
105 Madagascar 27499 T 6 6
106 Madagascar 27500 C 6 6
107 Madagascar 27501 T 6 6
108 Madagascar 27502 T 6 6
109 Madagascar 27503 C 6 6
110 Madagascar 27504 T 6 6
111 Madagascar 27505 G 6 6
112 Madagascar 27506 G 6 6
113 Madagascar 27507 A 6 6
114 Madagascar 27508 A 6 6
115 Madagascar 27509 C 6 6
116 Madagascar 27510 A 6 6
117 Madagascar 27511 T 6 6
118 Madagascar 27512 A 6 6
119 Madagascar 27513 C 6 6
120 Madagascar 27514 G 6 6
121 Madagascar 27515 A 6 6
122 Madagascar 27516 G 6 6
123 Madagascar 27517 G 6 6
124 Madagascar 27518 G 6 6
125 Madagascar 27519 C 6 6
126 Madagascar 27520 A 6 6
127 Madagascar 27521 A 6 6
128 Madagascar 27522 T 6 6
129 Madagascar 27523 T 6 6
130 Madagascar 27524 C 6 6
131 Madagascar 27525 A 6 6
132 Madagascar 27526 C 6 6
133 Madagascar 27527 C 6 6
134 Madagascar 27528 A 6 6
135 Madagascar 27529 T 6 6
136 Madagascar 27530 T 6 6
137 Madagascar 27531 T 6 6
138 Madagascar 27532 C 6 6
139 Madagascar 27533 A 6 6
140 Madagascar 27534 T 6 6
141 Madagascar 27535 C 6 6
142 Madagascar 27536 C 6 6
143 Madagascar 27537 T 6 6
144 Madagascar 27538 C 6 6
145 Madagascar 27539 T 6 6
146 Madagascar 27540 A 6 6
147 Madagascar 27541 G 6 6
148 Madagascar 27542 C 6 6
149 Madagascar 27543 T 6 6
150 Madagascar 27544 G 6 6
151 Madagascar 27545 A 6 6
152 Madagascar 27546 T 6 6
153 Madagascar 27547 A 6 6
154 Madagascar 27548 A 6 6
155 Madagascar 27549 C 6 6
156 Madagascar 27550 A 6 6
157 Madagascar 27551 A 6 6
158 Madagascar 27552 A 6 6
159 Madagascar 27553 T 6 6
160 Madagascar 27554 T 6 6
161 Madagascar 27555 T 6 6
162 Madagascar 27556 G 6 6
163 Madagascar 27557 C 6 6
164 Madagascar 27558 A 6 6
165 Madagascar 27559 C 6 6
166 Madagascar 27560 T 6 6
167 Madagascar 27561 G 6 6
168 Madagascar 27562 A 6 6
169 Madagascar 27563 C 6 6
170 Madagascar 27564 T 6 6
171 Madagascar 27565 T 6 6
172 Madagascar 27566 G 6 6
173 Madagascar 27567 C 6 6
174 Madagascar 27568 T 6 6
175 Madagascar 27569 T 6 6
176 Madagascar 27570 T 6 6
177 Madagascar 27571 A 6 6
178 Madagascar 27572 G 6 6
179 Madagascar 27573 C 6 6
180 Madagascar 27574 A 6 6
181 Madagascar 27575 C 6 6
182 Madagascar 27576 T 6 6
183 Madagascar 27577 C 6 6
184 Madagascar 27578 A 6 6
185 Madagascar 27579 A 6 6
186 Madagascar 27580 T 6 6
187 Madagascar 27581 T 6 6
188 Madagascar 27582 T 6 6
189 Madagascar 27583 G 6 6
190 Madagascar 27584 C 6 6
191 Madagascar 27585 T 6 6
192 Madagascar 27586 T 6 6
193 Madagascar 27587 T 6 6
194 Madagascar 27588 T 6 6
195 Madagascar 27589 G 6 6
196 Madagascar 27590 C 6 6
197 Madagascar 27591 T 6 6
198 Madagascar 27592 T 6 6
199 Madagascar 27593 G 6 6
200 Madagascar 27594 T 6 6
201 Madagascar 27595 C 6 6
202 Madagascar 27596 C 6 6
203 Madagascar 27597 T 6 6
204 Madagascar 27598 G 6 6
205 Madagascar 27599 A 6 6
206 Madagascar 27600 C 6 6
207 Madagascar 27601 G 6 6
208 Madagascar 27602 G 6 6
209 Madagascar 27603 C 6 6
210 Madagascar 27604 G 6 6
211 Madagascar 27605 T 6 6
212 Madagascar 27606 A 6 6
213 Madagascar 27607 A 6 6
214 Madagascar 27608 A 6 6
215 Madagascar 27609 A 6 6
216 Madagascar 27610 C 6 6
217 Madagascar 27611 A 6 6
218 Madagascar 27612 C 6 6
219 Madagascar 27613 G 6 6
220 Madagascar 27614 T 6 6
221 Madagascar 27615 C 6 6
222 Madagascar 27616 T 6 6
223 Madagascar 27617 A 6 6
224 Madagascar 27618 T 6 6
225 Madagascar 27619 C 6 6
226 Madagascar 27620 A 6 6
227 Madagascar 27621 G 6 6
228 Madagascar 27622 T 6 6
229 Madagascar 27623 T 6 6
230 Madagascar 27624 A 6 6
231 Madagascar 27625 C 6 6
232 Madagascar 27626 G 6 6
233 Madagascar 27627 T 6 6
234 Madagascar 27628 G 6 6
235 Madagascar 27629 C 6 6
236 Madagascar 27630 C 6 6
237 Madagascar 27631 A 6 6
238 Madagascar 27632 G 6 6
239 Madagascar 27633 A 6 6
240 Madagascar 27634 T 6 6
241 Madagascar 27635 C 6 6
242 Madagascar 27636 A 6 6
243 Madagascar 27637 G 6 6
244 Madagascar 27638 T 6 6
245 Madagascar 27639 T 6 6
246 Madagascar 27640 T 6 6
247 Madagascar 27641 C 6 6
248 Madagascar 27642 A 6 6
249 Madagascar 27643 C 6 6
250 Madagascar 27644 C 6 6
251 Madagascar 27645 T 6 6
252 Madagascar 27646 A 6 6
253 Madagascar 27647 A 6 6
254 Madagascar 27648 A 6 6
255 Madagascar 27649 C 6 6
256 Madagascar 27650 T 6 6
257 Madagascar 27651 G 6 6
258 Madagascar 27652 T 6 6
259 Madagascar 27653 T 6 6
260 Madagascar 27654 C 6 6
261 Madagascar 27655 A 6 6
262 Madagascar 27656 T 6 6
263 Madagascar 27657 C 6 6
264 Madagascar 27658 A 6 6
265 Madagascar 27659 G 6 6
266 Madagascar 27660 A 6 6
267 Madagascar 27661 C 6 6
268 Madagascar 27662 A 6 6
269 Madagascar 27663 A 6 6
270 Madagascar 27664 G 6 6
271 Madagascar 27665 A 6 6
272 Madagascar 27666 G 6 6
273 Madagascar 27667 G 6 6
274 Madagascar 27668 A 6 6
275 Madagascar 27669 A 6 6
276 Madagascar 27670 G 6 6
277 Madagascar 27671 T 6 6
278 Madagascar 27672 T 6 6
279 Madagascar 27673 C 6 6
280 Madagascar 27674 A 6 6
281 Madagascar 27675 A 6 6
282 Madagascar 27676 G 6 6
283 Madagascar 27677 A 6 6
284 Madagascar 27678 A 6 6
285 Madagascar 27679 C 6 6
286 Madagascar 27680 T 6 6
287 Madagascar 27681 T 6 6
288 Madagascar 27682 T 6 6
289 Madagascar 27683 A 6 6
290 Madagascar 27684 C 6 6
291 Madagascar 27685 T 6 6
292 Madagascar 27686 C 6 6
293 Madagascar 27687 T 6 6
294 Madagascar 27688 C 6 6
295 Madagascar 27689 C 6 6
296 Madagascar 27690 A 6 6
297 Madagascar 27691 A 6 6
298 Madagascar 27692 T 6 6
299 Madagascar 27693 T 6 6
300 Madagascar 27694 T 6 6
301 Madagascar 27695 T 6 6
302 Madagascar 27696 T 6 6
303 Madagascar 27697 C 6 6
304 Madagascar 27698 T 6 6
305 Madagascar 27699 T 6 6
306 Madagascar 27700 A 6 6
307 Madagascar 27701 T 6 6
308 Madagascar 27702 T 6 6
309 Madagascar 27703 G 6 6
310 Madagascar 27704 T 6 6
311 Madagascar 27705 T 6 6
312 Madagascar 27706 G 6 6
313 Madagascar 27707 C 6 6
314 Madagascar 27708 G 6 6
315 Madagascar 27709 G 6 6
316 Madagascar 27710 C 6 6
317 Madagascar 27711 A 6 6
318 Madagascar 27712 A 6 6
319 Madagascar 27713 T 6 6
320 Madagascar 27714 A 6 6
321 Madagascar 27715 G 6 6
322 Madagascar 27716 T 6 6
323 Madagascar 27717 G 6 6
324 Madagascar 27718 T 6 6
325 Madagascar 27719 T 6 6
326 Madagascar 27720 T 6 6
327 Madagascar 27721 A 6 6
328 Madagascar 27722 T 6 6
329 Madagascar 27723 A 6 6
330 Madagascar 27724 A 6 6
331 Madagascar 27725 C 6 6
332 Madagascar 27726 A 6 6
333 Madagascar 27727 C 6 6
334 Madagascar 27728 T 6 6
335 Madagascar 27729 T 6 6
336 Madagascar 27730 T 6 6
337 Madagascar 27731 G 6 6
338 Madagascar 27732 C 6 6
339 Madagascar 27733 T 6 6
340 Madagascar 27734 T 6 6
341 Madagascar 27735 C 6 6
342 Madagascar 27736 A 6 6
343 Madagascar 27737 C 6 6
344 Madagascar 27738 A 6 6
345 Madagascar 27739 C 6 6
346 Madagascar 27740 T 6 6
347 Madagascar 27741 C 6 6
348 Madagascar 27742 A 6 6
349 Madagascar 27743 A 6 6
350 Madagascar 27744 A 6 6
351 Madagascar 27745 A 6 6
352 Madagascar 27746 G 6 6
353 Madagascar 27747 A 6 6
354 Madagascar 27748 A 6 6
355 Madagascar 27749 A 6 6
356 Madagascar 27750 G 6 6
357 Madagascar 27751 A 6 6
358 Madagascar 27752 C 6 6
359 Madagascar 27753 A 6 6
360 Madagascar 27754 G 6 6
361 Madagascar 27755 A 6 6
362 Madagascar 27756 A 6 6
363 Madagascar 27757 T 6 6
364 Madagascar 27758 G 6 6
365 Madagascar 27759 A 6 6