National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                               1 1 2  
C     18                               1      
D     6     1                               1
E 1   24     1     1                          
F     30         2         1               1  
G     12           2                 1     1  
H     9                             1       2
I     25                                 2 1  
K     21                                      
L     45         1   1     2     1            
M     6                                      
N     6                                      
P     18                   4         1        
Q 3   15             1             1          
R     15               2                      
S     21                   1                  
T     30 1             5                 1    
V     24 1   1   2                         1  
Y 1   15         1                           1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Luxembourg 27394 A 2322 2322
1 Luxembourg 27395 T 2322 2322
2 Luxembourg 27396 G 2322 2322
3 Luxembourg 27397 A 2322 2322
4 Luxembourg 27398 A 2322 2322
5 Luxembourg 27399 A 2322 2322
6 Luxembourg 27400 A 2322 2322
7 Luxembourg 27401 T C 2322 2318 Ile3Thr
8 Luxembourg 27402 T 2322 2322
9 Luxembourg 27403 A 2322 2322
10 Luxembourg 27404 T 2322 2322
11 Luxembourg 27405 T 2322 2322
12 Luxembourg 27406 C 2322 2322
13 Luxembourg 27407 T C 2322 2321 Leu5Pro
14 Luxembourg 27408 T 2322 2322
15 Luxembourg 27409 T C 2322 2320 Phe6Leu
16 Luxembourg 27410 T 2322 2322
17 Luxembourg 27411 C 2322 2322
18 Luxembourg 27412 T 2322 2322
19 Luxembourg 27413 T 2322 2322
20 Luxembourg 27414 G 2322 2322
21 Luxembourg 27415 G 2322 2322
22 Luxembourg 27416 C 2322 2322
23 Luxembourg 27417 A 2322 2322
24 Luxembourg 27418 C 2322 2322
25 Luxembourg 27419 T 2322 2322
26 Luxembourg 27420 G 2322 2322
27 Luxembourg 27421 A 2322 2322
28 Luxembourg 27422 T 2322 2322
29 Luxembourg 27423 A 2322 2322
30 Luxembourg 27424 A 2322 2322
31 Luxembourg 27425 C 2322 2322
32 Luxembourg 27426 A 2322 2322
33 Luxembourg 27427 C 2322 2322
34 Luxembourg 27428 T 2322 2322
35 Luxembourg 27429 C 2322 2322
36 Luxembourg 27430 G 2322 2322
37 Luxembourg 27431 C 2322 2322
38 Luxembourg 27432 T 2322 2322
39 Luxembourg 27433 A 2322 2322
40 Luxembourg 27434 C T 2322 2245 Thr14Ile
41 Luxembourg 27435 T 2322 2322
42 Luxembourg 27436 T A 2322 2320 Cys15Ser
43 Luxembourg 27437 G 2322 2322
44 Luxembourg 27438 T 2322 2322
45 Luxembourg 27439 G 2322 2322
46 Luxembourg 27440 A G 2322 2320 Glu16Gly
47 Luxembourg 27441 G 2322 2322
48 Luxembourg 27442 C 2322 2322
49 Luxembourg 27443 T 2322 2322
50 Luxembourg 27444 T 2322 2322
51 Luxembourg 27445 T 2322 2322
52 Luxembourg 27446 A 2322 2322
53 Luxembourg 27447 T 2322 2322
54 Luxembourg 27448 C 2322 2322
55 Luxembourg 27449 A 2322 2322
56 Luxembourg 27450 C 2322 2322
57 Luxembourg 27451 T 2322 2322
58 Luxembourg 27452 A 2322 2322
59 Luxembourg 27453 C 2322 2322
60 Luxembourg 27454 C 2322 2322
61 Luxembourg 27455 A 2322 2322
62 Luxembourg 27456 A G 2322 2319 Gln21Gln
63 Luxembourg 27457 G T 2323 2322 Glu22*
64 Luxembourg 27458 A 2323 2323
65 Luxembourg 27459 G T 2324 2323 Glu22Asp
66 Luxembourg 27460 T 2324 2324
67 Luxembourg 27461 G 2324 2324
68 Luxembourg 27462 T 2324 2324
69 Luxembourg 27463 G T 2324 2321 Val24Phe
70 Luxembourg 27464 T 2324 2324
71 Luxembourg 27465 T 2324 2324
72 Luxembourg 27466 A 2324 2324
73 Luxembourg 27467 G 2324 2324
74 Luxembourg 27468 A 2324 2324
75 Luxembourg 27469 G 2324 2324
76 Luxembourg 27470 G 2324 2324
77 Luxembourg 27471 T 2324 2324
78 Luxembourg 27472 A 2324 2324
79 Luxembourg 27473 C 2324 2324
80 Luxembourg 27474 A 2324 2324
81 Luxembourg 27475 A 2324 2324
82 Luxembourg 27476 C 2324 2324
83 Luxembourg 27477 A G 2324 2323 Thr28Thr
84 Luxembourg 27478 G 2324 2324
85 Luxembourg 27479 T 2324 2324
86 Luxembourg 27480 A 2324 2324
87 Luxembourg 27481 C 2324 2324
88 Luxembourg 27482 T A 2324 2323 Leu30His
89 Luxembourg 27483 T 2324 2324
90 Luxembourg 27484 T C 2324 2322 Leu31Leu
91 Luxembourg 27485 T 2324 2324
92 Luxembourg 27486 A 2324 2324
93 Luxembourg 27487 A 2324 2324
94 Luxembourg 27488 A 2324 2324
95 Luxembourg 27489 A 2324 2324
96 Luxembourg 27490 G 2324 2324
97 Luxembourg 27491 A 2324 2324
98 Luxembourg 27492 A 2324 2324
99 Luxembourg 27493 C 2324 2324
100 Luxembourg 27494 C 2324 2324
101 Luxembourg 27495 T 2324 2324
102 Luxembourg 27496 T 2324 2324
103 Luxembourg 27497 G 2324 2324
104 Luxembourg 27498 C 2324 2324
105 Luxembourg 27499 T 2324 2324
106 Luxembourg 27500 C 2324 2324
107 Luxembourg 27501 T 2324 2324
108 Luxembourg 27502 T 2324 2324
109 Luxembourg 27503 C 2324 2324
110 Luxembourg 27504 T 2324 2324
111 Luxembourg 27505 G A 2324 2320 Gly38Arg
112 Luxembourg 27506 G T 2324 2323 Gly38Val
113 Luxembourg 27507 A G 2324 2323 Gly38Gly
114 Luxembourg 27508 A 2324 2324
115 Luxembourg 27509 C T 2324 2323 Thr39Ile
116 Luxembourg 27510 A 2324 2324
117 Luxembourg 27511 T 2324 2324
118 Luxembourg 27512 A 2324 2324
119 Luxembourg 27513 C T 2324 2321 Tyr40Tyr
120 Luxembourg 27514 G 2324 2324
121 Luxembourg 27515 A 2323 2323
122 Luxembourg 27516 G 2323 2323
123 Luxembourg 27517 G 2323 2323
124 Luxembourg 27518 G 2323 2323
125 Luxembourg 27519 C 2322 2322
126 Luxembourg 27520 A 2322 2322
127 Luxembourg 27521 A 2322 2322
128 Luxembourg 27522 T 2322 2322
129 Luxembourg 27523 T 2322 2322
130 Luxembourg 27524 C 2322 2322
131 Luxembourg 27525 A 2320 2320
132 Luxembourg 27526 C 2320 2319
133 Luxembourg 27527 C T,G 2320 2317 Pro45Leu-p.Pro45Arg
134 Luxembourg 27528 A 2311 2309
135 Luxembourg 27529 T 2307 2303
136 Luxembourg 27530 T 2303 2298
137 Luxembourg 27531 T C 2302 2296 Phe46Phe
138 Luxembourg 27532 C T 2302 2290 His47Tyr
139 Luxembourg 27533 A 2301 2295
140 Luxembourg 27534 T 2301 2295
141 Luxembourg 27535 C 2301 2295
142 Luxembourg 27536 C T 2301 2295 Pro48Leu
143 Luxembourg 27537 T 2300 2295
144 Luxembourg 27538 C 2300 2295
145 Luxembourg 27539 T 2298 2292
146 Luxembourg 27540 A 2298 2292
147 Luxembourg 27541 G T 2298 2291 Ala50Ser
148 Luxembourg 27542 C T 2295 2288 Ala50Val
149 Luxembourg 27543 T 2295 2289
150 Luxembourg 27544 G T 2294 2287 Asp51Tyr
151 Luxembourg 27545 A 2288 2281
152 Luxembourg 27546 T 2287 2280
153 Luxembourg 27547 A 2286 2278
154 Luxembourg 27548 A 2285 2277
155 Luxembourg 27549 C 2285 2277
156 Luxembourg 27550 A 2285 2277
157 Luxembourg 27551 A 2285 2277
158 Luxembourg 27552 A 2285 2277
159 Luxembourg 27553 T 2285 2277
160 Luxembourg 27554 T 2285 2277
161 Luxembourg 27555 T 2285 2277
162 Luxembourg 27556 G 2285 2278
163 Luxembourg 27557 C 2285 2279
164 Luxembourg 27558 A 2285 2279
165 Luxembourg 27559 C 2285 2279
166 Luxembourg 27560 T 2285 2279
167 Luxembourg 27561 G 2285 2282
168 Luxembourg 27562 A 2285 2282
169 Luxembourg 27563 C 2285 2282
170 Luxembourg 27564 T 2285 2282
171 Luxembourg 27565 T 2285 2282
172 Luxembourg 27566 G 2285 2282
173 Luxembourg 27567 C 2285 2283
174 Luxembourg 27568 T 2285 2283
175 Luxembourg 27569 T 2285 2283
176 Luxembourg 27570 T 2285 2283
177 Luxembourg 27571 A 2284 2282
178 Luxembourg 27572 G 2284 2282
179 Luxembourg 27573 C 2284 2282
180 Luxembourg 27574 A G 2284 2281 Thr61Ala
181 Luxembourg 27575 C T 2284 2280 Thr61Ile
182 Luxembourg 27576 T 2283 2281
183 Luxembourg 27577 C T 2283 2280 Gln62*
184 Luxembourg 27578 A 2283 2282
185 Luxembourg 27579 A 2283 2282
186 Luxembourg 27580 T 2283 2282
187 Luxembourg 27581 T 2283 2282
188 Luxembourg 27582 T 2283 2282
189 Luxembourg 27583 G A 2283 2282 Ala64Thr
190 Luxembourg 27584 C 2283 2282
191 Luxembourg 27585 T 2283 2283
192 Luxembourg 27586 T G 2283 2282 Phe65Val
193 Luxembourg 27587 T 2283 2283
194 Luxembourg 27588 T 2283 2283
195 Luxembourg 27589 G 2283 2282
196 Luxembourg 27590 C 2282 2282
197 Luxembourg 27591 T 2282 2282
198 Luxembourg 27592 T 2282 2282
199 Luxembourg 27593 G 2282 2282
200 Luxembourg 27594 T 2282 2282
201 Luxembourg 27595 C 2282 2282
202 Luxembourg 27596 C T 2282 2281 Pro68Leu
203 Luxembourg 27597 T 2282 2282
204 Luxembourg 27598 G 2282 2282
205 Luxembourg 27599 A 2282 2282
206 Luxembourg 27600 C T 2282 2277 Asp69Asp
207 Luxembourg 27601 G 2282 2282
208 Luxembourg 27602 G 2282 2281
209 Luxembourg 27603 C T 2281 2279 Gly70Gly
210 Luxembourg 27604 G 2281 2279
211 Luxembourg 27605 T 2281 2279
212 Luxembourg 27606 A 2281 2279
213 Luxembourg 27607 A 2281 2279
214 Luxembourg 27608 A 2281 2278
215 Luxembourg 27609 A 2281 2278
216 Luxembourg 27610 C T 2280 2275 His73Tyr
217 Luxembourg 27611 A G 2279 2274 His73Arg
218 Luxembourg 27612 C 2279 2275
219 Luxembourg 27613 G 2279 2275
220 Luxembourg 27614 T A 2279 2274 Val74Asp
221 Luxembourg 27615 C 2279 2275
222 Luxembourg 27616 T 2279 2275
223 Luxembourg 27617 A T 2279 2274 Tyr75Phe
224 Luxembourg 27618 T G 2279 2274 Tyr75*
225 Luxembourg 27619 C T 2278 2273 Gln76*
226 Luxembourg 27620 A 2278 2273
227 Luxembourg 27621 G T 2279 2274 Gln76His
228 Luxembourg 27622 T 2279 2275
229 Luxembourg 27623 T 2279 2275
230 Luxembourg 27624 A 2279 2273
231 Luxembourg 27625 C 2279 2273
232 Luxembourg 27626 G 2279 2273
233 Luxembourg 27627 T 2279 2274
234 Luxembourg 27628 G 2279 2274
235 Luxembourg 27629 C 2279 2274
236 Luxembourg 27630 C 2279 2274
237 Luxembourg 27631 A 2279 2274
238 Luxembourg 27632 G T 2279 2273 Arg80Ile
239 Luxembourg 27633 A 2279 2274
240 Luxembourg 27634 T 2279 2274
241 Luxembourg 27635 C 2279 2274
242 Luxembourg 27636 A 2278 2272
243 Luxembourg 27637 G 2278 2274
244 Luxembourg 27638 T 2278 2274
245 Luxembourg 27639 T C 2278 2271 Val82Val
246 Luxembourg 27640 T 2278 2274
247 Luxembourg 27641 C T 2278 2269 Ser83Leu
248 Luxembourg 27642 A 2278 2273
249 Luxembourg 27643 C 2278 2273
250 Luxembourg 27644 C T 2278 2272 Pro84Leu
251 Luxembourg 27645 T 2278 2272
252 Luxembourg 27646 A 2278 2272
253 Luxembourg 27647 A 2278 2272
254 Luxembourg 27648 A 2278 2273
255 Luxembourg 27649 C 2278 2273
256 Luxembourg 27650 T 2277 2271
257 Luxembourg 27651 G 2277 2273
258 Luxembourg 27652 T 2277 2273
259 Luxembourg 27653 T 2277 2273
260 Luxembourg 27654 C T 2277 2271 Phe87Phe
261 Luxembourg 27655 A G 2277 2269 Ile88Val
262 Luxembourg 27656 T 2277 2273
263 Luxembourg 27657 C 2276 2271
264 Luxembourg 27658 A 2276 2271
265 Luxembourg 27659 G T 2276 2268 Arg89Ile
266 Luxembourg 27660 A 2276 2271
267 Luxembourg 27661 C 2276 2270
268 Luxembourg 27662 A 2276 2272
269 Luxembourg 27663 A 2276 2272
270 Luxembourg 27664 G 2276 2272
271 Luxembourg 27665 A 2276 2272
272 Luxembourg 27666 G 2276 2272
273 Luxembourg 27667 G 2276 2272
274 Luxembourg 27668 A 2276 2272
275 Luxembourg 27669 A 2276 2272
276 Luxembourg 27670 G T 2276 2248 Val93Phe
277 Luxembourg 27671 T 2276 2273
278 Luxembourg 27672 T 2276 2273
279 Luxembourg 27673 C T 2276 2272 Gln94*
280 Luxembourg 27674 A 2276 2273
281 Luxembourg 27675 A 2276 2273
282 Luxembourg 27676 G 2276 2273
283 Luxembourg 27677 A 2276 2273
284 Luxembourg 27678 A 2276 2273
285 Luxembourg 27679 C 2276 2272
286 Luxembourg 27680 T 2276 2272
287 Luxembourg 27681 T 2276 2272
288 Luxembourg 27682 T 2276 2272
289 Luxembourg 27683 A 2276 2272
290 Luxembourg 27684 C 2276 2272
291 Luxembourg 27685 T 2276 2272
292 Luxembourg 27686 C 2276 2273
293 Luxembourg 27687 T 2276 2273
294 Luxembourg 27688 C 2276 2273
295 Luxembourg 27689 C 2276 2273
296 Luxembourg 27690 A 2276 2273
297 Luxembourg 27691 A 2276 2273
298 Luxembourg 27692 T 2276 2274
299 Luxembourg 27693 T 2276 2275
300 Luxembourg 27694 T 2275 2274
301 Luxembourg 27695 T 2275 2274
302 Luxembourg 27696 T 2275 2274
303 Luxembourg 27697 C 2275 2274
304 Luxembourg 27698 T 2275 2274
305 Luxembourg 27699 T 2275 2274
306 Luxembourg 27700 A 2275 2274
307 Luxembourg 27701 T 2275 2274
308 Luxembourg 27702 T 2275 2274
309 Luxembourg 27703 G 2275 2274
310 Luxembourg 27704 T C 2275 2273 Val104Ala
311 Luxembourg 27705 T 2275 2274
312 Luxembourg 27706 G 2275 2274
313 Luxembourg 27707 C T 2275 2215 Ala105Val
314 Luxembourg 27708 G 2274 2273
315 Luxembourg 27709 G 2274 2273
316 Luxembourg 27710 C 2274 2273
317 Luxembourg 27711 A 2274 2273
318 Luxembourg 27712 A 2274 2273
319 Luxembourg 27713 T 2274 2274
320 Luxembourg 27714 A 2274 2274
321 Luxembourg 27715 G 2274 2274
322 Luxembourg 27716 T 2274 2274
323 Luxembourg 27717 G 2274 2274
324 Luxembourg 27718 T 2273 2273
325 Luxembourg 27719 T 2273 2273
326 Luxembourg 27720 T 2273 2273
327 Luxembourg 27721 A 2273 2272
328 Luxembourg 27722 T C 2273 2272 Ile110Thr
329 Luxembourg 27723 A 2273 2273
330 Luxembourg 27724 A 2272 2272
331 Luxembourg 27725 C 2272 2272
332 Luxembourg 27726 A 2270 2269
333 Luxembourg 27727 C T 2270 2265 Leu112Phe
334 Luxembourg 27728 T 2270 2269
335 Luxembourg 27729 T 2270 2270
336 Luxembourg 27730 T 2270 2270
337 Luxembourg 27731 G 2270 2270
338 Luxembourg 27732 C 2270 2270
339 Luxembourg 27733 T 2270 2270
340 Luxembourg 27734 T 2270 2270
341 Luxembourg 27735 C 2270 2270
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343 Luxembourg 27737 C T 2270 2269 Thr115Ile
344 Luxembourg 27738 A 2270 2270
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347 Luxembourg 27741 C T 2270 2269 Leu116Leu
348 Luxembourg 27742 A 2270 2270
349 Luxembourg 27743 A 2270 2270
350 Luxembourg 27744 A 2270 2270
351 Luxembourg 27745 A 2270 2270
352 Luxembourg 27746 G 2270 2270
353 Luxembourg 27747 A 2270 2270
354 Luxembourg 27748 A 2270 2270
355 Luxembourg 27749 A 2270 2270
356 Luxembourg 27750 G 2270 2270
357 Luxembourg 27751 A 2270 2270
358 Luxembourg 27752 C T 2270 2269 Thr120Ile
359 Luxembourg 27753 A 2269 2269
360 Luxembourg 27754 G 2269 2269
361 Luxembourg 27755 A 2269 2269
362 Luxembourg 27756 A 2269 2269
363 Luxembourg 27757 T 2269 2269
364 Luxembourg 27758 G 2269 2269
365 Luxembourg 27759 A 2269 2269