National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
-   354                                      
?                                          
A   27                                      
C   18                                      
D   6                                      
E   21                                      
F   30                                      
G   12                                      
H   9                                      
I   24                                      
K   18                                      
L   45                                      
M   3                                      
N   6                                      
P   18                                      
Q   15                                      
R   15                                      
S   21                                      
T   27                                      
V   24                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Liechtenstein 27394 A 3 3
1 Liechtenstein 27395 T 3 3
2 Liechtenstein 27396 G 3 3
3 Liechtenstein 27397 A 3 3
4 Liechtenstein 27398 A 3 3
5 Liechtenstein 27399 A 3 3
6 Liechtenstein 27400 A 3 3
7 Liechtenstein 27401 T 3 3
8 Liechtenstein 27402 T 3 3
9 Liechtenstein 27403 A 3 3
10 Liechtenstein 27404 T 3 3
11 Liechtenstein 27405 T 3 3
12 Liechtenstein 27406 C 3 3
13 Liechtenstein 27407 T 3 3
14 Liechtenstein 27408 T 3 3
15 Liechtenstein 27409 T 3 3
16 Liechtenstein 27410 T 3 3
17 Liechtenstein 27411 C 3 3
18 Liechtenstein 27412 T 3 3
19 Liechtenstein 27413 T 3 3
20 Liechtenstein 27414 G 3 3
21 Liechtenstein 27415 G 3 3
22 Liechtenstein 27416 C 3 3
23 Liechtenstein 27417 A 3 3
24 Liechtenstein 27418 C 3 3
25 Liechtenstein 27419 T 3 3
26 Liechtenstein 27420 G 3 3
27 Liechtenstein 27421 A 3 3
28 Liechtenstein 27422 T 3 3
29 Liechtenstein 27423 A 3 3
30 Liechtenstein 27424 A 3 3
31 Liechtenstein 27425 C 3 3
32 Liechtenstein 27426 A 3 3
33 Liechtenstein 27427 C 3 3
34 Liechtenstein 27428 T 3 3
35 Liechtenstein 27429 C 3 3
36 Liechtenstein 27430 G 3 3
37 Liechtenstein 27431 C 3 3
38 Liechtenstein 27432 T 3 3
39 Liechtenstein 27433 A 3 3
40 Liechtenstein 27434 C 3 3
41 Liechtenstein 27435 T 3 3
42 Liechtenstein 27436 T 3 3
43 Liechtenstein 27437 G 3 3
44 Liechtenstein 27438 T 3 3
45 Liechtenstein 27439 G 3 3
46 Liechtenstein 27440 A 3 3
47 Liechtenstein 27441 G 3 3
48 Liechtenstein 27442 C 3 3
49 Liechtenstein 27443 T 3 3
50 Liechtenstein 27444 T 3 3
51 Liechtenstein 27445 T 3 3
52 Liechtenstein 27446 A 3 3
53 Liechtenstein 27447 T 3 3
54 Liechtenstein 27448 C 3 3
55 Liechtenstein 27449 A 3 3
56 Liechtenstein 27450 C 3 3
57 Liechtenstein 27451 T 3 3
58 Liechtenstein 27452 A 3 3
59 Liechtenstein 27453 C 3 3
60 Liechtenstein 27454 C 3 3
61 Liechtenstein 27455 A 3 3
62 Liechtenstein 27456 A 3 3
63 Liechtenstein 27457 G 3 3
64 Liechtenstein 27458 A 3 3
65 Liechtenstein 27459 G 3 3
66 Liechtenstein 27460 T 3 3
67 Liechtenstein 27461 G 3 3
68 Liechtenstein 27462 T 3 3
69 Liechtenstein 27463 G 3 3
70 Liechtenstein 27464 T 3 3
71 Liechtenstein 27465 T 3 3
72 Liechtenstein 27466 A 3 3
73 Liechtenstein 27467 G 3 3
74 Liechtenstein 27468 A 3 3
75 Liechtenstein 27469 G 3 3
76 Liechtenstein 27470 G 3 3
77 Liechtenstein 27471 T 3 3
78 Liechtenstein 27472 A 3 3
79 Liechtenstein 27473 C 3 3
80 Liechtenstein 27474 A 3 3
81 Liechtenstein 27475 A 3 3
82 Liechtenstein 27476 C 3 3
83 Liechtenstein 27477 A 3 3
84 Liechtenstein 27478 G 3 3
85 Liechtenstein 27479 T 3 3
86 Liechtenstein 27480 A 3 3
87 Liechtenstein 27481 C 3 3
88 Liechtenstein 27482 T 3 3
89 Liechtenstein 27483 T 3 3
90 Liechtenstein 27484 T 3 3
91 Liechtenstein 27485 T 3 3
92 Liechtenstein 27486 A 3 3
93 Liechtenstein 27487 A 3 3
94 Liechtenstein 27488 A 3 3
95 Liechtenstein 27489 A 3 3
96 Liechtenstein 27490 G 3 3
97 Liechtenstein 27491 A 3 3
98 Liechtenstein 27492 A 3 3
99 Liechtenstein 27493 C 3 3
100 Liechtenstein 27494 C 3 3
101 Liechtenstein 27495 T 3 3
102 Liechtenstein 27496 T 3 3
103 Liechtenstein 27497 G 3 3
104 Liechtenstein 27498 C 3 3
105 Liechtenstein 27499 T 3 3
106 Liechtenstein 27500 C 3 3
107 Liechtenstein 27501 T 3 3
108 Liechtenstein 27502 T 3 3
109 Liechtenstein 27503 C 3 3
110 Liechtenstein 27504 T 3 3
111 Liechtenstein 27505 G 3 3
112 Liechtenstein 27506 G 3 3
113 Liechtenstein 27507 A 3 3
114 Liechtenstein 27508 A 3 3
115 Liechtenstein 27509 C 3 3
116 Liechtenstein 27510 A 3 3
117 Liechtenstein 27511 T 3 3
118 Liechtenstein 27512 A 2 0
119 Liechtenstein 27513 C 2 0
120 Liechtenstein 27514 G 2 0
121 Liechtenstein 27515 A 2 0
122 Liechtenstein 27516 G 2 0
123 Liechtenstein 27517 G 2 0
124 Liechtenstein 27518 G 2 0
125 Liechtenstein 27519 C 2 0
126 Liechtenstein 27520 A 2 0
127 Liechtenstein 27521 A 2 0
128 Liechtenstein 27522 T 2 0
129 Liechtenstein 27523 T 2 0
130 Liechtenstein 27524 C 2 0
131 Liechtenstein 27525 A 2 0
132 Liechtenstein 27526 C 2 0
133 Liechtenstein 27527 C 2 0
134 Liechtenstein 27528 A 2 0
135 Liechtenstein 27529 T 2 0
136 Liechtenstein 27530 T 2 0
137 Liechtenstein 27531 T 2 0
138 Liechtenstein 27532 C 2 0
139 Liechtenstein 27533 A 2 0
140 Liechtenstein 27534 T 2 0
141 Liechtenstein 27535 C 2 0
142 Liechtenstein 27536 C 2 0
143 Liechtenstein 27537 T 2 0
144 Liechtenstein 27538 C 2 0
145 Liechtenstein 27539 T 2 0
146 Liechtenstein 27540 A 2 0
147 Liechtenstein 27541 G 2 0
148 Liechtenstein 27542 C 2 0
149 Liechtenstein 27543 T 2 0
150 Liechtenstein 27544 G 2 0
151 Liechtenstein 27545 A 2 0
152 Liechtenstein 27546 T 2 0
153 Liechtenstein 27547 A 2 0
154 Liechtenstein 27548 A 2 0
155 Liechtenstein 27549 C 2 0
156 Liechtenstein 27550 A 2 0
157 Liechtenstein 27551 A 2 0
158 Liechtenstein 27552 A 2 0
159 Liechtenstein 27553 T 2 0
160 Liechtenstein 27554 T 2 2
161 Liechtenstein 27555 T 2 2
162 Liechtenstein 27556 G 2 2
163 Liechtenstein 27557 C 2 2
164 Liechtenstein 27558 A 2 2
165 Liechtenstein 27559 C 2 2
166 Liechtenstein 27560 T 2 2
167 Liechtenstein 27561 G 2 2
168 Liechtenstein 27562 A 2 2
169 Liechtenstein 27563 C 2 2
170 Liechtenstein 27564 T 2 2
171 Liechtenstein 27565 T 2 2
172 Liechtenstein 27566 G 2 2
173 Liechtenstein 27567 C 2 2
174 Liechtenstein 27568 T 2 2
175 Liechtenstein 27569 T 2 2
176 Liechtenstein 27570 T 2 2
177 Liechtenstein 27571 A 2 2
178 Liechtenstein 27572 G 2 2
179 Liechtenstein 27573 C 2 2
180 Liechtenstein 27574 A 2 2
181 Liechtenstein 27575 C 2 2
182 Liechtenstein 27576 T 2 2
183 Liechtenstein 27577 C 2 2
184 Liechtenstein 27578 A 2 2
185 Liechtenstein 27579 A 2 2
186 Liechtenstein 27580 T 2 2
187 Liechtenstein 27581 T 2 2
188 Liechtenstein 27582 T 2 2
189 Liechtenstein 27583 G 2 2
190 Liechtenstein 27584 C 2 2
191 Liechtenstein 27585 T 2 2
192 Liechtenstein 27586 T 2 2
193 Liechtenstein 27587 T 2 2
194 Liechtenstein 27588 T 2 2
195 Liechtenstein 27589 G 2 2
196 Liechtenstein 27590 C 2 2
197 Liechtenstein 27591 T 2 2
198 Liechtenstein 27592 T 2 2
199 Liechtenstein 27593 G 2 2
200 Liechtenstein 27594 T 2 2
201 Liechtenstein 27595 C 2 2
202 Liechtenstein 27596 C 2 2
203 Liechtenstein 27597 T 2 2
204 Liechtenstein 27598 G 2 2
205 Liechtenstein 27599 A 2 2
206 Liechtenstein 27600 C 2 2
207 Liechtenstein 27601 G 2 2
208 Liechtenstein 27602 G 2 2
209 Liechtenstein 27603 C 2 2
210 Liechtenstein 27604 G 2 2
211 Liechtenstein 27605 T 2 2
212 Liechtenstein 27606 A 2 2
213 Liechtenstein 27607 A 2 2
214 Liechtenstein 27608 A 2 2
215 Liechtenstein 27609 A 2 2
216 Liechtenstein 27610 C 2 2
217 Liechtenstein 27611 A 2 2
218 Liechtenstein 27612 C 2 2
219 Liechtenstein 27613 G 2 2
220 Liechtenstein 27614 T 2 2
221 Liechtenstein 27615 C 2 2
222 Liechtenstein 27616 T 2 2
223 Liechtenstein 27617 A 2 2
224 Liechtenstein 27618 T 2 2
225 Liechtenstein 27619 C 2 2
226 Liechtenstein 27620 A 2 2
227 Liechtenstein 27621 G 2 2
228 Liechtenstein 27622 T 2 2
229 Liechtenstein 27623 T 2 2
230 Liechtenstein 27624 A 2 2
231 Liechtenstein 27625 C 2 2
232 Liechtenstein 27626 G 2 2
233 Liechtenstein 27627 T 2 2
234 Liechtenstein 27628 G 2 2
235 Liechtenstein 27629 C 2 2
236 Liechtenstein 27630 C 2 2
237 Liechtenstein 27631 A 2 2
238 Liechtenstein 27632 G 2 2
239 Liechtenstein 27633 A 2 2
240 Liechtenstein 27634 T 2 2
241 Liechtenstein 27635 C 2 2
242 Liechtenstein 27636 A 2 2
243 Liechtenstein 27637 G 2 2
244 Liechtenstein 27638 T 2 2
245 Liechtenstein 27639 T 2 2
246 Liechtenstein 27640 T 2 2
247 Liechtenstein 27641 C 2 2
248 Liechtenstein 27642 A 2 2
249 Liechtenstein 27643 C 2 2
250 Liechtenstein 27644 C 2 2
251 Liechtenstein 27645 T 2 2
252 Liechtenstein 27646 A 2 2
253 Liechtenstein 27647 A 2 2
254 Liechtenstein 27648 A 2 2
255 Liechtenstein 27649 C 2 2
256 Liechtenstein 27650 T 2 2
257 Liechtenstein 27651 G 2 2
258 Liechtenstein 27652 T 2 2
259 Liechtenstein 27653 T 2 2
260 Liechtenstein 27654 C 2 2
261 Liechtenstein 27655 A 2 2
262 Liechtenstein 27656 T 2 2
263 Liechtenstein 27657 C 2 2
264 Liechtenstein 27658 A 2 2
265 Liechtenstein 27659 G 2 2
266 Liechtenstein 27660 A 2 2
267 Liechtenstein 27661 C 2 2
268 Liechtenstein 27662 A 2 2
269 Liechtenstein 27663 A 2 2
270 Liechtenstein 27664 G 2 2
271 Liechtenstein 27665 A 2 2
272 Liechtenstein 27666 G 2 2
273 Liechtenstein 27667 G 2 2
274 Liechtenstein 27668 A 2 2
275 Liechtenstein 27669 A 2 2
276 Liechtenstein 27670 G 2 2
277 Liechtenstein 27671 T 2 2
278 Liechtenstein 27672 T 2 2
279 Liechtenstein 27673 C 2 2
280 Liechtenstein 27674 A 2 2
281 Liechtenstein 27675 A 2 2
282 Liechtenstein 27676 G 2 2
283 Liechtenstein 27677 A 2 2
284 Liechtenstein 27678 A 2 2
285 Liechtenstein 27679 C 2 2
286 Liechtenstein 27680 T 2 2
287 Liechtenstein 27681 T 2 2
288 Liechtenstein 27682 T 2 2
289 Liechtenstein 27683 A 2 2
290 Liechtenstein 27684 C 2 2
291 Liechtenstein 27685 T 2 2
292 Liechtenstein 27686 C 2 2
293 Liechtenstein 27687 T 2 2
294 Liechtenstein 27688 C 2 2
295 Liechtenstein 27689 C 2 2
296 Liechtenstein 27690 A 2 2
297 Liechtenstein 27691 A 2 2
298 Liechtenstein 27692 T 2 2
299 Liechtenstein 27693 T 2 2
300 Liechtenstein 27694 T 2 2
301 Liechtenstein 27695 T 2 2
302 Liechtenstein 27696 T 2 2
303 Liechtenstein 27697 C 2 2
304 Liechtenstein 27698 T 2 2
305 Liechtenstein 27699 T 2 2
306 Liechtenstein 27700 A 2 2
307 Liechtenstein 27701 T 2 2
308 Liechtenstein 27702 T 2 2
309 Liechtenstein 27703 G 2 2
310 Liechtenstein 27704 T 2 2
311 Liechtenstein 27705 T 2 2
312 Liechtenstein 27706 G 2 2
313 Liechtenstein 27707 C 2 2
314 Liechtenstein 27708 G 2 2
315 Liechtenstein 27709 G 2 2
316 Liechtenstein 27710 C 2 2
317 Liechtenstein 27711 A 2 2
318 Liechtenstein 27712 A 2 2
319 Liechtenstein 27713 T 2 2
320 Liechtenstein 27714 A 2 2
321 Liechtenstein 27715 G 2 2
322 Liechtenstein 27716 T 2 2
323 Liechtenstein 27717 G 2 2
324 Liechtenstein 27718 T 2 2
325 Liechtenstein 27719 T 2 2
326 Liechtenstein 27720 T 2 2
327 Liechtenstein 27721 A 2 2
328 Liechtenstein 27722 T 2 2
329 Liechtenstein 27723 A 2 2
330 Liechtenstein 27724 A 2 2
331 Liechtenstein 27725 C 2 2
332 Liechtenstein 27726 A 2 2
333 Liechtenstein 27727 C 2 2
334 Liechtenstein 27728 T 2 2
335 Liechtenstein 27729 T 2 2
336 Liechtenstein 27730 T 2 2
337 Liechtenstein 27731 G 2 2
338 Liechtenstein 27732 C 2 2
339 Liechtenstein 27733 T 2 2
340 Liechtenstein 27734 T 2 2
341 Liechtenstein 27735 C 2 2
342 Liechtenstein 27736 A 2 2
343 Liechtenstein 27737 C 2 2
344 Liechtenstein 27738 A 2 2
345 Liechtenstein 27739 C 2 2
346 Liechtenstein 27740 T 2 2
347 Liechtenstein 27741 C 2 2
348 Liechtenstein 27742 A 2 2
349 Liechtenstein 27743 A 2 2
350 Liechtenstein 27744 A 2 2
351 Liechtenstein 27745 A 2 2
352 Liechtenstein 27746 G 2 2
353 Liechtenstein 27747 A 2 2