National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12           1                          
H     9                                      
I     25                                   1  
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                               1      
Q     15                   1                  
R     15                                      
S     21         1                            
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Latvia 27394 A 233 233
1 Latvia 27395 T 233 233
2 Latvia 27396 G 233 233
3 Latvia 27397 A 233 233
4 Latvia 27398 A 233 233
5 Latvia 27399 A 233 233
6 Latvia 27400 A 233 233
7 Latvia 27401 T 233 233
8 Latvia 27402 T 233 233
9 Latvia 27403 A 233 233
10 Latvia 27404 T 233 233
11 Latvia 27405 T 233 233
12 Latvia 27406 C 233 233
13 Latvia 27407 T 233 233
14 Latvia 27408 T 233 233
15 Latvia 27409 T 233 233
16 Latvia 27410 T 233 233
17 Latvia 27411 C 233 233
18 Latvia 27412 T 233 233
19 Latvia 27413 T 233 233
20 Latvia 27414 G 233 233
21 Latvia 27415 G 233 233
22 Latvia 27416 C 233 233
23 Latvia 27417 A 233 233
24 Latvia 27418 C 233 233
25 Latvia 27419 T 233 233
26 Latvia 27420 G 233 233
27 Latvia 27421 A G 233 232 Ile10Val
28 Latvia 27422 T 233 233
29 Latvia 27423 A 233 233
30 Latvia 27424 A 233 233
31 Latvia 27425 C 233 233
32 Latvia 27426 A 233 233
33 Latvia 27427 C 233 233
34 Latvia 27428 T 233 233
35 Latvia 27429 C 233 233
36 Latvia 27430 G 233 233
37 Latvia 27431 C 233 233
38 Latvia 27432 T 233 233
39 Latvia 27433 A 233 233
40 Latvia 27434 C 233 233
41 Latvia 27435 T 233 233
42 Latvia 27436 T 233 233
43 Latvia 27437 G 233 233
44 Latvia 27438 T 233 233
45 Latvia 27439 G 233 233
46 Latvia 27440 A 233 233
47 Latvia 27441 G 233 233
48 Latvia 27442 C 233 233
49 Latvia 27443 T 233 233
50 Latvia 27444 T 233 233
51 Latvia 27445 T 233 233
52 Latvia 27446 A 233 233
53 Latvia 27447 T 233 233
54 Latvia 27448 C 233 233
55 Latvia 27449 A 233 233
56 Latvia 27450 C 233 233
57 Latvia 27451 T 233 233
58 Latvia 27452 A 233 233
59 Latvia 27453 C 233 233
60 Latvia 27454 C 233 233
61 Latvia 27455 A 233 233
62 Latvia 27456 A 233 233
63 Latvia 27457 G 233 233
64 Latvia 27458 A 233 233
65 Latvia 27459 G 233 233
66 Latvia 27460 T 233 233
67 Latvia 27461 G 233 233
68 Latvia 27462 T 233 233
69 Latvia 27463 G 233 233
70 Latvia 27464 T 233 233
71 Latvia 27465 T 233 233
72 Latvia 27466 A 233 233
73 Latvia 27467 G 233 233
74 Latvia 27468 A 233 233
75 Latvia 27469 G 233 233
76 Latvia 27470 G 233 233
77 Latvia 27471 T 233 233
78 Latvia 27472 A 233 233
79 Latvia 27473 C 233 233
80 Latvia 27474 A 233 233
81 Latvia 27475 A 233 233
82 Latvia 27476 C 233 233
83 Latvia 27477 A 233 233
84 Latvia 27478 G 233 233
85 Latvia 27479 T 233 233
86 Latvia 27480 A 233 233
87 Latvia 27481 C 233 233
88 Latvia 27482 T 233 233
89 Latvia 27483 T 233 233
90 Latvia 27484 T 233 233
91 Latvia 27485 T 233 233
92 Latvia 27486 A 233 233
93 Latvia 27487 A 233 233
94 Latvia 27488 A 233 233
95 Latvia 27489 A 233 233
96 Latvia 27490 G 233 233
97 Latvia 27491 A 233 233
98 Latvia 27492 A 233 233
99 Latvia 27493 C T 233 232 Pro34Ser
100 Latvia 27494 C 233 233
101 Latvia 27495 T 233 233
102 Latvia 27496 T 233 233
103 Latvia 27497 G 233 233
104 Latvia 27498 C 233 233
105 Latvia 27499 T 233 233
106 Latvia 27500 C 233 233
107 Latvia 27501 T 233 233
108 Latvia 27502 T 233 233
109 Latvia 27503 C 233 233
110 Latvia 27504 T 233 233
111 Latvia 27505 G 233 233
112 Latvia 27506 G 233 233
113 Latvia 27507 A 233 233
114 Latvia 27508 A 233 233
115 Latvia 27509 C 233 233
116 Latvia 27510 A 233 233
117 Latvia 27511 T 233 233
118 Latvia 27512 A 233 233
119 Latvia 27513 C 233 233
120 Latvia 27514 G 233 233
121 Latvia 27515 A 233 233
122 Latvia 27516 G 233 233
123 Latvia 27517 G 233 233
124 Latvia 27518 G 233 233
125 Latvia 27519 C 233 233
126 Latvia 27520 A 233 233
127 Latvia 27521 A 233 233
128 Latvia 27522 T 233 233
129 Latvia 27523 T 233 233
130 Latvia 27524 C 233 233
131 Latvia 27525 A 233 233
132 Latvia 27526 C 233 233
133 Latvia 27527 C 233 233
134 Latvia 27528 A 233 233
135 Latvia 27529 T 233 233
136 Latvia 27530 T 233 233
137 Latvia 27531 T 233 233
138 Latvia 27532 C 233 233
139 Latvia 27533 A 233 233
140 Latvia 27534 T 233 233
141 Latvia 27535 C 233 233
142 Latvia 27536 C 233 233
143 Latvia 27537 T 233 233
144 Latvia 27538 C 233 233
145 Latvia 27539 T 233 233
146 Latvia 27540 A 233 233
147 Latvia 27541 G 233 233
148 Latvia 27542 C 233 233
149 Latvia 27543 T 233 233
150 Latvia 27544 G 233 233
151 Latvia 27545 A 233 233
152 Latvia 27546 T 233 233
153 Latvia 27547 A 233 233
154 Latvia 27548 A 233 233
155 Latvia 27549 C 233 233
156 Latvia 27550 A 233 233
157 Latvia 27551 A 233 233
158 Latvia 27552 A 233 233
159 Latvia 27553 T 233 233
160 Latvia 27554 T 233 233
161 Latvia 27555 T 233 233
162 Latvia 27556 G 233 233
163 Latvia 27557 C 233 233
164 Latvia 27558 A 233 233
165 Latvia 27559 C 233 233
166 Latvia 27560 T 233 233
167 Latvia 27561 G 233 233
168 Latvia 27562 A 233 233
169 Latvia 27563 C 233 233
170 Latvia 27564 T 233 233
171 Latvia 27565 T 233 233
172 Latvia 27566 G 233 233
173 Latvia 27567 C 233 233
174 Latvia 27568 T 233 233
175 Latvia 27569 T 233 233
176 Latvia 27570 T 233 233
177 Latvia 27571 A 233 233
178 Latvia 27572 G 233 233
179 Latvia 27573 C 233 233
180 Latvia 27574 A 233 233
181 Latvia 27575 C 233 233
182 Latvia 27576 T 233 233
183 Latvia 27577 C 233 233
184 Latvia 27578 A 233 233
185 Latvia 27579 A 233 233
186 Latvia 27580 T 233 233
187 Latvia 27581 T 233 233
188 Latvia 27582 T 233 233
189 Latvia 27583 G 233 233
190 Latvia 27584 C 233 233
191 Latvia 27585 T 233 233
192 Latvia 27586 T 233 233
193 Latvia 27587 T 233 233
194 Latvia 27588 T 233 233
195 Latvia 27589 G 233 233
196 Latvia 27590 C 233 233
197 Latvia 27591 T 233 233
198 Latvia 27592 T 233 233
199 Latvia 27593 G 233 233
200 Latvia 27594 T 233 233
201 Latvia 27595 C 233 233
202 Latvia 27596 C 233 233
203 Latvia 27597 T 233 233
204 Latvia 27598 G 233 233
205 Latvia 27599 A 233 233
206 Latvia 27600 C 233 233
207 Latvia 27601 G 233 233
208 Latvia 27602 G 233 233
209 Latvia 27603 C T 233 232 Gly70Gly
210 Latvia 27604 G 233 233
211 Latvia 27605 T 233 233
212 Latvia 27606 A 233 233
213 Latvia 27607 A 233 233
214 Latvia 27608 A 233 233
215 Latvia 27609 A 233 233
216 Latvia 27610 C 233 233
217 Latvia 27611 A 233 233
218 Latvia 27612 C 233 233
219 Latvia 27613 G 233 233
220 Latvia 27614 T 233 233
221 Latvia 27615 C 233 233
222 Latvia 27616 T 233 233
223 Latvia 27617 A 233 233
224 Latvia 27618 T 233 233
225 Latvia 27619 C 233 233
226 Latvia 27620 A 233 233
227 Latvia 27621 G 233 233
228 Latvia 27622 T 233 233
229 Latvia 27623 T 233 233
230 Latvia 27624 A 233 233
231 Latvia 27625 C 233 233
232 Latvia 27626 G 233 233
233 Latvia 27627 T 233 233
234 Latvia 27628 G 233 233
235 Latvia 27629 C 233 233
236 Latvia 27630 C 233 233
237 Latvia 27631 A 233 233
238 Latvia 27632 G 233 233
239 Latvia 27633 A 233 233
240 Latvia 27634 T 233 233
241 Latvia 27635 C 233 233
242 Latvia 27636 A 233 233
243 Latvia 27637 G 233 233
244 Latvia 27638 T 233 233
245 Latvia 27639 T 233 233
246 Latvia 27640 T 233 233
247 Latvia 27641 C 233 233
248 Latvia 27642 A 233 233
249 Latvia 27643 C 233 233
250 Latvia 27644 C 233 233
251 Latvia 27645 T 233 233
252 Latvia 27646 A 233 233
253 Latvia 27647 A 233 233
254 Latvia 27648 A 233 233
255 Latvia 27649 C 233 233
256 Latvia 27650 T 233 233
257 Latvia 27651 G 233 233
258 Latvia 27652 T 233 233
259 Latvia 27653 T 233 233
260 Latvia 27654 C 233 233
261 Latvia 27655 A 233 233
262 Latvia 27656 T 233 233
263 Latvia 27657 C 233 233
264 Latvia 27658 A 233 233
265 Latvia 27659 G 233 233
266 Latvia 27660 A 233 233
267 Latvia 27661 C 233 233
268 Latvia 27662 A 233 233
269 Latvia 27663 A 233 233
270 Latvia 27664 G 233 233
271 Latvia 27665 A 233 233
272 Latvia 27666 G 233 233
273 Latvia 27667 G 233 233
274 Latvia 27668 A 233 233
275 Latvia 27669 A 233 233
276 Latvia 27670 G 233 233
277 Latvia 27671 T 233 233
278 Latvia 27672 T 233 233
279 Latvia 27673 C 233 233
280 Latvia 27674 A T 233 228 Gln94Leu
281 Latvia 27675 A 233 233
282 Latvia 27676 G 233 233
283 Latvia 27677 A 233 233
284 Latvia 27678 A 233 233
285 Latvia 27679 C 233 233
286 Latvia 27680 T 233 233
287 Latvia 27681 T 233 233
288 Latvia 27682 T 233 233
289 Latvia 27683 A 233 233
290 Latvia 27684 C 233 233
291 Latvia 27685 T 233 233
292 Latvia 27686 C T 233 232 Ser98Phe
293 Latvia 27687 T 233 233
294 Latvia 27688 C 233 233
295 Latvia 27689 C 233 233
296 Latvia 27690 A 233 233
297 Latvia 27691 A 233 233
298 Latvia 27692 T 233 233
299 Latvia 27693 T 233 233
300 Latvia 27694 T 233 233
301 Latvia 27695 T 233 233
302 Latvia 27696 T 233 233
303 Latvia 27697 C 233 233
304 Latvia 27698 T 233 233
305 Latvia 27699 T 233 233
306 Latvia 27700 A 233 233
307 Latvia 27701 T 233 233
308 Latvia 27702 T 233 233
309 Latvia 27703 G 233 233
310 Latvia 27704 T 233 233
311 Latvia 27705 T 233 233
312 Latvia 27706 G 233 233
313 Latvia 27707 C 233 233
314 Latvia 27708 G 233 233
315 Latvia 27709 G 233 233
316 Latvia 27710 C 233 233
317 Latvia 27711 A 233 233
318 Latvia 27712 A 233 233
319 Latvia 27713 T 233 233
320 Latvia 27714 A 233 233
321 Latvia 27715 G 233 233
322 Latvia 27716 T 233 233
323 Latvia 27717 G 233 233
324 Latvia 27718 T 233 233
325 Latvia 27719 T 233 233
326 Latvia 27720 T 233 233
327 Latvia 27721 A 233 233
328 Latvia 27722 T 233 233
329 Latvia 27723 A 233 233
330 Latvia 27724 A 233 233
331 Latvia 27725 C 233 233
332 Latvia 27726 A 233 233
333 Latvia 27727 C 233 233
334 Latvia 27728 T 233 233
335 Latvia 27729 T 233 233
336 Latvia 27730 T 233 233
337 Latvia 27731 G 233 233
338 Latvia 27732 C 233 233
339 Latvia 27733 T 233 233
340 Latvia 27734 T 233 233
341 Latvia 27735 C 233 233
342 Latvia 27736 A 233 233
343 Latvia 27737 C 233 233
344 Latvia 27738 A 233 233
345 Latvia 27739 C 233 233
346 Latvia 27740 T 233 233
347 Latvia 27741 C 233 233
348 Latvia 27742 A 233 233
349 Latvia 27743 A 233 233
350 Latvia 27744 A 233 233
351 Latvia 27745 A 233 233
352 Latvia 27746 G 233 233
353 Latvia 27747 A 233 233
354 Latvia 27748 A 233 233
355 Latvia 27749 A 233 233
356 Latvia 27750 G 233 233
357 Latvia 27751 A 233 233
358 Latvia 27752 C 233 233
359 Latvia 27753 A 233 233
360 Latvia 27754 G 233 233
361 Latvia 27755 A 233 233
362 Latvia 27756 A 233 233
363 Latvia 27757 T 233 233
364 Latvia 27758 G 233 233
365 Latvia 27759 A 233 233