National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                               1      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45         1               1            
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15               1                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24 1                                    
Y     15                                     1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Kenya 27394 A 512 512
1 Kenya 27395 T 512 512
2 Kenya 27396 G 512 512
3 Kenya 27397 A 512 512
4 Kenya 27398 A 512 512
5 Kenya 27399 A 512 512
6 Kenya 27400 A 512 512
7 Kenya 27401 T 512 512
8 Kenya 27402 T 512 512
9 Kenya 27403 A 512 512
10 Kenya 27404 T 512 512
11 Kenya 27405 T 512 512
12 Kenya 27406 C 512 512
13 Kenya 27407 T 512 512
14 Kenya 27408 T 512 512
15 Kenya 27409 T 512 512
16 Kenya 27410 T 512 512
17 Kenya 27411 C 512 512
18 Kenya 27412 T 512 512
19 Kenya 27413 T 512 512
20 Kenya 27414 G 512 512
21 Kenya 27415 G 512 512
22 Kenya 27416 C 512 512
23 Kenya 27417 A 512 512
24 Kenya 27418 C 512 511
25 Kenya 27419 T C 512 511 Leu9Pro
26 Kenya 27420 G 512 512
27 Kenya 27421 A 512 512
28 Kenya 27422 T 512 512
29 Kenya 27423 A 512 512
30 Kenya 27424 A 512 512
31 Kenya 27425 C 512 512
32 Kenya 27426 A 512 512
33 Kenya 27427 C 512 512
34 Kenya 27428 T 512 512
35 Kenya 27429 C 512 512
36 Kenya 27430 G 512 512
37 Kenya 27431 C 512 512
38 Kenya 27432 T 512 512
39 Kenya 27433 A 512 512
40 Kenya 27434 C 512 512
41 Kenya 27435 T 512 512
42 Kenya 27436 T 512 512
43 Kenya 27437 G 512 512
44 Kenya 27438 T 512 512
45 Kenya 27439 G 512 512
46 Kenya 27440 A 512 512
47 Kenya 27441 G 512 512
48 Kenya 27442 C 512 512
49 Kenya 27443 T 512 512
50 Kenya 27444 T 512 512
51 Kenya 27445 T 512 512
52 Kenya 27446 A 512 512
53 Kenya 27447 T C 512 511 Tyr18Tyr
54 Kenya 27448 C 512 512
55 Kenya 27449 A 512 512
56 Kenya 27450 C 512 512
57 Kenya 27451 T 512 512
58 Kenya 27452 A 512 512
59 Kenya 27453 C 512 512
60 Kenya 27454 C 512 512
61 Kenya 27455 A 512 512
62 Kenya 27456 A 512 512
63 Kenya 27457 G 512 512
64 Kenya 27458 A 512 512
65 Kenya 27459 G 512 512
66 Kenya 27460 T 512 512
67 Kenya 27461 G 512 512
68 Kenya 27462 T 512 512
69 Kenya 27463 G 512 512
70 Kenya 27464 T C 512 511 Val24Ala
71 Kenya 27465 T 512 512
72 Kenya 27466 A 512 512
73 Kenya 27467 G 512 512
74 Kenya 27468 A 512 512
75 Kenya 27469 G 512 512
76 Kenya 27470 G 512 512
77 Kenya 27471 T 512 512
78 Kenya 27472 A 512 512
79 Kenya 27473 C 512 512
80 Kenya 27474 A 512 512
81 Kenya 27475 A 512 512
82 Kenya 27476 C 512 512
83 Kenya 27477 A 512 512
84 Kenya 27478 G 512 512
85 Kenya 27479 T 512 512
86 Kenya 27480 A 512 512
87 Kenya 27481 C 512 512
88 Kenya 27482 T 512 512
89 Kenya 27483 T 512 512
90 Kenya 27484 T 512 512
91 Kenya 27485 T 512 512
92 Kenya 27486 A 512 512
93 Kenya 27487 A 512 512
94 Kenya 27488 A 512 512
95 Kenya 27489 A 512 512
96 Kenya 27490 G 512 512
97 Kenya 27491 A 512 512
98 Kenya 27492 A 512 512
99 Kenya 27493 C 512 512
100 Kenya 27494 C 512 512
101 Kenya 27495 T 512 512
102 Kenya 27496 T 512 512
103 Kenya 27497 G 512 512
104 Kenya 27498 C 512 512
105 Kenya 27499 T 512 512
106 Kenya 27500 C 512 512
107 Kenya 27501 T 512 512
108 Kenya 27502 T 512 512
109 Kenya 27503 C 512 512
110 Kenya 27504 T 512 512
111 Kenya 27505 G 512 512
112 Kenya 27506 G 512 512
113 Kenya 27507 A 512 512
114 Kenya 27508 A 512 512
115 Kenya 27509 C 512 512
116 Kenya 27510 A 512 512
117 Kenya 27511 T 512 512
118 Kenya 27512 A 142 137
119 Kenya 27513 C 142 137
120 Kenya 27514 G 142 137
121 Kenya 27515 A 142 137
122 Kenya 27516 G 142 136
123 Kenya 27517 G 142 137
124 Kenya 27518 G 142 137
125 Kenya 27519 C 142 137
126 Kenya 27520 A 142 136
127 Kenya 27521 A 142 137
128 Kenya 27522 T 142 137
129 Kenya 27523 T 142 137
130 Kenya 27524 C 142 138
131 Kenya 27525 A 142 139
132 Kenya 27526 C 142 139
133 Kenya 27527 C 142 139
134 Kenya 27528 A 142 138
135 Kenya 27529 T 142 138
136 Kenya 27530 T 142 138
137 Kenya 27531 T 142 138
138 Kenya 27532 C 142 139
139 Kenya 27533 A 142 139
140 Kenya 27534 T 142 139
141 Kenya 27535 C 142 140
142 Kenya 27536 C 142 139
143 Kenya 27537 T 142 139
144 Kenya 27538 C 142 141
145 Kenya 27539 T 142 141
146 Kenya 27540 A 142 140
147 Kenya 27541 G 142 139
148 Kenya 27542 C 142 140
149 Kenya 27543 T 142 140
150 Kenya 27544 G 142 141
151 Kenya 27545 A 142 141
152 Kenya 27546 T 142 141
153 Kenya 27547 A 142 141
154 Kenya 27548 A 142 141
155 Kenya 27549 C 142 142
156 Kenya 27550 A 142 142
157 Kenya 27551 A 142 142
158 Kenya 27552 A 142 141
159 Kenya 27553 T 142 141
160 Kenya 27554 T 142 142
161 Kenya 27555 T 142 142
162 Kenya 27556 G 142 140
163 Kenya 27557 C 142 140
164 Kenya 27558 A 142 140
165 Kenya 27559 C 142 139
166 Kenya 27560 T 142 142
167 Kenya 27561 G 142 141
168 Kenya 27562 A 142 141
169 Kenya 27563 C 142 141
170 Kenya 27564 T 142 141
171 Kenya 27565 T 142 141
172 Kenya 27566 G 142 141
173 Kenya 27567 C 142 142
174 Kenya 27568 T 142 142
175 Kenya 27569 T 142 142
176 Kenya 27570 T 142 142
177 Kenya 27571 A 142 142
178 Kenya 27572 G 142 142
179 Kenya 27573 C 142 141
180 Kenya 27574 A 141 139
181 Kenya 27575 C 141 140
182 Kenya 27576 T 141 140
183 Kenya 27577 C 141 141
184 Kenya 27578 A 141 139
185 Kenya 27579 A 141 141
186 Kenya 27580 T 141 140
187 Kenya 27581 T 141 140
188 Kenya 27582 T 141 140
189 Kenya 27583 G 141 139
190 Kenya 27584 C 141 140
191 Kenya 27585 T 141 139
192 Kenya 27586 T 141 140
193 Kenya 27587 T 141 141
194 Kenya 27588 T 141 141
195 Kenya 27589 G 141 141
196 Kenya 27590 C 141 141
197 Kenya 27591 T 141 141
198 Kenya 27592 T 141 141
199 Kenya 27593 G 141 141
200 Kenya 27594 T 141 141
201 Kenya 27595 C 141 138
202 Kenya 27596 C 141 141
203 Kenya 27597 T 141 140
204 Kenya 27598 G 141 141
205 Kenya 27599 A 141 141
206 Kenya 27600 C 141 140
207 Kenya 27601 G 141 140
208 Kenya 27602 G 141 140
209 Kenya 27603 C 141 140
210 Kenya 27604 G 141 140
211 Kenya 27605 T 141 139
212 Kenya 27606 A 142 140
213 Kenya 27607 A 143 143
214 Kenya 27608 A 143 143
215 Kenya 27609 A 143 143
216 Kenya 27610 C 143 142
217 Kenya 27611 A 143 143
218 Kenya 27612 C 143 142
219 Kenya 27613 G 143 143
220 Kenya 27614 T 143 143
221 Kenya 27615 C 143 142
222 Kenya 27616 T 143 142
223 Kenya 27617 A 143 143
224 Kenya 27618 T 143 143
225 Kenya 27619 C 143 142
226 Kenya 27620 A 143 141
227 Kenya 27621 G 143 143
228 Kenya 27622 T 143 143
229 Kenya 27623 T 143 143
230 Kenya 27624 A 143 143
231 Kenya 27625 C 143 143
232 Kenya 27626 G 143 143
233 Kenya 27627 T 143 143
234 Kenya 27628 G 143 142
235 Kenya 27629 C 143 142
236 Kenya 27630 C 143 143
237 Kenya 27631 A 143 142
238 Kenya 27632 G 143 143
239 Kenya 27633 A 143 143
240 Kenya 27634 T 143 142
241 Kenya 27635 C 143 143
242 Kenya 27636 A 143 142
243 Kenya 27637 G 143 143
244 Kenya 27638 T 143 142
245 Kenya 27639 T 143 143
246 Kenya 27640 T 143 143
247 Kenya 27641 C 143 143
248 Kenya 27642 A 143 143
249 Kenya 27643 C 143 142
250 Kenya 27644 C 143 143
251 Kenya 27645 T 143 143
252 Kenya 27646 A 143 141
253 Kenya 27647 A 143 142
254 Kenya 27648 A 143 142
255 Kenya 27649 C 143 142
256 Kenya 27650 T 143 143
257 Kenya 27651 G 143 142
258 Kenya 27652 T 143 143
259 Kenya 27653 T 143 143
260 Kenya 27654 C 143 142
261 Kenya 27655 A 143 143
262 Kenya 27656 T 143 143
263 Kenya 27657 C 143 143
264 Kenya 27658 A 143 143
265 Kenya 27659 G 143 143
266 Kenya 27660 A 143 142
267 Kenya 27661 C 143 143
268 Kenya 27662 A 143 141
269 Kenya 27663 A 143 141
270 Kenya 27664 G 143 141
271 Kenya 27665 A 143 142
272 Kenya 27666 G 143 142
273 Kenya 27667 G 143 142
274 Kenya 27668 A 143 142
275 Kenya 27669 A 143 142
276 Kenya 27670 G 143 142
277 Kenya 27671 T 143 143
278 Kenya 27672 T 143 143
279 Kenya 27673 C 143 143
280 Kenya 27674 A 143 142
281 Kenya 27675 A 143 143
282 Kenya 27676 G 143 143
283 Kenya 27677 A 143 142
284 Kenya 27678 A 143 142
285 Kenya 27679 C T 143 142 Leu96Phe
286 Kenya 27680 T 143 140
287 Kenya 27681 T 143 141
288 Kenya 27682 T 143 143
289 Kenya 27683 A 143 142
290 Kenya 27684 C 143 140
291 Kenya 27685 T 143 140
292 Kenya 27686 C 143 141
293 Kenya 27687 T 143 141
294 Kenya 27688 C 143 139
295 Kenya 27689 C 143 141
296 Kenya 27690 A 143 143
297 Kenya 27691 A 143 143
298 Kenya 27692 T 143 139
299 Kenya 27693 T 143 143
300 Kenya 27694 T 143 142
301 Kenya 27695 T 143 142
302 Kenya 27696 T 143 142
303 Kenya 27697 C 143 142
304 Kenya 27698 T 143 142
305 Kenya 27699 T 143 141
306 Kenya 27700 A 143 141
307 Kenya 27701 T 143 143
308 Kenya 27702 T 143 143
309 Kenya 27703 G 143 142
310 Kenya 27704 T 143 143
311 Kenya 27705 T 143 143
312 Kenya 27706 G T 142 141 Ala105Ser
313 Kenya 27707 C 142 142
314 Kenya 27708 G 142 142
315 Kenya 27709 G 142 142
316 Kenya 27710 C 142 142
317 Kenya 27711 A 142 142
318 Kenya 27712 A 142 142
319 Kenya 27713 T 142 142
320 Kenya 27714 A 142 142
321 Kenya 27715 G 142 141
322 Kenya 27716 T 142 142
323 Kenya 27717 G 142 142
324 Kenya 27718 T 142 141
325 Kenya 27719 T 142 142
326 Kenya 27720 T 142 142
327 Kenya 27721 A 142 142
328 Kenya 27722 T 142 141
329 Kenya 27723 A 142 142
330 Kenya 27724 A 142 142
331 Kenya 27725 C 142 142
332 Kenya 27726 A 142 141
333 Kenya 27727 C 142 142
334 Kenya 27728 T 141 140
335 Kenya 27729 T 141 141
336 Kenya 27730 T 140 140
337 Kenya 27731 G 140 140
338 Kenya 27732 C 140 140
339 Kenya 27733 T 140 140
340 Kenya 27734 T 140 140
341 Kenya 27735 C 140 140
342 Kenya 27736 A 140 139
343 Kenya 27737 C 140 140
344 Kenya 27738 A 140 138
345 Kenya 27739 C 140 140
346 Kenya 27740 T 140 140
347 Kenya 27741 C 139 139
348 Kenya 27742 A 139 136
349 Kenya 27743 A 139 139
350 Kenya 27744 A 139 139
351 Kenya 27745 A 139 139
352 Kenya 27746 G T 139 138 Arg118Ile
353 Kenya 27747 A 139 139
354 Kenya 27748 A 139 139
355 Kenya 27749 A 139 139
356 Kenya 27750 G 139 139
357 Kenya 27751 A 139 139
358 Kenya 27752 C 139 139
359 Kenya 27753 A 139 139
360 Kenya 27754 G 139 139
361 Kenya 27755 A 139 139
362 Kenya 27756 A 139 139
363 Kenya 27757 T 139 139
364 Kenya 27758 G 139 139
365 Kenya 27759 A 139 139