National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27 1                                    
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30               1                      
G     12           1                          
H     9                                      
I     25               1                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                         1            
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Iran 27394 A 36 36
1 Iran 27395 T 36 36
2 Iran 27396 G 36 36
3 Iran 27397 A 36 36
4 Iran 27398 A 36 36
5 Iran 27399 A 36 36
6 Iran 27400 A 36 36
7 Iran 27401 T 36 36
8 Iran 27402 T 36 36
9 Iran 27403 A 36 36
10 Iran 27404 T 36 36
11 Iran 27405 T 36 36
12 Iran 27406 C 36 36
13 Iran 27407 T 36 36
14 Iran 27408 T 36 36
15 Iran 27409 T 36 36
16 Iran 27410 T 36 36
17 Iran 27411 C 36 36
18 Iran 27412 T 36 36
19 Iran 27413 T 36 36
20 Iran 27414 G 36 36
21 Iran 27415 G 36 36
22 Iran 27416 C 36 36
23 Iran 27417 A C 36 35 Ala8Ala
24 Iran 27418 C 36 36
25 Iran 27419 T 36 36
26 Iran 27420 G 36 36
27 Iran 27421 A 36 36
28 Iran 27422 T 36 36
29 Iran 27423 A 36 36
30 Iran 27424 A 36 36
31 Iran 27425 C 36 36
32 Iran 27426 A 36 36
33 Iran 27427 C 36 36
34 Iran 27428 T 36 36
35 Iran 27429 C 36 36
36 Iran 27430 G 36 36
37 Iran 27431 C 36 36
38 Iran 27432 T 36 36
39 Iran 27433 A 36 36
40 Iran 27434 C 36 36
41 Iran 27435 T 36 36
42 Iran 27436 T 36 36
43 Iran 27437 G 36 36
44 Iran 27438 T 36 36
45 Iran 27439 G 36 36
46 Iran 27440 A 36 36
47 Iran 27441 G 36 36
48 Iran 27442 C 36 36
49 Iran 27443 T 36 36
50 Iran 27444 T 36 36
51 Iran 27445 T 36 36
52 Iran 27446 A 36 36
53 Iran 27447 T 36 36
54 Iran 27448 C 36 36
55 Iran 27449 A 36 36
56 Iran 27450 C 36 36
57 Iran 27451 T 36 36
58 Iran 27452 A 36 36
59 Iran 27453 C 36 36
60 Iran 27454 C 36 36
61 Iran 27455 A 36 36
62 Iran 27456 A 36 36
63 Iran 27457 G 36 36
64 Iran 27458 A 36 36
65 Iran 27459 G 36 36
66 Iran 27460 T 36 36
67 Iran 27461 G 36 36
68 Iran 27462 T 36 36
69 Iran 27463 G 36 36
70 Iran 27464 T 36 36
71 Iran 27465 T 36 36
72 Iran 27466 A 36 36
73 Iran 27467 G 36 36
74 Iran 27468 A 36 36
75 Iran 27469 G 36 36
76 Iran 27470 G 36 36
77 Iran 27471 T 36 36
78 Iran 27472 A 36 36
79 Iran 27473 C 36 36
80 Iran 27474 A 36 36
81 Iran 27475 A 36 36
82 Iran 27476 C 36 36
83 Iran 27477 A 36 36
84 Iran 27478 G 36 36
85 Iran 27479 T 36 36
86 Iran 27480 A 36 36
87 Iran 27481 C 36 35
88 Iran 27482 T 36 36
89 Iran 27483 T 36 35
90 Iran 27484 T 36 36
91 Iran 27485 T 36 35
92 Iran 27486 A 36 36
93 Iran 27487 A 36 35
94 Iran 27488 A 36 35
95 Iran 27489 A 36 35
96 Iran 27490 G 36 35
97 Iran 27491 A 36 35
98 Iran 27492 A 36 35
99 Iran 27493 C 36 35
100 Iran 27494 C 36 36
101 Iran 27495 T A 36 35 Pro34Pro
102 Iran 27496 T 36 36
103 Iran 27497 G 36 36
104 Iran 27498 C 36 36
105 Iran 27499 T 36 36
106 Iran 27500 C 36 36
107 Iran 27501 T 36 36
108 Iran 27502 T 36 36
109 Iran 27503 C 36 36
110 Iran 27504 T 36 36
111 Iran 27505 G 36 36
112 Iran 27506 G 36 36
113 Iran 27507 A 36 36
114 Iran 27508 A 36 36
115 Iran 27509 C 36 36
116 Iran 27510 A 36 36
117 Iran 27511 T 36 36
118 Iran 27512 A 36 36
119 Iran 27513 C 36 36
120 Iran 27514 G 36 36
121 Iran 27515 A 36 36
122 Iran 27516 G 36 36
123 Iran 27517 G 36 36
124 Iran 27518 G 36 36
125 Iran 27519 C 36 36
126 Iran 27520 A 36 36
127 Iran 27521 A 36 36
128 Iran 27522 T 36 36
129 Iran 27523 T 36 36
130 Iran 27524 C 36 36
131 Iran 27525 A 36 36
132 Iran 27526 C 36 36
133 Iran 27527 C 36 36
134 Iran 27528 A 36 36
135 Iran 27529 T 36 36
136 Iran 27530 T 36 36
137 Iran 27531 T 36 36
138 Iran 27532 C 36 36
139 Iran 27533 A 36 36
140 Iran 27534 T 36 36
141 Iran 27535 C 36 36
142 Iran 27536 C 36 36
143 Iran 27537 T 36 36
144 Iran 27538 C 36 36
145 Iran 27539 T 36 36
146 Iran 27540 A 36 36
147 Iran 27541 G 36 36
148 Iran 27542 C 36 36
149 Iran 27543 T 36 36
150 Iran 27544 G 36 36
151 Iran 27545 A 36 36
152 Iran 27546 T 36 36
153 Iran 27547 A 36 36
154 Iran 27548 A 36 36
155 Iran 27549 C 36 36
156 Iran 27550 A 36 36
157 Iran 27551 A 36 36
158 Iran 27552 A 36 36
159 Iran 27553 T 36 36
160 Iran 27554 T 36 36
161 Iran 27555 T 36 36
162 Iran 27556 G 36 36
163 Iran 27557 C 36 36
164 Iran 27558 A 36 36
165 Iran 27559 C 36 36
166 Iran 27560 T 36 36
167 Iran 27561 G 36 36
168 Iran 27562 A 36 36
169 Iran 27563 C 36 36
170 Iran 27564 T 36 36
171 Iran 27565 T 36 36
172 Iran 27566 G 36 36
173 Iran 27567 C 36 36
174 Iran 27568 T 36 36
175 Iran 27569 T 36 36
176 Iran 27570 T 36 36
177 Iran 27571 A 36 36
178 Iran 27572 G 36 36
179 Iran 27573 C 36 36
180 Iran 27574 A 36 36
181 Iran 27575 C 36 36
182 Iran 27576 T 36 36
183 Iran 27577 C 36 36
184 Iran 27578 A 36 36
185 Iran 27579 A 36 36
186 Iran 27580 T 36 36
187 Iran 27581 T 36 36
188 Iran 27582 T 36 36
189 Iran 27583 G 36 36
190 Iran 27584 C 36 36
191 Iran 27585 T 36 36
192 Iran 27586 T 36 36
193 Iran 27587 T 36 36
194 Iran 27588 T 36 36
195 Iran 27589 G 36 36
196 Iran 27590 C 36 36
197 Iran 27591 T 36 36
198 Iran 27592 T 36 36
199 Iran 27593 G 36 36
200 Iran 27594 T 36 36
201 Iran 27595 C 36 36
202 Iran 27596 C 36 36
203 Iran 27597 T 36 36
204 Iran 27598 G 36 36
205 Iran 27599 A 36 36
206 Iran 27600 C 36 36
207 Iran 27601 G 36 36
208 Iran 27602 G 36 36
209 Iran 27603 C A 36 35 Gly70Gly
210 Iran 27604 G 36 36
211 Iran 27605 T 36 36
212 Iran 27606 A 36 36
213 Iran 27607 A 36 36
214 Iran 27608 A 36 36
215 Iran 27609 A 36 36
216 Iran 27610 C 36 36
217 Iran 27611 A 36 36
218 Iran 27612 C 36 36
219 Iran 27613 G 36 36
220 Iran 27614 T 36 36
221 Iran 27615 C 36 36
222 Iran 27616 T 36 36
223 Iran 27617 A 36 36
224 Iran 27618 T 36 36
225 Iran 27619 C 36 36
226 Iran 27620 A 36 36
227 Iran 27621 G 36 36
228 Iran 27622 T 36 36
229 Iran 27623 T 36 36
230 Iran 27624 A 36 36
231 Iran 27625 C 36 36
232 Iran 27626 G 36 36
233 Iran 27627 T 36 36
234 Iran 27628 G 36 36
235 Iran 27629 C 36 36
236 Iran 27630 C 36 36
237 Iran 27631 A 36 36
238 Iran 27632 G 36 36
239 Iran 27633 A 36 36
240 Iran 27634 T 36 36
241 Iran 27635 C 36 36
242 Iran 27636 A 36 36
243 Iran 27637 G 36 36
244 Iran 27638 T 36 36
245 Iran 27639 T 36 36
246 Iran 27640 T 36 36
247 Iran 27641 C 36 36
248 Iran 27642 A 36 36
249 Iran 27643 C 36 36
250 Iran 27644 C 36 36
251 Iran 27645 T 36 36
252 Iran 27646 A 36 36
253 Iran 27647 A 36 36
254 Iran 27648 A 36 36
255 Iran 27649 C 36 36
256 Iran 27650 T 36 36
257 Iran 27651 G 36 36
258 Iran 27652 T 36 36
259 Iran 27653 T 36 36
260 Iran 27654 C 36 36
261 Iran 27655 A 36 36
262 Iran 27656 T 36 36
263 Iran 27657 C 36 36
264 Iran 27658 A 36 36
265 Iran 27659 G 36 36
266 Iran 27660 A 36 36
267 Iran 27661 C 36 36
268 Iran 27662 A 36 36
269 Iran 27663 A 36 36
270 Iran 27664 G 36 36
271 Iran 27665 A 36 36
272 Iran 27666 G 36 36
273 Iran 27667 G 36 36
274 Iran 27668 A 36 36
275 Iran 27669 A 36 36
276 Iran 27670 G 36 36
277 Iran 27671 T 36 36
278 Iran 27672 T 36 36
279 Iran 27673 C 36 36
280 Iran 27674 A 36 36
281 Iran 27675 A 36 36
282 Iran 27676 G 36 36
283 Iran 27677 A 36 36
284 Iran 27678 A 36 36
285 Iran 27679 C 36 36
286 Iran 27680 T 36 36
287 Iran 27681 T 36 36
288 Iran 27682 T 36 36
289 Iran 27683 A 36 36
290 Iran 27684 C 36 36
291 Iran 27685 T 36 36
292 Iran 27686 C 36 36
293 Iran 27687 T 36 36
294 Iran 27688 C 36 36
295 Iran 27689 C 36 36
296 Iran 27690 A 36 36
297 Iran 27691 A 36 36
298 Iran 27692 T 36 36
299 Iran 27693 T 36 36
300 Iran 27694 T 36 36
301 Iran 27695 T 36 36
302 Iran 27696 T 36 36
303 Iran 27697 C 36 36
304 Iran 27698 T 36 36
305 Iran 27699 T 36 36
306 Iran 27700 A 36 36
307 Iran 27701 T 36 36
308 Iran 27702 T C 36 35 Ile103Ile
309 Iran 27703 G 36 36
310 Iran 27704 T 36 36
311 Iran 27705 T 36 36
312 Iran 27706 G 36 36
313 Iran 27707 C 36 36
314 Iran 27708 G 36 36
315 Iran 27709 G 36 36
316 Iran 27710 C 36 36
317 Iran 27711 A 36 36
318 Iran 27712 A 36 36
319 Iran 27713 T 36 36
320 Iran 27714 A 36 36
321 Iran 27715 G 36 36
322 Iran 27716 T 36 36
323 Iran 27717 G 36 36
324 Iran 27718 T 36 36
325 Iran 27719 T 36 36
326 Iran 27720 T 36 36
327 Iran 27721 A 36 36
328 Iran 27722 T 36 36
329 Iran 27723 A 36 36
330 Iran 27724 A 36 36
331 Iran 27725 C 36 36
332 Iran 27726 A 36 36
333 Iran 27727 C 36 36
334 Iran 27728 T 36 36
335 Iran 27729 T 36 36
336 Iran 27730 T 36 36
337 Iran 27731 G 36 36
338 Iran 27732 C 36 36
339 Iran 27733 T A 36 35 Phe114Ile
340 Iran 27734 T 36 36
341 Iran 27735 C 36 36
342 Iran 27736 A 36 36
343 Iran 27737 C 36 36
344 Iran 27738 A 36 36
345 Iran 27739 C 36 36
346 Iran 27740 T 36 36
347 Iran 27741 C 36 36
348 Iran 27742 A 36 36
349 Iran 27743 A 36 36
350 Iran 27744 A 36 36
351 Iran 27745 A 36 36
352 Iran 27746 G 36 36
353 Iran 27747 A 36 36
354 Iran 27748 A 36 36
355 Iran 27749 A 36 36
356 Iran 27750 G 36 36
357 Iran 27751 A 36 36
358 Iran 27752 C 36 36
359 Iran 27753 A 36 36
360 Iran 27754 G 36 36
361 Iran 27755 A 36 36
362 Iran 27756 A 36 36
363 Iran 27757 T 36 36
364 Iran 27758 G 36 36
365 Iran 27759 A 36 36