National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27 2                                    
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                     2
I     25               2                 1    
K     21                                      
L     45                   1     1            
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15             1                        
R     15               1                      
S     21                                      
T     30               3                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Indonesia 27394 A 303 303
1 Indonesia 27395 T 303 303
2 Indonesia 27396 G 303 303
3 Indonesia 27397 A 303 303
4 Indonesia 27398 A 303 303
5 Indonesia 27399 A 303 303
6 Indonesia 27400 A 303 303
7 Indonesia 27401 T 303 303
8 Indonesia 27402 T 303 303
9 Indonesia 27403 A 303 303
10 Indonesia 27404 T 303 303
11 Indonesia 27405 T 303 303
12 Indonesia 27406 C 303 303
13 Indonesia 27407 T 303 303
14 Indonesia 27408 T 303 303
15 Indonesia 27409 T 303 303
16 Indonesia 27410 T 303 303
17 Indonesia 27411 C 303 303
18 Indonesia 27412 T 303 303
19 Indonesia 27413 T 303 303
20 Indonesia 27414 G 303 303
21 Indonesia 27415 G 303 303
22 Indonesia 27416 C 303 303
23 Indonesia 27417 A 303 303
24 Indonesia 27418 C 303 303
25 Indonesia 27419 T 303 303
26 Indonesia 27420 G 303 303
27 Indonesia 27421 A 303 303
28 Indonesia 27422 T 303 303
29 Indonesia 27423 A 303 303
30 Indonesia 27424 A 303 303
31 Indonesia 27425 C 303 303
32 Indonesia 27426 A 303 303
33 Indonesia 27427 C 303 303
34 Indonesia 27428 T 303 303
35 Indonesia 27429 C 303 303
36 Indonesia 27430 G 303 303
37 Indonesia 27431 C 303 303
38 Indonesia 27432 T C 303 302 Ala13Ala
39 Indonesia 27433 A 303 303
40 Indonesia 27434 C 303 303
41 Indonesia 27435 T 303 303
42 Indonesia 27436 T 303 303
43 Indonesia 27437 G 303 303
44 Indonesia 27438 T 303 303
45 Indonesia 27439 G 303 303
46 Indonesia 27440 A 303 303
47 Indonesia 27441 G 303 303
48 Indonesia 27442 C 303 303
49 Indonesia 27443 T 303 303
50 Indonesia 27444 T 303 303
51 Indonesia 27445 T 303 303
52 Indonesia 27446 A 303 303
53 Indonesia 27447 T 303 303
54 Indonesia 27448 C 303 303
55 Indonesia 27449 A 303 303
56 Indonesia 27450 C 303 303
57 Indonesia 27451 T 303 303
58 Indonesia 27452 A 303 303
59 Indonesia 27453 C 303 303
60 Indonesia 27454 C 303 303
61 Indonesia 27455 A 303 303
62 Indonesia 27456 A 303 303
63 Indonesia 27457 G 303 303
64 Indonesia 27458 A 303 303
65 Indonesia 27459 G 303 303
66 Indonesia 27460 T 303 303
67 Indonesia 27461 G 303 303
68 Indonesia 27462 T 303 303
69 Indonesia 27463 G 303 303
70 Indonesia 27464 T 303 303
71 Indonesia 27465 T 303 303
72 Indonesia 27466 A 303 303
73 Indonesia 27467 G 303 303
74 Indonesia 27468 A 304 304
75 Indonesia 27469 G 304 304
76 Indonesia 27470 G 304 304
77 Indonesia 27471 T 304 303
78 Indonesia 27472 A 304 302
79 Indonesia 27473 C 304 302
80 Indonesia 27474 A 304 302
81 Indonesia 27475 A 304 302
82 Indonesia 27476 C T 304 301 Thr28Ile
83 Indonesia 27477 A 304 302
84 Indonesia 27478 G 304 302
85 Indonesia 27479 T 304 302
86 Indonesia 27480 A 304 302
87 Indonesia 27481 C 304 302
88 Indonesia 27482 T 304 302
89 Indonesia 27483 T 304 302
90 Indonesia 27484 T 304 303
91 Indonesia 27485 T 304 303
92 Indonesia 27486 A 304 303
93 Indonesia 27487 A 304 303
94 Indonesia 27488 A 304 303
95 Indonesia 27489 A 304 303
96 Indonesia 27490 G 304 303
97 Indonesia 27491 A 304 303
98 Indonesia 27492 A 304 303
99 Indonesia 27493 C 304 303
100 Indonesia 27494 C 304 303
101 Indonesia 27495 T 304 303
102 Indonesia 27496 T 304 303
103 Indonesia 27497 G 304 304
104 Indonesia 27498 C 304 304
105 Indonesia 27499 T 304 304
106 Indonesia 27500 C 304 304
107 Indonesia 27501 T 304 304
108 Indonesia 27502 T 304 304
109 Indonesia 27503 C 304 304
110 Indonesia 27504 T 304 304
111 Indonesia 27505 G 304 304
112 Indonesia 27506 G 304 304
113 Indonesia 27507 A 304 304
114 Indonesia 27508 A 304 304
115 Indonesia 27509 C T 304 303 Thr39Ile
116 Indonesia 27510 A 304 304
117 Indonesia 27511 T 304 304
118 Indonesia 27512 A 298 297
119 Indonesia 27513 C 298 297
120 Indonesia 27514 G 298 297
121 Indonesia 27515 A 298 297
122 Indonesia 27516 G 298 297
123 Indonesia 27517 G 298 297
124 Indonesia 27518 G 298 297
125 Indonesia 27519 C 298 297
126 Indonesia 27520 A 298 297
127 Indonesia 27521 A 298 297
128 Indonesia 27522 T 298 297
129 Indonesia 27523 T 298 297
130 Indonesia 27524 C 298 297
131 Indonesia 27525 A 298 297
132 Indonesia 27526 C 298 297
133 Indonesia 27527 C 298 297
134 Indonesia 27528 A 298 297
135 Indonesia 27529 T 298 297
136 Indonesia 27530 T 298 297
137 Indonesia 27531 T 298 297
138 Indonesia 27532 C T 298 295 His47Tyr
139 Indonesia 27533 A 298 297
140 Indonesia 27534 T 298 297
141 Indonesia 27535 C 298 297
142 Indonesia 27536 C 298 298
143 Indonesia 27537 T 298 298
144 Indonesia 27538 C 298 298
145 Indonesia 27539 T 298 298
146 Indonesia 27540 A 298 298
147 Indonesia 27541 G 298 298
148 Indonesia 27542 C 298 297
149 Indonesia 27543 T 298 298
150 Indonesia 27544 G 298 298
151 Indonesia 27545 A 298 298
152 Indonesia 27546 T 298 298
153 Indonesia 27547 A 298 298
154 Indonesia 27548 A 298 298
155 Indonesia 27549 C 298 298
156 Indonesia 27550 A 298 298
157 Indonesia 27551 A 298 298
158 Indonesia 27552 A 298 298
159 Indonesia 27553 T 298 298
160 Indonesia 27554 T 298 298
161 Indonesia 27555 T 298 298
162 Indonesia 27556 G 298 298
163 Indonesia 27557 C 298 298
164 Indonesia 27558 A 298 298
165 Indonesia 27559 C 298 298
166 Indonesia 27560 T 298 297
167 Indonesia 27561 G 298 298
168 Indonesia 27562 A 298 298
169 Indonesia 27563 C 298 298
170 Indonesia 27564 T 298 298
171 Indonesia 27565 T 298 298
172 Indonesia 27566 G 298 298
173 Indonesia 27567 C 298 298
174 Indonesia 27568 T 298 298
175 Indonesia 27569 T 298 298
176 Indonesia 27570 T 298 298
177 Indonesia 27571 A 298 298
178 Indonesia 27572 G 298 297
179 Indonesia 27573 C 298 297
180 Indonesia 27574 A 298 297
181 Indonesia 27575 C 298 297
182 Indonesia 27576 T 298 297
183 Indonesia 27577 C 298 297
184 Indonesia 27578 A 298 298
185 Indonesia 27579 A 298 298
186 Indonesia 27580 T 298 298
187 Indonesia 27581 T 298 297
188 Indonesia 27582 T 298 298
189 Indonesia 27583 G 298 298
190 Indonesia 27584 C 298 298
191 Indonesia 27585 T 298 298
192 Indonesia 27586 T 298 298
193 Indonesia 27587 T 298 298
194 Indonesia 27588 T 298 298
195 Indonesia 27589 G 298 298
196 Indonesia 27590 C 298 296
197 Indonesia 27591 T C 298 297 Ala66Ala
198 Indonesia 27592 T 298 298
199 Indonesia 27593 G 298 298
200 Indonesia 27594 T 298 298
201 Indonesia 27595 C 298 298
202 Indonesia 27596 C 298 298
203 Indonesia 27597 T 298 298
204 Indonesia 27598 G 298 298
205 Indonesia 27599 A 298 298
206 Indonesia 27600 C 298 298
207 Indonesia 27601 G 298 298
208 Indonesia 27602 G 297 297
209 Indonesia 27603 C 297 297
210 Indonesia 27604 G 297 297
211 Indonesia 27605 T 297 297
212 Indonesia 27606 A 297 296
213 Indonesia 27607 A 297 297
214 Indonesia 27608 A 297 297
215 Indonesia 27609 A 297 295
216 Indonesia 27610 C T 297 294 His73Tyr
217 Indonesia 27611 A 297 295
218 Indonesia 27612 C 297 296
219 Indonesia 27613 G 297 296
220 Indonesia 27614 T 297 296
221 Indonesia 27615 C 297 296
222 Indonesia 27616 T 297 296
223 Indonesia 27617 A 297 296
224 Indonesia 27618 T 297 296
225 Indonesia 27619 C 297 296
226 Indonesia 27620 A 297 296
227 Indonesia 27621 G 297 296
228 Indonesia 27622 T 297 296
229 Indonesia 27623 T 297 296
230 Indonesia 27624 A 297 297
231 Indonesia 27625 C 297 297
232 Indonesia 27626 G 297 297
233 Indonesia 27627 T 297 297
234 Indonesia 27628 G 297 297
235 Indonesia 27629 C 297 297
236 Indonesia 27630 C 297 297
237 Indonesia 27631 A 297 297
238 Indonesia 27632 G 297 297
239 Indonesia 27633 A 297 297
240 Indonesia 27634 T 297 297
241 Indonesia 27635 C 297 297
242 Indonesia 27636 A 297 297
243 Indonesia 27637 G 297 297
244 Indonesia 27638 T 297 297
245 Indonesia 27639 T 297 297
246 Indonesia 27640 T 297 297
247 Indonesia 27641 C 297 297
248 Indonesia 27642 A 297 297
249 Indonesia 27643 C 297 297
250 Indonesia 27644 C 297 296
251 Indonesia 27645 T 297 296
252 Indonesia 27646 A 297 297
253 Indonesia 27647 A 297 297
254 Indonesia 27648 A 297 297
255 Indonesia 27649 C 297 297
256 Indonesia 27650 T 297 296
257 Indonesia 27651 G 297 296
258 Indonesia 27652 T 297 296
259 Indonesia 27653 T 297 296
260 Indonesia 27654 C 297 296
261 Indonesia 27655 A 297 296
262 Indonesia 27656 T C 297 295 Ile88Thr
263 Indonesia 27657 C T 297 294 Ile88Ile
264 Indonesia 27658 A 297 296
265 Indonesia 27659 G T 297 294 Arg89Ile
266 Indonesia 27660 A 297 296
267 Indonesia 27661 C 297 296
268 Indonesia 27662 A 297 296
269 Indonesia 27663 A 297 296
270 Indonesia 27664 G 297 296
271 Indonesia 27665 A 297 296
272 Indonesia 27666 G 297 296
273 Indonesia 27667 G 297 296
274 Indonesia 27668 A 297 296
275 Indonesia 27669 A 297 295
276 Indonesia 27670 G 297 296
277 Indonesia 27671 T 297 296
278 Indonesia 27672 T 297 296
279 Indonesia 27673 C 297 296
280 Indonesia 27674 A 297 296
281 Indonesia 27675 A T 297 295 Gln94His
282 Indonesia 27676 G 297 296
283 Indonesia 27677 A 297 296
284 Indonesia 27678 A 297 296
285 Indonesia 27679 C 297 296
286 Indonesia 27680 T 297 296
287 Indonesia 27681 T 297 296
288 Indonesia 27682 T 297 295
289 Indonesia 27683 A 297 296
290 Indonesia 27684 C 297 296
291 Indonesia 27685 T 297 296
292 Indonesia 27686 C 297 295
293 Indonesia 27687 T 297 296
294 Indonesia 27688 C 297 296
295 Indonesia 27689 C 297 296
296 Indonesia 27690 A 297 296
297 Indonesia 27691 A 297 296
298 Indonesia 27692 T 297 295
299 Indonesia 27693 T 297 296
300 Indonesia 27694 T 297 296
301 Indonesia 27695 T 297 296
302 Indonesia 27696 T 297 296
303 Indonesia 27697 C 297 296
304 Indonesia 27698 T 297 296
305 Indonesia 27699 T 297 296
306 Indonesia 27700 A 297 296
307 Indonesia 27701 T 297 296
308 Indonesia 27702 T 297 296
309 Indonesia 27703 G 297 296
310 Indonesia 27704 T 297 296
311 Indonesia 27705 T 297 297
312 Indonesia 27706 G 297 297
313 Indonesia 27707 C 297 297
314 Indonesia 27708 G 297 297
315 Indonesia 27709 G 297 297
316 Indonesia 27710 C 297 297
317 Indonesia 27711 A 295 292
318 Indonesia 27712 A 295 292
319 Indonesia 27713 T 295 292
320 Indonesia 27714 A T 294 290 Ile107Ile
321 Indonesia 27715 G 294 291
322 Indonesia 27716 T 294 291
323 Indonesia 27717 G 294 291
324 Indonesia 27718 T 294 291
325 Indonesia 27719 T 294 291
326 Indonesia 27720 T 294 291
327 Indonesia 27721 A 294 291
328 Indonesia 27722 T 294 291
329 Indonesia 27723 A 294 291
330 Indonesia 27724 A 294 289
331 Indonesia 27725 C 294 289
332 Indonesia 27726 A 294 289
333 Indonesia 27727 C 294 289
334 Indonesia 27728 T 294 289
335 Indonesia 27729 T 294 289
336 Indonesia 27730 T 294 289
337 Indonesia 27731 G 294 294
338 Indonesia 27732 C 294 294
339 Indonesia 27733 T 294 294
340 Indonesia 27734 T 294 294
341 Indonesia 27735 C 294 294
342 Indonesia 27736 A 294 294
343 Indonesia 27737 C T 294 293 Thr115Ile
344 Indonesia 27738 A 294 294
345 Indonesia 27739 C 294 294
346 Indonesia 27740 T C 294 293 Leu116Pro
347 Indonesia 27741 C T 294 293 Leu116Leu
348 Indonesia 27742 A 294 294
349 Indonesia 27743 A 294 294
350 Indonesia 27744 A 294 294
351 Indonesia 27745 A 294 294
352 Indonesia 27746 G 294 294
353 Indonesia 27747 A 294 294
354 Indonesia 27748 A 294 294
355 Indonesia 27749 A 294 294
356 Indonesia 27750 G 294 294
357 Indonesia 27751 A 294 294
358 Indonesia 27752 C 294 294
359 Indonesia 27753 A 294 294
360 Indonesia 27754 G 294 294
361 Indonesia 27755 A 294 294
362 Indonesia 27756 A 294 294
363 Indonesia 27757 T 294 294
364 Indonesia 27758 G 294 294
365 Indonesia 27759 A 294 294