National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                   1                  
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                     1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Hong_Kong 27394 A 276 276
1 Hong_Kong 27395 T 276 276
2 Hong_Kong 27396 G 276 276
3 Hong_Kong 27397 A 276 276
4 Hong_Kong 27398 A 276 276
5 Hong_Kong 27399 A 276 276
6 Hong_Kong 27400 A 276 276
7 Hong_Kong 27401 T 276 276
8 Hong_Kong 27402 T 276 276
9 Hong_Kong 27403 A 276 276
10 Hong_Kong 27404 T 276 276
11 Hong_Kong 27405 T 276 276
12 Hong_Kong 27406 C 276 276
13 Hong_Kong 27407 T 276 276
14 Hong_Kong 27408 T 276 276
15 Hong_Kong 27409 T 276 276
16 Hong_Kong 27410 T 276 276
17 Hong_Kong 27411 C 276 276
18 Hong_Kong 27412 T 276 276
19 Hong_Kong 27413 T 276 276
20 Hong_Kong 27414 G 276 276
21 Hong_Kong 27415 G 276 276
22 Hong_Kong 27416 C 276 276
23 Hong_Kong 27417 A 276 276
24 Hong_Kong 27418 C 276 276
25 Hong_Kong 27419 T 276 276
26 Hong_Kong 27420 G 276 276
27 Hong_Kong 27421 A 276 276
28 Hong_Kong 27422 T 276 276
29 Hong_Kong 27423 A 276 276
30 Hong_Kong 27424 A 276 276
31 Hong_Kong 27425 C 276 276
32 Hong_Kong 27426 A 276 276
33 Hong_Kong 27427 C 276 276
34 Hong_Kong 27428 T 276 276
35 Hong_Kong 27429 C 276 276
36 Hong_Kong 27430 G 276 276
37 Hong_Kong 27431 C 276 276
38 Hong_Kong 27432 T 276 276
39 Hong_Kong 27433 A 276 276
40 Hong_Kong 27434 C 276 276
41 Hong_Kong 27435 T 276 276
42 Hong_Kong 27436 T 276 276
43 Hong_Kong 27437 G 276 276
44 Hong_Kong 27438 T 276 276
45 Hong_Kong 27439 G 276 276
46 Hong_Kong 27440 A 276 276
47 Hong_Kong 27441 G 276 276
48 Hong_Kong 27442 C 276 276
49 Hong_Kong 27443 T 276 276
50 Hong_Kong 27444 T 276 276
51 Hong_Kong 27445 T 276 276
52 Hong_Kong 27446 A 276 276
53 Hong_Kong 27447 T 276 276
54 Hong_Kong 27448 C 276 276
55 Hong_Kong 27449 A 276 276
56 Hong_Kong 27450 C 276 276
57 Hong_Kong 27451 T 276 276
58 Hong_Kong 27452 A 276 276
59 Hong_Kong 27453 C 276 276
60 Hong_Kong 27454 C 276 276
61 Hong_Kong 27455 A 276 276
62 Hong_Kong 27456 A 276 276
63 Hong_Kong 27457 G 276 276
64 Hong_Kong 27458 A 276 276
65 Hong_Kong 27459 G 276 275
66 Hong_Kong 27460 T 276 276
67 Hong_Kong 27461 G 276 276
68 Hong_Kong 27462 T 276 276
69 Hong_Kong 27463 G 276 276
70 Hong_Kong 27464 T 276 276
71 Hong_Kong 27465 T 276 276
72 Hong_Kong 27466 A 276 276
73 Hong_Kong 27467 G 276 276
74 Hong_Kong 27468 A 276 276
75 Hong_Kong 27469 G 276 276
76 Hong_Kong 27470 G 276 276
77 Hong_Kong 27471 T 276 276
78 Hong_Kong 27472 A 276 276
79 Hong_Kong 27473 C 276 276
80 Hong_Kong 27474 A 276 276
81 Hong_Kong 27475 A 276 276
82 Hong_Kong 27476 C 276 276
83 Hong_Kong 27477 A 276 276
84 Hong_Kong 27478 G 276 276
85 Hong_Kong 27479 T 276 276
86 Hong_Kong 27480 A 276 276
87 Hong_Kong 27481 C 276 276
88 Hong_Kong 27482 T 276 276
89 Hong_Kong 27483 T 276 276
90 Hong_Kong 27484 T 276 276
91 Hong_Kong 27485 T 276 276
92 Hong_Kong 27486 A 276 276
93 Hong_Kong 27487 A 276 276
94 Hong_Kong 27488 A 276 276
95 Hong_Kong 27489 A 276 276
96 Hong_Kong 27490 G 276 276
97 Hong_Kong 27491 A 276 276
98 Hong_Kong 27492 A 276 276
99 Hong_Kong 27493 C 276 276
100 Hong_Kong 27494 C T 276 275 Pro34Leu
101 Hong_Kong 27495 T 276 276
102 Hong_Kong 27496 T 276 276
103 Hong_Kong 27497 G 276 276
104 Hong_Kong 27498 C 276 276
105 Hong_Kong 27499 T 276 276
106 Hong_Kong 27500 C 276 276
107 Hong_Kong 27501 T 276 276
108 Hong_Kong 27502 T 276 276
109 Hong_Kong 27503 C 276 276
110 Hong_Kong 27504 T 276 276
111 Hong_Kong 27505 G 276 276
112 Hong_Kong 27506 G 276 276
113 Hong_Kong 27507 A 276 276
114 Hong_Kong 27508 A 276 276
115 Hong_Kong 27509 C 276 276
116 Hong_Kong 27510 A 276 276
117 Hong_Kong 27511 T 276 276
118 Hong_Kong 27512 A 262 262
119 Hong_Kong 27513 C 262 262
120 Hong_Kong 27514 G 262 262
121 Hong_Kong 27515 A 262 262
122 Hong_Kong 27516 G 262 262
123 Hong_Kong 27517 G 262 262
124 Hong_Kong 27518 G 262 262
125 Hong_Kong 27519 C 262 262
126 Hong_Kong 27520 A 262 262
127 Hong_Kong 27521 A 262 262
128 Hong_Kong 27522 T 262 262
129 Hong_Kong 27523 T 262 262
130 Hong_Kong 27524 C 262 262
131 Hong_Kong 27525 A 262 262
132 Hong_Kong 27526 C 262 262
133 Hong_Kong 27527 C 262 262
134 Hong_Kong 27528 A 262 262
135 Hong_Kong 27529 T 262 262
136 Hong_Kong 27530 T 262 262
137 Hong_Kong 27531 T 262 262
138 Hong_Kong 27532 C 262 262
139 Hong_Kong 27533 A 262 262
140 Hong_Kong 27534 T 262 262
141 Hong_Kong 27535 C 262 262
142 Hong_Kong 27536 C 262 262
143 Hong_Kong 27537 T 262 262
144 Hong_Kong 27538 C 262 262
145 Hong_Kong 27539 T 262 262
146 Hong_Kong 27540 A 262 262
147 Hong_Kong 27541 G 262 262
148 Hong_Kong 27542 C 262 262
149 Hong_Kong 27543 T 262 262
150 Hong_Kong 27544 G 262 262
151 Hong_Kong 27545 A 262 262
152 Hong_Kong 27546 T 262 262
153 Hong_Kong 27547 A 262 262
154 Hong_Kong 27548 A 262 262
155 Hong_Kong 27549 C 262 262
156 Hong_Kong 27550 A 262 262
157 Hong_Kong 27551 A 262 262
158 Hong_Kong 27552 A 262 262
159 Hong_Kong 27553 T 262 262
160 Hong_Kong 27554 T 262 262
161 Hong_Kong 27555 T 262 262
162 Hong_Kong 27556 G 262 262
163 Hong_Kong 27557 C 262 262
164 Hong_Kong 27558 A 262 262
165 Hong_Kong 27559 C 262 262
166 Hong_Kong 27560 T 262 262
167 Hong_Kong 27561 G 262 262
168 Hong_Kong 27562 A 262 262
169 Hong_Kong 27563 C 262 262
170 Hong_Kong 27564 T 262 262
171 Hong_Kong 27565 T 262 262
172 Hong_Kong 27566 G 262 262
173 Hong_Kong 27567 C 262 262
174 Hong_Kong 27568 T 262 262
175 Hong_Kong 27569 T 262 262
176 Hong_Kong 27570 T 262 262
177 Hong_Kong 27571 A 262 262
178 Hong_Kong 27572 G 262 262
179 Hong_Kong 27573 C 262 262
180 Hong_Kong 27574 A 262 262
181 Hong_Kong 27575 C 262 262
182 Hong_Kong 27576 T 262 262
183 Hong_Kong 27577 C 262 262
184 Hong_Kong 27578 A 262 262
185 Hong_Kong 27579 A 262 262
186 Hong_Kong 27580 T 262 262
187 Hong_Kong 27581 T 262 262
188 Hong_Kong 27582 T 262 262
189 Hong_Kong 27583 G 262 262
190 Hong_Kong 27584 C 262 262
191 Hong_Kong 27585 T 262 262
192 Hong_Kong 27586 T 262 262
193 Hong_Kong 27587 T 262 262
194 Hong_Kong 27588 T 262 262
195 Hong_Kong 27589 G 262 262
196 Hong_Kong 27590 C 262 262
197 Hong_Kong 27591 T 262 262
198 Hong_Kong 27592 T 262 262
199 Hong_Kong 27593 G 262 262
200 Hong_Kong 27594 T 262 262
201 Hong_Kong 27595 C 262 262
202 Hong_Kong 27596 C 262 262
203 Hong_Kong 27597 T 262 262
204 Hong_Kong 27598 G 262 262
205 Hong_Kong 27599 A 262 262
206 Hong_Kong 27600 C 262 262
207 Hong_Kong 27601 G 262 262
208 Hong_Kong 27602 G 262 262
209 Hong_Kong 27603 C 262 262
210 Hong_Kong 27604 G 262 262
211 Hong_Kong 27605 T 262 262
212 Hong_Kong 27606 A 262 262
213 Hong_Kong 27607 A 262 262
214 Hong_Kong 27608 A 262 262
215 Hong_Kong 27609 A 262 262
216 Hong_Kong 27610 C 262 262
217 Hong_Kong 27611 A 262 262
218 Hong_Kong 27612 C 262 262
219 Hong_Kong 27613 G 262 262
220 Hong_Kong 27614 T 262 262
221 Hong_Kong 27615 C 262 262
222 Hong_Kong 27616 T 262 262
223 Hong_Kong 27617 A 262 262
224 Hong_Kong 27618 T 262 262
225 Hong_Kong 27619 C 262 262
226 Hong_Kong 27620 A 262 262
227 Hong_Kong 27621 G 262 262
228 Hong_Kong 27622 T 262 262
229 Hong_Kong 27623 T 262 262
230 Hong_Kong 27624 A 262 262
231 Hong_Kong 27625 C 262 262
232 Hong_Kong 27626 G 262 262
233 Hong_Kong 27627 T 262 262
234 Hong_Kong 27628 G 262 262
235 Hong_Kong 27629 C 262 262
236 Hong_Kong 27630 C 262 262
237 Hong_Kong 27631 A 262 262
238 Hong_Kong 27632 G 262 262
239 Hong_Kong 27633 A 262 262
240 Hong_Kong 27634 T 262 262
241 Hong_Kong 27635 C 262 262
242 Hong_Kong 27636 A 262 262
243 Hong_Kong 27637 G 262 262
244 Hong_Kong 27638 T 262 262
245 Hong_Kong 27639 T 262 262
246 Hong_Kong 27640 T 262 262
247 Hong_Kong 27641 C 262 262
248 Hong_Kong 27642 A 262 262
249 Hong_Kong 27643 C 262 262
250 Hong_Kong 27644 C 262 262
251 Hong_Kong 27645 T 262 262
252 Hong_Kong 27646 A 262 262
253 Hong_Kong 27647 A 262 262
254 Hong_Kong 27648 A 262 262
255 Hong_Kong 27649 C 262 261
256 Hong_Kong 27650 T 262 262
257 Hong_Kong 27651 G 262 262
258 Hong_Kong 27652 T 262 262
259 Hong_Kong 27653 T 262 262
260 Hong_Kong 27654 C 262 262
261 Hong_Kong 27655 A 262 262
262 Hong_Kong 27656 T 262 262
263 Hong_Kong 27657 C 262 262
264 Hong_Kong 27658 A 262 262
265 Hong_Kong 27659 G 262 262
266 Hong_Kong 27660 A 262 262
267 Hong_Kong 27661 C 262 262
268 Hong_Kong 27662 A 262 262
269 Hong_Kong 27663 A 262 262
270 Hong_Kong 27664 G 262 262
271 Hong_Kong 27665 A 262 262
272 Hong_Kong 27666 G 262 262
273 Hong_Kong 27667 G 262 262
274 Hong_Kong 27668 A 262 262
275 Hong_Kong 27669 A 262 262
276 Hong_Kong 27670 G 262 262
277 Hong_Kong 27671 T 262 262
278 Hong_Kong 27672 T 262 262
279 Hong_Kong 27673 C 262 262
280 Hong_Kong 27674 A 262 262
281 Hong_Kong 27675 A 262 262
282 Hong_Kong 27676 G 261 261
283 Hong_Kong 27677 A 261 261
284 Hong_Kong 27678 A 261 261
285 Hong_Kong 27679 C 261 261
286 Hong_Kong 27680 T 261 261
287 Hong_Kong 27681 T 261 261
288 Hong_Kong 27682 T 261 261
289 Hong_Kong 27683 A 261 261
290 Hong_Kong 27684 C T 261 260 Tyr97Tyr
291 Hong_Kong 27685 T 261 261
292 Hong_Kong 27686 C 261 261
293 Hong_Kong 27687 T 261 261
294 Hong_Kong 27688 C 261 261
295 Hong_Kong 27689 C 261 261
296 Hong_Kong 27690 A 261 261
297 Hong_Kong 27691 A 261 261
298 Hong_Kong 27692 T 261 261
299 Hong_Kong 27693 T 261 261
300 Hong_Kong 27694 T 261 261
301 Hong_Kong 27695 T 261 261
302 Hong_Kong 27696 T 261 261
303 Hong_Kong 27697 C 261 261
304 Hong_Kong 27698 T 261 261
305 Hong_Kong 27699 T 261 261
306 Hong_Kong 27700 A 261 261
307 Hong_Kong 27701 T 261 261
308 Hong_Kong 27702 T 261 261
309 Hong_Kong 27703 G 261 261
310 Hong_Kong 27704 T 261 261
311 Hong_Kong 27705 T 261 261
312 Hong_Kong 27706 G 261 261
313 Hong_Kong 27707 C 261 261
314 Hong_Kong 27708 G 261 261
315 Hong_Kong 27709 G 261 261
316 Hong_Kong 27710 C 261 261
317 Hong_Kong 27711 A 260 260
318 Hong_Kong 27712 A 260 260
319 Hong_Kong 27713 T 260 260
320 Hong_Kong 27714 A 260 260
321 Hong_Kong 27715 G 260 260
322 Hong_Kong 27716 T 260 260
323 Hong_Kong 27717 G 260 260
324 Hong_Kong 27718 T 260 260
325 Hong_Kong 27719 T 260 260
326 Hong_Kong 27720 T 260 260
327 Hong_Kong 27721 A 260 260
328 Hong_Kong 27722 T 260 260
329 Hong_Kong 27723 A 260 260
330 Hong_Kong 27724 A 260 260
331 Hong_Kong 27725 C 260 260
332 Hong_Kong 27726 A 260 260
333 Hong_Kong 27727 C 260 260
334 Hong_Kong 27728 T 260 260
335 Hong_Kong 27729 T 260 260
336 Hong_Kong 27730 T 260 260
337 Hong_Kong 27731 G 260 260
338 Hong_Kong 27732 C 260 260
339 Hong_Kong 27733 T 260 260
340 Hong_Kong 27734 T 260 260
341 Hong_Kong 27735 C 260 260
342 Hong_Kong 27736 A 260 260
343 Hong_Kong 27737 C 260 260
344 Hong_Kong 27738 A 260 260
345 Hong_Kong 27739 C 260 260
346 Hong_Kong 27740 T 260 260
347 Hong_Kong 27741 C 260 260
348 Hong_Kong 27742 A 260 260
349 Hong_Kong 27743 A 260 260
350 Hong_Kong 27744 A 260 260
351 Hong_Kong 27745 A 260 260
352 Hong_Kong 27746 G 260 260
353 Hong_Kong 27747 A 260 260
354 Hong_Kong 27748 A 260 260
355 Hong_Kong 27749 A 260 260
356 Hong_Kong 27750 G 260 260
357 Hong_Kong 27751 A 260 260
358 Hong_Kong 27752 C 260 260
359 Hong_Kong 27753 A 260 260
360 Hong_Kong 27754 G 260 260
361 Hong_Kong 27755 A 260 260
362 Hong_Kong 27756 A 260 260
363 Hong_Kong 27757 T 260 260
364 Hong_Kong 27758 G 259 259
365 Hong_Kong 27759 A 259 259