National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                   1                  
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30               1                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gambia 27394 A 403 403
1 Gambia 27395 T 403 403
2 Gambia 27396 G 403 403
3 Gambia 27397 A 403 403
4 Gambia 27398 A 403 403
5 Gambia 27399 A 403 403
6 Gambia 27400 A 403 403
7 Gambia 27401 T 404 404
8 Gambia 27402 T 404 404
9 Gambia 27403 A 404 404
10 Gambia 27404 T 404 404
11 Gambia 27405 T 404 404
12 Gambia 27406 C 404 404
13 Gambia 27407 T 404 404
14 Gambia 27408 T 404 404
15 Gambia 27409 T 404 404
16 Gambia 27410 T 404 404
17 Gambia 27411 C 404 404
18 Gambia 27412 T 404 404
19 Gambia 27413 T 404 404
20 Gambia 27414 G 404 404
21 Gambia 27415 G 404 404
22 Gambia 27416 C 404 404
23 Gambia 27417 A 404 404
24 Gambia 27418 C 404 404
25 Gambia 27419 T 404 404
26 Gambia 27420 G 404 404
27 Gambia 27421 A 404 404
28 Gambia 27422 T 404 404
29 Gambia 27423 A 404 404
30 Gambia 27424 A 404 404
31 Gambia 27425 C 404 404
32 Gambia 27426 A 404 404
33 Gambia 27427 C 404 404
34 Gambia 27428 T 404 404
35 Gambia 27429 C 404 404
36 Gambia 27430 G 404 404
37 Gambia 27431 C 404 404
38 Gambia 27432 T 404 404
39 Gambia 27433 A 404 404
40 Gambia 27434 C T 404 403 Thr14Ile
41 Gambia 27435 T 404 404
42 Gambia 27436 T 404 404
43 Gambia 27437 G 404 404
44 Gambia 27438 T 404 404
45 Gambia 27439 G 404 404
46 Gambia 27440 A 404 404
47 Gambia 27441 G 404 404
48 Gambia 27442 C 404 404
49 Gambia 27443 T 404 404
50 Gambia 27444 T 404 404
51 Gambia 27445 T 404 404
52 Gambia 27446 A 404 404
53 Gambia 27447 T 404 404
54 Gambia 27448 C 404 404
55 Gambia 27449 A 404 404
56 Gambia 27450 C 404 404
57 Gambia 27451 T 404 404
58 Gambia 27452 A 404 404
59 Gambia 27453 C 404 404
60 Gambia 27454 C 404 404
61 Gambia 27455 A 404 404
62 Gambia 27456 A 404 404
63 Gambia 27457 G 404 404
64 Gambia 27458 A 404 404
65 Gambia 27459 G 404 404
66 Gambia 27460 T 404 404
67 Gambia 27461 G 404 404
68 Gambia 27462 T 404 404
69 Gambia 27463 G 404 404
70 Gambia 27464 T 404 404
71 Gambia 27465 T 404 404
72 Gambia 27466 A 404 404
73 Gambia 27467 G 404 404
74 Gambia 27468 A 404 404
75 Gambia 27469 G 404 404
76 Gambia 27470 G 404 404
77 Gambia 27471 T 404 404
78 Gambia 27472 A 424 424
79 Gambia 27473 C 424 424
80 Gambia 27474 A 424 424
81 Gambia 27475 A 424 424
82 Gambia 27476 C 424 424
83 Gambia 27477 A 424 424
84 Gambia 27478 G 424 424
85 Gambia 27479 T 424 424
86 Gambia 27480 A 424 424
87 Gambia 27481 C 424 424
88 Gambia 27482 T 424 424
89 Gambia 27483 T 424 424
90 Gambia 27484 T 424 424
91 Gambia 27485 T 424 423
92 Gambia 27486 A 424 423
93 Gambia 27487 A 424 424
94 Gambia 27488 A 424 424
95 Gambia 27489 A 424 424
96 Gambia 27490 G 424 424
97 Gambia 27491 A 424 424
98 Gambia 27492 A 424 424
99 Gambia 27493 C 424 424
100 Gambia 27494 C 424 424
101 Gambia 27495 T 424 424
102 Gambia 27496 T 424 424
103 Gambia 27497 G 424 424
104 Gambia 27498 C 424 424
105 Gambia 27499 T 424 424
106 Gambia 27500 C 424 424
107 Gambia 27501 T 424 424
108 Gambia 27502 T 424 424
109 Gambia 27503 C 424 424
110 Gambia 27504 T 424 424
111 Gambia 27505 G 424 424
112 Gambia 27506 G 424 424
113 Gambia 27507 A 424 424
114 Gambia 27508 A 424 424
115 Gambia 27509 C 424 424
116 Gambia 27510 A 424 424
117 Gambia 27511 T 424 424
118 Gambia 27512 A 359 356
119 Gambia 27513 C 359 356
120 Gambia 27514 G 359 357
121 Gambia 27515 A 359 357
122 Gambia 27516 G 359 357
123 Gambia 27517 G 359 357
124 Gambia 27518 G 359 357
125 Gambia 27519 C 359 357
126 Gambia 27520 A 359 357
127 Gambia 27521 A 359 357
128 Gambia 27522 T 359 357
129 Gambia 27523 T 359 357
130 Gambia 27524 C 359 357
131 Gambia 27525 A 359 357
132 Gambia 27526 C 359 357
133 Gambia 27527 C T 359 356 Pro45Leu
134 Gambia 27528 A 359 357
135 Gambia 27529 T 359 357
136 Gambia 27530 T 359 357
137 Gambia 27531 T 359 357
138 Gambia 27532 C 359 357
139 Gambia 27533 A 359 357
140 Gambia 27534 T 359 359
141 Gambia 27535 C 359 359
142 Gambia 27536 C 359 359
143 Gambia 27537 T 359 359
144 Gambia 27538 C 359 359
145 Gambia 27539 T 359 359
146 Gambia 27540 A 359 359
147 Gambia 27541 G 359 359
148 Gambia 27542 C 359 359
149 Gambia 27543 T 359 359
150 Gambia 27544 G 360 360
151 Gambia 27545 A 360 360
152 Gambia 27546 T 360 360
153 Gambia 27547 A 360 360
154 Gambia 27548 A 360 360
155 Gambia 27549 C 360 360
156 Gambia 27550 A 360 360
157 Gambia 27551 A 360 360
158 Gambia 27552 A 360 360
159 Gambia 27553 T 360 360
160 Gambia 27554 T 360 360
161 Gambia 27555 T 360 360
162 Gambia 27556 G 360 360
163 Gambia 27557 C 360 360
164 Gambia 27558 A 360 360
165 Gambia 27559 C 360 360
166 Gambia 27560 T 360 360
167 Gambia 27561 G 360 360
168 Gambia 27562 A 360 360
169 Gambia 27563 C 360 360
170 Gambia 27564 T 360 360
171 Gambia 27565 T 360 360
172 Gambia 27566 G 360 360
173 Gambia 27567 C 360 360
174 Gambia 27568 T 360 360
175 Gambia 27569 T 360 360
176 Gambia 27570 T 360 360
177 Gambia 27571 A 360 360
178 Gambia 27572 G 360 360
179 Gambia 27573 C 360 360
180 Gambia 27574 A 360 360
181 Gambia 27575 C 360 360
182 Gambia 27576 T 360 360
183 Gambia 27577 C 360 359
184 Gambia 27578 A 360 359
185 Gambia 27579 A 360 359
186 Gambia 27580 T 360 359
187 Gambia 27581 T 360 359
188 Gambia 27582 T 360 359
189 Gambia 27583 G 360 359
190 Gambia 27584 C 360 359
191 Gambia 27585 T 360 359
192 Gambia 27586 T 360 359
193 Gambia 27587 T 360 359
194 Gambia 27588 T 360 359
195 Gambia 27589 G 360 359
196 Gambia 27590 C 360 359
197 Gambia 27591 T 360 359
198 Gambia 27592 T 360 359
199 Gambia 27593 G 360 359
200 Gambia 27594 T 360 359
201 Gambia 27595 C 360 359
202 Gambia 27596 C 360 359
203 Gambia 27597 T 360 359
204 Gambia 27598 G 360 359
205 Gambia 27599 A 360 359
206 Gambia 27600 C 360 359
207 Gambia 27601 G 360 359
208 Gambia 27602 G 360 359
209 Gambia 27603 C 360 359
210 Gambia 27604 G 360 359
211 Gambia 27605 T 360 359
212 Gambia 27606 A 360 359
213 Gambia 27607 A 360 359
214 Gambia 27608 A 360 359
215 Gambia 27609 A 360 359
216 Gambia 27610 C 360 359
217 Gambia 27611 A 360 359
218 Gambia 27612 C 360 359
219 Gambia 27613 G 360 359
220 Gambia 27614 T 360 359
221 Gambia 27615 C 360 359
222 Gambia 27616 T 360 359
223 Gambia 27617 A 360 360
224 Gambia 27618 T 360 360
225 Gambia 27619 C 360 360
226 Gambia 27620 A 360 360
227 Gambia 27621 G 360 360
228 Gambia 27622 T 360 360
229 Gambia 27623 T 360 360
230 Gambia 27624 A 360 360
231 Gambia 27625 C 360 360
232 Gambia 27626 G 360 360
233 Gambia 27627 T 360 360
234 Gambia 27628 G 360 360
235 Gambia 27629 C 360 360
236 Gambia 27630 C 360 360
237 Gambia 27631 A 360 360
238 Gambia 27632 G 360 360
239 Gambia 27633 A 360 360
240 Gambia 27634 T 360 360
241 Gambia 27635 C 360 360
242 Gambia 27636 A 360 360
243 Gambia 27637 G 360 360
244 Gambia 27638 T 360 360
245 Gambia 27639 T 360 360
246 Gambia 27640 T 360 360
247 Gambia 27641 C 360 360
248 Gambia 27642 A 360 360
249 Gambia 27643 C 360 360
250 Gambia 27644 C 360 360
251 Gambia 27645 T 360 360
252 Gambia 27646 A 360 360
253 Gambia 27647 A 360 360
254 Gambia 27648 A 360 360
255 Gambia 27649 C 360 360
256 Gambia 27650 T 360 360
257 Gambia 27651 G 360 360
258 Gambia 27652 T 360 360
259 Gambia 27653 T 360 360
260 Gambia 27654 C 360 360
261 Gambia 27655 A 360 360
262 Gambia 27656 T 360 360
263 Gambia 27657 C 360 360
264 Gambia 27658 A 360 360
265 Gambia 27659 G 360 360
266 Gambia 27660 A 360 360
267 Gambia 27661 C 360 360
268 Gambia 27662 A 360 360
269 Gambia 27663 A 360 360
270 Gambia 27664 G 360 360
271 Gambia 27665 A 360 360
272 Gambia 27666 G 360 360
273 Gambia 27667 G 360 360
274 Gambia 27668 A 360 360
275 Gambia 27669 A 360 360
276 Gambia 27670 G 360 360
277 Gambia 27671 T 360 360
278 Gambia 27672 T 360 360
279 Gambia 27673 C 360 360
280 Gambia 27674 A 360 360
281 Gambia 27675 A 360 360
282 Gambia 27676 G 360 360
283 Gambia 27677 A 360 360
284 Gambia 27678 A 360 360
285 Gambia 27679 C 360 360
286 Gambia 27680 T 360 360
287 Gambia 27681 T 360 360
288 Gambia 27682 T 360 360
289 Gambia 27683 A 360 360
290 Gambia 27684 C 360 360
291 Gambia 27685 T 360 360
292 Gambia 27686 C 360 360
293 Gambia 27687 T 360 360
294 Gambia 27688 C 360 360
295 Gambia 27689 C 360 360
296 Gambia 27690 A 360 360
297 Gambia 27691 A 360 360
298 Gambia 27692 T 360 360
299 Gambia 27693 T 360 360
300 Gambia 27694 T 360 360
301 Gambia 27695 T 360 360
302 Gambia 27696 T 360 360
303 Gambia 27697 C 360 360
304 Gambia 27698 T 360 360
305 Gambia 27699 T 360 360
306 Gambia 27700 A 360 360
307 Gambia 27701 T 360 360
308 Gambia 27702 T 360 360
309 Gambia 27703 G 360 360
310 Gambia 27704 T 360 360
311 Gambia 27705 T 360 360
312 Gambia 27706 G 360 360
313 Gambia 27707 C 360 360
314 Gambia 27708 G 360 360
315 Gambia 27709 G 360 360
316 Gambia 27710 C 360 360
317 Gambia 27711 A 360 360
318 Gambia 27712 A 360 360
319 Gambia 27713 T 360 360
320 Gambia 27714 A 360 360
321 Gambia 27715 G 360 360
322 Gambia 27716 T 360 360
323 Gambia 27717 G 360 360
324 Gambia 27718 T 360 360
325 Gambia 27719 T 360 360
326 Gambia 27720 T 360 360
327 Gambia 27721 A 360 360
328 Gambia 27722 T 360 360
329 Gambia 27723 A 360 360
330 Gambia 27724 A 360 360
331 Gambia 27725 C 360 360
332 Gambia 27726 A 360 360
333 Gambia 27727 C 360 360
334 Gambia 27728 T 360 360
335 Gambia 27729 T 360 360
336 Gambia 27730 T 360 360
337 Gambia 27731 G 360 360
338 Gambia 27732 C 360 360
339 Gambia 27733 T 360 360
340 Gambia 27734 T 360 360
341 Gambia 27735 C 360 360
342 Gambia 27736 A 360 360
343 Gambia 27737 C 360 360
344 Gambia 27738 A 360 360
345 Gambia 27739 C 360 360
346 Gambia 27740 T 360 360
347 Gambia 27741 C 360 360
348 Gambia 27742 A 360 360
349 Gambia 27743 A 360 360
350 Gambia 27744 A 360 360
351 Gambia 27745 A 360 360
352 Gambia 27746 G 360 360
353 Gambia 27747 A 360 360
354 Gambia 27748 A 360 360
355 Gambia 27749 A 360 360
356 Gambia 27750 G 360 360
357 Gambia 27751 A 360 360
358 Gambia 27752 C 359 359
359 Gambia 27753 A 359 359
360 Gambia 27754 G 359 359
361 Gambia 27755 A 359 359
362 Gambia 27756 A 359 359
363 Gambia 27757 T 359 359
364 Gambia 27758 G 359 359
365 Gambia 27759 A 359 359