National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gabon 27394 A 4 4
1 Gabon 27395 T 4 4
2 Gabon 27396 G 4 4
3 Gabon 27397 A 4 4
4 Gabon 27398 A 4 4
5 Gabon 27399 A 4 4
6 Gabon 27400 A 4 4
7 Gabon 27401 T 4 4
8 Gabon 27402 T 4 4
9 Gabon 27403 A 4 4
10 Gabon 27404 T 4 4
11 Gabon 27405 T 4 4
12 Gabon 27406 C 4 4
13 Gabon 27407 T 4 4
14 Gabon 27408 T 4 4
15 Gabon 27409 T 4 4
16 Gabon 27410 T 4 4
17 Gabon 27411 C 4 4
18 Gabon 27412 T 4 4
19 Gabon 27413 T 4 4
20 Gabon 27414 G 4 4
21 Gabon 27415 G 4 4
22 Gabon 27416 C 4 4
23 Gabon 27417 A 4 4
24 Gabon 27418 C 4 4
25 Gabon 27419 T 4 4
26 Gabon 27420 G 4 4
27 Gabon 27421 A 4 4
28 Gabon 27422 T 4 4
29 Gabon 27423 A 4 4
30 Gabon 27424 A 4 4
31 Gabon 27425 C 4 4
32 Gabon 27426 A 4 4
33 Gabon 27427 C 4 4
34 Gabon 27428 T 4 4
35 Gabon 27429 C 4 4
36 Gabon 27430 G 4 4
37 Gabon 27431 C 4 4
38 Gabon 27432 T 4 4
39 Gabon 27433 A 4 4
40 Gabon 27434 C 4 4
41 Gabon 27435 T 4 4
42 Gabon 27436 T 4 4
43 Gabon 27437 G 4 4
44 Gabon 27438 T 4 4
45 Gabon 27439 G 4 4
46 Gabon 27440 A 4 4
47 Gabon 27441 G 4 4
48 Gabon 27442 C 4 4
49 Gabon 27443 T 4 4
50 Gabon 27444 T 4 4
51 Gabon 27445 T 4 4
52 Gabon 27446 A 4 4
53 Gabon 27447 T 4 4
54 Gabon 27448 C 4 4
55 Gabon 27449 A 4 4
56 Gabon 27450 C 4 4
57 Gabon 27451 T 4 4
58 Gabon 27452 A 4 4
59 Gabon 27453 C 4 4
60 Gabon 27454 C 4 4
61 Gabon 27455 A 4 4
62 Gabon 27456 A 4 4
63 Gabon 27457 G 4 4
64 Gabon 27458 A 4 4
65 Gabon 27459 G 4 4
66 Gabon 27460 T 4 4
67 Gabon 27461 G 4 4
68 Gabon 27462 T 4 4
69 Gabon 27463 G 4 4
70 Gabon 27464 T 4 4
71 Gabon 27465 T 4 4
72 Gabon 27466 A 4 4
73 Gabon 27467 G 4 4
74 Gabon 27468 A 4 4
75 Gabon 27469 G 4 4
76 Gabon 27470 G 4 4
77 Gabon 27471 T 4 4
78 Gabon 27472 A 4 4
79 Gabon 27473 C 4 4
80 Gabon 27474 A 4 4
81 Gabon 27475 A 4 4
82 Gabon 27476 C 4 4
83 Gabon 27477 A 4 4
84 Gabon 27478 G 4 4
85 Gabon 27479 T 4 4
86 Gabon 27480 A 4 4
87 Gabon 27481 C 4 4
88 Gabon 27482 T 4 4
89 Gabon 27483 T 4 4
90 Gabon 27484 T 4 4
91 Gabon 27485 T 4 4
92 Gabon 27486 A 4 4
93 Gabon 27487 A 4 4
94 Gabon 27488 A 4 4
95 Gabon 27489 A 4 4
96 Gabon 27490 G 4 4
97 Gabon 27491 A 4 4
98 Gabon 27492 A 4 4
99 Gabon 27493 C 4 4
100 Gabon 27494 C 4 4
101 Gabon 27495 T 4 4
102 Gabon 27496 T 4 4
103 Gabon 27497 G 4 4
104 Gabon 27498 C 4 4
105 Gabon 27499 T 4 4
106 Gabon 27500 C 4 4
107 Gabon 27501 T 4 4
108 Gabon 27502 T 4 4
109 Gabon 27503 C 4 4
110 Gabon 27504 T 4 4
111 Gabon 27505 G 4 4
112 Gabon 27506 G 4 4
113 Gabon 27507 A 4 4
114 Gabon 27508 A 4 4
115 Gabon 27509 C 4 4
116 Gabon 27510 A 4 4
117 Gabon 27511 T 4 4
118 Gabon 27512 A 4 4
119 Gabon 27513 C 4 4
120 Gabon 27514 G 4 4
121 Gabon 27515 A 4 4
122 Gabon 27516 G 4 4
123 Gabon 27517 G 4 4
124 Gabon 27518 G 4 4
125 Gabon 27519 C 4 4
126 Gabon 27520 A 4 4
127 Gabon 27521 A 4 4
128 Gabon 27522 T 4 4
129 Gabon 27523 T 4 4
130 Gabon 27524 C 4 4
131 Gabon 27525 A 4 4
132 Gabon 27526 C 4 4
133 Gabon 27527 C 4 4
134 Gabon 27528 A 4 4
135 Gabon 27529 T 4 4
136 Gabon 27530 T 4 4
137 Gabon 27531 T 4 4
138 Gabon 27532 C 4 4
139 Gabon 27533 A 4 4
140 Gabon 27534 T 4 4
141 Gabon 27535 C 4 4
142 Gabon 27536 C 4 4
143 Gabon 27537 T 4 4
144 Gabon 27538 C 4 4
145 Gabon 27539 T 4 4
146 Gabon 27540 A 4 4
147 Gabon 27541 G 4 4
148 Gabon 27542 C 4 4
149 Gabon 27543 T 4 4
150 Gabon 27544 G 4 4
151 Gabon 27545 A 4 4
152 Gabon 27546 T 4 4
153 Gabon 27547 A 4 4
154 Gabon 27548 A 4 4
155 Gabon 27549 C 4 4
156 Gabon 27550 A 4 4
157 Gabon 27551 A 4 4
158 Gabon 27552 A 4 4
159 Gabon 27553 T 4 4
160 Gabon 27554 T 4 4
161 Gabon 27555 T 4 4
162 Gabon 27556 G 4 4
163 Gabon 27557 C 4 4
164 Gabon 27558 A 4 4
165 Gabon 27559 C 4 4
166 Gabon 27560 T 4 4
167 Gabon 27561 G 4 4
168 Gabon 27562 A 4 4
169 Gabon 27563 C 4 4
170 Gabon 27564 T 4 4
171 Gabon 27565 T 4 4
172 Gabon 27566 G 4 4
173 Gabon 27567 C 4 4
174 Gabon 27568 T 4 4
175 Gabon 27569 T 4 4
176 Gabon 27570 T 4 4
177 Gabon 27571 A 4 4
178 Gabon 27572 G 4 4
179 Gabon 27573 C 4 4
180 Gabon 27574 A 4 4
181 Gabon 27575 C 4 4
182 Gabon 27576 T 4 4
183 Gabon 27577 C 4 4
184 Gabon 27578 A 4 4
185 Gabon 27579 A 4 4
186 Gabon 27580 T 4 4
187 Gabon 27581 T 4 4
188 Gabon 27582 T 4 4
189 Gabon 27583 G 4 4
190 Gabon 27584 C 4 4
191 Gabon 27585 T 4 4
192 Gabon 27586 T 4 4
193 Gabon 27587 T 4 4
194 Gabon 27588 T 4 4
195 Gabon 27589 G 4 4
196 Gabon 27590 C 4 4
197 Gabon 27591 T 4 4
198 Gabon 27592 T 4 4
199 Gabon 27593 G 4 4
200 Gabon 27594 T 4 4
201 Gabon 27595 C 4 4
202 Gabon 27596 C 4 4
203 Gabon 27597 T 4 4
204 Gabon 27598 G 4 4
205 Gabon 27599 A 4 4
206 Gabon 27600 C 4 4
207 Gabon 27601 G 4 4
208 Gabon 27602 G 4 4
209 Gabon 27603 C 4 4
210 Gabon 27604 G 4 4
211 Gabon 27605 T 4 4
212 Gabon 27606 A 4 4
213 Gabon 27607 A 4 4
214 Gabon 27608 A 4 4
215 Gabon 27609 A 4 4
216 Gabon 27610 C 4 4
217 Gabon 27611 A 4 4
218 Gabon 27612 C 4 4
219 Gabon 27613 G 4 4
220 Gabon 27614 T 4 4
221 Gabon 27615 C 4 4
222 Gabon 27616 T 4 4
223 Gabon 27617 A 4 4
224 Gabon 27618 T 4 4
225 Gabon 27619 C 4 4
226 Gabon 27620 A 4 4
227 Gabon 27621 G 4 4
228 Gabon 27622 T 4 4
229 Gabon 27623 T 4 4
230 Gabon 27624 A 4 4
231 Gabon 27625 C 4 4
232 Gabon 27626 G 4 4
233 Gabon 27627 T 4 4
234 Gabon 27628 G 4 4
235 Gabon 27629 C 4 4
236 Gabon 27630 C 4 4
237 Gabon 27631 A 4 4
238 Gabon 27632 G 4 4
239 Gabon 27633 A 4 4
240 Gabon 27634 T 4 4
241 Gabon 27635 C 4 4
242 Gabon 27636 A 4 4
243 Gabon 27637 G 4 4
244 Gabon 27638 T 4 4
245 Gabon 27639 T 4 4
246 Gabon 27640 T 4 4
247 Gabon 27641 C 4 4
248 Gabon 27642 A 4 4
249 Gabon 27643 C 4 4
250 Gabon 27644 C 4 4
251 Gabon 27645 T 4 4
252 Gabon 27646 A 4 4
253 Gabon 27647 A 4 4
254 Gabon 27648 A 4 4
255 Gabon 27649 C 4 4
256 Gabon 27650 T 4 4
257 Gabon 27651 G 4 4
258 Gabon 27652 T 4 4
259 Gabon 27653 T 4 4
260 Gabon 27654 C 4 4
261 Gabon 27655 A 4 4
262 Gabon 27656 T 4 4
263 Gabon 27657 C 4 4
264 Gabon 27658 A 4 4
265 Gabon 27659 G 4 4
266 Gabon 27660 A 4 4
267 Gabon 27661 C 4 4
268 Gabon 27662 A 4 4
269 Gabon 27663 A 4 4
270 Gabon 27664 G 4 4
271 Gabon 27665 A 4 4
272 Gabon 27666 G 4 4
273 Gabon 27667 G 4 4
274 Gabon 27668 A 4 4
275 Gabon 27669 A 4 4
276 Gabon 27670 G 4 4
277 Gabon 27671 T 4 4
278 Gabon 27672 T 4 4
279 Gabon 27673 C 4 4
280 Gabon 27674 A 4 4
281 Gabon 27675 A 4 4
282 Gabon 27676 G 4 4
283 Gabon 27677 A 4 4
284 Gabon 27678 A 4 4
285 Gabon 27679 C 4 4
286 Gabon 27680 T 4 4
287 Gabon 27681 T 4 4
288 Gabon 27682 T 4 4
289 Gabon 27683 A 4 4
290 Gabon 27684 C 4 4
291 Gabon 27685 T 4 4
292 Gabon 27686 C 4 4
293 Gabon 27687 T 4 4
294 Gabon 27688 C 4 4
295 Gabon 27689 C 4 4
296 Gabon 27690 A 4 4
297 Gabon 27691 A 4 4
298 Gabon 27692 T 4 4
299 Gabon 27693 T 4 4
300 Gabon 27694 T 4 4
301 Gabon 27695 T 4 4
302 Gabon 27696 T 4 4
303 Gabon 27697 C 4 4
304 Gabon 27698 T 4 4
305 Gabon 27699 T 4 4
306 Gabon 27700 A 4 4
307 Gabon 27701 T 4 4
308 Gabon 27702 T 4 4
309 Gabon 27703 G 4 4
310 Gabon 27704 T 4 4
311 Gabon 27705 T 4 4
312 Gabon 27706 G 4 4
313 Gabon 27707 C 4 4
314 Gabon 27708 G 4 4
315 Gabon 27709 G 4 4
316 Gabon 27710 C 4 4
317 Gabon 27711 A 4 4
318 Gabon 27712 A 4 4
319 Gabon 27713 T 4 4
320 Gabon 27714 A 4 4
321 Gabon 27715 G 4 4
322 Gabon 27716 T 4 4
323 Gabon 27717 G 4 4
324 Gabon 27718 T 4 4
325 Gabon 27719 T 4 4
326 Gabon 27720 T 4 4
327 Gabon 27721 A 4 4
328 Gabon 27722 T 4 4
329 Gabon 27723 A 4 4
330 Gabon 27724 A 4 4
331 Gabon 27725 C 4 4
332 Gabon 27726 A 4 4
333 Gabon 27727 C 4 4
334 Gabon 27728 T 4 4
335 Gabon 27729 T 4 4
336 Gabon 27730 T 4 4
337 Gabon 27731 G 4 4
338 Gabon 27732 C 4 4
339 Gabon 27733 T 4 4
340 Gabon 27734 T 4 4
341 Gabon 27735 C 4 4
342 Gabon 27736 A 4 4
343 Gabon 27737 C 4 4
344 Gabon 27738 A 4 4
345 Gabon 27739 C 4 4
346 Gabon 27740 T 4 4
347 Gabon 27741 C 4 4
348 Gabon 27742 A 4 4
349 Gabon 27743 A 4 4
350 Gabon 27744 A 4 4
351 Gabon 27745 A 4 4
352 Gabon 27746 G 4 4
353 Gabon 27747 A 4 4
354 Gabon 27748 A 4 4
355 Gabon 27749 A 4 4
356 Gabon 27750 G 4 4
357 Gabon 27751 A 4 4
358 Gabon 27752 C 4 4
359 Gabon 27753 A 4 4
360 Gabon 27754 G 4 4
361 Gabon 27755 A 4 4
362 Gabon 27756 A 4 4
363 Gabon 27757 T 4 4
364 Gabon 27758 G 4 4
365 Gabon 27759 A 4 4