National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                     1                
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Estonia 27394 A 20 20
1 Estonia 27395 T 20 20
2 Estonia 27396 G 20 20
3 Estonia 27397 A 20 20
4 Estonia 27398 A 20 20
5 Estonia 27399 A 20 20
6 Estonia 27400 A 20 20
7 Estonia 27401 T 20 20
8 Estonia 27402 T 20 20
9 Estonia 27403 A 20 20
10 Estonia 27404 T 20 20
11 Estonia 27405 T G 20 19 Ile4Met
12 Estonia 27406 C 20 20
13 Estonia 27407 T 20 20
14 Estonia 27408 T 20 20
15 Estonia 27409 T 20 20
16 Estonia 27410 T 20 20
17 Estonia 27411 C 20 20
18 Estonia 27412 T 20 20
19 Estonia 27413 T 20 20
20 Estonia 27414 G 20 20
21 Estonia 27415 G 20 20
22 Estonia 27416 C 20 20
23 Estonia 27417 A 20 20
24 Estonia 27418 C 20 20
25 Estonia 27419 T 20 20
26 Estonia 27420 G 20 20
27 Estonia 27421 A 20 20
28 Estonia 27422 T 20 20
29 Estonia 27423 A 20 20
30 Estonia 27424 A 20 20
31 Estonia 27425 C 20 20
32 Estonia 27426 A 20 20
33 Estonia 27427 C 20 20
34 Estonia 27428 T 20 20
35 Estonia 27429 C 20 20
36 Estonia 27430 G 20 20
37 Estonia 27431 C 20 20
38 Estonia 27432 T 20 20
39 Estonia 27433 A 20 20
40 Estonia 27434 C 20 20
41 Estonia 27435 T 20 20
42 Estonia 27436 T 20 20
43 Estonia 27437 G 20 20
44 Estonia 27438 T 20 20
45 Estonia 27439 G 20 20
46 Estonia 27440 A 20 20
47 Estonia 27441 G 20 20
48 Estonia 27442 C 20 20
49 Estonia 27443 T 20 20
50 Estonia 27444 T 20 20
51 Estonia 27445 T 20 20
52 Estonia 27446 A 20 20
53 Estonia 27447 T 20 20
54 Estonia 27448 C 20 20
55 Estonia 27449 A 20 20
56 Estonia 27450 C 20 20
57 Estonia 27451 T 20 20
58 Estonia 27452 A 20 20
59 Estonia 27453 C 20 20
60 Estonia 27454 C 20 20
61 Estonia 27455 A 20 20
62 Estonia 27456 A 20 20
63 Estonia 27457 G 20 20
64 Estonia 27458 A 20 20
65 Estonia 27459 G 20 20
66 Estonia 27460 T 20 20
67 Estonia 27461 G 20 20
68 Estonia 27462 T 20 20
69 Estonia 27463 G 20 20
70 Estonia 27464 T 20 20
71 Estonia 27465 T 20 20
72 Estonia 27466 A 20 20
73 Estonia 27467 G 20 20
74 Estonia 27468 A 20 20
75 Estonia 27469 G 20 20
76 Estonia 27470 G 20 20
77 Estonia 27471 T 20 20
78 Estonia 27472 A 20 20
79 Estonia 27473 C 20 20
80 Estonia 27474 A 20 20
81 Estonia 27475 A 20 20
82 Estonia 27476 C 20 20
83 Estonia 27477 A 20 20
84 Estonia 27478 G 20 20
85 Estonia 27479 T 20 20
86 Estonia 27480 A 20 20
87 Estonia 27481 C 20 20
88 Estonia 27482 T 20 20
89 Estonia 27483 T 20 20
90 Estonia 27484 T 20 20
91 Estonia 27485 T 20 20
92 Estonia 27486 A 20 20
93 Estonia 27487 A 20 20
94 Estonia 27488 A 20 20
95 Estonia 27489 A 20 20
96 Estonia 27490 G 20 20
97 Estonia 27491 A 20 20
98 Estonia 27492 A 20 20
99 Estonia 27493 C 20 20
100 Estonia 27494 C 20 20
101 Estonia 27495 T 20 20
102 Estonia 27496 T 20 20
103 Estonia 27497 G 20 20
104 Estonia 27498 C 20 20
105 Estonia 27499 T 20 20
106 Estonia 27500 C 20 20
107 Estonia 27501 T 20 20
108 Estonia 27502 T 20 20
109 Estonia 27503 C 20 20
110 Estonia 27504 T 20 20
111 Estonia 27505 G 20 20
112 Estonia 27506 G 20 20
113 Estonia 27507 A 20 20
114 Estonia 27508 A 20 20
115 Estonia 27509 C 20 20
116 Estonia 27510 A 20 20
117 Estonia 27511 T 20 20
118 Estonia 27512 A 20 20
119 Estonia 27513 C 20 20
120 Estonia 27514 G 20 20
121 Estonia 27515 A 20 20
122 Estonia 27516 G 20 20
123 Estonia 27517 G 20 20
124 Estonia 27518 G 20 20
125 Estonia 27519 C 20 20
126 Estonia 27520 A 20 20
127 Estonia 27521 A 20 20
128 Estonia 27522 T 20 20
129 Estonia 27523 T 20 20
130 Estonia 27524 C 20 20
131 Estonia 27525 A 20 20
132 Estonia 27526 C 20 20
133 Estonia 27527 C 20 20
134 Estonia 27528 A 20 20
135 Estonia 27529 T 20 20
136 Estonia 27530 T 20 20
137 Estonia 27531 T 20 20
138 Estonia 27532 C 20 20
139 Estonia 27533 A 20 20
140 Estonia 27534 T 20 20
141 Estonia 27535 C 20 20
142 Estonia 27536 C 20 20
143 Estonia 27537 T 20 20
144 Estonia 27538 C 20 20
145 Estonia 27539 T 20 20
146 Estonia 27540 A 20 20
147 Estonia 27541 G 20 20
148 Estonia 27542 C 20 20
149 Estonia 27543 T 20 20
150 Estonia 27544 G 20 20
151 Estonia 27545 A 20 20
152 Estonia 27546 T 20 20
153 Estonia 27547 A 20 20
154 Estonia 27548 A 20 20
155 Estonia 27549 C 20 20
156 Estonia 27550 A 20 20
157 Estonia 27551 A 20 20
158 Estonia 27552 A 20 20
159 Estonia 27553 T 20 20
160 Estonia 27554 T 20 20
161 Estonia 27555 T 20 20
162 Estonia 27556 G 20 20
163 Estonia 27557 C 20 20
164 Estonia 27558 A 20 20
165 Estonia 27559 C 20 20
166 Estonia 27560 T 20 20
167 Estonia 27561 G 20 20
168 Estonia 27562 A 20 20
169 Estonia 27563 C 20 20
170 Estonia 27564 T 20 20
171 Estonia 27565 T 20 20
172 Estonia 27566 G 20 20
173 Estonia 27567 C 20 20
174 Estonia 27568 T 20 20
175 Estonia 27569 T 20 20
176 Estonia 27570 T 20 20
177 Estonia 27571 A 20 20
178 Estonia 27572 G 20 20
179 Estonia 27573 C 20 20
180 Estonia 27574 A 20 20
181 Estonia 27575 C 20 20
182 Estonia 27576 T 20 20
183 Estonia 27577 C 20 20
184 Estonia 27578 A 20 20
185 Estonia 27579 A 20 20
186 Estonia 27580 T 20 20
187 Estonia 27581 T 20 20
188 Estonia 27582 T 20 20
189 Estonia 27583 G 20 20
190 Estonia 27584 C 20 20
191 Estonia 27585 T 20 20
192 Estonia 27586 T 20 20
193 Estonia 27587 T 20 20
194 Estonia 27588 T 20 20
195 Estonia 27589 G 20 20
196 Estonia 27590 C 20 20
197 Estonia 27591 T 20 20
198 Estonia 27592 T 20 20
199 Estonia 27593 G 20 20
200 Estonia 27594 T 20 20
201 Estonia 27595 C 20 20
202 Estonia 27596 C 20 20
203 Estonia 27597 T 20 20
204 Estonia 27598 G 20 20
205 Estonia 27599 A 20 20
206 Estonia 27600 C 20 20
207 Estonia 27601 G 20 20
208 Estonia 27602 G 20 20
209 Estonia 27603 C 20 20
210 Estonia 27604 G 20 20
211 Estonia 27605 T 20 20
212 Estonia 27606 A 20 20
213 Estonia 27607 A 20 20
214 Estonia 27608 A 20 20
215 Estonia 27609 A 20 20
216 Estonia 27610 C 20 20
217 Estonia 27611 A 20 20
218 Estonia 27612 C 20 20
219 Estonia 27613 G 20 20
220 Estonia 27614 T 20 20
221 Estonia 27615 C 20 20
222 Estonia 27616 T 20 20
223 Estonia 27617 A 20 20
224 Estonia 27618 T 20 20
225 Estonia 27619 C 20 20
226 Estonia 27620 A 20 20
227 Estonia 27621 G 20 20
228 Estonia 27622 T 20 20
229 Estonia 27623 T 20 20
230 Estonia 27624 A 20 20
231 Estonia 27625 C 20 20
232 Estonia 27626 G 20 20
233 Estonia 27627 T 20 20
234 Estonia 27628 G 20 20
235 Estonia 27629 C 20 20
236 Estonia 27630 C 20 20
237 Estonia 27631 A 20 20
238 Estonia 27632 G 20 20
239 Estonia 27633 A 20 20
240 Estonia 27634 T 20 20
241 Estonia 27635 C 20 20
242 Estonia 27636 A 20 20
243 Estonia 27637 G 20 20
244 Estonia 27638 T 20 20
245 Estonia 27639 T 20 20
246 Estonia 27640 T 20 20
247 Estonia 27641 C 20 20
248 Estonia 27642 A 20 20
249 Estonia 27643 C 20 20
250 Estonia 27644 C 20 20
251 Estonia 27645 T 20 20
252 Estonia 27646 A 20 20
253 Estonia 27647 A 20 20
254 Estonia 27648 A 20 20
255 Estonia 27649 C 20 20
256 Estonia 27650 T 20 20
257 Estonia 27651 G 20 20
258 Estonia 27652 T 20 20
259 Estonia 27653 T 20 20
260 Estonia 27654 C 20 20
261 Estonia 27655 A 20 20
262 Estonia 27656 T 20 20
263 Estonia 27657 C 20 20
264 Estonia 27658 A 20 20
265 Estonia 27659 G 20 20
266 Estonia 27660 A 20 20
267 Estonia 27661 C 20 20
268 Estonia 27662 A 20 20
269 Estonia 27663 A 20 20
270 Estonia 27664 G 20 20
271 Estonia 27665 A 20 20
272 Estonia 27666 G 20 20
273 Estonia 27667 G 20 20
274 Estonia 27668 A 20 20
275 Estonia 27669 A 20 20
276 Estonia 27670 G 20 20
277 Estonia 27671 T 20 20
278 Estonia 27672 T 20 20
279 Estonia 27673 C 20 20
280 Estonia 27674 A 20 20
281 Estonia 27675 A 20 20
282 Estonia 27676 G 20 20
283 Estonia 27677 A 20 20
284 Estonia 27678 A 20 20
285 Estonia 27679 C 20 20
286 Estonia 27680 T 20 20
287 Estonia 27681 T 20 20
288 Estonia 27682 T 20 20
289 Estonia 27683 A 20 20
290 Estonia 27684 C 20 20
291 Estonia 27685 T 20 20
292 Estonia 27686 C 20 20
293 Estonia 27687 T 20 20
294 Estonia 27688 C 20 20
295 Estonia 27689 C 20 20
296 Estonia 27690 A 20 20
297 Estonia 27691 A 20 20
298 Estonia 27692 T 20 20
299 Estonia 27693 T 20 20
300 Estonia 27694 T 20 20
301 Estonia 27695 T 20 20
302 Estonia 27696 T 20 20
303 Estonia 27697 C 20 20
304 Estonia 27698 T 20 20
305 Estonia 27699 T 20 20
306 Estonia 27700 A 20 20
307 Estonia 27701 T 20 20
308 Estonia 27702 T 20 20
309 Estonia 27703 G 20 20
310 Estonia 27704 T 20 20
311 Estonia 27705 T 20 20
312 Estonia 27706 G 20 20
313 Estonia 27707 C 20 20
314 Estonia 27708 G 20 20
315 Estonia 27709 G 20 20
316 Estonia 27710 C 20 20
317 Estonia 27711 A 20 20
318 Estonia 27712 A 20 20
319 Estonia 27713 T 20 20
320 Estonia 27714 A 20 20
321 Estonia 27715 G 20 20
322 Estonia 27716 T 20 20
323 Estonia 27717 G 20 20
324 Estonia 27718 T 20 20
325 Estonia 27719 T 20 20
326 Estonia 27720 T 20 20
327 Estonia 27721 A 20 20
328 Estonia 27722 T 20 20
329 Estonia 27723 A 20 20
330 Estonia 27724 A 20 20
331 Estonia 27725 C 20 20
332 Estonia 27726 A 20 20
333 Estonia 27727 C 20 20
334 Estonia 27728 T 20 20
335 Estonia 27729 T 20 20
336 Estonia 27730 T 20 20
337 Estonia 27731 G 20 20
338 Estonia 27732 C 20 20
339 Estonia 27733 T 20 20
340 Estonia 27734 T 20 20
341 Estonia 27735 C 20 20
342 Estonia 27736 A 20 20
343 Estonia 27737 C 20 20
344 Estonia 27738 A 20 20
345 Estonia 27739 C 20 20
346 Estonia 27740 T 20 20
347 Estonia 27741 C 20 20
348 Estonia 27742 A 20 20
349 Estonia 27743 A 20 20
350 Estonia 27744 A 20 20
351 Estonia 27745 A 20 20
352 Estonia 27746 G 20 20
353 Estonia 27747 A 20 20
354 Estonia 27748 A 20 20
355 Estonia 27749 A 20 20
356 Estonia 27750 G 20 20
357 Estonia 27751 A 20 20
358 Estonia 27752 C 20 20
359 Estonia 27753 A 20 20
360 Estonia 27754 G 20 20
361 Estonia 27755 A 20 20
362 Estonia 27756 A 20 20
363 Estonia 27757 T 20 20
364 Estonia 27758 G 20 20
365 Estonia 27759 A 20 20