National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                   1                  
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30               2                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Ecuador 27394 A 205 205
1 Ecuador 27395 T 205 205
2 Ecuador 27396 G 206 206
3 Ecuador 27397 A 206 206
4 Ecuador 27398 A 206 206
5 Ecuador 27399 A 206 206
6 Ecuador 27400 A 206 206
7 Ecuador 27401 T 206 206
8 Ecuador 27402 T 206 206
9 Ecuador 27403 A 206 206
10 Ecuador 27404 T 206 206
11 Ecuador 27405 T 206 206
12 Ecuador 27406 C 206 206
13 Ecuador 27407 T 206 206
14 Ecuador 27408 T 206 206
15 Ecuador 27409 T 206 206
16 Ecuador 27410 T 206 206
17 Ecuador 27411 C 206 206
18 Ecuador 27412 T 206 206
19 Ecuador 27413 T 206 206
20 Ecuador 27414 G 206 206
21 Ecuador 27415 G 206 206
22 Ecuador 27416 C 206 206
23 Ecuador 27417 A 206 206
24 Ecuador 27418 C 206 206
25 Ecuador 27419 T 206 206
26 Ecuador 27420 G 206 206
27 Ecuador 27421 A 206 206
28 Ecuador 27422 T 206 206
29 Ecuador 27423 A 206 206
30 Ecuador 27424 A 206 206
31 Ecuador 27425 C 206 206
32 Ecuador 27426 A 206 206
33 Ecuador 27427 C 206 206
34 Ecuador 27428 T 206 206
35 Ecuador 27429 C 206 206
36 Ecuador 27430 G 206 206
37 Ecuador 27431 C 206 206
38 Ecuador 27432 T 206 206
39 Ecuador 27433 A 206 206
40 Ecuador 27434 C 206 206
41 Ecuador 27435 T 206 206
42 Ecuador 27436 T 206 206
43 Ecuador 27437 G 206 206
44 Ecuador 27438 T 206 206
45 Ecuador 27439 G 206 206
46 Ecuador 27440 A 206 206
47 Ecuador 27441 G 206 206
48 Ecuador 27442 C 206 206
49 Ecuador 27443 T 206 206
50 Ecuador 27444 T 206 206
51 Ecuador 27445 T 206 206
52 Ecuador 27446 A 206 206
53 Ecuador 27447 T 206 206
54 Ecuador 27448 C 206 206
55 Ecuador 27449 A 206 206
56 Ecuador 27450 C 206 206
57 Ecuador 27451 T 206 206
58 Ecuador 27452 A 206 206
59 Ecuador 27453 C 206 206
60 Ecuador 27454 C 206 206
61 Ecuador 27455 A 206 206
62 Ecuador 27456 A 206 206
63 Ecuador 27457 G 206 206
64 Ecuador 27458 A 206 206
65 Ecuador 27459 G 206 206
66 Ecuador 27460 T 206 206
67 Ecuador 27461 G 206 206
68 Ecuador 27462 T 206 206
69 Ecuador 27463 G 206 206
70 Ecuador 27464 T 206 206
71 Ecuador 27465 T 206 206
72 Ecuador 27466 A 206 206
73 Ecuador 27467 G 206 206
74 Ecuador 27468 A 206 206
75 Ecuador 27469 G 206 206
76 Ecuador 27470 G 206 206
77 Ecuador 27471 T 206 206
78 Ecuador 27472 A 206 206
79 Ecuador 27473 C 206 206
80 Ecuador 27474 A 207 207
81 Ecuador 27475 A 207 207
82 Ecuador 27476 C T 207 206 Thr28Ile
83 Ecuador 27477 A 207 207
84 Ecuador 27478 G 207 207
85 Ecuador 27479 T 207 207
86 Ecuador 27480 A 207 207
87 Ecuador 27481 C 207 207
88 Ecuador 27482 T 207 207
89 Ecuador 27483 T 207 207
90 Ecuador 27484 T 207 207
91 Ecuador 27485 T 207 207
92 Ecuador 27486 A 206 206
93 Ecuador 27487 A 206 206
94 Ecuador 27488 A 206 206
95 Ecuador 27489 A 206 206
96 Ecuador 27490 G 206 206
97 Ecuador 27491 A 206 206
98 Ecuador 27492 A 206 206
99 Ecuador 27493 C 206 206
100 Ecuador 27494 C 206 206
101 Ecuador 27495 T 206 206
102 Ecuador 27496 T 206 206
103 Ecuador 27497 G 206 206
104 Ecuador 27498 C 206 206
105 Ecuador 27499 T 206 206
106 Ecuador 27500 C 206 206
107 Ecuador 27501 T 206 206
108 Ecuador 27502 T 206 206
109 Ecuador 27503 C 206 206
110 Ecuador 27504 T 206 206
111 Ecuador 27505 G 206 206
112 Ecuador 27506 G 206 206
113 Ecuador 27507 A 206 206
114 Ecuador 27508 A 206 206
115 Ecuador 27509 C T 206 205 Thr39Ile
116 Ecuador 27510 A 206 206
117 Ecuador 27511 T 206 206
118 Ecuador 27512 A 204 204
119 Ecuador 27513 C 204 204
120 Ecuador 27514 G 204 204
121 Ecuador 27515 A 204 204
122 Ecuador 27516 G 204 204
123 Ecuador 27517 G 204 204
124 Ecuador 27518 G 204 204
125 Ecuador 27519 C 204 204
126 Ecuador 27520 A 204 204
127 Ecuador 27521 A 204 204
128 Ecuador 27522 T 204 204
129 Ecuador 27523 T 204 204
130 Ecuador 27524 C 204 204
131 Ecuador 27525 A 204 204
132 Ecuador 27526 C 204 204
133 Ecuador 27527 C 204 204
134 Ecuador 27528 A 204 204
135 Ecuador 27529 T 204 204
136 Ecuador 27530 T 204 204
137 Ecuador 27531 T 204 204
138 Ecuador 27532 C 204 204
139 Ecuador 27533 A 204 204
140 Ecuador 27534 T 204 204
141 Ecuador 27535 C 204 204
142 Ecuador 27536 C 204 204
143 Ecuador 27537 T 204 204
144 Ecuador 27538 C 204 204
145 Ecuador 27539 T 204 204
146 Ecuador 27540 A 204 204
147 Ecuador 27541 G 204 204
148 Ecuador 27542 C 204 204
149 Ecuador 27543 T 204 204
150 Ecuador 27544 G 204 204
151 Ecuador 27545 A 204 204
152 Ecuador 27546 T 204 204
153 Ecuador 27547 A 204 204
154 Ecuador 27548 A 204 204
155 Ecuador 27549 C 204 204
156 Ecuador 27550 A 204 204
157 Ecuador 27551 A 204 204
158 Ecuador 27552 A 204 204
159 Ecuador 27553 T 204 204
160 Ecuador 27554 T 204 204
161 Ecuador 27555 T 204 204
162 Ecuador 27556 G 204 204
163 Ecuador 27557 C 204 204
164 Ecuador 27558 A 204 204
165 Ecuador 27559 C 204 204
166 Ecuador 27560 T 204 204
167 Ecuador 27561 G 204 204
168 Ecuador 27562 A 204 204
169 Ecuador 27563 C 204 204
170 Ecuador 27564 T 204 204
171 Ecuador 27565 T 204 204
172 Ecuador 27566 G 204 204
173 Ecuador 27567 C 204 204
174 Ecuador 27568 T 204 204
175 Ecuador 27569 T 204 204
176 Ecuador 27570 T 204 204
177 Ecuador 27571 A 204 204
178 Ecuador 27572 G 204 204
179 Ecuador 27573 C 204 204
180 Ecuador 27574 A 204 204
181 Ecuador 27575 C 204 204
182 Ecuador 27576 T 204 204
183 Ecuador 27577 C 204 204
184 Ecuador 27578 A 204 204
185 Ecuador 27579 A 204 204
186 Ecuador 27580 T 204 204
187 Ecuador 27581 T 204 204
188 Ecuador 27582 T 204 204
189 Ecuador 27583 G 204 204
190 Ecuador 27584 C 204 204
191 Ecuador 27585 T 204 204
192 Ecuador 27586 T 204 204
193 Ecuador 27587 T 204 204
194 Ecuador 27588 T 204 204
195 Ecuador 27589 G 204 204
196 Ecuador 27590 C 204 204
197 Ecuador 27591 T 204 204
198 Ecuador 27592 T 204 204
199 Ecuador 27593 G 204 204
200 Ecuador 27594 T 204 204
201 Ecuador 27595 C 204 204
202 Ecuador 27596 C 204 204
203 Ecuador 27597 T 204 204
204 Ecuador 27598 G 204 204
205 Ecuador 27599 A 204 204
206 Ecuador 27600 C 204 204
207 Ecuador 27601 G 204 204
208 Ecuador 27602 G 204 204
209 Ecuador 27603 C 204 204
210 Ecuador 27604 G 204 204
211 Ecuador 27605 T 204 204
212 Ecuador 27606 A 204 204
213 Ecuador 27607 A 204 204
214 Ecuador 27608 A 204 204
215 Ecuador 27609 A 204 204
216 Ecuador 27610 C 204 204
217 Ecuador 27611 A 204 204
218 Ecuador 27612 C 204 204
219 Ecuador 27613 G 204 204
220 Ecuador 27614 T 204 204
221 Ecuador 27615 C 204 204
222 Ecuador 27616 T 204 204
223 Ecuador 27617 A 202 202
224 Ecuador 27618 T 202 202
225 Ecuador 27619 C 202 202
226 Ecuador 27620 A 202 202
227 Ecuador 27621 G 202 202
228 Ecuador 27622 T 202 202
229 Ecuador 27623 T 202 202
230 Ecuador 27624 A 202 202
231 Ecuador 27625 C 202 202
232 Ecuador 27626 G 202 202
233 Ecuador 27627 T 202 202
234 Ecuador 27628 G 202 202
235 Ecuador 27629 C 202 202
236 Ecuador 27630 C 202 202
237 Ecuador 27631 A 202 202
238 Ecuador 27632 G 202 202
239 Ecuador 27633 A 202 202
240 Ecuador 27634 T 202 202
241 Ecuador 27635 C 202 202
242 Ecuador 27636 A 202 202
243 Ecuador 27637 G 202 202
244 Ecuador 27638 T 202 202
245 Ecuador 27639 T 202 202
246 Ecuador 27640 T 202 202
247 Ecuador 27641 C 202 202
248 Ecuador 27642 A 202 202
249 Ecuador 27643 C 202 202
250 Ecuador 27644 C 202 202
251 Ecuador 27645 T 202 202
252 Ecuador 27646 A 202 202
253 Ecuador 27647 A 202 202
254 Ecuador 27648 A 202 202
255 Ecuador 27649 C 202 202
256 Ecuador 27650 T 202 202
257 Ecuador 27651 G 202 202
258 Ecuador 27652 T 202 202
259 Ecuador 27653 T 202 202
260 Ecuador 27654 C 202 202
261 Ecuador 27655 A 202 202
262 Ecuador 27656 T 202 202
263 Ecuador 27657 C 202 202
264 Ecuador 27658 A 202 202
265 Ecuador 27659 G 202 202
266 Ecuador 27660 A 202 202
267 Ecuador 27661 C 202 202
268 Ecuador 27662 A 202 202
269 Ecuador 27663 A 202 202
270 Ecuador 27664 G 202 202
271 Ecuador 27665 A 202 202
272 Ecuador 27666 G 202 202
273 Ecuador 27667 G 202 202
274 Ecuador 27668 A 202 202
275 Ecuador 27669 A 202 202
276 Ecuador 27670 G 202 202
277 Ecuador 27671 T 202 202
278 Ecuador 27672 T 202 202
279 Ecuador 27673 C 202 202
280 Ecuador 27674 A 202 202
281 Ecuador 27675 A 202 202
282 Ecuador 27676 G 202 202
283 Ecuador 27677 A 202 202
284 Ecuador 27678 A 202 202
285 Ecuador 27679 C 202 202
286 Ecuador 27680 T 202 202
287 Ecuador 27681 T 202 202
288 Ecuador 27682 T 202 202
289 Ecuador 27683 A 202 202
290 Ecuador 27684 C 202 202
291 Ecuador 27685 T 202 202
292 Ecuador 27686 C 202 202
293 Ecuador 27687 T 202 202
294 Ecuador 27688 C 202 202
295 Ecuador 27689 C T 202 201 Pro99Leu
296 Ecuador 27690 A 202 202
297 Ecuador 27691 A 202 202
298 Ecuador 27692 T 202 202
299 Ecuador 27693 T 202 202
300 Ecuador 27694 T 202 202
301 Ecuador 27695 T 202 202
302 Ecuador 27696 T 202 202
303 Ecuador 27697 C 202 202
304 Ecuador 27698 T 202 202
305 Ecuador 27699 T 202 202
306 Ecuador 27700 A 202 202
307 Ecuador 27701 T 202 202
308 Ecuador 27702 T 202 202
309 Ecuador 27703 G 202 202
310 Ecuador 27704 T 202 202
311 Ecuador 27705 T 202 202
312 Ecuador 27706 G 202 202
313 Ecuador 27707 C 202 202
314 Ecuador 27708 G 202 202
315 Ecuador 27709 G 202 202
316 Ecuador 27710 C 202 202
317 Ecuador 27711 A 202 202
318 Ecuador 27712 A 202 202
319 Ecuador 27713 T 202 202
320 Ecuador 27714 A 202 202
321 Ecuador 27715 G 202 202
322 Ecuador 27716 T 202 202
323 Ecuador 27717 G 202 202
324 Ecuador 27718 T 203 203
325 Ecuador 27719 T 203 203
326 Ecuador 27720 T 203 203
327 Ecuador 27721 A 203 203
328 Ecuador 27722 T 203 203
329 Ecuador 27723 A 202 202
330 Ecuador 27724 A 202 202
331 Ecuador 27725 C 202 202
332 Ecuador 27726 A 202 202
333 Ecuador 27727 C 202 202
334 Ecuador 27728 T 202 202
335 Ecuador 27729 T 202 202
336 Ecuador 27730 T 202 202
337 Ecuador 27731 G 202 202
338 Ecuador 27732 C 202 202
339 Ecuador 27733 T 202 202
340 Ecuador 27734 T 202 202
341 Ecuador 27735 C 202 202
342 Ecuador 27736 A 202 202
343 Ecuador 27737 C 202 202
344 Ecuador 27738 A 202 202
345 Ecuador 27739 C 202 202
346 Ecuador 27740 T 202 202
347 Ecuador 27741 C 202 202
348 Ecuador 27742 A 202 202
349 Ecuador 27743 A 202 202
350 Ecuador 27744 A 202 202
351 Ecuador 27745 A 202 202
352 Ecuador 27746 G 202 202
353 Ecuador 27747 A 202 202
354 Ecuador 27748 A 202 202
355 Ecuador 27749 A 202 202
356 Ecuador 27750 G 202 202
357 Ecuador 27751 A 202 202
358 Ecuador 27752 C 202 202
359 Ecuador 27753 A 202 202
360 Ecuador 27754 G 202 202
361 Ecuador 27755 A 202 202
362 Ecuador 27756 A 202 202
363 Ecuador 27757 T 202 202
364 Ecuador 27758 G 202 202
365 Ecuador 27759 A 202 202