National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27 1                             2      
C     18                                      
D     6                                      
E 1   24       2                              
F     30         1                            
G     12                               1   2  
H     9                                     1
I     25                                   1  
K     21                     1                
L     45         2         2                  
M     6                                      
N     6                                      
P     18                               1      
Q     15                                      
R     15               1                      
S     21                                      
T     30               2                      
V     24                                      
Y     15             1                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Czech_Republic 27394 A 602 602
1 Czech_Republic 27395 T 602 602
2 Czech_Republic 27396 G 602 602
3 Czech_Republic 27397 A 602 602
4 Czech_Republic 27398 A 602 602
5 Czech_Republic 27399 A 602 602
6 Czech_Republic 27400 A 602 602
7 Czech_Republic 27401 T 602 602
8 Czech_Republic 27402 T 602 602
9 Czech_Republic 27403 A 602 602
10 Czech_Republic 27404 T 602 602
11 Czech_Republic 27405 T 602 602
12 Czech_Republic 27406 C 602 602
13 Czech_Republic 27407 T 602 602
14 Czech_Republic 27408 T 602 602
15 Czech_Republic 27409 T 602 602
16 Czech_Republic 27410 T 602 602
17 Czech_Republic 27411 C 602 602
18 Czech_Republic 27412 T 602 602
19 Czech_Republic 27413 T 602 602
20 Czech_Republic 27414 G 602 602
21 Czech_Republic 27415 G 602 602
22 Czech_Republic 27416 C 602 602
23 Czech_Republic 27417 A 602 602
24 Czech_Republic 27418 C 602 602
25 Czech_Republic 27419 T 602 602
26 Czech_Republic 27420 G 602 602
27 Czech_Republic 27421 A 602 602
28 Czech_Republic 27422 T 602 602
29 Czech_Republic 27423 A 602 602
30 Czech_Republic 27424 A 602 602
31 Czech_Republic 27425 C T 602 600 Thr11Ile
32 Czech_Republic 27426 A 602 602
33 Czech_Republic 27427 C 602 602
34 Czech_Republic 27428 T 602 602
35 Czech_Republic 27429 C 602 602
36 Czech_Republic 27430 G 602 602
37 Czech_Republic 27431 C 602 602
38 Czech_Republic 27432 T 602 602
39 Czech_Republic 27433 A 602 602
40 Czech_Republic 27434 C T 602 596 Thr14Ile
41 Czech_Republic 27435 T 602 602
42 Czech_Republic 27436 T 602 602
43 Czech_Republic 27437 G 602 602
44 Czech_Republic 27438 T 602 602
45 Czech_Republic 27439 G 602 602
46 Czech_Republic 27440 A 602 602
47 Czech_Republic 27441 G 602 602
48 Czech_Republic 27442 C T 602 601 Leu17Phe
49 Czech_Republic 27443 T 602 602
50 Czech_Republic 27444 T 602 602
51 Czech_Republic 27445 T 602 602
52 Czech_Republic 27446 A 602 602
53 Czech_Republic 27447 T 602 602
54 Czech_Republic 27448 C 602 602
55 Czech_Republic 27449 A 602 602
56 Czech_Republic 27450 C 602 602
57 Czech_Republic 27451 T 602 602
58 Czech_Republic 27452 A 602 602
59 Czech_Republic 27453 C 602 602
60 Czech_Republic 27454 C 602 602
61 Czech_Republic 27455 A 602 602
62 Czech_Republic 27456 A 602 602
63 Czech_Republic 27457 G 602 602
64 Czech_Republic 27458 A 602 602
65 Czech_Republic 27459 G 602 602
66 Czech_Republic 27460 T 602 602
67 Czech_Republic 27461 G 602 602
68 Czech_Republic 27462 T 602 602
69 Czech_Republic 27463 G 602 602
70 Czech_Republic 27464 T 602 602
71 Czech_Republic 27465 T 602 602
72 Czech_Republic 27466 A 602 602
73 Czech_Republic 27467 G 602 602
74 Czech_Republic 27468 A 602 602
75 Czech_Republic 27469 G A 602 601 Gly26Ser
76 Czech_Republic 27470 G 602 602
77 Czech_Republic 27471 T 602 602
78 Czech_Republic 27472 A 602 602
79 Czech_Republic 27473 C 602 602
80 Czech_Republic 27474 A 602 602
81 Czech_Republic 27475 A 602 602
82 Czech_Republic 27476 C 602 602
83 Czech_Republic 27477 A 602 602
84 Czech_Republic 27478 G 602 602
85 Czech_Republic 27479 T 602 602
86 Czech_Republic 27480 A 602 602
87 Czech_Republic 27481 C 602 602
88 Czech_Republic 27482 T 602 602
89 Czech_Republic 27483 T 602 602
90 Czech_Republic 27484 T 602 602
91 Czech_Republic 27485 T 602 602
92 Czech_Republic 27486 A 602 602
93 Czech_Republic 27487 A 602 602
94 Czech_Republic 27488 A 602 602
95 Czech_Republic 27489 A 602 602
96 Czech_Republic 27490 G 602 602
97 Czech_Republic 27491 A 602 602
98 Czech_Republic 27492 A 602 602
99 Czech_Republic 27493 C T 602 601 Pro34Ser
100 Czech_Republic 27494 C 602 602
101 Czech_Republic 27495 T 602 602
102 Czech_Republic 27496 T 602 602
103 Czech_Republic 27497 G 602 602
104 Czech_Republic 27498 C 602 602
105 Czech_Republic 27499 T 602 602
106 Czech_Republic 27500 C 602 602
107 Czech_Republic 27501 T 602 602
108 Czech_Republic 27502 T 602 602
109 Czech_Republic 27503 C 602 602
110 Czech_Republic 27504 T 602 602
111 Czech_Republic 27505 G 602 602
112 Czech_Republic 27506 G T 602 600 Gly38Val
113 Czech_Republic 27507 A 602 602
114 Czech_Republic 27508 A 602 602
115 Czech_Republic 27509 C 602 602
116 Czech_Republic 27510 A 602 602
117 Czech_Republic 27511 T 602 602
118 Czech_Republic 27512 A 602 602
119 Czech_Republic 27513 C 602 602
120 Czech_Republic 27514 G 602 602
121 Czech_Republic 27515 A 602 602
122 Czech_Republic 27516 G 602 602
123 Czech_Republic 27517 G 602 602
124 Czech_Republic 27518 G T 602 601 Gly42Val
125 Czech_Republic 27519 C 602 602
126 Czech_Republic 27520 A 602 602
127 Czech_Republic 27521 A 602 602
128 Czech_Republic 27522 T 602 602
129 Czech_Republic 27523 T 602 602
130 Czech_Republic 27524 C 602 602
131 Czech_Republic 27525 A 602 602
132 Czech_Republic 27526 C 602 602
133 Czech_Republic 27527 C 602 602
134 Czech_Republic 27528 A 602 602
135 Czech_Republic 27529 T 602 602
136 Czech_Republic 27530 T 602 602
137 Czech_Republic 27531 T 602 602
138 Czech_Republic 27532 C T 602 585 His47Tyr
139 Czech_Republic 27533 A 602 602
140 Czech_Republic 27534 T 602 602
141 Czech_Republic 27535 C 602 602
142 Czech_Republic 27536 C 602 602
143 Czech_Republic 27537 T 602 602
144 Czech_Republic 27538 C 602 602
145 Czech_Republic 27539 T 602 602
146 Czech_Republic 27540 A 602 602
147 Czech_Republic 27541 G T 602 601 Ala50Ser
148 Czech_Republic 27542 C 602 602
149 Czech_Republic 27543 T 602 602
150 Czech_Republic 27544 G 602 602
151 Czech_Republic 27545 A 602 602
152 Czech_Republic 27546 T 602 602
153 Czech_Republic 27547 A 602 602
154 Czech_Republic 27548 A 602 602
155 Czech_Republic 27549 C 602 602
156 Czech_Republic 27550 A 602 602
157 Czech_Republic 27551 A 602 602
158 Czech_Republic 27552 A 602 602
159 Czech_Republic 27553 T 602 602
160 Czech_Republic 27554 T 602 602
161 Czech_Republic 27555 T 602 602
162 Czech_Republic 27556 G 602 602
163 Czech_Republic 27557 C 602 602
164 Czech_Republic 27558 A 602 602
165 Czech_Republic 27559 C 601 601
166 Czech_Republic 27560 T 601 601
167 Czech_Republic 27561 G T 601 600 Leu56Leu
168 Czech_Republic 27562 A 601 601
169 Czech_Republic 27563 C 601 601
170 Czech_Republic 27564 T 601 601
171 Czech_Republic 27565 T 601 601
172 Czech_Republic 27566 G 601 601
173 Czech_Republic 27567 C 601 601
174 Czech_Republic 27568 T 601 601
175 Czech_Republic 27569 T 601 601
176 Czech_Republic 27570 T 601 601
177 Czech_Republic 27571 A 601 601
178 Czech_Republic 27572 G 601 601
179 Czech_Republic 27573 C 601 601
180 Czech_Republic 27574 A 601 601
181 Czech_Republic 27575 C 601 601
182 Czech_Republic 27576 T 601 601
183 Czech_Republic 27577 C 601 601
184 Czech_Republic 27578 A 601 601
185 Czech_Republic 27579 A 601 601
186 Czech_Republic 27580 T 601 601
187 Czech_Republic 27581 T 601 601
188 Czech_Republic 27582 T 601 601
189 Czech_Republic 27583 G T 601 600 Ala64Ser
190 Czech_Republic 27584 C 601 601
191 Czech_Republic 27585 T 601 601
192 Czech_Republic 27586 T 601 601
193 Czech_Republic 27587 T 601 601
194 Czech_Republic 27588 T 601 601
195 Czech_Republic 27589 G 601 601
196 Czech_Republic 27590 C 601 601
197 Czech_Republic 27591 T C 601 600 Ala66Ala
198 Czech_Republic 27592 T 601 601
199 Czech_Republic 27593 G 601 601
200 Czech_Republic 27594 T 601 601
201 Czech_Republic 27595 C 601 601
202 Czech_Republic 27596 C 601 601
203 Czech_Republic 27597 T 601 601
204 Czech_Republic 27598 G 601 601
205 Czech_Republic 27599 A 601 601
206 Czech_Republic 27600 C 601 601
207 Czech_Republic 27601 G 601 601
208 Czech_Republic 27602 G 601 601
209 Czech_Republic 27603 C 601 601
210 Czech_Republic 27604 G 601 601
211 Czech_Republic 27605 T 601 601
212 Czech_Republic 27606 A 601 601
213 Czech_Republic 27607 A 601 601
214 Czech_Republic 27608 A 601 601
215 Czech_Republic 27609 A 601 601
216 Czech_Republic 27610 C 601 601
217 Czech_Republic 27611 A 601 601
218 Czech_Republic 27612 C 601 601
219 Czech_Republic 27613 G 601 601
220 Czech_Republic 27614 T 601 601
221 Czech_Republic 27615 C 601 601
222 Czech_Republic 27616 T C 601 600 Tyr75His
223 Czech_Republic 27617 A 601 601
224 Czech_Republic 27618 T 601 601
225 Czech_Republic 27619 C 601 601
226 Czech_Republic 27620 A 601 601
227 Czech_Republic 27621 G 601 601
228 Czech_Republic 27622 T 601 601
229 Czech_Republic 27623 T 601 601
230 Czech_Republic 27624 A 601 601
231 Czech_Republic 27625 C 601 601
232 Czech_Republic 27626 G 601 601
233 Czech_Republic 27627 T 601 601
234 Czech_Republic 27628 G 601 601
235 Czech_Republic 27629 C 601 601
236 Czech_Republic 27630 C 601 601
237 Czech_Republic 27631 A 601 601
238 Czech_Republic 27632 G T 601 600 Arg80Ile
239 Czech_Republic 27633 A 601 601
240 Czech_Republic 27634 T 601 601
241 Czech_Republic 27635 C 601 601
242 Czech_Republic 27636 A 601 601
243 Czech_Republic 27637 G 601 601
244 Czech_Republic 27638 T 601 601
245 Czech_Republic 27639 T 601 601
246 Czech_Republic 27640 T 601 601
247 Czech_Republic 27641 C 601 601
248 Czech_Republic 27642 A 601 601
249 Czech_Republic 27643 C 601 601
250 Czech_Republic 27644 C 601 601
251 Czech_Republic 27645 T 601 601
252 Czech_Republic 27646 A 601 601
253 Czech_Republic 27647 A 601 601
254 Czech_Republic 27648 A 601 601
255 Czech_Republic 27649 C 601 601
256 Czech_Republic 27650 T 601 601
257 Czech_Republic 27651 G 601 601
258 Czech_Republic 27652 T 601 601
259 Czech_Republic 27653 T 601 601
260 Czech_Republic 27654 C T 601 600 Phe87Phe
261 Czech_Republic 27655 A G 601 600 Ile88Val
262 Czech_Republic 27656 T 601 601
263 Czech_Republic 27657 C 601 601
264 Czech_Republic 27658 A 601 601
265 Czech_Republic 27659 G 601 601
266 Czech_Republic 27660 A 601 601
267 Czech_Republic 27661 C 601 601
268 Czech_Republic 27662 A 601 601
269 Czech_Republic 27663 A 601 601
270 Czech_Republic 27664 G 601 601
271 Czech_Republic 27665 A 601 601
272 Czech_Republic 27666 G A 601 600 Glu91Glu
273 Czech_Republic 27667 G 601 601
274 Czech_Republic 27668 A 601 601
275 Czech_Republic 27669 A G 601 600 Glu92Glu
276 Czech_Republic 27670 G 601 601
277 Czech_Republic 27671 T 601 601
278 Czech_Republic 27672 T 601 601
279 Czech_Republic 27673 C 601 601
280 Czech_Republic 27674 A 601 601
281 Czech_Republic 27675 A 601 601
282 Czech_Republic 27676 G 601 601
283 Czech_Republic 27677 A 601 601
284 Czech_Republic 27678 A 601 601
285 Czech_Republic 27679 C T 601 600 Leu96Phe
286 Czech_Republic 27680 T 601 601
287 Czech_Republic 27681 T 601 601
288 Czech_Republic 27682 T 601 601
289 Czech_Republic 27683 A 601 601
290 Czech_Republic 27684 C 601 601
291 Czech_Republic 27685 T 601 601
292 Czech_Republic 27686 C 601 601
293 Czech_Republic 27687 T 601 601
294 Czech_Republic 27688 C 601 601
295 Czech_Republic 27689 C 601 601
296 Czech_Republic 27690 A 601 601
297 Czech_Republic 27691 A 601 601
298 Czech_Republic 27692 T 601 601
299 Czech_Republic 27693 T 601 601
300 Czech_Republic 27694 T 601 601
301 Czech_Republic 27695 T 601 601
302 Czech_Republic 27696 T 601 601
303 Czech_Republic 27697 C 601 601
304 Czech_Republic 27698 T 601 601
305 Czech_Republic 27699 T 601 601
306 Czech_Republic 27700 A 601 601
307 Czech_Republic 27701 T 601 601
308 Czech_Republic 27702 T 601 601
309 Czech_Republic 27703 G 601 601
310 Czech_Republic 27704 T 601 601
311 Czech_Republic 27705 T 601 601
312 Czech_Republic 27706 G 601 601
313 Czech_Republic 27707 C 601 601
314 Czech_Republic 27708 G 601 601
315 Czech_Republic 27709 G 601 601
316 Czech_Republic 27710 C 601 601
317 Czech_Republic 27711 A 601 601
318 Czech_Republic 27712 A 601 601
319 Czech_Republic 27713 T 601 601
320 Czech_Republic 27714 A 601 601
321 Czech_Republic 27715 G 601 601
322 Czech_Republic 27716 T 601 601
323 Czech_Republic 27717 G 601 601
324 Czech_Republic 27718 T 601 601
325 Czech_Republic 27719 T 601 601
326 Czech_Republic 27720 T 601 601
327 Czech_Republic 27721 A 601 601
328 Czech_Republic 27722 T 601 601
329 Czech_Republic 27723 A 601 601
330 Czech_Republic 27724 A 601 601
331 Czech_Republic 27725 C 601 601
332 Czech_Republic 27726 A 601 601
333 Czech_Republic 27727 C 601 601
334 Czech_Republic 27728 T 601 601
335 Czech_Republic 27729 T 601 601
336 Czech_Republic 27730 T 601 601
337 Czech_Republic 27731 G 601 601
338 Czech_Republic 27732 C 601 601
339 Czech_Republic 27733 T 601 601
340 Czech_Republic 27734 T 601 601
341 Czech_Republic 27735 C 601 601
342 Czech_Republic 27736 A 601 601
343 Czech_Republic 27737 C 601 601
344 Czech_Republic 27738 A 601 601
345 Czech_Republic 27739 C 601 601
346 Czech_Republic 27740 T 601 601
347 Czech_Republic 27741 C A 601 600 Leu116Leu
348 Czech_Republic 27742 A 601 601
349 Czech_Republic 27743 A 601 601
350 Czech_Republic 27744 A 601 601
351 Czech_Republic 27745 A 601 601
352 Czech_Republic 27746 G 601 601
353 Czech_Republic 27747 A 601 601
354 Czech_Republic 27748 A 601 601
355 Czech_Republic 27749 A T 601 599 Lys119Met
356 Czech_Republic 27750 G 601 601
357 Czech_Republic 27751 A 601 601
358 Czech_Republic 27752 C 601 601
359 Czech_Republic 27753 A 601 601
360 Czech_Republic 27754 G T 601 600 Glu121*
361 Czech_Republic 27755 A 601 601
362 Czech_Republic 27756 A 601 601
363 Czech_Republic 27757 T 601 601
364 Czech_Republic 27758 G 600 600
365 Czech_Republic 27759 A 600 600