National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Cuba 27394 A 2 2
1 Cuba 27395 T 2 2
2 Cuba 27396 G 2 2
3 Cuba 27397 A 2 2
4 Cuba 27398 A 2 2
5 Cuba 27399 A 2 2
6 Cuba 27400 A 2 2
7 Cuba 27401 T 2 2
8 Cuba 27402 T 2 2
9 Cuba 27403 A 2 2
10 Cuba 27404 T 2 2
11 Cuba 27405 T 2 2
12 Cuba 27406 C 2 2
13 Cuba 27407 T 2 2
14 Cuba 27408 T 2 2
15 Cuba 27409 T 2 2
16 Cuba 27410 T 2 2
17 Cuba 27411 C 2 2
18 Cuba 27412 T 2 2
19 Cuba 27413 T 2 2
20 Cuba 27414 G 2 2
21 Cuba 27415 G 2 2
22 Cuba 27416 C 2 2
23 Cuba 27417 A 2 2
24 Cuba 27418 C 2 2
25 Cuba 27419 T 2 2
26 Cuba 27420 G 2 2
27 Cuba 27421 A 2 2
28 Cuba 27422 T 2 2
29 Cuba 27423 A 2 2
30 Cuba 27424 A 2 2
31 Cuba 27425 C 2 2
32 Cuba 27426 A 2 2
33 Cuba 27427 C 2 2
34 Cuba 27428 T 2 2
35 Cuba 27429 C 2 2
36 Cuba 27430 G 2 2
37 Cuba 27431 C 2 2
38 Cuba 27432 T 2 2
39 Cuba 27433 A 2 2
40 Cuba 27434 C 2 2
41 Cuba 27435 T 2 2
42 Cuba 27436 T 2 2
43 Cuba 27437 G 2 2
44 Cuba 27438 T 2 2
45 Cuba 27439 G 2 2
46 Cuba 27440 A 2 2
47 Cuba 27441 G 2 2
48 Cuba 27442 C 2 2
49 Cuba 27443 T 2 2
50 Cuba 27444 T 2 2
51 Cuba 27445 T 2 2
52 Cuba 27446 A 2 2
53 Cuba 27447 T 2 2
54 Cuba 27448 C 2 2
55 Cuba 27449 A 2 2
56 Cuba 27450 C 2 2
57 Cuba 27451 T 2 2
58 Cuba 27452 A 2 2
59 Cuba 27453 C 2 2
60 Cuba 27454 C 2 2
61 Cuba 27455 A 2 2
62 Cuba 27456 A 2 2
63 Cuba 27457 G 2 2
64 Cuba 27458 A 2 2
65 Cuba 27459 G 2 2
66 Cuba 27460 T 2 2
67 Cuba 27461 G 2 2
68 Cuba 27462 T 2 2
69 Cuba 27463 G 2 2
70 Cuba 27464 T 2 2
71 Cuba 27465 T 2 2
72 Cuba 27466 A 2 2
73 Cuba 27467 G 2 2
74 Cuba 27468 A 2 2
75 Cuba 27469 G 2 2
76 Cuba 27470 G 2 2
77 Cuba 27471 T 2 2
78 Cuba 27472 A 2 2
79 Cuba 27473 C 2 2
80 Cuba 27474 A 2 2
81 Cuba 27475 A 2 2
82 Cuba 27476 C 2 2
83 Cuba 27477 A 2 2
84 Cuba 27478 G 2 2
85 Cuba 27479 T 2 2
86 Cuba 27480 A 2 2
87 Cuba 27481 C 2 2
88 Cuba 27482 T 2 2
89 Cuba 27483 T 2 2
90 Cuba 27484 T 2 2
91 Cuba 27485 T 2 2
92 Cuba 27486 A 2 2
93 Cuba 27487 A 2 2
94 Cuba 27488 A 2 2
95 Cuba 27489 A 2 2
96 Cuba 27490 G 2 2
97 Cuba 27491 A 2 2
98 Cuba 27492 A 2 2
99 Cuba 27493 C 2 2
100 Cuba 27494 C 2 2
101 Cuba 27495 T 2 2
102 Cuba 27496 T 2 2
103 Cuba 27497 G 2 2
104 Cuba 27498 C 2 2
105 Cuba 27499 T 2 2
106 Cuba 27500 C 2 2
107 Cuba 27501 T 2 2
108 Cuba 27502 T 2 2
109 Cuba 27503 C 2 2
110 Cuba 27504 T 2 2
111 Cuba 27505 G 2 2
112 Cuba 27506 G 2 2
113 Cuba 27507 A 2 2
114 Cuba 27508 A 2 2
115 Cuba 27509 C 2 2
116 Cuba 27510 A 2 2
117 Cuba 27511 T 2 2
118 Cuba 27512 A 2 2
119 Cuba 27513 C 2 2
120 Cuba 27514 G 2 2
121 Cuba 27515 A 2 2
122 Cuba 27516 G 2 2
123 Cuba 27517 G 2 2
124 Cuba 27518 G 2 2
125 Cuba 27519 C 2 2
126 Cuba 27520 A 2 2
127 Cuba 27521 A 2 2
128 Cuba 27522 T 2 2
129 Cuba 27523 T 2 2
130 Cuba 27524 C 2 2
131 Cuba 27525 A 2 2
132 Cuba 27526 C 2 2
133 Cuba 27527 C 2 2
134 Cuba 27528 A 2 2
135 Cuba 27529 T 2 2
136 Cuba 27530 T 2 2
137 Cuba 27531 T 2 2
138 Cuba 27532 C 2 2
139 Cuba 27533 A 2 2
140 Cuba 27534 T 2 2
141 Cuba 27535 C 2 2
142 Cuba 27536 C 2 2
143 Cuba 27537 T 2 2
144 Cuba 27538 C 2 2
145 Cuba 27539 T 2 2
146 Cuba 27540 A 2 2
147 Cuba 27541 G 2 2
148 Cuba 27542 C 2 2
149 Cuba 27543 T 2 2
150 Cuba 27544 G 2 2
151 Cuba 27545 A 2 2
152 Cuba 27546 T 2 2
153 Cuba 27547 A 2 2
154 Cuba 27548 A 2 2
155 Cuba 27549 C 2 2
156 Cuba 27550 A 2 2
157 Cuba 27551 A 2 2
158 Cuba 27552 A 2 2
159 Cuba 27553 T 2 2
160 Cuba 27554 T 2 2
161 Cuba 27555 T 2 2
162 Cuba 27556 G 2 2
163 Cuba 27557 C 2 2
164 Cuba 27558 A 2 2
165 Cuba 27559 C 2 2
166 Cuba 27560 T 2 2
167 Cuba 27561 G 2 2
168 Cuba 27562 A 2 2
169 Cuba 27563 C 2 2
170 Cuba 27564 T 2 2
171 Cuba 27565 T 2 2
172 Cuba 27566 G 2 2
173 Cuba 27567 C 2 2
174 Cuba 27568 T 2 2
175 Cuba 27569 T 2 2
176 Cuba 27570 T 2 2
177 Cuba 27571 A 2 2
178 Cuba 27572 G 2 2
179 Cuba 27573 C 2 2
180 Cuba 27574 A 2 2
181 Cuba 27575 C 2 2
182 Cuba 27576 T 2 2
183 Cuba 27577 C 2 2
184 Cuba 27578 A 2 2
185 Cuba 27579 A 2 2
186 Cuba 27580 T 2 2
187 Cuba 27581 T 2 2
188 Cuba 27582 T 2 2
189 Cuba 27583 G 2 2
190 Cuba 27584 C 2 2
191 Cuba 27585 T 2 2
192 Cuba 27586 T 2 2
193 Cuba 27587 T 2 2
194 Cuba 27588 T 2 2
195 Cuba 27589 G 2 2
196 Cuba 27590 C 2 2
197 Cuba 27591 T 2 2
198 Cuba 27592 T 2 2
199 Cuba 27593 G 2 2
200 Cuba 27594 T 2 2
201 Cuba 27595 C 2 2
202 Cuba 27596 C 2 2
203 Cuba 27597 T 2 2
204 Cuba 27598 G 2 2
205 Cuba 27599 A 2 2
206 Cuba 27600 C 2 2
207 Cuba 27601 G 2 2
208 Cuba 27602 G 2 2
209 Cuba 27603 C 2 2
210 Cuba 27604 G 2 2
211 Cuba 27605 T 2 2
212 Cuba 27606 A 2 2
213 Cuba 27607 A 2 2
214 Cuba 27608 A 2 2
215 Cuba 27609 A 2 2
216 Cuba 27610 C 2 2
217 Cuba 27611 A 2 2
218 Cuba 27612 C 2 2
219 Cuba 27613 G 2 2
220 Cuba 27614 T 2 2
221 Cuba 27615 C 2 2
222 Cuba 27616 T 2 2
223 Cuba 27617 A 2 2
224 Cuba 27618 T 2 2
225 Cuba 27619 C 2 2
226 Cuba 27620 A 2 2
227 Cuba 27621 G 2 2
228 Cuba 27622 T 2 2
229 Cuba 27623 T 2 2
230 Cuba 27624 A 2 2
231 Cuba 27625 C 2 2
232 Cuba 27626 G 2 2
233 Cuba 27627 T 2 2
234 Cuba 27628 G 2 2
235 Cuba 27629 C 2 2
236 Cuba 27630 C 2 2
237 Cuba 27631 A 2 2
238 Cuba 27632 G 2 2
239 Cuba 27633 A 2 2
240 Cuba 27634 T 2 2
241 Cuba 27635 C 2 2
242 Cuba 27636 A 2 2
243 Cuba 27637 G 2 2
244 Cuba 27638 T 2 2
245 Cuba 27639 T 2 2
246 Cuba 27640 T 2 2
247 Cuba 27641 C 2 2
248 Cuba 27642 A 2 2
249 Cuba 27643 C 2 2
250 Cuba 27644 C 2 2
251 Cuba 27645 T 2 2
252 Cuba 27646 A 2 2
253 Cuba 27647 A 2 2
254 Cuba 27648 A 2 2
255 Cuba 27649 C 2 2
256 Cuba 27650 T 2 2
257 Cuba 27651 G 2 2
258 Cuba 27652 T 2 2
259 Cuba 27653 T 2 2
260 Cuba 27654 C 2 2
261 Cuba 27655 A 2 2
262 Cuba 27656 T 2 2
263 Cuba 27657 C 2 2
264 Cuba 27658 A 2 2
265 Cuba 27659 G 2 2
266 Cuba 27660 A 2 2
267 Cuba 27661 C 2 2
268 Cuba 27662 A 2 2
269 Cuba 27663 A 2 2
270 Cuba 27664 G 2 2
271 Cuba 27665 A 2 2
272 Cuba 27666 G 2 2
273 Cuba 27667 G 2 2
274 Cuba 27668 A 2 2
275 Cuba 27669 A 2 2
276 Cuba 27670 G 2 2
277 Cuba 27671 T 2 2
278 Cuba 27672 T 2 2
279 Cuba 27673 C 2 2
280 Cuba 27674 A 2 2
281 Cuba 27675 A 2 2
282 Cuba 27676 G 2 2
283 Cuba 27677 A 2 2
284 Cuba 27678 A 2 2
285 Cuba 27679 C 2 2
286 Cuba 27680 T 2 2
287 Cuba 27681 T 2 2
288 Cuba 27682 T 2 2
289 Cuba 27683 A 2 2
290 Cuba 27684 C 2 2
291 Cuba 27685 T 2 2
292 Cuba 27686 C 2 2
293 Cuba 27687 T 2 2
294 Cuba 27688 C 2 2
295 Cuba 27689 C 2 2
296 Cuba 27690 A 2 2
297 Cuba 27691 A 2 2
298 Cuba 27692 T 2 2
299 Cuba 27693 T 2 2
300 Cuba 27694 T 2 2
301 Cuba 27695 T 2 2
302 Cuba 27696 T 2 2
303 Cuba 27697 C 2 2
304 Cuba 27698 T 2 2
305 Cuba 27699 T 2 2
306 Cuba 27700 A 2 2
307 Cuba 27701 T 2 2
308 Cuba 27702 T 2 2
309 Cuba 27703 G 2 2
310 Cuba 27704 T 2 2
311 Cuba 27705 T 2 2
312 Cuba 27706 G 2 2
313 Cuba 27707 C 2 2
314 Cuba 27708 G 2 2
315 Cuba 27709 G 2 2
316 Cuba 27710 C 2 2
317 Cuba 27711 A 2 2
318 Cuba 27712 A 2 2
319 Cuba 27713 T 2 2
320 Cuba 27714 A 2 2
321 Cuba 27715 G 2 2
322 Cuba 27716 T 2 2
323 Cuba 27717 G 2 2
324 Cuba 27718 T 2 2
325 Cuba 27719 T 2 2
326 Cuba 27720 T 2 2
327 Cuba 27721 A 2 2
328 Cuba 27722 T 2 2
329 Cuba 27723 A 2 2
330 Cuba 27724 A 2 2
331 Cuba 27725 C 2 2
332 Cuba 27726 A 2 2
333 Cuba 27727 C 2 2
334 Cuba 27728 T 2 2
335 Cuba 27729 T 2 2
336 Cuba 27730 T 2 2
337 Cuba 27731 G 2 2
338 Cuba 27732 C 2 2
339 Cuba 27733 T 2 2
340 Cuba 27734 T 2 2
341 Cuba 27735 C 2 2
342 Cuba 27736 A 2 2
343 Cuba 27737 C 2 2
344 Cuba 27738 A 2 2
345 Cuba 27739 C 2 2
346 Cuba 27740 T 2 2
347 Cuba 27741 C 2 2
348 Cuba 27742 A 2 2
349 Cuba 27743 A 2 2
350 Cuba 27744 A 2 2
351 Cuba 27745 A 2 2
352 Cuba 27746 G 2 2
353 Cuba 27747 A 2 2
354 Cuba 27748 A 2 2
355 Cuba 27749 A 2 2
356 Cuba 27750 G 2 2
357 Cuba 27751 A 2 2
358 Cuba 27752 C 2 2
359 Cuba 27753 A 2 2
360 Cuba 27754 G 2 2
361 Cuba 27755 A 2 2
362 Cuba 27756 A 2 2
363 Cuba 27757 T 2 2
364 Cuba 27758 G 2 2
365 Cuba 27759 A 2 2