National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27 1                                 1  
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                   1  
H     9                                     1
I     25                                      
K     21                                      
L     45         1                            
M     6                                      
N     6                                      
P     18                         1            
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30               1                      
V     24               1   1                  
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Costa_Rica 27394 A 180 180
1 Costa_Rica 27395 T 180 180
2 Costa_Rica 27396 G 180 180
3 Costa_Rica 27397 A 180 180
4 Costa_Rica 27398 A 180 179
5 Costa_Rica 27399 A 180 180
6 Costa_Rica 27400 A 180 180
7 Costa_Rica 27401 T 180 179
8 Costa_Rica 27402 T 180 180
9 Costa_Rica 27403 A 180 180
10 Costa_Rica 27404 T 180 180
11 Costa_Rica 27405 T 180 180
12 Costa_Rica 27406 C 180 180
13 Costa_Rica 27407 T 180 180
14 Costa_Rica 27408 T 180 180
15 Costa_Rica 27409 T 180 180
16 Costa_Rica 27410 T 180 180
17 Costa_Rica 27411 C 180 180
18 Costa_Rica 27412 T 180 180
19 Costa_Rica 27413 T 180 180
20 Costa_Rica 27414 G 180 180
21 Costa_Rica 27415 G 180 180
22 Costa_Rica 27416 C 180 180
23 Costa_Rica 27417 A 180 180
24 Costa_Rica 27418 C 180 180
25 Costa_Rica 27419 T 180 180
26 Costa_Rica 27420 G 180 180
27 Costa_Rica 27421 A 180 180
28 Costa_Rica 27422 T 180 180
29 Costa_Rica 27423 A 180 180
30 Costa_Rica 27424 A 180 180
31 Costa_Rica 27425 C 180 180
32 Costa_Rica 27426 A 180 180
33 Costa_Rica 27427 C 180 180
34 Costa_Rica 27428 T 180 180
35 Costa_Rica 27429 C 180 180
36 Costa_Rica 27430 G 180 180
37 Costa_Rica 27431 C 180 180
38 Costa_Rica 27432 T 180 180
39 Costa_Rica 27433 A 180 180
40 Costa_Rica 27434 C 180 180
41 Costa_Rica 27435 T 180 180
42 Costa_Rica 27436 T 180 180
43 Costa_Rica 27437 G 180 180
44 Costa_Rica 27438 T 180 180
45 Costa_Rica 27439 G 180 180
46 Costa_Rica 27440 A 180 180
47 Costa_Rica 27441 G 180 180
48 Costa_Rica 27442 C 180 179
49 Costa_Rica 27443 T 180 180
50 Costa_Rica 27444 T 180 180
51 Costa_Rica 27445 T 180 180
52 Costa_Rica 27446 A 180 180
53 Costa_Rica 27447 T 180 180
54 Costa_Rica 27448 C 180 180
55 Costa_Rica 27449 A 180 180
56 Costa_Rica 27450 C 180 180
57 Costa_Rica 27451 T 180 180
58 Costa_Rica 27452 A 180 180
59 Costa_Rica 27453 C 180 180
60 Costa_Rica 27454 C 180 180
61 Costa_Rica 27455 A 180 180
62 Costa_Rica 27456 A 180 180
63 Costa_Rica 27457 G 180 180
64 Costa_Rica 27458 A 180 180
65 Costa_Rica 27459 G 180 180
66 Costa_Rica 27460 T 180 180
67 Costa_Rica 27461 G 180 180
68 Costa_Rica 27462 T 180 180
69 Costa_Rica 27463 G 180 180
70 Costa_Rica 27464 T 180 180
71 Costa_Rica 27465 T 180 180
72 Costa_Rica 27466 A 180 180
73 Costa_Rica 27467 G 180 180
74 Costa_Rica 27468 A 180 180
75 Costa_Rica 27469 G 180 180
76 Costa_Rica 27470 G 180 180
77 Costa_Rica 27471 T 180 180
78 Costa_Rica 27472 A 180 180
79 Costa_Rica 27473 C 180 180
80 Costa_Rica 27474 A 180 180
81 Costa_Rica 27475 A 180 180
82 Costa_Rica 27476 C 180 180
83 Costa_Rica 27477 A 180 180
84 Costa_Rica 27478 G T 180 178 Val29Leu
85 Costa_Rica 27479 T 180 180
86 Costa_Rica 27480 A 180 180
87 Costa_Rica 27481 C 180 180
88 Costa_Rica 27482 T 180 180
89 Costa_Rica 27483 T 180 180
90 Costa_Rica 27484 T 180 180
91 Costa_Rica 27485 T 180 180
92 Costa_Rica 27486 A 180 180
93 Costa_Rica 27487 A 180 180
94 Costa_Rica 27488 A 180 180
95 Costa_Rica 27489 A 180 180
96 Costa_Rica 27490 G 180 180
97 Costa_Rica 27491 A 180 180
98 Costa_Rica 27492 A 180 180
99 Costa_Rica 27493 C 180 180
100 Costa_Rica 27494 C 180 180
101 Costa_Rica 27495 T 180 180
102 Costa_Rica 27496 T 180 180
103 Costa_Rica 27497 G 180 180
104 Costa_Rica 27498 C 180 180
105 Costa_Rica 27499 T 180 180
106 Costa_Rica 27500 C 180 180
107 Costa_Rica 27501 T 180 180
108 Costa_Rica 27502 T 180 180
109 Costa_Rica 27503 C 180 180
110 Costa_Rica 27504 T 180 180
111 Costa_Rica 27505 G 180 180
112 Costa_Rica 27506 G T 180 179 Gly38Val
113 Costa_Rica 27507 A 180 180
114 Costa_Rica 27508 A 180 180
115 Costa_Rica 27509 C T 180 178 Thr39Ile
116 Costa_Rica 27510 A 180 180
117 Costa_Rica 27511 T 180 180
118 Costa_Rica 27512 A 180 180
119 Costa_Rica 27513 C 180 180
120 Costa_Rica 27514 G 180 180
121 Costa_Rica 27515 A 180 180
122 Costa_Rica 27516 G 180 180
123 Costa_Rica 27517 G 180 180
124 Costa_Rica 27518 G 180 180
125 Costa_Rica 27519 C 180 180
126 Costa_Rica 27520 A 180 180
127 Costa_Rica 27521 A 180 180
128 Costa_Rica 27522 T 180 180
129 Costa_Rica 27523 T 180 180
130 Costa_Rica 27524 C 180 180
131 Costa_Rica 27525 A 180 180
132 Costa_Rica 27526 C 180 180
133 Costa_Rica 27527 C 180 180
134 Costa_Rica 27528 A 179 175
135 Costa_Rica 27529 T 179 177
136 Costa_Rica 27530 T 179 178
137 Costa_Rica 27531 T 179 178
138 Costa_Rica 27532 C 179 178
139 Costa_Rica 27533 A 179 178
140 Costa_Rica 27534 T 179 178
141 Costa_Rica 27535 C 179 178
142 Costa_Rica 27536 C 179 178
143 Costa_Rica 27537 T 179 178
144 Costa_Rica 27538 C 179 178
145 Costa_Rica 27539 T 179 178
146 Costa_Rica 27540 A 179 178
147 Costa_Rica 27541 G 179 178
148 Costa_Rica 27542 C 179 178
149 Costa_Rica 27543 T 179 178
150 Costa_Rica 27544 G 179 178
151 Costa_Rica 27545 A 179 178
152 Costa_Rica 27546 T 179 178
153 Costa_Rica 27547 A 179 178
154 Costa_Rica 27548 A 179 178
155 Costa_Rica 27549 C 179 178
156 Costa_Rica 27550 A 179 178
157 Costa_Rica 27551 A 179 178
158 Costa_Rica 27552 A 179 178
159 Costa_Rica 27553 T 179 178
160 Costa_Rica 27554 T 179 178
161 Costa_Rica 27555 T 179 178
162 Costa_Rica 27556 G 179 178
163 Costa_Rica 27557 C 179 178
164 Costa_Rica 27558 A 179 178
165 Costa_Rica 27559 C 179 178
166 Costa_Rica 27560 T 179 178
167 Costa_Rica 27561 G 179 178
168 Costa_Rica 27562 A 179 178
169 Costa_Rica 27563 C 179 178
170 Costa_Rica 27564 T 179 178
171 Costa_Rica 27565 T 179 178
172 Costa_Rica 27566 G 179 178
173 Costa_Rica 27567 C 179 178
174 Costa_Rica 27568 T 179 178
175 Costa_Rica 27569 T 179 178
176 Costa_Rica 27570 T 178 177
177 Costa_Rica 27571 A 178 177
178 Costa_Rica 27572 G 178 177
179 Costa_Rica 27573 C 178 177
180 Costa_Rica 27574 A 178 177
181 Costa_Rica 27575 C 178 178
182 Costa_Rica 27576 T 178 178
183 Costa_Rica 27577 C 178 178
184 Costa_Rica 27578 A 178 178
185 Costa_Rica 27579 A 178 178
186 Costa_Rica 27580 T 178 178
187 Costa_Rica 27581 T 178 178
188 Costa_Rica 27582 T 178 178
189 Costa_Rica 27583 G 178 178
190 Costa_Rica 27584 C 178 178
191 Costa_Rica 27585 T 178 178
192 Costa_Rica 27586 T 178 178
193 Costa_Rica 27587 T 178 178
194 Costa_Rica 27588 T 178 177
195 Costa_Rica 27589 G 178 178
196 Costa_Rica 27590 C 178 178
197 Costa_Rica 27591 T 178 178
198 Costa_Rica 27592 T 178 178
199 Costa_Rica 27593 G 178 178
200 Costa_Rica 27594 T 178 178
201 Costa_Rica 27595 C 178 178
202 Costa_Rica 27596 C 178 178
203 Costa_Rica 27597 T 178 178
204 Costa_Rica 27598 G 178 178
205 Costa_Rica 27599 A 178 178
206 Costa_Rica 27600 C 178 178
207 Costa_Rica 27601 G 178 178
208 Costa_Rica 27602 G 178 178
209 Costa_Rica 27603 C 178 178
210 Costa_Rica 27604 G A 178 177 Val71Ile
211 Costa_Rica 27605 T 178 178
212 Costa_Rica 27606 A 178 178
213 Costa_Rica 27607 A 178 178
214 Costa_Rica 27608 A 178 178
215 Costa_Rica 27609 A 178 178
216 Costa_Rica 27610 C T 178 177 His73Tyr
217 Costa_Rica 27611 A 178 178
218 Costa_Rica 27612 C 178 178
219 Costa_Rica 27613 G 179 179
220 Costa_Rica 27614 T 179 179
221 Costa_Rica 27615 C 179 179
222 Costa_Rica 27616 T 179 179
223 Costa_Rica 27617 A 179 179
224 Costa_Rica 27618 T 179 179
225 Costa_Rica 27619 C 179 179
226 Costa_Rica 27620 A 179 179
227 Costa_Rica 27621 G 179 179
228 Costa_Rica 27622 T 179 179
229 Costa_Rica 27623 T 179 179
230 Costa_Rica 27624 A 179 179
231 Costa_Rica 27625 C 179 179
232 Costa_Rica 27626 G 179 179
233 Costa_Rica 27627 T 179 179
234 Costa_Rica 27628 G 179 178
235 Costa_Rica 27629 C 179 179
236 Costa_Rica 27630 C 179 179
237 Costa_Rica 27631 A 179 179
238 Costa_Rica 27632 G 179 179
239 Costa_Rica 27633 A 179 179
240 Costa_Rica 27634 T 179 179
241 Costa_Rica 27635 C 179 179
242 Costa_Rica 27636 A 179 179
243 Costa_Rica 27637 G 179 179
244 Costa_Rica 27638 T 179 179
245 Costa_Rica 27639 T 179 179
246 Costa_Rica 27640 T 179 179
247 Costa_Rica 27641 C 179 179
248 Costa_Rica 27642 A 179 179
249 Costa_Rica 27643 C 179 179
250 Costa_Rica 27644 C 179 179
251 Costa_Rica 27645 T 179 179
252 Costa_Rica 27646 A 179 179
253 Costa_Rica 27647 A 179 179
254 Costa_Rica 27648 A 179 179
255 Costa_Rica 27649 C 179 179
256 Costa_Rica 27650 T 178 178
257 Costa_Rica 27651 G 178 178
258 Costa_Rica 27652 T 178 178
259 Costa_Rica 27653 T 178 178
260 Costa_Rica 27654 C 178 178
261 Costa_Rica 27655 A 178 178
262 Costa_Rica 27656 T 178 178
263 Costa_Rica 27657 C 177 177
264 Costa_Rica 27658 A 177 177
265 Costa_Rica 27659 G 177 177
266 Costa_Rica 27660 A 177 177
267 Costa_Rica 27661 C 177 177
268 Costa_Rica 27662 A 177 177
269 Costa_Rica 27663 A 177 177
270 Costa_Rica 27664 G 177 177
271 Costa_Rica 27665 A 177 177
272 Costa_Rica 27666 G 177 177
273 Costa_Rica 27667 G 177 177
274 Costa_Rica 27668 A 177 177
275 Costa_Rica 27669 A 177 177
276 Costa_Rica 27670 G 176 176
277 Costa_Rica 27671 T 176 176
278 Costa_Rica 27672 T 176 176
279 Costa_Rica 27673 C 176 176
280 Costa_Rica 27674 A 176 176
281 Costa_Rica 27675 A 176 176
282 Costa_Rica 27676 G 176 176
283 Costa_Rica 27677 A 176 176
284 Costa_Rica 27678 A 176 176
285 Costa_Rica 27679 C 176 176
286 Costa_Rica 27680 T 176 176
287 Costa_Rica 27681 T 176 176
288 Costa_Rica 27682 T 176 176
289 Costa_Rica 27683 A 176 176
290 Costa_Rica 27684 C 176 176
291 Costa_Rica 27685 T 176 176
292 Costa_Rica 27686 C 176 176
293 Costa_Rica 27687 T 176 176
294 Costa_Rica 27688 C 176 176
295 Costa_Rica 27689 C 176 176
296 Costa_Rica 27690 A T 176 174 Pro99Pro
297 Costa_Rica 27691 A 176 176
298 Costa_Rica 27692 T 176 176
299 Costa_Rica 27693 T 176 176
300 Costa_Rica 27694 T 176 176
301 Costa_Rica 27695 T 176 176
302 Costa_Rica 27696 T 176 176
303 Costa_Rica 27697 C T 176 175 Leu102Phe
304 Costa_Rica 27698 T 176 176
305 Costa_Rica 27699 T 175 175
306 Costa_Rica 27700 A 175 175
307 Costa_Rica 27701 T 175 175
308 Costa_Rica 27702 T 175 175
309 Costa_Rica 27703 G 175 175
310 Costa_Rica 27704 T 175 175
311 Costa_Rica 27705 T 175 175
312 Costa_Rica 27706 G 175 175
313 Costa_Rica 27707 C T 175 174 Ala105Val
314 Costa_Rica 27708 G A 175 174 Ala105Ala
315 Costa_Rica 27709 G 175 175
316 Costa_Rica 27710 C 175 175
317 Costa_Rica 27711 A 175 175
318 Costa_Rica 27712 A 175 175
319 Costa_Rica 27713 T 175 175
320 Costa_Rica 27714 A 175 175
321 Costa_Rica 27715 G 175 175
322 Costa_Rica 27716 T 175 175
323 Costa_Rica 27717 G 175 175
324 Costa_Rica 27718 T 175 175
325 Costa_Rica 27719 T 175 175
326 Costa_Rica 27720 T 175 175
327 Costa_Rica 27721 A 175 175
328 Costa_Rica 27722 T 175 175
329 Costa_Rica 27723 A 175 175
330 Costa_Rica 27724 A 175 175
331 Costa_Rica 27725 C 175 175
332 Costa_Rica 27726 A 175 175
333 Costa_Rica 27727 C 175 175
334 Costa_Rica 27728 T 175 175
335 Costa_Rica 27729 T 175 175
336 Costa_Rica 27730 T 175 175
337 Costa_Rica 27731 G 175 175
338 Costa_Rica 27732 C 175 175
339 Costa_Rica 27733 T 175 175
340 Costa_Rica 27734 T 175 175
341 Costa_Rica 27735 C 175 175
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343 Costa_Rica 27737 C 175 175
344 Costa_Rica 27738 A 175 175
345 Costa_Rica 27739 C 175 175
346 Costa_Rica 27740 T 175 175
347 Costa_Rica 27741 C 175 175
348 Costa_Rica 27742 A 175 175
349 Costa_Rica 27743 A 175 175
350 Costa_Rica 27744 A 175 175
351 Costa_Rica 27745 A 175 175
352 Costa_Rica 27746 G 175 175
353 Costa_Rica 27747 A 175 175
354 Costa_Rica 27748 A 175 175
355 Costa_Rica 27749 A 175 175
356 Costa_Rica 27750 G 175 175
357 Costa_Rica 27751 A 175 175
358 Costa_Rica 27752 C 175 175
359 Costa_Rica 27753 A 175 175
360 Costa_Rica 27754 G 175 175
361 Costa_Rica 27755 A 175 175
362 Costa_Rica 27756 A 175 175
363 Costa_Rica 27757 T 175 175
364 Costa_Rica 27758 G 175 175
365 Costa_Rica 27759 A 175 175