National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27 1                                    
C     18                                      
D     6     1                                
E     24                                      
F     30                                      
G     12           1                          
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                   2 1                
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30 1             1                      
V     24         1                            
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Colombia 27394 A 286 286
1 Colombia 27395 T 286 286
2 Colombia 27396 G 286 286
3 Colombia 27397 A 286 286
4 Colombia 27398 A 286 286
5 Colombia 27399 A 286 286
6 Colombia 27400 A 286 286
7 Colombia 27401 T 286 286
8 Colombia 27402 T 286 286
9 Colombia 27403 A 286 286
10 Colombia 27404 T 286 286
11 Colombia 27405 T 286 286
12 Colombia 27406 C 286 286
13 Colombia 27407 T 286 286
14 Colombia 27408 T 286 286
15 Colombia 27409 T 286 286
16 Colombia 27410 T 286 286
17 Colombia 27411 C 286 286
18 Colombia 27412 T 286 286
19 Colombia 27413 T 286 286
20 Colombia 27414 G 286 286
21 Colombia 27415 G 286 286
22 Colombia 27416 C 286 286
23 Colombia 27417 A 286 286
24 Colombia 27418 C 286 286
25 Colombia 27419 T 286 286
26 Colombia 27420 G 286 286
27 Colombia 27421 A 286 286
28 Colombia 27422 T 286 286
29 Colombia 27423 A 286 286
30 Colombia 27424 A 286 286
31 Colombia 27425 C 286 286
32 Colombia 27426 A 286 286
33 Colombia 27427 C 286 286
34 Colombia 27428 T 286 286
35 Colombia 27429 C 286 286
36 Colombia 27430 G 286 286
37 Colombia 27431 C 286 286
38 Colombia 27432 T 286 286
39 Colombia 27433 A G 286 284 Thr14Ala
40 Colombia 27434 C T 286 285 Thr14Ile
41 Colombia 27435 T 286 286
42 Colombia 27436 T 286 286
43 Colombia 27437 G 286 286
44 Colombia 27438 T 286 286
45 Colombia 27439 G 286 286
46 Colombia 27440 A 286 286
47 Colombia 27441 G 286 286
48 Colombia 27442 C 286 286
49 Colombia 27443 T 286 286
50 Colombia 27444 T 286 286
51 Colombia 27445 T 286 286
52 Colombia 27446 A 286 286
53 Colombia 27447 T 286 286
54 Colombia 27448 C 286 286
55 Colombia 27449 A 286 286
56 Colombia 27450 C 286 286
57 Colombia 27451 T 286 286
58 Colombia 27452 A 286 286
59 Colombia 27453 C 286 286
60 Colombia 27454 C 286 286
61 Colombia 27455 A 286 286
62 Colombia 27456 A 286 286
63 Colombia 27457 G 286 286
64 Colombia 27458 A 286 286
65 Colombia 27459 G 286 286
66 Colombia 27460 T 286 286
67 Colombia 27461 G 286 286
68 Colombia 27462 T 286 286
69 Colombia 27463 G T 286 285 Val24Phe
70 Colombia 27464 T 286 286
71 Colombia 27465 T 286 286
72 Colombia 27466 A 286 286
73 Colombia 27467 G 286 286
74 Colombia 27468 A 286 286
75 Colombia 27469 G 286 286
76 Colombia 27470 G 286 286
77 Colombia 27471 T 286 286
78 Colombia 27472 A 286 286
79 Colombia 27473 C 286 286
80 Colombia 27474 A 286 286
81 Colombia 27475 A 286 286
82 Colombia 27476 C 286 286
83 Colombia 27477 A 286 286
84 Colombia 27478 G 286 286
85 Colombia 27479 T 286 286
86 Colombia 27480 A 286 286
87 Colombia 27481 C 286 286
88 Colombia 27482 T 286 286
89 Colombia 27483 T 286 286
90 Colombia 27484 T 286 286
91 Colombia 27485 T 286 286
92 Colombia 27486 A 286 286
93 Colombia 27487 A 286 286
94 Colombia 27488 A 286 286
95 Colombia 27489 A 286 286
96 Colombia 27490 G 286 286
97 Colombia 27491 A 286 286
98 Colombia 27492 A 286 286
99 Colombia 27493 C 286 286
100 Colombia 27494 C 286 286
101 Colombia 27495 T 286 286
102 Colombia 27496 T 286 286
103 Colombia 27497 G 286 286
104 Colombia 27498 C 286 286
105 Colombia 27499 T 286 286
106 Colombia 27500 C 286 286
107 Colombia 27501 T 286 286
108 Colombia 27502 T 286 286
109 Colombia 27503 C 286 286
110 Colombia 27504 T 286 286
111 Colombia 27505 G 286 286
112 Colombia 27506 G 286 286
113 Colombia 27507 A G 286 285 Gly38Gly
114 Colombia 27508 A 286 286
115 Colombia 27509 C 286 286
116 Colombia 27510 A 286 286
117 Colombia 27511 T 286 286
118 Colombia 27512 A 272 272
119 Colombia 27513 C 272 272
120 Colombia 27514 G 272 272
121 Colombia 27515 A 272 272
122 Colombia 27516 G 272 272
123 Colombia 27517 G 272 272
124 Colombia 27518 G 272 272
125 Colombia 27519 C 272 272
126 Colombia 27520 A 272 272
127 Colombia 27521 A 272 272
128 Colombia 27522 T 272 272
129 Colombia 27523 T 272 272
130 Colombia 27524 C 272 272
131 Colombia 27525 A 272 272
132 Colombia 27526 C 272 272
133 Colombia 27527 C 272 272
134 Colombia 27528 A 272 272
135 Colombia 27529 T 272 272
136 Colombia 27530 T 272 272
137 Colombia 27531 T 272 272
138 Colombia 27532 C 272 272
139 Colombia 27533 A 271 271
140 Colombia 27534 T 271 271
141 Colombia 27535 C 271 271
142 Colombia 27536 C 271 271
143 Colombia 27537 T 271 271
144 Colombia 27538 C 271 271
145 Colombia 27539 T 271 271
146 Colombia 27540 A 271 271
147 Colombia 27541 G 271 271
148 Colombia 27542 C 271 271
149 Colombia 27543 T 271 271
150 Colombia 27544 G 271 271
151 Colombia 27545 A 271 271
152 Colombia 27546 T 271 271
153 Colombia 27547 A 271 271
154 Colombia 27548 A 271 271
155 Colombia 27549 C 271 271
156 Colombia 27550 A 271 271
157 Colombia 27551 A 271 271
158 Colombia 27552 A 271 271
159 Colombia 27553 T 271 271
160 Colombia 27554 T 271 271
161 Colombia 27555 T 271 271
162 Colombia 27556 G 271 271
163 Colombia 27557 C 271 271
164 Colombia 27558 A 271 271
165 Colombia 27559 C 271 271
166 Colombia 27560 T 271 271
167 Colombia 27561 G T 271 269 Leu56Leu
168 Colombia 27562 A 271 271
169 Colombia 27563 C 271 271
170 Colombia 27564 T 271 271
171 Colombia 27565 T 271 271
172 Colombia 27566 G 271 271
173 Colombia 27567 C 271 271
174 Colombia 27568 T 271 271
175 Colombia 27569 T 271 271
176 Colombia 27570 T 271 271
177 Colombia 27571 A 271 271
178 Colombia 27572 G 271 271
179 Colombia 27573 C 271 271
180 Colombia 27574 A 271 271
181 Colombia 27575 C 271 271
182 Colombia 27576 T 271 271
183 Colombia 27577 C 271 271
184 Colombia 27578 A 271 271
185 Colombia 27579 A 271 271
186 Colombia 27580 T 271 271
187 Colombia 27581 T 271 271
188 Colombia 27582 T 271 271
189 Colombia 27583 G 271 271
190 Colombia 27584 C 271 271
191 Colombia 27585 T 271 271
192 Colombia 27586 T 271 271
193 Colombia 27587 T 271 271
194 Colombia 27588 T 271 271
195 Colombia 27589 G 271 271
196 Colombia 27590 C 271 271
197 Colombia 27591 T 271 271
198 Colombia 27592 T 271 271
199 Colombia 27593 G 271 271
200 Colombia 27594 T 271 271
201 Colombia 27595 C 271 271
202 Colombia 27596 C 271 271
203 Colombia 27597 T 271 271
204 Colombia 27598 G 271 271
205 Colombia 27599 A 271 271
206 Colombia 27600 C T 271 269 Asp69Asp
207 Colombia 27601 G 271 271
208 Colombia 27602 G 271 271
209 Colombia 27603 C 271 271
210 Colombia 27604 G 271 271
211 Colombia 27605 T 271 271
212 Colombia 27606 A 271 271
213 Colombia 27607 A 271 271
214 Colombia 27608 A 271 271
215 Colombia 27609 A 271 271
216 Colombia 27610 C 271 271
217 Colombia 27611 A 271 271
218 Colombia 27612 C 271 271
219 Colombia 27613 G 271 271
220 Colombia 27614 T 271 271
221 Colombia 27615 C 271 271
222 Colombia 27616 T 271 271
223 Colombia 27617 A 271 271
224 Colombia 27618 T 271 271
225 Colombia 27619 C 271 271
226 Colombia 27620 A 271 271
227 Colombia 27621 G 271 271
228 Colombia 27622 T 271 271
229 Colombia 27623 T 271 271
230 Colombia 27624 A 271 271
231 Colombia 27625 C 271 271
232 Colombia 27626 G 271 271
233 Colombia 27627 T 271 271
234 Colombia 27628 G 271 271
235 Colombia 27629 C 271 271
236 Colombia 27630 C T 271 269 Ala79Ala
237 Colombia 27631 A 271 271
238 Colombia 27632 G 271 271
239 Colombia 27633 A 271 271
240 Colombia 27634 T 271 271
241 Colombia 27635 C 271 271
242 Colombia 27636 A 271 271
243 Colombia 27637 G 271 271
244 Colombia 27638 T 271 271
245 Colombia 27639 T 271 271
246 Colombia 27640 T 271 271
247 Colombia 27641 C 271 271
248 Colombia 27642 A 271 271
249 Colombia 27643 C 271 271
250 Colombia 27644 C 271 271
251 Colombia 27645 T 271 271
252 Colombia 27646 A 271 271
253 Colombia 27647 A 271 271
254 Colombia 27648 A 271 271
255 Colombia 27649 C A 271 270 Leu86Met
256 Colombia 27650 T 271 271
257 Colombia 27651 G 271 271
258 Colombia 27652 T 271 271
259 Colombia 27653 T 271 271
260 Colombia 27654 C 271 271
261 Colombia 27655 A 271 271
262 Colombia 27656 T 271 271
263 Colombia 27657 C 271 271
264 Colombia 27658 A 271 271
265 Colombia 27659 G 271 271
266 Colombia 27660 A 271 271
267 Colombia 27661 C 271 271
268 Colombia 27662 A 271 271
269 Colombia 27663 A 271 271
270 Colombia 27664 G 271 271
271 Colombia 27665 A 271 271
272 Colombia 27666 G 271 271
273 Colombia 27667 G 271 271
274 Colombia 27668 A 271 271
275 Colombia 27669 A 271 271
276 Colombia 27670 G 271 271
277 Colombia 27671 T 271 271
278 Colombia 27672 T 271 271
279 Colombia 27673 C 271 271
280 Colombia 27674 A 271 271
281 Colombia 27675 A 271 271
282 Colombia 27676 G 271 271
283 Colombia 27677 A 271 271
284 Colombia 27678 A 271 271
285 Colombia 27679 C 271 271
286 Colombia 27680 T 271 271
287 Colombia 27681 T 271 271
288 Colombia 27682 T 271 271
289 Colombia 27683 A 271 271
290 Colombia 27684 C 271 271
291 Colombia 27685 T 271 271
292 Colombia 27686 C 271 271
293 Colombia 27687 T 271 271
294 Colombia 27688 C 271 270
295 Colombia 27689 C 271 271
296 Colombia 27690 A 271 271
297 Colombia 27691 A 271 271
298 Colombia 27692 T 271 271
299 Colombia 27693 T 271 271
300 Colombia 27694 T 271 271
301 Colombia 27695 T 271 271
302 Colombia 27696 T 271 271
303 Colombia 27697 C 271 271
304 Colombia 27698 T 271 271
305 Colombia 27699 T 271 271
306 Colombia 27700 A 271 271
307 Colombia 27701 T 271 271
308 Colombia 27702 T 271 271
309 Colombia 27703 G 271 271
310 Colombia 27704 T 271 271
311 Colombia 27705 T 271 271
312 Colombia 27706 G 271 271
313 Colombia 27707 C 271 271
314 Colombia 27708 G 271 271
315 Colombia 27709 G 271 271
316 Colombia 27710 C 271 271
317 Colombia 27711 A 271 271
318 Colombia 27712 A 271 271
319 Colombia 27713 T 271 271
320 Colombia 27714 A 271 271
321 Colombia 27715 G 271 271
322 Colombia 27716 T 271 271
323 Colombia 27717 G 271 271
324 Colombia 27718 T 271 271
325 Colombia 27719 T 271 271
326 Colombia 27720 T 271 271
327 Colombia 27721 A 271 271
328 Colombia 27722 T 271 271
329 Colombia 27723 A 271 271
330 Colombia 27724 A 271 271
331 Colombia 27725 C 271 271
332 Colombia 27726 A 271 271
333 Colombia 27727 C 271 271
334 Colombia 27728 T 271 271
335 Colombia 27729 T 271 271
336 Colombia 27730 T 271 271
337 Colombia 27731 G 271 271
338 Colombia 27732 C 271 271
339 Colombia 27733 T 271 271
340 Colombia 27734 T 271 271
341 Colombia 27735 C 271 271
342 Colombia 27736 A 271 271
343 Colombia 27737 C 271 271
344 Colombia 27738 A 271 271
345 Colombia 27739 C 271 271
346 Colombia 27740 T 271 271
347 Colombia 27741 C T 271 266 Leu116Leu
348 Colombia 27742 A 271 271
349 Colombia 27743 A 271 271
350 Colombia 27744 A 271 271
351 Colombia 27745 A 271 271
352 Colombia 27746 G 271 271
353 Colombia 27747 A 271 271
354 Colombia 27748 A 271 271
355 Colombia 27749 A 271 271
356 Colombia 27750 G 271 271
357 Colombia 27751 A 271 271
358 Colombia 27752 C 270 270
359 Colombia 27753 A 270 270
360 Colombia 27754 G 270 270
361 Colombia 27755 A 270 270
362 Colombia 27756 A 270 270
363 Colombia 27757 T 270 270
364 Colombia 27758 G 270 270
365 Colombia 27759 A 270 270