National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27 2                                 3  
C     18   2     1                            
D     6     1                                
E 2   24       1         1                 1  
F     30         1         3           1      
G     12 1         1                       1  
H     9                                     1
I     25                               1 1 1  
K 1   21                       1     1        
L     45         4   1     7                  
M     6               1                      
N     6                       1              
P     18                   3     1     3 1    
Q 3   15             2               1        
R     15   1           1               1      
S     21         1         1     1     1 1    
T     30 2             2                      
V     24         3     2   1                  
Y     15                                     3

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Canada 27394 A 8541 8541
1 Canada 27395 T 8541 8541
2 Canada 27396 G T 8541 8540 Met1?
3 Canada 27397 A 8541 8541
4 Canada 27398 A 8541 8541
5 Canada 27399 A 8541 8541
6 Canada 27400 A G 8541 8540 Ile3Val
7 Canada 27401 T 8541 8541
8 Canada 27402 T 8541 8541
9 Canada 27403 A 8541 8541
10 Canada 27404 T G 8541 8540 Ile4Ser
11 Canada 27405 T 8541 8541
12 Canada 27406 C T 8541 8536 Leu5Phe
13 Canada 27407 T A 8541 8540 Leu5His
14 Canada 27408 T 8541 8541
15 Canada 27409 T 8541 8540
16 Canada 27410 T C 8541 8540 Phe6Ser
17 Canada 27411 C 8541 8541
18 Canada 27412 T 8541 8541
19 Canada 27413 T 8541 8541
20 Canada 27414 G 8541 8541
21 Canada 27415 G 8541 8541
22 Canada 27416 C 8541 8541
23 Canada 27417 A 8541 8541
24 Canada 27418 C 8541 8541
25 Canada 27419 T 8541 8541
26 Canada 27420 G 8541 8541
27 Canada 27421 A 8541 8541
28 Canada 27422 T 8541 8541
29 Canada 27423 A 8541 8541
30 Canada 27424 A G 8541 8539 Thr11Ala
31 Canada 27425 C 8541 8541
32 Canada 27426 A 8541 8541
33 Canada 27427 C 8541 8541
34 Canada 27428 T 8541 8541
35 Canada 27429 C 8541 8541
36 Canada 27430 G 8541 8541
37 Canada 27431 C T 8541 8540 Ala13Val
38 Canada 27432 T 8541 8540
39 Canada 27433 A 8541 8541
40 Canada 27434 C T 8541 8480 Thr14Ile
41 Canada 27435 T 8541 8541
42 Canada 27436 T 8541 8541
43 Canada 27437 G 8541 8541
44 Canada 27438 T 8541 8541
45 Canada 27439 G 8541 8541
46 Canada 27440 A 8541 8541
47 Canada 27441 G 8541 8541
48 Canada 27442 C T 8541 8539 Leu17Phe
49 Canada 27443 T 8541 8541
50 Canada 27444 T C 8541 8526 Leu17Leu
51 Canada 27445 T 8541 8541
52 Canada 27446 A 8541 8541
53 Canada 27447 T 8541 8541
54 Canada 27448 C 8541 8541
55 Canada 27449 A 8541 8541
56 Canada 27450 C 8541 8541
57 Canada 27451 T 8541 8541
58 Canada 27452 A 8541 8541
59 Canada 27453 C T 8541 8386 Tyr20Tyr
60 Canada 27454 C T 8539 8538 Gln21*
61 Canada 27455 A 8539 8539
62 Canada 27456 A 8539 8539
63 Canada 27457 G 8539 8539
64 Canada 27458 A 8539 8539
65 Canada 27459 G 8539 8539
66 Canada 27460 T 8539 8539
67 Canada 27461 G 8539 8539
68 Canada 27462 T 8539 8539
69 Canada 27463 G T 8539 8538 Val24Phe
70 Canada 27464 T 8539 8539
71 Canada 27465 T 8539 8539
72 Canada 27466 A 8539 8539
73 Canada 27467 G 8539 8539
74 Canada 27468 A 8539 8539
75 Canada 27469 G 8539 8539
76 Canada 27470 G 8539 8539
77 Canada 27471 T 8539 8539
78 Canada 27472 A G 8540 8539 Thr27Ala
79 Canada 27473 C 8540 8540
80 Canada 27474 A 8540 8540
81 Canada 27475 A 8540 8540
82 Canada 27476 C T 8540 8531 Thr28Ile
83 Canada 27477 A 8540 8540
84 Canada 27478 G A,T 8540 8529 Val29Ile-p.Val29Leu
85 Canada 27479 T 8540 8540
86 Canada 27480 A 8539 8539
87 Canada 27481 C 8539 8539
88 Canada 27482 T 8539 8539
89 Canada 27483 T 8540 8540
90 Canada 27484 T C 8545 8544 Leu31Leu
91 Canada 27485 T 8545 8545
92 Canada 27486 A 8545 8545
93 Canada 27487 A 8545 8545
94 Canada 27488 A G 8545 8544 Lys32Arg
95 Canada 27489 A 8545 8545
96 Canada 27490 G 8545 8545
97 Canada 27491 A 8545 8545
98 Canada 27492 A 8545 8545
99 Canada 27493 C T 8545 8543 Pro34Ser
100 Canada 27494 C T 8545 8542 Pro34Leu
101 Canada 27495 T 8545 8545
102 Canada 27496 T 8545 8545
103 Canada 27497 G 8545 8545
104 Canada 27498 C 8545 8545
105 Canada 27499 T A 8545 8544 Ser36Thr
106 Canada 27500 C 8545 8545
107 Canada 27501 T C 8545 8542 Ser36Ser
108 Canada 27502 T 8545 8545
109 Canada 27503 C 8545 8545
110 Canada 27504 T 8545 8545
111 Canada 27505 G 8545 8545
112 Canada 27506 G T,C 8545 8540 Gly38Val-p.Gly38Ala
113 Canada 27507 A 8545 8545
114 Canada 27508 A 8545 8545
115 Canada 27509 C 8544 8544
116 Canada 27510 A 8544 8544
117 Canada 27511 T 8541 8541
118 Canada 27512 A 8239 8212
119 Canada 27513 C T 8238 8209 Tyr40Tyr
120 Canada 27514 G 8238 8211
121 Canada 27515 A 8238 8211
122 Canada 27516 G 8238 8213
123 Canada 27517 G 8238 8214
124 Canada 27518 G 8238 8214
125 Canada 27519 C 8238 8215
126 Canada 27520 A 8238 8215
127 Canada 27521 A 8238 8216
128 Canada 27522 T C 8238 8202 Asn43Asn
129 Canada 27523 T 8238 8217
130 Canada 27524 C 8235 8214
131 Canada 27525 A 8234 8213
132 Canada 27526 C 8214 8191
133 Canada 27527 C T 8179 8151 Pro45Leu
134 Canada 27528 A G 8140 8108 Pro45Pro
135 Canada 27529 T 8119 8089
136 Canada 27530 T 8107 8073
137 Canada 27531 T 8106 8072
138 Canada 27532 C T 8106 8070 His47Tyr
139 Canada 27533 A 8103 8069
140 Canada 27534 T 8087 8048
141 Canada 27535 C 8086 8046
142 Canada 27536 C 8082 8044
143 Canada 27537 T 8076 8036
144 Canada 27538 C T 8076 7923 Leu49Leu
145 Canada 27539 T 8076 8036
146 Canada 27540 A 8076 8036
147 Canada 27541 G 8075 8034
148 Canada 27542 C T 8074 8032 Ala50Val
149 Canada 27543 T 8073 8033
150 Canada 27544 G 8073 8034
151 Canada 27545 A 8070 8031
152 Canada 27546 T 8070 8031
153 Canada 27547 A 8070 8031
154 Canada 27548 A 8070 8032
155 Canada 27549 C 8070 8033
156 Canada 27550 A 8070 8033
157 Canada 27551 A 8070 8034
158 Canada 27552 A 8070 8035
159 Canada 27553 T C 8070 8031 Phe54Leu
160 Canada 27554 T 8070 8035
161 Canada 27555 T 8070 8056
162 Canada 27556 G 8070 8056
163 Canada 27557 C 8070 8057
164 Canada 27558 A 8070 8058
165 Canada 27559 C T 8070 8057 Leu56Leu
166 Canada 27560 T 8068 8056
167 Canada 27561 G T 8068 8029 Leu56Leu
168 Canada 27562 A 8068 8055
169 Canada 27563 C 8068 8055
170 Canada 27564 T 8068 8057
171 Canada 27565 T 8068 8057
172 Canada 27566 G 8068 8057
173 Canada 27567 C T 8068 8050 Cys58Cys
174 Canada 27568 T 8069 8060
175 Canada 27569 T 8069 8061
176 Canada 27570 T 8068 8060
177 Canada 27571 A 8067 8059
178 Canada 27572 G 8067 8060
179 Canada 27573 C 8067 8061
180 Canada 27574 A 8066 8060
181 Canada 27575 C 8065 8058
182 Canada 27576 T 8065 8058
183 Canada 27577 C T 8066 8059 Gln62*
184 Canada 27578 A G 8066 8060 Gln62Arg
185 Canada 27579 A T 8066 8061 Gln62His
186 Canada 27580 T 8063 8060
187 Canada 27581 T 8063 8060
188 Canada 27582 T 8062 8058
189 Canada 27583 G 8062 8058
190 Canada 27584 C 8063 8058
191 Canada 27585 T 8063 8058
192 Canada 27586 T 8062 8056
193 Canada 27587 T 8062 8056
194 Canada 27588 T 8062 8057
195 Canada 27589 G 8062 8057
196 Canada 27590 C 8062 8055
197 Canada 27591 T 8062 8056
198 Canada 27592 T 8061 8054
199 Canada 27593 G T 8060 8051 Cys67Phe
200 Canada 27594 T 8060 8055
201 Canada 27595 C 8060 8055
202 Canada 27596 C 8060 8055
203 Canada 27597 T 8060 8055
204 Canada 27598 G 8060 8055
205 Canada 27599 A 8060 8053
206 Canada 27600 C T 8060 8051 Asp69Asp
207 Canada 27601 G 8059 8052
208 Canada 27602 G 8059 8054
209 Canada 27603 C T 8058 8051 Gly70Gly
210 Canada 27604 G A 8060 8046 Val71Ile
211 Canada 27605 T 8058 8056
212 Canada 27606 A 8057 8055
213 Canada 27607 A 8057 8055
214 Canada 27608 A 8056 8052
215 Canada 27609 A 8056 8053
216 Canada 27610 C 8055 8051
217 Canada 27611 A 8052 8048
218 Canada 27612 C 8052 8046
219 Canada 27613 G 8052 8046
220 Canada 27614 T 8053 8046
221 Canada 27615 C 8053 8046
222 Canada 27616 T 8052 8045
223 Canada 27617 A 8052 8046
224 Canada 27618 T C 8052 8039 Tyr75Tyr
225 Canada 27619 C 8051 8043
226 Canada 27620 A 8051 8043
227 Canada 27621 G 8051 8042
228 Canada 27622 T 8051 8042
229 Canada 27623 T 8050 8040
230 Canada 27624 A 8050 8041
231 Canada 27625 C T 8050 8039 Arg78Cys
232 Canada 27626 G 8049 8040
233 Canada 27627 T 8048 8042
234 Canada 27628 G 8048 8042
235 Canada 27629 C 8048 8041
236 Canada 27630 C T 8048 8035 Ala79Ala
237 Canada 27631 A 8048 8040
238 Canada 27632 G T 8048 8035 Arg80Ile
239 Canada 27633 A 8048 8038
240 Canada 27634 T C 8048 8027 Ser81Pro
241 Canada 27635 C T 8048 8031 Ser81Leu
242 Canada 27636 A 8046 8036
243 Canada 27637 G 8047 8038
244 Canada 27638 T 8047 8040
245 Canada 27639 T 8047 8041
246 Canada 27640 T 8047 8040
247 Canada 27641 C 8045 8042
248 Canada 27642 A 8045 8042
249 Canada 27643 C A,T 8045 8035 Pro84Thr-p.Pro84Ser
250 Canada 27644 C 8045 8040
251 Canada 27645 T 8045 8040
252 Canada 27646 A 8045 8040
253 Canada 27647 A 8045 8040
254 Canada 27648 A 8045 8040
255 Canada 27649 C T 8045 8037 Leu86Leu
256 Canada 27650 T 8045 8035
257 Canada 27651 G 8044 8038
258 Canada 27652 T 8043 8038
259 Canada 27653 T 8043 8038
260 Canada 27654 C T 8043 8036 Phe87Phe
261 Canada 27655 A 8043 8038
262 Canada 27656 T 8043 8038
263 Canada 27657 C 8042 8037
264 Canada 27658 A 8042 8037
265 Canada 27659 G 8042 8037
266 Canada 27660 A C 8042 8035 Arg89Ser
267 Canada 27661 C T 8042 8036 Gln90*
268 Canada 27662 A 8041 8036
269 Canada 27663 A 8041 8037
270 Canada 27664 G A 8041 8037 Glu91Lys
271 Canada 27665 A 8040 8037
272 Canada 27666 G 8040 8037
273 Canada 27667 G 8040 8036
274 Canada 27668 A 8039 8035
275 Canada 27669 A G 8039 8036 Glu92Glu
276 Canada 27670 G T 8039 8032 Val93Phe
277 Canada 27671 T 8037 8034
278 Canada 27672 T 8037 8034
279 Canada 27673 C 8036 8032
280 Canada 27674 A 8036 8036
281 Canada 27675 A C 8036 8032 Gln94His
282 Canada 27676 G T 8036 8034 Glu95*
283 Canada 27677 A 8036 8036
284 Canada 27678 A 8036 8036
285 Canada 27679 C T 8036 8031 Leu96Phe
286 Canada 27680 T 8035 8030
287 Canada 27681 T 8035 8030
288 Canada 27682 T 8035 8031
289 Canada 27683 A 8034 8029
290 Canada 27684 C 8034 8030
291 Canada 27685 T 8034 8030
292 Canada 27686 C T 8034 8028 Ser98Phe
293 Canada 27687 T 8033 8031
294 Canada 27688 C T 8033 8025 Pro99Ser
295 Canada 27689 C T 8032 8028 Pro99Leu
296 Canada 27690 A 8032 8030
297 Canada 27691 A 8032 8029
298 Canada 27692 T 8032 8029
299 Canada 27693 T 8032 8029
300 Canada 27694 T 8030 8028
301 Canada 27695 T 8029 8027
302 Canada 27696 T 8029 8027
303 Canada 27697 C T 8029 8026 Leu102Phe
304 Canada 27698 T 8029 8027
305 Canada 27699 T 8029 8026
306 Canada 27700 A 8029 8027
307 Canada 27701 T 8029 8027
308 Canada 27702 T 8029 8028
309 Canada 27703 G T 8029 8020 Val104Phe
310 Canada 27704 T 8029 8029
311 Canada 27705 T 8029 8029
312 Canada 27706 G 8029 8028
313 Canada 27707 C T 8029 8017 Ala105Val
314 Canada 27708 G T 8029 8013 Ala105Ala
315 Canada 27709 G 8028 8028
316 Canada 27710 C 8028 8028
317 Canada 27711 A 8028 8028
318 Canada 27712 A 8026 8026
319 Canada 27713 T 8026 8026
320 Canada 27714 A 8026 8026
321 Canada 27715 G 8026 8025
322 Canada 27716 T 8025 8024
323 Canada 27717 G 8025 8024
324 Canada 27718 T 8023 8022
325 Canada 27719 T 8023 8022
326 Canada 27720 T 8023 8022
327 Canada 27721 A 8022 8021
328 Canada 27722 T C 8022 8020 Ile110Thr
329 Canada 27723 A 8022 8021
330 Canada 27724 A 8022 8021
331 Canada 27725 C 8022 8021
332 Canada 27726 A 8018 8017
333 Canada 27727 C 8017 8016
334 Canada 27728 T 8016 8015
335 Canada 27729 T 8016 8015
336 Canada 27730 T 8016 8015
337 Canada 27731 G 8015 8014
338 Canada 27732 C T 8015 7948 Cys113Cys
339 Canada 27733 T C 8015 8013 Phe114Leu
340 Canada 27734 T 8015 8015
341 Canada 27735 C G 8015 8014 Phe114Leu
342 Canada 27736 A 8015 8015
343 Canada 27737 C 8015 8015
344 Canada 27738 A 8014 8014
345 Canada 27739 C 8012 8012
346 Canada 27740 T 8012 8011
347 Canada 27741 C T 8012 8007 Leu116Leu
348 Canada 27742 A T 8011 8009 Lys117*
349 Canada 27743 A 8011 8010
350 Canada 27744 A 8010 8010
351 Canada 27745 A 7991 7991
352 Canada 27746 G 7991 7991
353 Canada 27747 A 7991 7991
354 Canada 27748 A 7990 7989
355 Canada 27749 A 7987 7987
356 Canada 27750 G T 7987 7985 Lys119Asn
357 Canada 27751 A 7987 7987
358 Canada 27752 C 7986 7986
359 Canada 27753 A 7981 7981
360 Canada 27754 G T 7981 7978 Glu121*
361 Canada 27755 A T 7981 7980 Glu121Val
362 Canada 27756 A 7981 7981
363 Canada 27757 T 7981 7981
364 Canada 27758 G 7981 7981
365 Canada 27759 A 7974 7974