National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                   1  
C     18         1                     1      
D     6     1                                
E 1   24     1                                
F     30         1         1               1  
G     12           1                       1  
H     9             1         1              
I     25                                      
K     21                                      
L     45         1         3                  
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15       1     1     1                  
R     15                                      
S     21         1                            
T     30               4                 1    
V     24         1 1                          
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Bangladesh 27394 A 662 662
1 Bangladesh 27395 T 662 662
2 Bangladesh 27396 G 662 662
3 Bangladesh 27397 A 662 662
4 Bangladesh 27398 A 662 662
5 Bangladesh 27399 A 662 662
6 Bangladesh 27400 A 662 662
7 Bangladesh 27401 T 662 662
8 Bangladesh 27402 T 662 662
9 Bangladesh 27403 A 662 662
10 Bangladesh 27404 T 662 662
11 Bangladesh 27405 T 662 662
12 Bangladesh 27406 C T 662 661 Leu5Phe
13 Bangladesh 27407 T 662 662
14 Bangladesh 27408 T 662 662
15 Bangladesh 27409 T 662 662
16 Bangladesh 27410 T 662 662
17 Bangladesh 27411 C 662 662
18 Bangladesh 27412 T 662 662
19 Bangladesh 27413 T 662 662
20 Bangladesh 27414 G 662 662
21 Bangladesh 27415 G 662 662
22 Bangladesh 27416 C 662 662
23 Bangladesh 27417 A 662 662
24 Bangladesh 27418 C 662 662
25 Bangladesh 27419 T 662 662
26 Bangladesh 27420 G 662 662
27 Bangladesh 27421 A 662 662
28 Bangladesh 27422 T 662 661
29 Bangladesh 27423 A 662 661
30 Bangladesh 27424 A 662 661
31 Bangladesh 27425 C 662 661
32 Bangladesh 27426 A 662 661
33 Bangladesh 27427 C 662 661
34 Bangladesh 27428 T 662 661
35 Bangladesh 27429 C T 662 660 Leu12Leu
36 Bangladesh 27430 G 662 661
37 Bangladesh 27431 C 662 661
38 Bangladesh 27432 T 662 661
39 Bangladesh 27433 A 662 661
40 Bangladesh 27434 C T 662 659 Thr14Ile
41 Bangladesh 27435 T 662 661
42 Bangladesh 27436 T 662 661
43 Bangladesh 27437 G 662 661
44 Bangladesh 27438 T 662 661
45 Bangladesh 27439 G 662 661
46 Bangladesh 27440 A 663 662
47 Bangladesh 27441 G 663 662
48 Bangladesh 27442 C 663 662
49 Bangladesh 27443 T 663 662
50 Bangladesh 27444 T 663 662
51 Bangladesh 27445 T 663 662
52 Bangladesh 27446 A 663 661
53 Bangladesh 27447 T 663 661
54 Bangladesh 27448 C 663 661
55 Bangladesh 27449 A 663 662
56 Bangladesh 27450 C 663 663
57 Bangladesh 27451 T 663 663
58 Bangladesh 27452 A 663 663
59 Bangladesh 27453 C 663 663
60 Bangladesh 27454 C 663 663
61 Bangladesh 27455 A 663 663
62 Bangladesh 27456 A 663 663
63 Bangladesh 27457 G 663 663
64 Bangladesh 27458 A 663 663
65 Bangladesh 27459 G 663 663
66 Bangladesh 27460 T 663 663
67 Bangladesh 27461 G 663 663
68 Bangladesh 27462 T 663 663
69 Bangladesh 27463 G 664 664
70 Bangladesh 27464 T 664 664
71 Bangladesh 27465 T 664 664
72 Bangladesh 27466 A 664 664
73 Bangladesh 27467 G 664 664
74 Bangladesh 27468 A 664 664
75 Bangladesh 27469 G 664 664
76 Bangladesh 27470 G 664 664
77 Bangladesh 27471 T 664 664
78 Bangladesh 27472 A 664 663
79 Bangladesh 27473 C 664 663
80 Bangladesh 27474 A 664 663
81 Bangladesh 27475 A 664 663
82 Bangladesh 27476 C T 664 662 Thr28Ile
83 Bangladesh 27477 A 664 664
84 Bangladesh 27478 G 664 663
85 Bangladesh 27479 T 664 663
86 Bangladesh 27480 A 664 664
87 Bangladesh 27481 C 664 663
88 Bangladesh 27482 T 664 663
89 Bangladesh 27483 T 664 664
90 Bangladesh 27484 T C 664 660 Leu31Leu
91 Bangladesh 27485 T 664 662
92 Bangladesh 27486 A 664 662
93 Bangladesh 27487 A 664 664
94 Bangladesh 27488 A 664 664
95 Bangladesh 27489 A 664 664
96 Bangladesh 27490 G 664 664
97 Bangladesh 27491 A 664 664
98 Bangladesh 27492 A 664 664
99 Bangladesh 27493 C 664 664
100 Bangladesh 27494 C 664 664
101 Bangladesh 27495 T 664 664
102 Bangladesh 27496 T A 664 663 Cys35Ser
103 Bangladesh 27497 G 664 663
104 Bangladesh 27498 C 664 664
105 Bangladesh 27499 T 664 664
106 Bangladesh 27500 C 664 664
107 Bangladesh 27501 T 664 664
108 Bangladesh 27502 T 664 664
109 Bangladesh 27503 C T 664 662 Ser37Phe
110 Bangladesh 27504 T 664 662
111 Bangladesh 27505 G 664 662
112 Bangladesh 27506 G 664 663
113 Bangladesh 27507 A 664 663
114 Bangladesh 27508 A 664 664
115 Bangladesh 27509 C T 664 662 Thr39Ile
116 Bangladesh 27510 A 664 664
117 Bangladesh 27511 T 664 664
118 Bangladesh 27512 A 604 602
119 Bangladesh 27513 C 604 602
120 Bangladesh 27514 G 604 602
121 Bangladesh 27515 A 604 602
122 Bangladesh 27516 G C 604 602 Glu41Asp
123 Bangladesh 27517 G 604 603
124 Bangladesh 27518 G T 604 602 Gly42Val
125 Bangladesh 27519 C T 604 602 Gly42Gly
126 Bangladesh 27520 A 604 603
127 Bangladesh 27521 A 604 604
128 Bangladesh 27522 T 604 604
129 Bangladesh 27523 T 604 604
130 Bangladesh 27524 C 604 604
131 Bangladesh 27525 A 604 604
132 Bangladesh 27526 C 604 604
133 Bangladesh 27527 C 604 604
134 Bangladesh 27528 A 604 604
135 Bangladesh 27529 T G 604 603 Phe46Val
136 Bangladesh 27530 T 604 604
137 Bangladesh 27531 T 604 604
138 Bangladesh 27532 C A 604 603 His47Asn
139 Bangladesh 27533 A 604 604
140 Bangladesh 27534 T 602 602
141 Bangladesh 27535 C 602 602
142 Bangladesh 27536 C 602 602
143 Bangladesh 27537 T 602 602
144 Bangladesh 27538 C 602 602
145 Bangladesh 27539 T 602 602
146 Bangladesh 27540 A 602 602
147 Bangladesh 27541 G 602 602
148 Bangladesh 27542 C 602 602
149 Bangladesh 27543 T 602 602
150 Bangladesh 27544 G 602 602
151 Bangladesh 27545 A 602 601
152 Bangladesh 27546 T 602 601
153 Bangladesh 27547 A 602 601
154 Bangladesh 27548 A 602 601
155 Bangladesh 27549 C 602 601
156 Bangladesh 27550 A 602 601
157 Bangladesh 27551 A 602 601
158 Bangladesh 27552 A 602 601
159 Bangladesh 27553 T 602 601
160 Bangladesh 27554 T 602 600
161 Bangladesh 27555 T 602 600
162 Bangladesh 27556 G 602 601
163 Bangladesh 27557 C 602 601
164 Bangladesh 27558 A 602 601
165 Bangladesh 27559 C 602 601
166 Bangladesh 27560 T 602 601
167 Bangladesh 27561 G 602 602
168 Bangladesh 27562 A 602 602
169 Bangladesh 27563 C 602 602
170 Bangladesh 27564 T 602 602
171 Bangladesh 27565 T 602 602
172 Bangladesh 27566 G 602 602
173 Bangladesh 27567 C 602 602
174 Bangladesh 27568 T 602 602
175 Bangladesh 27569 T 602 602
176 Bangladesh 27570 T 602 602
177 Bangladesh 27571 A 602 602
178 Bangladesh 27572 G 602 602
179 Bangladesh 27573 C 602 602
180 Bangladesh 27574 A 602 602
181 Bangladesh 27575 C 602 602
182 Bangladesh 27576 T 602 602
183 Bangladesh 27577 C G 602 601 Gln62Glu
184 Bangladesh 27578 A 602 602
185 Bangladesh 27579 A 602 602
186 Bangladesh 27580 T C 602 601 Phe63Leu
187 Bangladesh 27581 T 602 602
188 Bangladesh 27582 T 602 602
189 Bangladesh 27583 G 602 602
190 Bangladesh 27584 C 602 602
191 Bangladesh 27585 T 603 603
192 Bangladesh 27586 T 603 603
193 Bangladesh 27587 T 603 603
194 Bangladesh 27588 T 603 603
195 Bangladesh 27589 G 603 603
196 Bangladesh 27590 C 603 603
197 Bangladesh 27591 T 603 603
198 Bangladesh 27592 T 603 603
199 Bangladesh 27593 G 603 603
200 Bangladesh 27594 T 603 603
201 Bangladesh 27595 C 603 603
202 Bangladesh 27596 C 603 603
203 Bangladesh 27597 T 603 603
204 Bangladesh 27598 G 603 603
205 Bangladesh 27599 A 603 603
206 Bangladesh 27600 C T 603 601 Asp69Asp
207 Bangladesh 27601 G 603 603
208 Bangladesh 27602 G 603 603
209 Bangladesh 27603 C 603 603
210 Bangladesh 27604 G 603 603
211 Bangladesh 27605 T 603 603
212 Bangladesh 27606 A 603 603
213 Bangladesh 27607 A 603 603
214 Bangladesh 27608 A 603 603
215 Bangladesh 27609 A 603 603
216 Bangladesh 27610 C 603 602
217 Bangladesh 27611 A 603 602
218 Bangladesh 27612 C T 603 601 His73His
219 Bangladesh 27613 G 603 602
220 Bangladesh 27614 T 603 602
221 Bangladesh 27615 C 603 602
222 Bangladesh 27616 T 603 602
223 Bangladesh 27617 A 603 602
224 Bangladesh 27618 T 603 602
225 Bangladesh 27619 C 603 602
226 Bangladesh 27620 A 603 602
227 Bangladesh 27621 G 603 602
228 Bangladesh 27622 T 603 601
229 Bangladesh 27623 T 603 602
230 Bangladesh 27624 A 603 602
231 Bangladesh 27625 C 603 603
232 Bangladesh 27626 G 603 603
233 Bangladesh 27627 T 603 603
234 Bangladesh 27628 G 603 603
235 Bangladesh 27629 C 603 603
236 Bangladesh 27630 C 603 603
237 Bangladesh 27631 A 603 603
238 Bangladesh 27632 G 603 603
239 Bangladesh 27633 A 603 603
240 Bangladesh 27634 T 603 603
241 Bangladesh 27635 C 603 603
242 Bangladesh 27636 A 603 603
243 Bangladesh 27637 G 603 603
244 Bangladesh 27638 T 603 603
245 Bangladesh 27639 T 603 603
246 Bangladesh 27640 T 603 603
247 Bangladesh 27641 C 603 603
248 Bangladesh 27642 A 603 603
249 Bangladesh 27643 C 603 603
250 Bangladesh 27644 C 603 603
251 Bangladesh 27645 T 603 603
252 Bangladesh 27646 A 603 603
253 Bangladesh 27647 A 603 603
254 Bangladesh 27648 A 603 603
255 Bangladesh 27649 C 603 603
256 Bangladesh 27650 T 603 603
257 Bangladesh 27651 G 603 603
258 Bangladesh 27652 T 603 603
259 Bangladesh 27653 T 603 603
260 Bangladesh 27654 C 603 603
261 Bangladesh 27655 A 603 603
262 Bangladesh 27656 T 603 603
263 Bangladesh 27657 C 603 603
264 Bangladesh 27658 A 603 603
265 Bangladesh 27659 G 603 603
266 Bangladesh 27660 A 603 603
267 Bangladesh 27661 C 603 603
268 Bangladesh 27662 A 603 603
269 Bangladesh 27663 A 603 603
270 Bangladesh 27664 G 603 603
271 Bangladesh 27665 A 603 603
272 Bangladesh 27666 G 603 603
273 Bangladesh 27667 G 603 603
274 Bangladesh 27668 A 603 603
275 Bangladesh 27669 A 606 606
276 Bangladesh 27670 G 606 606
277 Bangladesh 27671 T G 606 602 Val93Gly
278 Bangladesh 27672 T 608 607
279 Bangladesh 27673 C 608 607
280 Bangladesh 27674 A T 608 606 Gln94Leu
281 Bangladesh 27675 A C 608 606 Gln94His
282 Bangladesh 27676 G 608 607
283 Bangladesh 27677 A 608 607
284 Bangladesh 27678 A 608 607
285 Bangladesh 27679 C 608 607
286 Bangladesh 27680 T 608 607
287 Bangladesh 27681 T 608 607
288 Bangladesh 27682 T 608 607
289 Bangladesh 27683 A 608 607
290 Bangladesh 27684 C 608 607
291 Bangladesh 27685 T 608 607
292 Bangladesh 27686 C 608 607
293 Bangladesh 27687 T 608 607
294 Bangladesh 27688 C 608 607
295 Bangladesh 27689 C 608 607
296 Bangladesh 27690 A 608 606
297 Bangladesh 27691 A 608 607
298 Bangladesh 27692 T 608 607
299 Bangladesh 27693 T 608 607
300 Bangladesh 27694 T 608 607
301 Bangladesh 27695 T 608 607
302 Bangladesh 27696 T 608 607
303 Bangladesh 27697 C 608 607
304 Bangladesh 27698 T 608 607
305 Bangladesh 27699 T 607 606
306 Bangladesh 27700 A 607 606
307 Bangladesh 27701 T 607 606
308 Bangladesh 27702 T 607 606
309 Bangladesh 27703 G T 607 604 Val104Phe
310 Bangladesh 27704 T 607 606
311 Bangladesh 27705 T 607 606
312 Bangladesh 27706 G 607 606
313 Bangladesh 27707 C T 607 604 Ala105Val
314 Bangladesh 27708 G 607 606
315 Bangladesh 27709 G 607 607
316 Bangladesh 27710 C 607 607
317 Bangladesh 27711 A 607 607
318 Bangladesh 27712 A 607 607
319 Bangladesh 27713 T 607 607
320 Bangladesh 27714 A 607 607
321 Bangladesh 27715 G 607 607
322 Bangladesh 27716 T 607 607
323 Bangladesh 27717 G 607 607
324 Bangladesh 27718 T 607 607
325 Bangladesh 27719 T 607 607
326 Bangladesh 27720 T 607 607
327 Bangladesh 27721 A 607 607
328 Bangladesh 27722 T 607 607
329 Bangladesh 27723 A 607 607
330 Bangladesh 27724 A 607 606
331 Bangladesh 27725 C 607 606
332 Bangladesh 27726 A 606 604
333 Bangladesh 27727 C 606 605
334 Bangladesh 27728 T 606 605
335 Bangladesh 27729 T 606 605
336 Bangladesh 27730 T 606 605
337 Bangladesh 27731 G T 606 605 Cys113Phe
338 Bangladesh 27732 C 606 606
339 Bangladesh 27733 T 606 606
340 Bangladesh 27734 T 606 606
341 Bangladesh 27735 C T 606 605 Phe114Phe
342 Bangladesh 27736 A 606 606
343 Bangladesh 27737 C 606 606
344 Bangladesh 27738 A 606 606
345 Bangladesh 27739 C 606 606
346 Bangladesh 27740 T 606 606
347 Bangladesh 27741 C T 606 604 Leu116Leu
348 Bangladesh 27742 A 606 606
349 Bangladesh 27743 A 606 606
350 Bangladesh 27744 A 606 606
351 Bangladesh 27745 A 606 606
352 Bangladesh 27746 G 606 606
353 Bangladesh 27747 A 606 606
354 Bangladesh 27748 A 606 606
355 Bangladesh 27749 A 606 606
356 Bangladesh 27750 G 606 605
357 Bangladesh 27751 A 606 606
358 Bangladesh 27752 C T 606 605 Thr120Ile
359 Bangladesh 27753 A T 606 605 Thr120Thr
360 Bangladesh 27754 G T 606 604 Glu121*
361 Bangladesh 27755 A 606 606
362 Bangladesh 27756 A 606 605
363 Bangladesh 27757 T 606 606
364 Bangladesh 27758 G 606 606
365 Bangladesh 27759 A 606 606