National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                             1        
-     370                                      
?                                            
A     27 1                                    
C     18   1                                  
D     6                                      
E     24                                      
F     30                   1                  
G     12                                      
H     9                                      
I     25                     1             1  
K     21                                      
L     45         1         1                  
M     6                                 1    
N     6                                      
P     18                               1      
Q     15                                      
R     15               1                      
S     21                   1                  
T     30                                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Argentina 27394 A 645 645
1 Argentina 27395 T 645 645
2 Argentina 27396 G 645 645
3 Argentina 27397 A 645 645
4 Argentina 27398 A 645 645
5 Argentina 27399 A 645 645
6 Argentina 27400 A 645 645
7 Argentina 27401 T 645 645
8 Argentina 27402 T 645 645
9 Argentina 27403 A 645 645
10 Argentina 27404 T 645 645
11 Argentina 27405 T 645 645
12 Argentina 27406 C 645 645
13 Argentina 27407 T 645 645
14 Argentina 27408 T 645 645
15 Argentina 27409 T 645 645
16 Argentina 27410 T 645 645
17 Argentina 27411 C 645 645
18 Argentina 27412 T 646 646
19 Argentina 27413 T 647 647
20 Argentina 27414 G 647 647
21 Argentina 27415 G 647 647
22 Argentina 27416 C 647 647
23 Argentina 27417 A 647 647
24 Argentina 27418 C 647 646
25 Argentina 27419 T 647 646
26 Argentina 27420 G 647 646
27 Argentina 27421 A 647 646
28 Argentina 27422 T 647 646
29 Argentina 27423 A 647 647
30 Argentina 27424 A 647 647
31 Argentina 27425 C 647 647
32 Argentina 27426 A 647 647
33 Argentina 27427 C 647 647
34 Argentina 27428 T 647 647
35 Argentina 27429 C 647 647
36 Argentina 27430 G 648 648
37 Argentina 27431 C 648 648
38 Argentina 27432 T 648 648
39 Argentina 27433 A 648 647
40 Argentina 27434 C 648 647
41 Argentina 27435 T 648 647
42 Argentina 27436 T 648 647
43 Argentina 27437 G 648 647
44 Argentina 27438 T C 648 647 Cys15Cys
45 Argentina 27439 G 648 648
46 Argentina 27440 A 648 648
47 Argentina 27441 G 648 648
48 Argentina 27442 C 648 647
49 Argentina 27443 T 648 647
50 Argentina 27444 T 648 647
51 Argentina 27445 T 648 648
52 Argentina 27446 A 648 648
53 Argentina 27447 T 648 647
54 Argentina 27448 C 648 647
55 Argentina 27449 A 648 647
56 Argentina 27450 C 648 646
57 Argentina 27451 T 648 646
58 Argentina 27452 A 648 646
59 Argentina 27453 C 648 646
60 Argentina 27454 C 648 646
61 Argentina 27455 A 648 647
62 Argentina 27456 A 648 647
63 Argentina 27457 G 650 650
64 Argentina 27458 A 651 651
65 Argentina 27459 G 652 652
66 Argentina 27460 T 652 652
67 Argentina 27461 G 653 653
68 Argentina 27462 T 654 654
69 Argentina 27463 G 654 654
70 Argentina 27464 T 654 654
71 Argentina 27465 T 654 654
72 Argentina 27466 A 654 654
73 Argentina 27467 G T 654 647 Arg25Ile
74 Argentina 27468 A 654 654
75 Argentina 27469 G 654 654
76 Argentina 27470 G 654 654
77 Argentina 27471 T 654 654
78 Argentina 27472 A 654 654
79 Argentina 27473 C 654 654
80 Argentina 27474 A 654 654
81 Argentina 27475 A 654 654
82 Argentina 27476 C 654 654
83 Argentina 27477 A 655 655
84 Argentina 27478 G 655 655
85 Argentina 27479 T 655 655
86 Argentina 27480 A 655 655
87 Argentina 27481 C 655 655
88 Argentina 27482 T 655 655
89 Argentina 27483 T 655 655
90 Argentina 27484 T 655 655
91 Argentina 27485 T 655 655
92 Argentina 27486 A 655 655
93 Argentina 27487 A 655 655
94 Argentina 27488 A 655 655
95 Argentina 27489 A 655 655
96 Argentina 27490 G 655 655
97 Argentina 27491 A 655 655
98 Argentina 27492 A 655 655
99 Argentina 27493 C 655 655
100 Argentina 27494 C 655 655
101 Argentina 27495 T 655 655
102 Argentina 27496 T 655 655
103 Argentina 27497 G 655 655
104 Argentina 27498 C 655 655
105 Argentina 27499 T 655 655
106 Argentina 27500 C 654 654
107 Argentina 27501 T 654 654
108 Argentina 27502 T 653 653
109 Argentina 27503 C 653 653
110 Argentina 27504 T 653 653
111 Argentina 27505 G 652 652
112 Argentina 27506 G 652 652
113 Argentina 27507 A 652 652
114 Argentina 27508 A 652 652
115 Argentina 27509 C 652 652
116 Argentina 27510 A 651 651
117 Argentina 27511 T 651 651
118 Argentina 27512 A 641 641
119 Argentina 27513 C 641 641
120 Argentina 27514 G 641 641
121 Argentina 27515 A 641 641
122 Argentina 27516 G 641 641
123 Argentina 27517 G 641 641
124 Argentina 27518 G 641 640
125 Argentina 27519 C 641 640
126 Argentina 27520 A 637 636
127 Argentina 27521 A 637 636
128 Argentina 27522 T 634 633
129 Argentina 27523 T 624 623
130 Argentina 27524 C T 624 622 Ser44Leu
131 Argentina 27525 A 622 621
132 Argentina 27526 C 622 621
133 Argentina 27527 C 621 620
134 Argentina 27528 A 615 613
135 Argentina 27529 T C 615 612 Phe46Leu
136 Argentina 27530 T 615 613
137 Argentina 27531 T 615 613
138 Argentina 27532 C 615 613
139 Argentina 27533 A 615 613
140 Argentina 27534 T 615 613
141 Argentina 27535 C 615 613
142 Argentina 27536 C 615 613
143 Argentina 27537 T 615 613
144 Argentina 27538 C 615 613
145 Argentina 27539 T 615 614
146 Argentina 27540 A 615 614
147 Argentina 27541 G 615 614
148 Argentina 27542 C 615 614
149 Argentina 27543 T 615 613
150 Argentina 27544 G 615 613
151 Argentina 27545 A 615 613
152 Argentina 27546 T 615 613
153 Argentina 27547 A 615 613
154 Argentina 27548 A 615 613
155 Argentina 27549 C 615 613
156 Argentina 27550 A 614 612
157 Argentina 27551 A 614 612
158 Argentina 27552 A 614 612
159 Argentina 27553 T 614 612
160 Argentina 27554 T 614 613
161 Argentina 27555 T 614 613
162 Argentina 27556 G 614 613
163 Argentina 27557 C 614 613
164 Argentina 27558 A 614 613
165 Argentina 27559 C 614 613
166 Argentina 27560 T 614 613
167 Argentina 27561 G 614 613
168 Argentina 27562 A 614 613
169 Argentina 27563 C 614 613
170 Argentina 27564 T 614 613
171 Argentina 27565 T 614 613
172 Argentina 27566 G 614 613
173 Argentina 27567 C 614 613
174 Argentina 27568 T 614 613
175 Argentina 27569 T 614 613
176 Argentina 27570 T 614 613
177 Argentina 27571 A 614 613
178 Argentina 27572 G 614 613
179 Argentina 27573 C 614 613
180 Argentina 27574 A 614 613
181 Argentina 27575 C 614 613
182 Argentina 27576 T 614 613
183 Argentina 27577 C 614 613
184 Argentina 27578 A 614 613
185 Argentina 27579 A 614 614
186 Argentina 27580 T 614 614
187 Argentina 27581 T 614 614
188 Argentina 27582 T 614 614
189 Argentina 27583 G 614 614
190 Argentina 27584 C 614 614
191 Argentina 27585 T 614 614
192 Argentina 27586 T 614 614
193 Argentina 27587 T 614 614
194 Argentina 27588 T 614 614
195 Argentina 27589 G 614 614
196 Argentina 27590 C 614 614
197 Argentina 27591 T 614 614
198 Argentina 27592 T 614 614
199 Argentina 27593 G 614 614
200 Argentina 27594 T 614 614
201 Argentina 27595 C 614 614
202 Argentina 27596 C 614 614
203 Argentina 27597 T 614 614
204 Argentina 27598 G 614 614
205 Argentina 27599 A 614 614
206 Argentina 27600 C 614 614
207 Argentina 27601 G 614 614
208 Argentina 27602 G 614 614
209 Argentina 27603 C 614 614
210 Argentina 27604 G 614 614
211 Argentina 27605 T 614 613
212 Argentina 27606 A 614 613
213 Argentina 27607 A 614 613
214 Argentina 27608 A 614 613
215 Argentina 27609 A 613 612
216 Argentina 27610 C 613 612
217 Argentina 27611 A 613 612
218 Argentina 27612 C 613 612
219 Argentina 27613 G 613 612
220 Argentina 27614 T 613 612
221 Argentina 27615 C 613 612
222 Argentina 27616 T 613 612
223 Argentina 27617 A 613 612
224 Argentina 27618 T 613 612
225 Argentina 27619 C 613 612
226 Argentina 27620 A 613 612
227 Argentina 27621 G 613 612
228 Argentina 27622 T 614 613
229 Argentina 27623 T 614 613
230 Argentina 27624 A 614 613
231 Argentina 27625 C 614 613
232 Argentina 27626 G 614 613
233 Argentina 27627 T 614 613
234 Argentina 27628 G 614 613
235 Argentina 27629 C 614 613
236 Argentina 27630 C T 614 612 Ala79Ala
237 Argentina 27631 A 614 613
238 Argentina 27632 G 614 612
239 Argentina 27633 A 614 612
240 Argentina 27634 T 614 612
241 Argentina 27635 C 614 612
242 Argentina 27636 A 614 612
243 Argentina 27637 G 614 612
244 Argentina 27638 T 614 612
245 Argentina 27639 T 614 612
246 Argentina 27640 T 614 612
247 Argentina 27641 C 614 612
248 Argentina 27642 A 614 612
249 Argentina 27643 C 614 612
250 Argentina 27644 C 614 612
251 Argentina 27645 T 614 612
252 Argentina 27646 A 614 613
253 Argentina 27647 A 614 612
254 Argentina 27648 A 614 612
255 Argentina 27649 C 614 612
256 Argentina 27650 T 614 612
257 Argentina 27651 G 614 612
258 Argentina 27652 T 614 612
259 Argentina 27653 T 614 612
260 Argentina 27654 C 614 612
261 Argentina 27655 A 613 611
262 Argentina 27656 T 613 610
263 Argentina 27657 C 613 611
264 Argentina 27658 A 613 611
265 Argentina 27659 G 612 609
266 Argentina 27660 A 612 609
267 Argentina 27661 C 612 610
268 Argentina 27662 A 612 610
269 Argentina 27663 A 612 610
270 Argentina 27664 G 612 610
271 Argentina 27665 A 612 610
272 Argentina 27666 G 612 610
273 Argentina 27667 G 612 611
274 Argentina 27668 A 611 610
275 Argentina 27669 A 611 610
276 Argentina 27670 G 611 610
277 Argentina 27671 T 611 610
278 Argentina 27672 T 611 610
279 Argentina 27673 C 611 610
280 Argentina 27674 A 611 610
281 Argentina 27675 A 611 611
282 Argentina 27676 G 611 611
283 Argentina 27677 A 611 611
284 Argentina 27678 A 611 611
285 Argentina 27679 C T 611 610 Leu96Phe
286 Argentina 27680 T 611 611
287 Argentina 27681 T 611 611
288 Argentina 27682 T 611 611
289 Argentina 27683 A 611 611
290 Argentina 27684 C 611 611
291 Argentina 27685 T 611 611
292 Argentina 27686 C 611 611
293 Argentina 27687 T 611 611
294 Argentina 27688 C T 611 610 Pro99Ser
295 Argentina 27689 C 611 611
296 Argentina 27690 A 611 611
297 Argentina 27691 A 611 611
298 Argentina 27692 T 611 611
299 Argentina 27693 T 611 611
300 Argentina 27694 T 611 611
301 Argentina 27695 T 611 610
302 Argentina 27696 T 611 610
303 Argentina 27697 C 612 611
304 Argentina 27698 T 612 611
305 Argentina 27699 T 612 611
306 Argentina 27700 A 611 610
307 Argentina 27701 T 611 611
308 Argentina 27702 T 611 611
309 Argentina 27703 G 611 611
310 Argentina 27704 T 611 611
311 Argentina 27705 T 611 611
312 Argentina 27706 G 611 611
313 Argentina 27707 C 611 611
314 Argentina 27708 G 610 610
315 Argentina 27709 G 610 610
316 Argentina 27710 C 610 610
317 Argentina 27711 A 610 610
318 Argentina 27712 A 610 610
319 Argentina 27713 T 610 610
320 Argentina 27714 A 610 610
321 Argentina 27715 G 610 610
322 Argentina 27716 T 610 610
323 Argentina 27717 G 610 610
324 Argentina 27718 T 610 610
325 Argentina 27719 T 609 609
326 Argentina 27720 T 609 607
327 Argentina 27721 A G 609 607 Ile110Val
328 Argentina 27722 T 609 609
329 Argentina 27723 A G 608 607 Ile110Met
330 Argentina 27724 A 608 608
331 Argentina 27725 C 608 608
332 Argentina 27726 A 608 608
333 Argentina 27727 C 607 607
334 Argentina 27728 T 607 607
335 Argentina 27729 T 607 607
336 Argentina 27730 T 607 607
337 Argentina 27731 G 607 607
338 Argentina 27732 C 607 607
339 Argentina 27733 T 607 607
340 Argentina 27734 T 607 607
341 Argentina 27735 C 607 607
342 Argentina 27736 A 607 607
343 Argentina 27737 C 607 607
344 Argentina 27738 A 607 607
345 Argentina 27739 C 607 607
346 Argentina 27740 T 607 607
347 Argentina 27741 C T 607 605 Leu116Leu
348 Argentina 27742 A 607 607
349 Argentina 27743 A 607 607
350 Argentina 27744 A 607 607
351 Argentina 27745 A 607 607
352 Argentina 27746 G 607 607
353 Argentina 27747 A 606 606
354 Argentina 27748 A 606 606
355 Argentina 27749 A 606 606
356 Argentina 27750 G 606 606
357 Argentina 27751 A 606 606
358 Argentina 27752 C 606 606
359 Argentina 27753 A 606 606
360 Argentina 27754 G 606 606
361 Argentina 27755 A 606 606
362 Argentina 27756 A 606 606
363 Argentina 27757 T C 606 604 -p.Ter122Argext*?
364 Argentina 27758 G 603 603
365 Argentina 27759 A 603 603