National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C E F G H I K L M P Q R S T V Y
-   118                                  
?                                      
A   6                                  
C   9                                  
E   9                                  
F   3                                  
G   6                                  
H   3                                  
I   9                                  
K   6                                  
L   21                                  
M   3                                  
P   3                                  
Q   3                                  
R   3                                  
S   6                                  
T   15                                  
V   6                                  
Y   7                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Antigua_and_Barbuda 27394 A 1 1
1 Antigua_and_Barbuda 27395 T 1 1
2 Antigua_and_Barbuda 27396 G 1 1
3 Antigua_and_Barbuda 27397 A 1 1
4 Antigua_and_Barbuda 27398 A 1 1
5 Antigua_and_Barbuda 27399 A 1 1
6 Antigua_and_Barbuda 27400 A 1 1
7 Antigua_and_Barbuda 27401 T 1 1
8 Antigua_and_Barbuda 27402 T 1 1
9 Antigua_and_Barbuda 27403 A 1 1
10 Antigua_and_Barbuda 27404 T 1 1
11 Antigua_and_Barbuda 27405 T 1 1
12 Antigua_and_Barbuda 27406 C 1 1
13 Antigua_and_Barbuda 27407 T 1 1
14 Antigua_and_Barbuda 27408 T 1 1
15 Antigua_and_Barbuda 27409 T 1 1
16 Antigua_and_Barbuda 27410 T 1 1
17 Antigua_and_Barbuda 27411 C 1 1
18 Antigua_and_Barbuda 27412 T 1 1
19 Antigua_and_Barbuda 27413 T 1 1
20 Antigua_and_Barbuda 27414 G 1 1
21 Antigua_and_Barbuda 27415 G 1 1
22 Antigua_and_Barbuda 27416 C 1 1
23 Antigua_and_Barbuda 27417 A 1 1
24 Antigua_and_Barbuda 27418 C 1 1
25 Antigua_and_Barbuda 27419 T 1 1
26 Antigua_and_Barbuda 27420 G 1 1
27 Antigua_and_Barbuda 27421 A 1 1
28 Antigua_and_Barbuda 27422 T 1 1
29 Antigua_and_Barbuda 27423 A 1 1
30 Antigua_and_Barbuda 27424 A 1 1
31 Antigua_and_Barbuda 27425 C 1 1
32 Antigua_and_Barbuda 27426 A 1 1
33 Antigua_and_Barbuda 27427 C 1 1
34 Antigua_and_Barbuda 27428 T 1 1
35 Antigua_and_Barbuda 27429 C 1 1
36 Antigua_and_Barbuda 27430 G 1 1
37 Antigua_and_Barbuda 27431 C 1 1
38 Antigua_and_Barbuda 27432 T 1 1
39 Antigua_and_Barbuda 27433 A 1 1
40 Antigua_and_Barbuda 27434 C 1 1
41 Antigua_and_Barbuda 27435 T 1 1
42 Antigua_and_Barbuda 27436 T 1 1
43 Antigua_and_Barbuda 27437 G 1 1
44 Antigua_and_Barbuda 27438 T 1 1
45 Antigua_and_Barbuda 27439 G 1 1
46 Antigua_and_Barbuda 27440 A 1 1
47 Antigua_and_Barbuda 27441 G 1 1
48 Antigua_and_Barbuda 27442 C 1 1
49 Antigua_and_Barbuda 27443 T 1 1
50 Antigua_and_Barbuda 27444 T 1 1
51 Antigua_and_Barbuda 27445 T 1 1
52 Antigua_and_Barbuda 27446 A 1 1
53 Antigua_and_Barbuda 27447 T 1 1
54 Antigua_and_Barbuda 27448 C 1 1
55 Antigua_and_Barbuda 27449 A 1 1
56 Antigua_and_Barbuda 27450 C 1 1
57 Antigua_and_Barbuda 27451 T 1 1
58 Antigua_and_Barbuda 27452 A 1 1
59 Antigua_and_Barbuda 27453 C 1 1
60 Antigua_and_Barbuda 27454 C 1 1
61 Antigua_and_Barbuda 27455 A 1 1
62 Antigua_and_Barbuda 27456 A 1 1
63 Antigua_and_Barbuda 27457 G 1 1
64 Antigua_and_Barbuda 27458 A 1 1
65 Antigua_and_Barbuda 27459 G 1 1
66 Antigua_and_Barbuda 27460 T 1 1
67 Antigua_and_Barbuda 27461 G 1 1
68 Antigua_and_Barbuda 27462 T 1 1
69 Antigua_and_Barbuda 27463 G 1 1
70 Antigua_and_Barbuda 27464 T 1 1
71 Antigua_and_Barbuda 27465 T 1 1
72 Antigua_and_Barbuda 27466 A 1 1
73 Antigua_and_Barbuda 27467 G 1 1
74 Antigua_and_Barbuda 27468 A 1 1
75 Antigua_and_Barbuda 27469 G 1 1
76 Antigua_and_Barbuda 27470 G 1 1
77 Antigua_and_Barbuda 27471 T 1 1
78 Antigua_and_Barbuda 27472 A 1 1
79 Antigua_and_Barbuda 27473 C 1 1
80 Antigua_and_Barbuda 27474 A 1 1
81 Antigua_and_Barbuda 27475 A 1 1
82 Antigua_and_Barbuda 27476 C 1 1
83 Antigua_and_Barbuda 27477 A 1 1
84 Antigua_and_Barbuda 27478 G 1 1
85 Antigua_and_Barbuda 27479 T 1 1
86 Antigua_and_Barbuda 27480 A 1 1
87 Antigua_and_Barbuda 27481 C 1 1
88 Antigua_and_Barbuda 27482 T 1 1
89 Antigua_and_Barbuda 27483 T 1 1
90 Antigua_and_Barbuda 27484 T 1 1
91 Antigua_and_Barbuda 27485 T 1 1
92 Antigua_and_Barbuda 27486 A 1 1
93 Antigua_and_Barbuda 27487 A 1 1
94 Antigua_and_Barbuda 27488 A 1 1
95 Antigua_and_Barbuda 27489 A 1 1
96 Antigua_and_Barbuda 27490 G 1 1
97 Antigua_and_Barbuda 27491 A 1 1
98 Antigua_and_Barbuda 27492 A 1 1
99 Antigua_and_Barbuda 27493 C 1 1
100 Antigua_and_Barbuda 27494 C 1 1
101 Antigua_and_Barbuda 27495 T 1 1
102 Antigua_and_Barbuda 27496 T 1 1
103 Antigua_and_Barbuda 27497 G 1 1
104 Antigua_and_Barbuda 27498 C 1 1
105 Antigua_and_Barbuda 27499 T 1 1
106 Antigua_and_Barbuda 27500 C 1 1
107 Antigua_and_Barbuda 27501 T 1 1
108 Antigua_and_Barbuda 27502 T 1 1
109 Antigua_and_Barbuda 27503 C 1 1
110 Antigua_and_Barbuda 27504 T 1 1
111 Antigua_and_Barbuda 27505 G 1 1
112 Antigua_and_Barbuda 27506 G 1 1
113 Antigua_and_Barbuda 27507 A 1 1
114 Antigua_and_Barbuda 27508 A 1 1
115 Antigua_and_Barbuda 27509 C 1 1
116 Antigua_and_Barbuda 27510 A 1 1
117 Antigua_and_Barbuda 27511 T 1 1