National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     828                                        
?                                              
A     39                                   1    
C     21                                        
D     39             1                          
E     33                                        
F     42                                        
G     42                                   1    
H     24                                        
I     63                                        
K     33                                        
L     90         4                              
M     12                                        
N     24                                        
P     36                                        
Q     27             1                          
R     18                                        
S     66 1                             1        
T     72               1                        
V     76         1         1               1    
W     18   1                                    
Y     51                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Uganda 25393 A 133 133
1 Uganda 25394 T 133 133
2 Uganda 25395 G 133 133
3 Uganda 25396 G 133 133
4 Uganda 25397 A 133 133
5 Uganda 25398 T 133 133
6 Uganda 25399 T 133 133
7 Uganda 25400 T 133 133
8 Uganda 25401 G 133 133
9 Uganda 25402 T 133 133
10 Uganda 25403 T 133 133
11 Uganda 25404 T 133 133
12 Uganda 25405 A 133 133
13 Uganda 25406 T 133 133
14 Uganda 25407 G 133 133
15 Uganda 25408 A 133 133
16 Uganda 25409 G 133 133
17 Uganda 25410 A 133 133
18 Uganda 25411 A 133 133
19 Uganda 25412 T 133 133
20 Uganda 25413 C 133 133
21 Uganda 25414 T 133 133
22 Uganda 25415 T 133 133
23 Uganda 25416 C 133 133
24 Uganda 25417 A 133 133
25 Uganda 25418 C 133 133
26 Uganda 25419 A 133 133
27 Uganda 25420 A 133 133
28 Uganda 25421 T 133 133
29 Uganda 25422 T 133 133
30 Uganda 25423 G 133 133
31 Uganda 25424 G 133 133
32 Uganda 25425 A 133 133
33 Uganda 25426 A 133 133
34 Uganda 25427 C T 133 132 Thr12Ile
35 Uganda 25428 T 133 133
36 Uganda 25429 G T 133 126 Val13Leu
37 Uganda 25430 T 133 133
38 Uganda 25431 A 133 133
39 Uganda 25432 A 133 133
40 Uganda 25433 C 133 133
41 Uganda 25434 T 133 133
42 Uganda 25435 T 133 133
43 Uganda 25436 T 133 133
44 Uganda 25437 G 133 133
45 Uganda 25438 A 133 133
46 Uganda 25439 A 133 133
47 Uganda 25440 G 133 133
48 Uganda 25441 C 133 133
49 Uganda 25442 A 133 133
50 Uganda 25443 A 133 133
51 Uganda 25444 G 133 133
52 Uganda 25445 G 133 133
53 Uganda 25446 T 133 133
54 Uganda 25447 G 133 133
55 Uganda 25448 A 133 133
56 Uganda 25449 A 133 133
57 Uganda 25450 A 133 133
58 Uganda 25451 T 133 133
59 Uganda 25452 C 133 133
60 Uganda 25453 A 133 133
61 Uganda 25454 A 133 133
62 Uganda 25455 G 133 133
63 Uganda 25456 G 133 133
64 Uganda 25457 A 133 133
65 Uganda 25458 T 133 133
66 Uganda 25459 G 133 133
67 Uganda 25460 C T 133 132 Ala23Val
68 Uganda 25461 T 133 133
69 Uganda 25462 A 133 133
70 Uganda 25463 C 133 133
71 Uganda 25464 T 133 133
72 Uganda 25465 C 133 133
73 Uganda 25466 C 133 133
74 Uganda 25467 T 133 133
75 Uganda 25468 T 133 133
76 Uganda 25469 C 133 133
77 Uganda 25470 A 133 133
78 Uganda 25471 G 133 133
79 Uganda 25472 A 133 133
80 Uganda 25473 T 133 133
81 Uganda 25474 T 133 133
82 Uganda 25475 T 133 133
83 Uganda 25476 T 133 133
84 Uganda 25477 G 133 133
85 Uganda 25478 T 133 133
86 Uganda 25479 T 133 133
87 Uganda 25480 C 133 133
88 Uganda 25481 G 133 133
89 Uganda 25482 C 133 133
90 Uganda 25483 G 133 133
91 Uganda 25484 C 133 133
92 Uganda 25485 T 133 133
93 Uganda 25486 A 133 133
94 Uganda 25487 C 133 133
95 Uganda 25488 T 133 133
96 Uganda 25489 G 133 133
97 Uganda 25490 C 133 133
98 Uganda 25491 A 133 133
99 Uganda 25492 A 133 133
100 Uganda 25493 C 133 133
101 Uganda 25494 G 133 133
102 Uganda 25495 A 133 133
103 Uganda 25496 T 133 133
104 Uganda 25497 A 133 133
105 Uganda 25498 C 133 133
106 Uganda 25499 C 133 133
107 Uganda 25500 G 133 133
108 Uganda 25501 A 133 133
109 Uganda 25502 T 133 133
110 Uganda 25503 A 133 133
111 Uganda 25504 C 133 133
112 Uganda 25505 A 133 133
113 Uganda 25506 A 133 133
114 Uganda 25507 G 133 133
115 Uganda 25508 C 133 133
116 Uganda 25509 C 133 133
117 Uganda 25510 T 133 133
118 Uganda 25511 C 133 133
119 Uganda 25512 A 133 133
120 Uganda 25513 C 130 130
121 Uganda 25514 T 130 130
122 Uganda 25515 C 130 130
123 Uganda 25516 C 130 130
124 Uganda 25517 C 130 130
125 Uganda 25518 T 130 130
126 Uganda 25519 T 130 130
127 Uganda 25520 T 130 130
128 Uganda 25521 C 130 130
129 Uganda 25522 G 130 130
130 Uganda 25523 G 130 130
131 Uganda 25524 A 130 130
132 Uganda 25525 T 130 130
133 Uganda 25526 G 130 130
134 Uganda 25527 G 130 130
135 Uganda 25528 C 130 130
136 Uganda 25529 T 130 130
137 Uganda 25530 T 130 130
138 Uganda 25531 A 130 130
139 Uganda 25532 T 130 130
140 Uganda 25533 T 130 130
141 Uganda 25534 G 130 130
142 Uganda 25535 T 130 130
143 Uganda 25536 T 130 130
144 Uganda 25537 G 130 130
145 Uganda 25538 G 130 130
146 Uganda 25539 C 130 130
147 Uganda 25540 G 130 130
148 Uganda 25541 T 130 130
149 Uganda 25542 T 130 130
150 Uganda 25543 G 130 130
151 Uganda 25544 C 130 130
152 Uganda 25545 A 130 130
153 Uganda 25546 C 130 130
154 Uganda 25547 T 130 130
155 Uganda 25548 T 130 130
156 Uganda 25549 C 130 130
157 Uganda 25550 T 130 130
158 Uganda 25551 T 130 130
159 Uganda 25552 G 130 130
160 Uganda 25553 C 130 130
161 Uganda 25554 T 130 130
162 Uganda 25555 G 130 130
163 Uganda 25556 T 130 130
164 Uganda 25557 T 130 130
165 Uganda 25558 T 130 130
166 Uganda 25559 T 130 130
167 Uganda 25560 T 130 130
168 Uganda 25561 C 130 130
169 Uganda 25562 A 130 130
170 Uganda 25563 G T 130 123 Gln57His
171 Uganda 25564 A 130 130
172 Uganda 25565 G 130 130
173 Uganda 25566 C 130 130
174 Uganda 25567 G 130 130
175 Uganda 25568 C 130 130
176 Uganda 25569 T 130 130
177 Uganda 25570 T 130 130
178 Uganda 25571 C 130 130
179 Uganda 25572 C 130 130
180 Uganda 25573 A 133 133
181 Uganda 25574 A 133 133
182 Uganda 25575 A 133 133
183 Uganda 25576 A 133 133
184 Uganda 25577 T 133 133
185 Uganda 25578 C 133 133
186 Uganda 25579 A 133 133
187 Uganda 25580 T 133 133
188 Uganda 25581 A 133 133
189 Uganda 25582 A 133 133
190 Uganda 25583 C 133 133
191 Uganda 25584 C 133 133
192 Uganda 25585 C 133 133
193 Uganda 25586 T 133 133
194 Uganda 25587 C 133 133
195 Uganda 25588 A 133 133
196 Uganda 25589 A 133 133
197 Uganda 25590 A 133 133
198 Uganda 25591 A 133 133
199 Uganda 25592 A 133 133
200 Uganda 25593 G 133 133
201 Uganda 25594 A 133 133
202 Uganda 25595 G 133 133
203 Uganda 25596 A 133 133
204 Uganda 25597 T 133 133
205 Uganda 25598 G 133 133
206 Uganda 25599 G 133 133
207 Uganda 25600 C 133 133
208 Uganda 25601 A 133 133
209 Uganda 25602 A 133 133
210 Uganda 25603 C 133 133
211 Uganda 25604 T 133 133
212 Uganda 25605 A 133 133
213 Uganda 25606 G 133 133
214 Uganda 25607 C 133 133
215 Uganda 25608 A 133 133
216 Uganda 25609 C 133 133
217 Uganda 25610 T 133 133
218 Uganda 25611 C 133 133
219 Uganda 25612 T 133 133
220 Uganda 25613 C 133 133
221 Uganda 25614 C T 133 132 Ser74Ser
222 Uganda 25615 A 133 133
223 Uganda 25616 A 133 133
224 Uganda 25617 G 133 133
225 Uganda 25618 G 133 133
226 Uganda 25619 G 133 133
227 Uganda 25620 T 133 133
228 Uganda 25621 G T 133 132 Val77Phe
229 Uganda 25622 T 133 133
230 Uganda 25623 T 133 133
231 Uganda 25624 C 133 133
232 Uganda 25625 A 133 133
233 Uganda 25626 C 133 133
234 Uganda 25627 T 133 133
235 Uganda 25628 T 133 133
236 Uganda 25629 T 133 133
237 Uganda 25630 G 133 133
238 Uganda 25631 T 133 133
239 Uganda 25632 T 133 133
240 Uganda 25633 T 133 133
241 Uganda 25634 G 133 133
242 Uganda 25635 C 133 133
243 Uganda 25636 A 133 133
244 Uganda 25637 A 133 133
245 Uganda 25638 C 133 133
246 Uganda 25639 T 133 133
247 Uganda 25640 T 133 133
248 Uganda 25641 G 133 133
249 Uganda 25642 C 133 133
250 Uganda 25643 T 133 133
251 Uganda 25644 G 133 133
252 Uganda 25645 T 133 133
253 Uganda 25646 T 133 133
254 Uganda 25647 G 133 133
255 Uganda 25648 T 133 133
256 Uganda 25649 T 133 133
257 Uganda 25650 G 133 133
258 Uganda 25651 T 133 133
259 Uganda 25652 T 133 133
260 Uganda 25653 T 133 133
261 Uganda 25654 G 133 133
262 Uganda 25655 T 133 133
263 Uganda 25656 A 133 133
264 Uganda 25657 A 133 133
265 Uganda 25658 C 133 133
266 Uganda 25659 A 133 133
267 Uganda 25660 G 133 133
268 Uganda 25661 T 133 133
269 Uganda 25662 T 133 133
270 Uganda 25663 T 133 133
271 Uganda 25664 A 133 133
272 Uganda 25665 C 133 133
273 Uganda 25666 T 133 133
274 Uganda 25667 C 133 133
275 Uganda 25668 A 133 133
276 Uganda 25669 C 133 133
277 Uganda 25670 A 133 133
278 Uganda 25671 C 133 133
279 Uganda 25672 C T 133 132 Leu94Phe
280 Uganda 25673 T 133 133
281 Uganda 25674 T 133 133
282 Uganda 25675 T 133 133
283 Uganda 25676 T 133 133
284 Uganda 25677 G 133 133
285 Uganda 25678 C 133 133
286 Uganda 25679 T 133 133
287 Uganda 25680 C 133 133
288 Uganda 25681 G 133 133
289 Uganda 25682 T 133 133
290 Uganda 25683 T 133 133
291 Uganda 25684 G 133 133
292 Uganda 25685 C 133 133
293 Uganda 25686 T 133 133
294 Uganda 25687 G 133 133
295 Uganda 25688 C 133 133
296 Uganda 25689 T 133 133
297 Uganda 25690 G 133 133
298 Uganda 25691 G 133 133
299 Uganda 25692 C 133 133
300 Uganda 25693 C 133 133
301 Uganda 25694 T 133 133
302 Uganda 25695 T 133 133
303 Uganda 25696 G 133 133
304 Uganda 25697 A 133 133
305 Uganda 25698 A 133 133
306 Uganda 25699 G 133 133
307 Uganda 25700 C 133 133
308 Uganda 25701 C 133 133
309 Uganda 25702 C 133 133
310 Uganda 25703 C 133 133
311 Uganda 25704 T 133 133
312 Uganda 25705 T 133 133
313 Uganda 25706 T 133 133
314 Uganda 25707 T 133 133
315 Uganda 25708 C 133 133
316 Uganda 25709 T 133 133
317 Uganda 25710 C 133 133
318 Uganda 25711 T 133 133
319 Uganda 25712 A 133 133
320 Uganda 25713 T 133 133
321 Uganda 25714 C 133 133
322 Uganda 25715 T 133 133
323 Uganda 25716 T 133 133
324 Uganda 25717 T 133 133
325 Uganda 25718 A 133 133
326 Uganda 25719 T 133 133
327 Uganda 25720 G 133 133
328 Uganda 25721 C 133 133
329 Uganda 25722 T 133 133
330 Uganda 25723 T 133 133
331 Uganda 25724 T 133 133
332 Uganda 25725 A 133 133
333 Uganda 25726 G 133 133
334 Uganda 25727 T 133 133
335 Uganda 25728 C T 133 131 Val112Val
336 Uganda 25729 T 133 133
337 Uganda 25730 A 133 133
338 Uganda 25731 C 133 133
339 Uganda 25732 T 133 133
340 Uganda 25733 T 133 133
341 Uganda 25734 C 133 133
342 Uganda 25735 T 133 133
343 Uganda 25736 T 133 133
344 Uganda 25737 G 133 133
345 Uganda 25738 C 133 133
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347 Uganda 25740 G 133 133
348 Uganda 25741 A 133 133
349 Uganda 25742 G 133 133
350 Uganda 25743 T 133 133
351 Uganda 25744 A 133 133
352 Uganda 25745 T 133 133
353 Uganda 25746 A 133 133
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357 Uganda 25750 T 133 133
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359 Uganda 25752 T 133 133
360 Uganda 25753 G 133 133
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379 Uganda 25772 T 133 133
380 Uganda 25773 T 133 133
381 Uganda 25774 T 133 133
382 Uganda 25775 G 133 133
383 Uganda 25776 G 133 133
384 Uganda 25777 C T 133 132 Leu129Phe
385 Uganda 25778 T 133 133
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388 Uganda 25781 G 133 133
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393 Uganda 25786 A 133 133
394 Uganda 25787 A 133 133
395 Uganda 25788 A 133 133
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399 Uganda 25792 C 133 133
400 Uganda 25793 G 133 133
401 Uganda 25794 T 133 133
402 Uganda 25795 T 133 133
403 Uganda 25796 C 133 133
404 Uganda 25797 C 133 133
405 Uganda 25798 A 133 133
406 Uganda 25799 A 133 133
407 Uganda 25800 A 133 133
408 Uganda 25801 A 133 133
409 Uganda 25802 A 133 133
410 Uganda 25803 C 133 133
411 Uganda 25804 C 133 133
412 Uganda 25805 C 133 133
413 Uganda 25806 A 133 133
414 Uganda 25807 T 133 133
415 Uganda 25808 T 133 133
416 Uganda 25809 A 133 133
417 Uganda 25810 C T 133 132 Leu140Phe
418 Uganda 25811 T 133 133
419 Uganda 25812 T 133 133
420 Uganda 25813 T 133 133
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423 Uganda 25816 G C 133 127 Asp142His
424 Uganda 25817 A 133 133
425 Uganda 25818 T 133 133
426 Uganda 25819 G 133 132
427 Uganda 25820 C 133 132
428 Uganda 25821 C 133 132
429 Uganda 25822 A 133 133
430 Uganda 25823 A 133 133
431 Uganda 25824 C 133 133
432 Uganda 25825 T 133 133
433 Uganda 25826 A 133 133
434 Uganda 25827 T 133 133
435 Uganda 25828 T 133 133
436 Uganda 25829 T 133 133
437 Uganda 25830 T 133 133
438 Uganda 25831 C 133 133
439 Uganda 25832 T 133 133
440 Uganda 25833 T 133 133
441 Uganda 25834 T 133 133
442 Uganda 25835 G 133 133
443 Uganda 25836 C 133 133
444 Uganda 25837 T 133 133
445 Uganda 25838 G 133 133
446 Uganda 25839 G 133 133
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454 Uganda 25847 A 133 133
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465 Uganda 25858 T 133 133
466 Uganda 25859 A 133 133
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484 Uganda 25877 G 133 133
485 Uganda 25878 T 133 133
486 Uganda 25879 G 133 133
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489 Uganda 25882 A 133 133
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511 Uganda 25904 C 133 133
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550 Uganda 25943 A 133 133
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552 Uganda 25945 C 133 133
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559 Uganda 25952 G 133 133
560 Uganda 25953 T 133 133
561 Uganda 25954 G 133 133
562 Uganda 25955 G 133 133
563 Uganda 25956 T 133 133
564 Uganda 25957 T 133 133
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566 Uganda 25959 T 133 133
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625 Uganda 26018 C 133 133
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630 Uganda 26023 T 133 133
631 Uganda 26024 A 133 133
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696 Uganda 26089 T 133 133
697 Uganda 26090 A 133 133
698 Uganda 26091 C 133 133
699 Uganda 26092 A 133 133
700 Uganda 26093 A 133 133
701 Uganda 26094 T 133 133
702 Uganda 26095 A 133 132
703 Uganda 26096 A 133 133
704 Uganda 26097 A 133 133
705 Uganda 26098 A 133 133
706 Uganda 26099 T 133 133
707 Uganda 26100 T 133 133
708 Uganda 26101 G 133 133
709 Uganda 26102 T 133 133
710 Uganda 26103 T 133 133
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712 Uganda 26105 A 133 133
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740 Uganda 26133 C 133 133
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751 Uganda 26144 G T 133 125 Gly251Val
752 Uganda 26145 T 133 133
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