National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     828                                        
?                                              
A     39                                 1 1    
C     21                                        
D     39     1                                 1
E     33                 1                      
F     42         1                         1    
G     42   2                                    
H     24             1             1            
I     63                   1                    
K     33                                        
L     90         2         2                    
M     12                                        
N     24                                        
P     36                                        
Q     27             1                          
R     18                                        
S     66                                        
T     72               1                 1      
V     76               2                        
W     18   1                                    
Y     51                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Tunisia 25393 A 77 77
1 Tunisia 25394 T 77 77
2 Tunisia 25395 G 77 77
3 Tunisia 25396 G 77 77
4 Tunisia 25397 A 77 77
5 Tunisia 25398 T 77 77
6 Tunisia 25399 T 77 77
7 Tunisia 25400 T 77 77
8 Tunisia 25401 G 77 77
9 Tunisia 25402 T 77 77
10 Tunisia 25403 T 77 77
11 Tunisia 25404 T 77 77
12 Tunisia 25405 A 77 77
13 Tunisia 25406 T 77 77
14 Tunisia 25407 G 77 77
15 Tunisia 25408 A 77 77
16 Tunisia 25409 G 77 77
17 Tunisia 25410 A 77 77
18 Tunisia 25411 A C 77 76 Ile7Leu
19 Tunisia 25412 T 77 77
20 Tunisia 25413 C 77 77
21 Tunisia 25414 T 77 77
22 Tunisia 25415 T 77 77
23 Tunisia 25416 C 77 77
24 Tunisia 25417 A 77 77
25 Tunisia 25418 C 77 77
26 Tunisia 25419 A 77 77
27 Tunisia 25420 A 77 77
28 Tunisia 25421 T 77 77
29 Tunisia 25422 T 77 77
30 Tunisia 25423 G 77 77
31 Tunisia 25424 G 77 77
32 Tunisia 25425 A 77 77
33 Tunisia 25426 A 77 77
34 Tunisia 25427 C 77 77
35 Tunisia 25428 T 77 77
36 Tunisia 25429 G A 77 76 Val13Ile
37 Tunisia 25430 T 77 77
38 Tunisia 25431 A 77 77
39 Tunisia 25432 A 77 77
40 Tunisia 25433 C 77 77
41 Tunisia 25434 T 77 77
42 Tunisia 25435 T 77 77
43 Tunisia 25436 T 77 77
44 Tunisia 25437 G 77 77
45 Tunisia 25438 A 77 77
46 Tunisia 25439 A 77 77
47 Tunisia 25440 G 77 77
48 Tunisia 25441 C 77 77
49 Tunisia 25442 A 77 77
50 Tunisia 25443 A 77 77
51 Tunisia 25444 G 77 77
52 Tunisia 25445 G 77 77
53 Tunisia 25446 T 77 77
54 Tunisia 25447 G 77 77
55 Tunisia 25448 A 77 77
56 Tunisia 25449 A 77 77
57 Tunisia 25450 A 77 77
58 Tunisia 25451 T 77 77
59 Tunisia 25452 C 77 77
60 Tunisia 25453 A 77 77
61 Tunisia 25454 A 77 77
62 Tunisia 25455 G 77 77
63 Tunisia 25456 G 77 77
64 Tunisia 25457 A 77 77
65 Tunisia 25458 T 77 77
66 Tunisia 25459 G 77 77
67 Tunisia 25460 C 77 77
68 Tunisia 25461 T 77 77
69 Tunisia 25462 A 77 77
70 Tunisia 25463 C 77 77
71 Tunisia 25464 T 77 77
72 Tunisia 25465 C 77 77
73 Tunisia 25466 C 77 77
74 Tunisia 25467 T 77 77
75 Tunisia 25468 T 77 77
76 Tunisia 25469 C 77 77
77 Tunisia 25470 A 77 77
78 Tunisia 25471 G 77 77
79 Tunisia 25472 A 77 77
80 Tunisia 25473 T C 77 76 Asp27Asp
81 Tunisia 25474 T 77 77
82 Tunisia 25475 T 77 77
83 Tunisia 25476 T 77 77
84 Tunisia 25477 G 77 77
85 Tunisia 25478 T 77 77
86 Tunisia 25479 T 77 77
87 Tunisia 25480 C 77 77
88 Tunisia 25481 G 77 77
89 Tunisia 25482 C 77 77
90 Tunisia 25483 G 77 77
91 Tunisia 25484 C 77 77
92 Tunisia 25485 T 77 77
93 Tunisia 25486 A 77 77
94 Tunisia 25487 C 77 77
95 Tunisia 25488 T 77 77
96 Tunisia 25489 G 77 77
97 Tunisia 25490 C 77 77
98 Tunisia 25491 A 77 77
99 Tunisia 25492 A 77 77
100 Tunisia 25493 C 77 77
101 Tunisia 25494 G 77 77
102 Tunisia 25495 A 77 77
103 Tunisia 25496 T 77 77
104 Tunisia 25497 A 77 77
105 Tunisia 25498 C 77 77
106 Tunisia 25499 C 77 77
107 Tunisia 25500 G 77 77
108 Tunisia 25501 A 77 77
109 Tunisia 25502 T 77 77
110 Tunisia 25503 A 77 77
111 Tunisia 25504 C 77 77
112 Tunisia 25505 A 77 77
113 Tunisia 25506 A 77 77
114 Tunisia 25507 G A 77 76 Ala39Thr
115 Tunisia 25508 C 77 77
116 Tunisia 25509 C 77 77
117 Tunisia 25510 T 77 77
118 Tunisia 25511 C 77 77
119 Tunisia 25512 A 77 77
120 Tunisia 25513 C 77 77
121 Tunisia 25514 T 77 77
122 Tunisia 25515 C 77 77
123 Tunisia 25516 C 77 77
124 Tunisia 25517 C 77 77
125 Tunisia 25518 T 77 77
126 Tunisia 25519 T 77 77
127 Tunisia 25520 T 77 77
128 Tunisia 25521 C 77 77
129 Tunisia 25522 G 77 77
130 Tunisia 25523 G 77 77
131 Tunisia 25524 A 77 77
132 Tunisia 25525 T 77 77
133 Tunisia 25526 G 77 77
134 Tunisia 25527 G 77 77
135 Tunisia 25528 C 77 77
136 Tunisia 25529 T 77 77
137 Tunisia 25530 T 77 77
138 Tunisia 25531 A 77 77
139 Tunisia 25532 T 77 77
140 Tunisia 25533 T 77 77
141 Tunisia 25534 G 77 77
142 Tunisia 25535 T 77 77
143 Tunisia 25536 T 77 77
144 Tunisia 25537 G 77 77
145 Tunisia 25538 G 77 77
146 Tunisia 25539 C 77 77
147 Tunisia 25540 G 77 77
148 Tunisia 25541 T 77 77
149 Tunisia 25542 T 77 77
150 Tunisia 25543 G 77 77
151 Tunisia 25544 C 77 77
152 Tunisia 25545 A 77 77
153 Tunisia 25546 C 77 77
154 Tunisia 25547 T 77 77
155 Tunisia 25548 T 77 77
156 Tunisia 25549 C 77 77
157 Tunisia 25550 T 77 77
158 Tunisia 25551 T 77 77
159 Tunisia 25552 G 77 77
160 Tunisia 25553 C 77 77
161 Tunisia 25554 T 77 77
162 Tunisia 25555 G 77 77
163 Tunisia 25556 T 77 77
164 Tunisia 25557 T 77 77
165 Tunisia 25558 T 77 77
166 Tunisia 25559 T 77 77
167 Tunisia 25560 T 77 77
168 Tunisia 25561 C 77 77
169 Tunisia 25562 A 77 77
170 Tunisia 25563 G T 77 44 Gln57His
171 Tunisia 25564 A 77 77
172 Tunisia 25565 G 77 77
173 Tunisia 25566 C 77 77
174 Tunisia 25567 G 77 77
175 Tunisia 25568 C 77 77
176 Tunisia 25569 T 77 77
177 Tunisia 25570 T 77 77
178 Tunisia 25571 C 77 77
179 Tunisia 25572 C 77 77
180 Tunisia 25573 A 77 77
181 Tunisia 25574 A 77 77
182 Tunisia 25575 A 77 77
183 Tunisia 25576 A 77 77
184 Tunisia 25577 T 77 77
185 Tunisia 25578 C 77 77
186 Tunisia 25579 A 77 77
187 Tunisia 25580 T 77 77
188 Tunisia 25581 A 77 77
189 Tunisia 25582 A 77 77
190 Tunisia 25583 C 77 77
191 Tunisia 25584 C 77 77
192 Tunisia 25585 C 77 77
193 Tunisia 25586 T 77 77
194 Tunisia 25587 C T 77 76 Leu65Leu
195 Tunisia 25588 A 77 77
196 Tunisia 25589 A 77 77
197 Tunisia 25590 A 77 77
198 Tunisia 25591 A 77 77
199 Tunisia 25592 A 77 77
200 Tunisia 25593 G 77 77
201 Tunisia 25594 A 77 77
202 Tunisia 25595 G 77 77
203 Tunisia 25596 A 77 77
204 Tunisia 25597 T 77 77
205 Tunisia 25598 G 77 77
206 Tunisia 25599 G 77 77
207 Tunisia 25600 C 77 77
208 Tunisia 25601 A 77 77
209 Tunisia 25602 A 77 77
210 Tunisia 25603 C 77 77
211 Tunisia 25604 T 77 77
212 Tunisia 25605 A 77 77
213 Tunisia 25606 G 77 77
214 Tunisia 25607 C 77 77
215 Tunisia 25608 A 77 77
216 Tunisia 25609 C 77 77
217 Tunisia 25610 T 77 77
218 Tunisia 25611 C 77 77
219 Tunisia 25612 T 77 77
220 Tunisia 25613 C 77 77
221 Tunisia 25614 C 77 77
222 Tunisia 25615 A 77 77
223 Tunisia 25616 A 77 77
224 Tunisia 25617 G 77 77
225 Tunisia 25618 G 77 77
226 Tunisia 25619 G 77 77
227 Tunisia 25620 T 77 77
228 Tunisia 25621 G 77 77
229 Tunisia 25622 T 77 77
230 Tunisia 25623 T 77 77
231 Tunisia 25624 C 77 77
232 Tunisia 25625 A 77 77
233 Tunisia 25626 C T,A 77 72 His78Gln-p.His78His
234 Tunisia 25627 T 77 77
235 Tunisia 25628 T 77 77
236 Tunisia 25629 T 77 77
237 Tunisia 25630 G 77 77
238 Tunisia 25631 T 77 77
239 Tunisia 25632 T 77 77
240 Tunisia 25633 T 77 77
241 Tunisia 25634 G 77 77
242 Tunisia 25635 C 77 77
243 Tunisia 25636 A 77 77
244 Tunisia 25637 A 77 77
245 Tunisia 25638 C 77 77
246 Tunisia 25639 T 77 77
247 Tunisia 25640 T 77 77
248 Tunisia 25641 G 77 77
249 Tunisia 25642 C 77 77
250 Tunisia 25643 T 77 77
251 Tunisia 25644 G 77 77
252 Tunisia 25645 T 77 77
253 Tunisia 25646 T 77 77
254 Tunisia 25647 G T 77 75 Leu85Phe
255 Tunisia 25648 T 77 77
256 Tunisia 25649 T 77 77
257 Tunisia 25650 G 77 77
258 Tunisia 25651 T 77 77
259 Tunisia 25652 T 77 77
260 Tunisia 25653 T 77 77
261 Tunisia 25654 G 77 77
262 Tunisia 25655 T 77 77
263 Tunisia 25656 A 77 77
264 Tunisia 25657 A 77 77
265 Tunisia 25658 C 77 77
266 Tunisia 25659 A 77 77
267 Tunisia 25660 G 77 77
268 Tunisia 25661 T 77 77
269 Tunisia 25662 T 77 77
270 Tunisia 25663 T 77 77
271 Tunisia 25664 A 77 77
272 Tunisia 25665 C 77 77
273 Tunisia 25666 T 77 77
274 Tunisia 25667 C 77 77
275 Tunisia 25668 A 77 77
276 Tunisia 25669 C 77 77
277 Tunisia 25670 A 77 77
278 Tunisia 25671 C 77 77
279 Tunisia 25672 C 77 77
280 Tunisia 25673 T 77 77
281 Tunisia 25674 T 77 77
282 Tunisia 25675 T 77 77
283 Tunisia 25676 T 77 77
284 Tunisia 25677 G 77 77
285 Tunisia 25678 C 77 77
286 Tunisia 25679 T 77 77
287 Tunisia 25680 C 77 77
288 Tunisia 25681 G A 77 76 Val97Ile
289 Tunisia 25682 T 77 77
290 Tunisia 25683 T 77 77
291 Tunisia 25684 G 77 77
292 Tunisia 25685 C 77 77
293 Tunisia 25686 T 77 77
294 Tunisia 25687 G 77 77
295 Tunisia 25688 C T 77 76 Ala99Val
296 Tunisia 25689 T 77 77
297 Tunisia 25690 G T 77 76 Gly100Cys
298 Tunisia 25691 G 77 77
299 Tunisia 25692 C 77 77
300 Tunisia 25693 C T 77 76 Leu101Phe
301 Tunisia 25694 T 77 77
302 Tunisia 25695 T 77 77
303 Tunisia 25696 G 77 77
304 Tunisia 25697 A 77 77
305 Tunisia 25698 A 77 77
306 Tunisia 25699 G 77 77
307 Tunisia 25700 C 77 77
308 Tunisia 25701 C 77 77
309 Tunisia 25702 C 77 77
310 Tunisia 25703 C 77 77
311 Tunisia 25704 T 77 77
312 Tunisia 25705 T 77 77
313 Tunisia 25706 T 77 77
314 Tunisia 25707 T 77 77
315 Tunisia 25708 C 77 77
316 Tunisia 25709 T 77 77
317 Tunisia 25710 C T 77 61 Leu106Leu
318 Tunisia 25711 T 77 77
319 Tunisia 25712 A 77 77
320 Tunisia 25713 T 77 77
321 Tunisia 25714 C 77 77
322 Tunisia 25715 T 77 77
323 Tunisia 25716 T 77 77
324 Tunisia 25717 T 77 77
325 Tunisia 25718 A 77 77
326 Tunisia 25719 T 77 77
327 Tunisia 25720 G 77 77
328 Tunisia 25721 C 77 77
329 Tunisia 25722 T 77 77
330 Tunisia 25723 T 77 77
331 Tunisia 25724 T 77 77
332 Tunisia 25725 A 77 77
333 Tunisia 25726 G 77 77
334 Tunisia 25727 T 77 77
335 Tunisia 25728 C 77 77
336 Tunisia 25729 T 77 77
337 Tunisia 25730 A 77 77
338 Tunisia 25731 C 77 77
339 Tunisia 25732 T 77 77
340 Tunisia 25733 T 77 77
341 Tunisia 25734 C T 77 76 Phe114Phe
342 Tunisia 25735 T 77 77
343 Tunisia 25736 T 77 77
344 Tunisia 25737 G 77 77
345 Tunisia 25738 C 77 77
346 Tunisia 25739 A 77 77
347 Tunisia 25740 G 77 77
348 Tunisia 25741 A 77 77
349 Tunisia 25742 G 77 77
350 Tunisia 25743 T 77 77
351 Tunisia 25744 A 77 77
352 Tunisia 25745 T 77 77
353 Tunisia 25746 A 77 77
354 Tunisia 25747 A 77 77
355 Tunisia 25748 A 77 77
356 Tunisia 25749 C 77 77
357 Tunisia 25750 T 77 77
358 Tunisia 25751 T 77 77
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