National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     828                                        
?                                              
A     39                               1        
C     21                                        
D     39                                        
E     33                                        
F     42         1                              
G     42                                   1    
H     24                                        
I     63                     1                  
K     33                                        
L     90                   1         1          
M     12                                 1      
N     24                                        
P     36                                        
Q     27             1                          
R     18                                        
S     66                                        
T     72                                        
V     76         1                              
W     18                                        
Y     51             1                         1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 25393 A 59 59
1 Sri_Lanka 25394 T 59 59
2 Sri_Lanka 25395 G 59 59
3 Sri_Lanka 25396 G 59 59
4 Sri_Lanka 25397 A 59 59
5 Sri_Lanka 25398 T 59 59
6 Sri_Lanka 25399 T 59 59
7 Sri_Lanka 25400 T 59 59
8 Sri_Lanka 25401 G 59 59
9 Sri_Lanka 25402 T 59 59
10 Sri_Lanka 25403 T 59 59
11 Sri_Lanka 25404 T 59 59
12 Sri_Lanka 25405 A 59 59
13 Sri_Lanka 25406 T 59 59
14 Sri_Lanka 25407 G 59 59
15 Sri_Lanka 25408 A 59 59
16 Sri_Lanka 25409 G 59 59
17 Sri_Lanka 25410 A 59 59
18 Sri_Lanka 25411 A 59 59
19 Sri_Lanka 25412 T 59 59
20 Sri_Lanka 25413 C 59 59
21 Sri_Lanka 25414 T 59 59
22 Sri_Lanka 25415 T 59 59
23 Sri_Lanka 25416 C 59 59
24 Sri_Lanka 25417 A 59 59
25 Sri_Lanka 25418 C 59 59
26 Sri_Lanka 25419 A 59 59
27 Sri_Lanka 25420 A 59 59
28 Sri_Lanka 25421 T 59 59
29 Sri_Lanka 25422 T 59 59
30 Sri_Lanka 25423 G 59 59
31 Sri_Lanka 25424 G 59 59
32 Sri_Lanka 25425 A 59 59
33 Sri_Lanka 25426 A 59 59
34 Sri_Lanka 25427 C 59 59
35 Sri_Lanka 25428 T 59 59
36 Sri_Lanka 25429 G 59 59
37 Sri_Lanka 25430 T 59 59
38 Sri_Lanka 25431 A 59 59
39 Sri_Lanka 25432 A 59 59
40 Sri_Lanka 25433 C 59 59
41 Sri_Lanka 25434 T 59 59
42 Sri_Lanka 25435 T 59 59
43 Sri_Lanka 25436 T 59 59
44 Sri_Lanka 25437 G 59 59
45 Sri_Lanka 25438 A 59 59
46 Sri_Lanka 25439 A 59 59
47 Sri_Lanka 25440 G 59 59
48 Sri_Lanka 25441 C 59 59
49 Sri_Lanka 25442 A 59 59
50 Sri_Lanka 25443 A 59 59
51 Sri_Lanka 25444 G 59 59
52 Sri_Lanka 25445 G 59 59
53 Sri_Lanka 25446 T 59 59
54 Sri_Lanka 25447 G 59 59
55 Sri_Lanka 25448 A 59 59
56 Sri_Lanka 25449 A 59 59
57 Sri_Lanka 25450 A 59 59
58 Sri_Lanka 25451 T 59 59
59 Sri_Lanka 25452 C 59 59
60 Sri_Lanka 25453 A 59 59
61 Sri_Lanka 25454 A 59 59
62 Sri_Lanka 25455 G 59 59
63 Sri_Lanka 25456 G 59 59
64 Sri_Lanka 25457 A 59 59
65 Sri_Lanka 25458 T 59 59
66 Sri_Lanka 25459 G 59 59
67 Sri_Lanka 25460 C 59 59
68 Sri_Lanka 25461 T 59 59
69 Sri_Lanka 25462 A 59 59
70 Sri_Lanka 25463 C 59 59
71 Sri_Lanka 25464 T 59 59
72 Sri_Lanka 25465 C 59 59
73 Sri_Lanka 25466 C 59 59
74 Sri_Lanka 25467 T 59 59
75 Sri_Lanka 25468 T 59 59
76 Sri_Lanka 25469 C 59 59
77 Sri_Lanka 25470 A 59 59
78 Sri_Lanka 25471 G 59 59
79 Sri_Lanka 25472 A 59 59
80 Sri_Lanka 25473 T 59 59
81 Sri_Lanka 25474 T 59 59
82 Sri_Lanka 25475 T 59 59
83 Sri_Lanka 25476 T 59 59
84 Sri_Lanka 25477 G 59 59
85 Sri_Lanka 25478 T 59 59
86 Sri_Lanka 25479 T 59 59
87 Sri_Lanka 25480 C 59 59
88 Sri_Lanka 25481 G 59 59
89 Sri_Lanka 25482 C 59 59
90 Sri_Lanka 25483 G 59 59
91 Sri_Lanka 25484 C 59 59
92 Sri_Lanka 25485 T 59 59
93 Sri_Lanka 25486 A 59 54
94 Sri_Lanka 25487 C 59 53
95 Sri_Lanka 25488 T 59 53
96 Sri_Lanka 25489 G 59 53
97 Sri_Lanka 25490 C 59 53
98 Sri_Lanka 25491 A 59 53
99 Sri_Lanka 25492 A 59 54
100 Sri_Lanka 25493 C 59 54
101 Sri_Lanka 25494 G 59 54
102 Sri_Lanka 25495 A 59 53
103 Sri_Lanka 25496 T 59 54
104 Sri_Lanka 25497 A 59 54
105 Sri_Lanka 25498 C 59 54
106 Sri_Lanka 25499 C 59 54
107 Sri_Lanka 25500 G 59 54
108 Sri_Lanka 25501 A 59 54
109 Sri_Lanka 25502 T 59 55
110 Sri_Lanka 25503 A 59 59
111 Sri_Lanka 25504 C 59 59
112 Sri_Lanka 25505 A 59 59
113 Sri_Lanka 25506 A 59 59
114 Sri_Lanka 25507 G 59 59
115 Sri_Lanka 25508 C 59 59
116 Sri_Lanka 25509 C 59 59
117 Sri_Lanka 25510 T 59 59
118 Sri_Lanka 25511 C 59 59
119 Sri_Lanka 25512 A 59 59
120 Sri_Lanka 25513 C 59 59
121 Sri_Lanka 25514 T 59 59
122 Sri_Lanka 25515 C 59 59
123 Sri_Lanka 25516 C 59 59
124 Sri_Lanka 25517 C 59 59
125 Sri_Lanka 25518 T 59 59
126 Sri_Lanka 25519 T 59 59
127 Sri_Lanka 25520 T 59 59
128 Sri_Lanka 25521 C T 59 55 Phe43Phe
129 Sri_Lanka 25522 G 59 59
130 Sri_Lanka 25523 G 59 59
131 Sri_Lanka 25524 A 59 59
132 Sri_Lanka 25525 T 59 59
133 Sri_Lanka 25526 G 59 59
134 Sri_Lanka 25527 G 59 59
135 Sri_Lanka 25528 C 59 59
136 Sri_Lanka 25529 T 59 59
137 Sri_Lanka 25530 T 59 59
138 Sri_Lanka 25531 A 59 59
139 Sri_Lanka 25532 T 59 59
140 Sri_Lanka 25533 T 59 59
141 Sri_Lanka 25534 G 59 59
142 Sri_Lanka 25535 T 59 59
143 Sri_Lanka 25536 T 59 59
144 Sri_Lanka 25537 G 59 59
145 Sri_Lanka 25538 G 59 59
146 Sri_Lanka 25539 C 59 59
147 Sri_Lanka 25540 G 59 59
148 Sri_Lanka 25541 T 59 59
149 Sri_Lanka 25542 T 59 59
150 Sri_Lanka 25543 G 59 59
151 Sri_Lanka 25544 C 59 59
152 Sri_Lanka 25545 A 59 59
153 Sri_Lanka 25546 C 59 59
154 Sri_Lanka 25547 T 59 59
155 Sri_Lanka 25548 T 59 59
156 Sri_Lanka 25549 C 59 59
157 Sri_Lanka 25550 T 59 59
158 Sri_Lanka 25551 T 59 59
159 Sri_Lanka 25552 G 59 59
160 Sri_Lanka 25553 C 59 59
161 Sri_Lanka 25554 T 59 59
162 Sri_Lanka 25555 G 59 59
163 Sri_Lanka 25556 T 59 59
164 Sri_Lanka 25557 T 59 59
165 Sri_Lanka 25558 T 59 59
166 Sri_Lanka 25559 T 59 59
167 Sri_Lanka 25560 T 59 59
168 Sri_Lanka 25561 C 59 59
169 Sri_Lanka 25562 A 59 59
170 Sri_Lanka 25563 G T 59 20 Gln57His
171 Sri_Lanka 25564 A 59 59
172 Sri_Lanka 25565 G 59 59
173 Sri_Lanka 25566 C 59 59
174 Sri_Lanka 25567 G 59 59
175 Sri_Lanka 25568 C 59 59
176 Sri_Lanka 25569 T 59 59
177 Sri_Lanka 25570 T 59 59
178 Sri_Lanka 25571 C 59 59
179 Sri_Lanka 25572 C 59 59
180 Sri_Lanka 25573 A 59 59
181 Sri_Lanka 25574 A 59 59
182 Sri_Lanka 25575 A 59 59
183 Sri_Lanka 25576 A 59 59
184 Sri_Lanka 25577 T 59 59
185 Sri_Lanka 25578 C 59 59
186 Sri_Lanka 25579 A 59 59
187 Sri_Lanka 25580 T 59 59
188 Sri_Lanka 25581 A 59 59
189 Sri_Lanka 25582 A 59 59
190 Sri_Lanka 25583 C 59 59
191 Sri_Lanka 25584 C 59 59
192 Sri_Lanka 25585 C 59 59
193 Sri_Lanka 25586 T 59 59
194 Sri_Lanka 25587 C 59 59
195 Sri_Lanka 25588 A 59 59
196 Sri_Lanka 25589 A 59 59
197 Sri_Lanka 25590 A 59 59
198 Sri_Lanka 25591 A 59 59
199 Sri_Lanka 25592 A 59 59
200 Sri_Lanka 25593 G 59 59
201 Sri_Lanka 25594 A 59 59
202 Sri_Lanka 25595 G 59 59
203 Sri_Lanka 25596 A 59 59
204 Sri_Lanka 25597 T 59 59
205 Sri_Lanka 25598 G 59 59
206 Sri_Lanka 25599 G 59 59
207 Sri_Lanka 25600 C 59 59
208 Sri_Lanka 25601 A 59 59
209 Sri_Lanka 25602 A 59 59
210 Sri_Lanka 25603 C T 59 58 Leu71Leu
211 Sri_Lanka 25604 T 59 59
212 Sri_Lanka 25605 A 59 59
213 Sri_Lanka 25606 G 59 59
214 Sri_Lanka 25607 C 59 59
215 Sri_Lanka 25608 A 59 59
216 Sri_Lanka 25609 C 59 59
217 Sri_Lanka 25610 T 59 59
218 Sri_Lanka 25611 C 59 59
219 Sri_Lanka 25612 T 59 59
220 Sri_Lanka 25613 C 59 59
221 Sri_Lanka 25614 C 59 59
222 Sri_Lanka 25615 A 59 59
223 Sri_Lanka 25616 A 59 59
224 Sri_Lanka 25617 G 59 59
225 Sri_Lanka 25618 G 59 59
226 Sri_Lanka 25619 G 59 59
227 Sri_Lanka 25620 T 59 59
228 Sri_Lanka 25621 G 59 59
229 Sri_Lanka 25622 T 59 59
230 Sri_Lanka 25623 T 59 59
231 Sri_Lanka 25624 C 59 59
232 Sri_Lanka 25625 A 59 59
233 Sri_Lanka 25626 C 59 59
234 Sri_Lanka 25627 T 59 59
235 Sri_Lanka 25628 T 59 59
236 Sri_Lanka 25629 T 59 59
237 Sri_Lanka 25630 G 59 59
238 Sri_Lanka 25631 T 59 59
239 Sri_Lanka 25632 T 59 59
240 Sri_Lanka 25633 T 59 59
241 Sri_Lanka 25634 G 59 59
242 Sri_Lanka 25635 C 59 59
243 Sri_Lanka 25636 A 59 59
244 Sri_Lanka 25637 A 59 58
245 Sri_Lanka 25638 C 59 57
246 Sri_Lanka 25639 T 59 57
247 Sri_Lanka 25640 T 59 57
248 Sri_Lanka 25641 G 59 57
249 Sri_Lanka 25642 C 59 57
250 Sri_Lanka 25643 T 59 57
251 Sri_Lanka 25644 G 59 56
252 Sri_Lanka 25645 T 59 56
253 Sri_Lanka 25646 T 59 56
254 Sri_Lanka 25647 G 59 56
255 Sri_Lanka 25648 T 59 56
256 Sri_Lanka 25649 T 59 56
257 Sri_Lanka 25650 G 59 56
258 Sri_Lanka 25651 T 59 56
259 Sri_Lanka 25652 T 59 56
260 Sri_Lanka 25653 T 59 56
261 Sri_Lanka 25654 G 59 56
262 Sri_Lanka 25655 T 59 56
263 Sri_Lanka 25656 A 59 56
264 Sri_Lanka 25657 A 59 56
265 Sri_Lanka 25658 C 59 56
266 Sri_Lanka 25659 A 59 56
267 Sri_Lanka 25660 G T 59 53 Val90Phe
268 Sri_Lanka 25661 T 59 56
269 Sri_Lanka 25662 T 59 56
270 Sri_Lanka 25663 T 59 56
271 Sri_Lanka 25664 A 59 59
272 Sri_Lanka 25665 C 59 59
273 Sri_Lanka 25666 T 59 59
274 Sri_Lanka 25667 C 59 59
275 Sri_Lanka 25668 A 59 59
276 Sri_Lanka 25669 C 59 59
277 Sri_Lanka 25670 A 59 59
278 Sri_Lanka 25671 C 59 59
279 Sri_Lanka 25672 C 59 59
280 Sri_Lanka 25673 T 59 59
281 Sri_Lanka 25674 T 59 59
282 Sri_Lanka 25675 T 59 59
283 Sri_Lanka 25676 T 59 59
284 Sri_Lanka 25677 G 59 59
285 Sri_Lanka 25678 C 59 59
286 Sri_Lanka 25679 T 59 59
287 Sri_Lanka 25680 C 59 59
288 Sri_Lanka 25681 G 59 59
289 Sri_Lanka 25682 T 59 59
290 Sri_Lanka 25683 T 59 59
291 Sri_Lanka 25684 G T 59 58 Ala98Ser
292 Sri_Lanka 25685 C 59 59
293 Sri_Lanka 25686 T 59 59
294 Sri_Lanka 25687 G 59 59
295 Sri_Lanka 25688 C 59 59
296 Sri_Lanka 25689 T 59 59
297 Sri_Lanka 25690 G 59 59
298 Sri_Lanka 25691 G 59 59
299 Sri_Lanka 25692 C 59 59
300 Sri_Lanka 25693 C 59 59
301 Sri_Lanka 25694 T 59 59
302 Sri_Lanka 25695 T 59 59
303 Sri_Lanka 25696 G 59 59
304 Sri_Lanka 25697 A 59 59
305 Sri_Lanka 25698 A 59 59
306 Sri_Lanka 25699 G 59 59
307 Sri_Lanka 25700 C 59 59
308 Sri_Lanka 25701 C 59 59
309 Sri_Lanka 25702 C 59 59
310 Sri_Lanka 25703 C 59 59
311 Sri_Lanka 25704 T 59 59
312 Sri_Lanka 25705 T 59 59
313 Sri_Lanka 25706 T 59 59
314 Sri_Lanka 25707 T 59 59
315 Sri_Lanka 25708 C 59 59
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