National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     828                                        
?                                              
A     39                               2   3    
C     21                                        
D     39     2                             1   1
E     33                                        
F     42                               1        
G     42   1                               1    
H     24                                        
I     63               5     1           1      
K     33       1                                
L     90         2         2     1              
M     12                                        
N     24                       2                
P     36                               2        
Q     27             1   1         1            
R     18                             1          
S     66                   1     1              
T     72               2                 1      
V     76 1       1         1                    
W     18                                        
Y 1   51         1                              

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 25393 A 931 931
1 Saudi_Arabia 25394 T 931 931
2 Saudi_Arabia 25395 G 931 931
3 Saudi_Arabia 25396 G 931 931
4 Saudi_Arabia 25397 A 931 931
5 Saudi_Arabia 25398 T 931 931
6 Saudi_Arabia 25399 T 931 931
7 Saudi_Arabia 25400 T 931 931
8 Saudi_Arabia 25401 G 931 931
9 Saudi_Arabia 25402 T 931 931
10 Saudi_Arabia 25403 T 931 931
11 Saudi_Arabia 25404 T 931 931
12 Saudi_Arabia 25405 A 931 931
13 Saudi_Arabia 25406 T 931 931
14 Saudi_Arabia 25407 G 931 931
15 Saudi_Arabia 25408 A 931 931
16 Saudi_Arabia 25409 G 931 931
17 Saudi_Arabia 25410 A 931 931
18 Saudi_Arabia 25411 A 931 931
19 Saudi_Arabia 25412 T 931 931
20 Saudi_Arabia 25413 C A,T 931 928 Ile7Ile-p.Ile7Ile
21 Saudi_Arabia 25414 T 931 931
22 Saudi_Arabia 25415 T 931 931
23 Saudi_Arabia 25416 C 931 931
24 Saudi_Arabia 25417 A 931 931
25 Saudi_Arabia 25418 C 931 931
26 Saudi_Arabia 25419 A 931 931
27 Saudi_Arabia 25420 A 931 931
28 Saudi_Arabia 25421 T 931 931
29 Saudi_Arabia 25422 T 931 931
30 Saudi_Arabia 25423 G 931 931
31 Saudi_Arabia 25424 G 931 931
32 Saudi_Arabia 25425 A 931 931
33 Saudi_Arabia 25426 A 931 931
34 Saudi_Arabia 25427 C 931 931
35 Saudi_Arabia 25428 T 931 931
36 Saudi_Arabia 25429 G T 931 930 Val13Leu
37 Saudi_Arabia 25430 T 931 931
38 Saudi_Arabia 25431 A 931 931
39 Saudi_Arabia 25432 A 931 931
40 Saudi_Arabia 25433 C 931 931
41 Saudi_Arabia 25434 T 931 931
42 Saudi_Arabia 25435 T 931 931
43 Saudi_Arabia 25436 T 931 931
44 Saudi_Arabia 25437 G 931 931
45 Saudi_Arabia 25438 A 931 931
46 Saudi_Arabia 25439 A 931 931
47 Saudi_Arabia 25440 G 931 931
48 Saudi_Arabia 25441 C 931 931
49 Saudi_Arabia 25442 A 931 931
50 Saudi_Arabia 25443 A 931 931
51 Saudi_Arabia 25444 G 931 931
52 Saudi_Arabia 25445 G 931 931
53 Saudi_Arabia 25446 T 931 931
54 Saudi_Arabia 25447 G 931 931
55 Saudi_Arabia 25448 A 931 931
56 Saudi_Arabia 25449 A 931 931
57 Saudi_Arabia 25450 A 931 931
58 Saudi_Arabia 25451 T 931 931
59 Saudi_Arabia 25452 C T 931 930 Ile20Ile
60 Saudi_Arabia 25453 A 931 931
61 Saudi_Arabia 25454 A 931 931
62 Saudi_Arabia 25455 G 931 931
63 Saudi_Arabia 25456 G 931 931
64 Saudi_Arabia 25457 A 931 931
65 Saudi_Arabia 25458 T 931 931
66 Saudi_Arabia 25459 G 931 931
67 Saudi_Arabia 25460 C 931 931
68 Saudi_Arabia 25461 T 931 931
69 Saudi_Arabia 25462 A 931 931
70 Saudi_Arabia 25463 C 931 931
71 Saudi_Arabia 25464 T 931 931
72 Saudi_Arabia 25465 C 931 931
73 Saudi_Arabia 25466 C 931 931
74 Saudi_Arabia 25467 T 931 931
75 Saudi_Arabia 25468 T 931 931
76 Saudi_Arabia 25469 C 931 931
77 Saudi_Arabia 25470 A 931 931
78 Saudi_Arabia 25471 G 931 931
79 Saudi_Arabia 25472 A T 931 930 Asp27Val
80 Saudi_Arabia 25473 T 931 931
81 Saudi_Arabia 25474 T 931 931
82 Saudi_Arabia 25475 T 931 931
83 Saudi_Arabia 25476 T 931 931
84 Saudi_Arabia 25477 G 931 931
85 Saudi_Arabia 25478 T 931 931
86 Saudi_Arabia 25479 T 931 931
87 Saudi_Arabia 25480 C 931 931
88 Saudi_Arabia 25481 G 931 931
89 Saudi_Arabia 25482 C T 931 930 Arg30Arg
90 Saudi_Arabia 25483 G 931 931
91 Saudi_Arabia 25484 C 931 931
92 Saudi_Arabia 25485 T 931 931
93 Saudi_Arabia 25486 A 931 931
94 Saudi_Arabia 25487 C 931 931
95 Saudi_Arabia 25488 T 931 931
96 Saudi_Arabia 25489 G 931 931
97 Saudi_Arabia 25490 C 931 931
98 Saudi_Arabia 25491 A 931 931
99 Saudi_Arabia 25492 A 931 931
100 Saudi_Arabia 25493 C 931 931
101 Saudi_Arabia 25494 G T 931 930 Thr34Thr
102 Saudi_Arabia 25495 A 931 931
103 Saudi_Arabia 25496 T C 931 930 Ile35Thr
104 Saudi_Arabia 25497 A 931 931
105 Saudi_Arabia 25498 C 931 931
106 Saudi_Arabia 25499 C 931 931
107 Saudi_Arabia 25500 G 931 931
108 Saudi_Arabia 25501 A 931 931
109 Saudi_Arabia 25502 T 931 931
110 Saudi_Arabia 25503 A 931 931
111 Saudi_Arabia 25504 C 931 931
112 Saudi_Arabia 25505 A 931 931
113 Saudi_Arabia 25506 A 931 931
114 Saudi_Arabia 25507 G 931 931
115 Saudi_Arabia 25508 C 931 931
116 Saudi_Arabia 25509 C 931 931
117 Saudi_Arabia 25510 T 931 931
118 Saudi_Arabia 25511 C 931 931
119 Saudi_Arabia 25512 A 931 931
120 Saudi_Arabia 25513 C 931 931
121 Saudi_Arabia 25514 T C 931 930 Leu41Pro
122 Saudi_Arabia 25515 C T 931 930 Leu41Leu
123 Saudi_Arabia 25516 C 931 931
124 Saudi_Arabia 25517 C 931 931
125 Saudi_Arabia 25518 T 931 931
126 Saudi_Arabia 25519 T 931 931
127 Saudi_Arabia 25520 T 931 931
128 Saudi_Arabia 25521 C 931 931
129 Saudi_Arabia 25522 G 931 931
130 Saudi_Arabia 25523 G 931 931
131 Saudi_Arabia 25524 A 931 931
132 Saudi_Arabia 25525 T 931 931
133 Saudi_Arabia 25526 G 931 931
134 Saudi_Arabia 25527 G 931 931
135 Saudi_Arabia 25528 C 931 931
136 Saudi_Arabia 25529 T 931 931
137 Saudi_Arabia 25530 T 931 931
138 Saudi_Arabia 25531 A 931 931
139 Saudi_Arabia 25532 T 931 931
140 Saudi_Arabia 25533 T 931 931
141 Saudi_Arabia 25534 G 931 931
142 Saudi_Arabia 25535 T 931 931
143 Saudi_Arabia 25536 T 931 931
144 Saudi_Arabia 25537 G 931 931
145 Saudi_Arabia 25538 G 931 931
146 Saudi_Arabia 25539 C 931 931
147 Saudi_Arabia 25540 G 931 931
148 Saudi_Arabia 25541 T 931 931
149 Saudi_Arabia 25542 T 931 931
150 Saudi_Arabia 25543 G T 931 927 Ala51Ser
151 Saudi_Arabia 25544 C 931 931
152 Saudi_Arabia 25545 A 931 931
153 Saudi_Arabia 25546 C 931 931
154 Saudi_Arabia 25547 T 931 931
155 Saudi_Arabia 25548 T 931 931
156 Saudi_Arabia 25549 C 931 931
157 Saudi_Arabia 25550 T 931 931
158 Saudi_Arabia 25551 T C 931 930 Leu53Leu
159 Saudi_Arabia 25552 G 931 931
160 Saudi_Arabia 25553 C T 931 918 Ala54Val
161 Saudi_Arabia 25554 T 931 931
162 Saudi_Arabia 25555 G 931 931
163 Saudi_Arabia 25556 T 931 931
164 Saudi_Arabia 25557 T 931 931
165 Saudi_Arabia 25558 T 931 931
166 Saudi_Arabia 25559 T 931 931
167 Saudi_Arabia 25560 T 931 931
168 Saudi_Arabia 25561 C 931 931
169 Saudi_Arabia 25562 A 931 931
170 Saudi_Arabia 25563 G T 931 255 Gln57His
171 Saudi_Arabia 25564 A 931 931
172 Saudi_Arabia 25565 G 931 931
173 Saudi_Arabia 25566 C 931 931
174 Saudi_Arabia 25567 G 931 931
175 Saudi_Arabia 25568 C 931 931
176 Saudi_Arabia 25569 T 931 931
177 Saudi_Arabia 25570 T 931 931
178 Saudi_Arabia 25571 C 931 931
179 Saudi_Arabia 25572 C 931 931
180 Saudi_Arabia 25573 A 931 931
181 Saudi_Arabia 25574 A 931 931
182 Saudi_Arabia 25575 A 931 931
183 Saudi_Arabia 25576 A 931 931
184 Saudi_Arabia 25577 T 931 931
185 Saudi_Arabia 25578 C G,T 931 926 Ile62Met-p.Ile62Ile
186 Saudi_Arabia 25579 A 931 931
187 Saudi_Arabia 25580 T 931 931
188 Saudi_Arabia 25581 A 931 931
189 Saudi_Arabia 25582 A 931 931
190 Saudi_Arabia 25583 C 931 931
191 Saudi_Arabia 25584 C 931 931
192 Saudi_Arabia 25585 C 931 931
193 Saudi_Arabia 25586 T 931 931
194 Saudi_Arabia 25587 C 931 931
195 Saudi_Arabia 25588 A 931 931
196 Saudi_Arabia 25589 A 931 931
197 Saudi_Arabia 25590 A 931 931
198 Saudi_Arabia 25591 A 931 931
199 Saudi_Arabia 25592 A 931 931
200 Saudi_Arabia 25593 G 931 931
201 Saudi_Arabia 25594 A 931 931
202 Saudi_Arabia 25595 G 931 931
203 Saudi_Arabia 25596 A 931 931
204 Saudi_Arabia 25597 T 931 931
205 Saudi_Arabia 25598 G 931 931
206 Saudi_Arabia 25599 G 931 931
207 Saudi_Arabia 25600 C 931 931
208 Saudi_Arabia 25601 A 931 931
209 Saudi_Arabia 25602 A 931 931
210 Saudi_Arabia 25603 C 931 931
211 Saudi_Arabia 25604 T 931 931
212 Saudi_Arabia 25605 A 931 931
213 Saudi_Arabia 25606 G 931 931
214 Saudi_Arabia 25607 C 931 931
215 Saudi_Arabia 25608 A 931 931
216 Saudi_Arabia 25609 C 931 931
217 Saudi_Arabia 25610 T 931 931
218 Saudi_Arabia 25611 C 931 931
219 Saudi_Arabia 25612 T 931 931
220 Saudi_Arabia 25613 C 931 931
221 Saudi_Arabia 25614 C 931 931
222 Saudi_Arabia 25615 A G 931 929 Lys75Glu
223 Saudi_Arabia 25616 A 931 931
224 Saudi_Arabia 25617 G 931 931
225 Saudi_Arabia 25618 G 931 931
226 Saudi_Arabia 25619 G 931 931
227 Saudi_Arabia 25620 T 931 931
228 Saudi_Arabia 25621 G 931 931
229 Saudi_Arabia 25622 T 931 931
230 Saudi_Arabia 25623 T 931 931
231 Saudi_Arabia 25624 C 931 931
232 Saudi_Arabia 25625 A 931 931
233 Saudi_Arabia 25626 C 931 931
234 Saudi_Arabia 25627 T 931 931
235 Saudi_Arabia 25628 T 931 931
236 Saudi_Arabia 25629 T 931 931
237 Saudi_Arabia 25630 G 931 931
238 Saudi_Arabia 25631 T 931 931
239 Saudi_Arabia 25632 T 931 931
240 Saudi_Arabia 25633 T 931 931
241 Saudi_Arabia 25634 G 931 931
242 Saudi_Arabia 25635 C 931 931
243 Saudi_Arabia 25636 A 931 931
244 Saudi_Arabia 25637 A 931 931
245 Saudi_Arabia 25638 C 931 931
246 Saudi_Arabia 25639 T 931 931
247 Saudi_Arabia 25640 T 931 931
248 Saudi_Arabia 25641 G 931 931
249 Saudi_Arabia 25642 C 931 931
250 Saudi_Arabia 25643 T 931 931
251 Saudi_Arabia 25644 G 931 931
252 Saudi_Arabia 25645 T 931 931
253 Saudi_Arabia 25646 T 931 931
254 Saudi_Arabia 25647 G 931 931
255 Saudi_Arabia 25648 T 931 931
256 Saudi_Arabia 25649 T 931 931
257 Saudi_Arabia 25650 G 931 931
258 Saudi_Arabia 25651 T 931 931
259 Saudi_Arabia 25652 T 931 931
260 Saudi_Arabia 25653 T 931 931
261 Saudi_Arabia 25654 G 931 931
262 Saudi_Arabia 25655 T C 931 930 Val88Ala
263 Saudi_Arabia 25656 A 931 931
264 Saudi_Arabia 25657 A 931 931
265 Saudi_Arabia 25658 C 931 931
266 Saudi_Arabia 25659 A 931 931
267 Saudi_Arabia 25660 G 931 931
268 Saudi_Arabia 25661 T 931 931
269 Saudi_Arabia 25662 T 931 931
270 Saudi_Arabia 25663 T 931 931
271 Saudi_Arabia 25664 A 931 931
272 Saudi_Arabia 25665 C 931 931
273 Saudi_Arabia 25666 T 931 931
274 Saudi_Arabia 25667 C 931 931
275 Saudi_Arabia 25668 A 931 931
276 Saudi_Arabia 25669 C 931 931
277 Saudi_Arabia 25670 A 931 931
278 Saudi_Arabia 25671 C 931 931
279 Saudi_Arabia 25672 C 931 931
280 Saudi_Arabia 25673 T 931 931
281 Saudi_Arabia 25674 T 931 931
282 Saudi_Arabia 25675 T 931 930
283 Saudi_Arabia 25676 T 928 927
284 Saudi_Arabia 25677 G 928 927
285 Saudi_Arabia 25678 C 928 927
286 Saudi_Arabia 25679 T 928 927
287 Saudi_Arabia 25680 C 928 927
288 Saudi_Arabia 25681 G 928 927
289 Saudi_Arabia 25682 T 928 927
290 Saudi_Arabia 25683 T 928 927
291 Saudi_Arabia 25684 G 928 927
292 Saudi_Arabia 25685 C T 928 926 Ala98Val
293 Saudi_Arabia 25686 T 928 927
294 Saudi_Arabia 25687 G T 928 926 Ala99Ser
295 Saudi_Arabia 25688 C 928 927
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329 Saudi_Arabia 25722 T 928 928
330 Saudi_Arabia 25723 T 928 928
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354 Saudi_Arabia 25747 A 940 940
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604 Saudi_Arabia 25997 T 868 858
605 Saudi_Arabia 25998 A 867 856
606 Saudi_Arabia 25999 T 867 856
607 Saudi_Arabia 26000 T 867 856
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609 Saudi_Arabia 26002 C 866 855
610 Saudi_Arabia 26003 A 866 855
611 Saudi_Arabia 26004 C 866 855
612 Saudi_Arabia 26005 A 866 855
613 Saudi_Arabia 26006 G 866 855
614 Saudi_Arabia 26007 T 866 855
615 Saudi_Arabia 26008 T 866 855
616 Saudi_Arabia 26009 A 866 855
617 Saudi_Arabia 26010 C 866 855
618 Saudi_Arabia 26011 T 866 856
619 Saudi_Arabia 26012 T 866 856
620 Saudi_Arabia 26013 C 866 856
621 Saudi_Arabia 26014 A 866 856
622 Saudi_Arabia 26015 C 866 865
623 Saudi_Arabia 26016 T 866 865
624 Saudi_Arabia 26017 T 866 865
625 Saudi_Arabia 26018 C 866 865
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643 Saudi_Arabia 26036 A 866 865
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645 Saudi_Arabia 26038 T C 866 864 Ser216Pro
646 Saudi_Arabia 26039 C 866 865
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650 Saudi_Arabia 26043 T 866 866
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653 Saudi_Arabia 26046 A 866 866
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705 Saudi_Arabia 26098 A 865 865
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709 Saudi_Arabia 26102 T 865 865
710 Saudi_Arabia 26103 T 865 865
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715 Saudi_Arabia 26108 A 865 865
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730 Saudi_Arabia 26123 T 865 865
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735 Saudi_Arabia 26128 A 865 865
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737 Saudi_Arabia 26130 T 865 865
738 Saudi_Arabia 26131 C 865 865
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740 Saudi_Arabia 26133 C 865 865
741 Saudi_Arabia 26134 A 865 865
742 Saudi_Arabia 26135 C 865 865
743 Saudi_Arabia 26136 A 865 865
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751 Saudi_Arabia 26144 G T 865 864 Gly251Val
752 Saudi_Arabia 26145 T 865 865
753 Saudi_Arabia 26146 T 865 865
754 Saudi_Arabia 26147 C 865 865
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775 Saudi_Arabia 26168 T 856 856
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777 Saudi_Arabia 26170 A 856 856
778 Saudi_Arabia 26171 T 856 856
779 Saudi_Arabia 26172 G 856 856
780 Saudi_Arabia 26173 G 856 856
781 Saudi_Arabia 26174 A 856 856
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809 Saudi_Arabia 26202 T 856 856
810 Saudi_Arabia 26203 A 856 856
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812 Saudi_Arabia 26205 T 855 855
813 Saudi_Arabia 26206 A 855 855
814 Saudi_Arabia 26207 G 855 855
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816 Saudi_Arabia 26209 G 855 855
817 Saudi_Arabia 26210 T 855 855
818 Saudi_Arabia 26211 G 855 855
819 Saudi_Arabia 26212 C 855 855
820 Saudi_Arabia 26213 C 855 855
821 Saudi_Arabia 26214 T 855 855
822 Saudi_Arabia 26215 T 855 855
823 Saudi_Arabia 26216 T 855 855
824 Saudi_Arabia 26217 G 855 855
825 Saudi_Arabia 26218 T 855 855
826 Saudi_Arabia 26219 A 855 855
827 Saudi_Arabia 26220 A 855 855