National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D F G I L M N P Q R S T V Y
*     2                                
-     117                                
?                                      
A     6                             2  
C     3   1                            
D     3                                
F     12                                
G     3         1                      
I     9                                
L     12                                
M     6           1                    
N     16                                
P     3                         1      
Q     3                                
R     6   1                            
S     6                                
T     6                                
V     12                                
Y     9                                

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 29558 A 944 944
1 Saudi_Arabia 29559 T 944 944
2 Saudi_Arabia 29560 G 944 944
3 Saudi_Arabia 29561 G 944 944
4 Saudi_Arabia 29562 G 944 944
5 Saudi_Arabia 29563 C T 944 942 Gly2Gly
6 Saudi_Arabia 29564 T 944 944
7 Saudi_Arabia 29565 A 944 944
8 Saudi_Arabia 29566 T 944 944
9 Saudi_Arabia 29567 A 944 944
10 Saudi_Arabia 29568 T 944 944
11 Saudi_Arabia 29569 A 944 944
12 Saudi_Arabia 29570 A 944 944
13 Saudi_Arabia 29571 A 944 944
14 Saudi_Arabia 29572 C 944 944
15 Saudi_Arabia 29573 G 944 944
16 Saudi_Arabia 29574 T 944 944
17 Saudi_Arabia 29575 T 944 944
18 Saudi_Arabia 29576 T 944 944
19 Saudi_Arabia 29577 T 944 944
20 Saudi_Arabia 29578 C 944 944
21 Saudi_Arabia 29579 G 944 944
22 Saudi_Arabia 29580 C T 944 942 Ala8Val
23 Saudi_Arabia 29581 T 944 944
24 Saudi_Arabia 29582 T 944 944
25 Saudi_Arabia 29583 T 944 944
26 Saudi_Arabia 29584 T 944 944
27 Saudi_Arabia 29585 C T 944 943 Pro10Ser
28 Saudi_Arabia 29586 C 944 944
29 Saudi_Arabia 29587 G 944 944
30 Saudi_Arabia 29588 T 944 944
31 Saudi_Arabia 29589 T 944 944
32 Saudi_Arabia 29590 T 944 944
33 Saudi_Arabia 29591 A 944 944
34 Saudi_Arabia 29592 C 944 944
35 Saudi_Arabia 29593 G 944 944
36 Saudi_Arabia 29594 A 944 944
37 Saudi_Arabia 29595 T 944 944
38 Saudi_Arabia 29596 A 944 944
39 Saudi_Arabia 29597 T 944 944
40 Saudi_Arabia 29598 A 944 944
41 Saudi_Arabia 29599 T 944 944
42 Saudi_Arabia 29600 A 944 944
43 Saudi_Arabia 29601 G 944 944
44 Saudi_Arabia 29602 T 944 944
45 Saudi_Arabia 29603 C 944 944
46 Saudi_Arabia 29604 T 944 944
47 Saudi_Arabia 29605 A 944 944
48 Saudi_Arabia 29606 C 944 944
49 Saudi_Arabia 29607 T 944 944
50 Saudi_Arabia 29608 C 944 944
51 Saudi_Arabia 29609 T 944 944
52 Saudi_Arabia 29610 T 944 944
53 Saudi_Arabia 29611 G 944 944
54 Saudi_Arabia 29612 T 944 944
55 Saudi_Arabia 29613 G 944 944
56 Saudi_Arabia 29614 C T 944 943 Cys19Cys
57 Saudi_Arabia 29615 A 944 944
58 Saudi_Arabia 29616 G 944 944
59 Saudi_Arabia 29617 A 944 944
60 Saudi_Arabia 29618 A 944 944
61 Saudi_Arabia 29619 T 944 944
62 Saudi_Arabia 29620 G C 944 943 Met21Ile
63 Saudi_Arabia 29621 A 944 944
64 Saudi_Arabia 29622 A 944 944
65 Saudi_Arabia 29623 T 944 944
66 Saudi_Arabia 29624 T 944 944
67 Saudi_Arabia 29625 C 944 944
68 Saudi_Arabia 29626 T 944 944
69 Saudi_Arabia 29627 C T 944 942 Arg24Cys
70 Saudi_Arabia 29628 G 944 944
71 Saudi_Arabia 29629 T 944 944
72 Saudi_Arabia 29630 A 944 944
73 Saudi_Arabia 29631 A 944 944
74 Saudi_Arabia 29632 C 944 944
75 Saudi_Arabia 29633 T 944 944
76 Saudi_Arabia 29634 A 944 944
77 Saudi_Arabia 29635 C 944 944
78 Saudi_Arabia 29636 A 944 944
79 Saudi_Arabia 29637 T 944 944
80 Saudi_Arabia 29638 A 944 944
81 Saudi_Arabia 29639 G 944 944
82 Saudi_Arabia 29640 C T 944 943 Ala28Val
83 Saudi_Arabia 29641 A 944 944
84 Saudi_Arabia 29642 C 944 944
85 Saudi_Arabia 29643 A 944 944
86 Saudi_Arabia 29644 A 944 944
87 Saudi_Arabia 29645 G 944 944
88 Saudi_Arabia 29646 T 944 944
89 Saudi_Arabia 29647 A 944 944
90 Saudi_Arabia 29648 G 944 944
91 Saudi_Arabia 29649 A 944 944
92 Saudi_Arabia 29650 T 944 944
93 Saudi_Arabia 29651 G 944 944
94 Saudi_Arabia 29652 T 944 944
95 Saudi_Arabia 29653 A 944 944
96 Saudi_Arabia 29654 G 944 944
97 Saudi_Arabia 29655 T 944 944
98 Saudi_Arabia 29656 T 944 944
99 Saudi_Arabia 29657 A 944 944
100 Saudi_Arabia 29658 A 944 944
101 Saudi_Arabia 29659 C 944 944
102 Saudi_Arabia 29660 T 944 944
103 Saudi_Arabia 29661 T 944 944
104 Saudi_Arabia 29662 T 944 944
105 Saudi_Arabia 29663 A 944 944
106 Saudi_Arabia 29664 A 944 944
107 Saudi_Arabia 29665 T 944 944
108 Saudi_Arabia 29666 C 944 944
109 Saudi_Arabia 29667 T 944 944
110 Saudi_Arabia 29668 C 944 944
111 Saudi_Arabia 29669 A 944 944
112 Saudi_Arabia 29670 C 944 944
113 Saudi_Arabia 29671 A 944 944
114 Saudi_Arabia 29672 T 944 944
115 Saudi_Arabia 29673 A 944 944
116 Saudi_Arabia 29674 G 944 944