National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D F G I L M N P Q R S T V Y
*     2                                
-     117                                
?                                      
A     6                                
C     3                                
D     3                                
F     12                                
G     3                                
I     9                                
L     12                                
M     6                                
N     16                                
P     3                         1      
Q     3                                
R     6                                
S     6                                
T     6                                
V     12             1                  
Y     9                                

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Hong_Kong 29558 A 277 277
1 Hong_Kong 29559 T 277 277
2 Hong_Kong 29560 G 277 277
3 Hong_Kong 29561 G 277 277
4 Hong_Kong 29562 G 277 277
5 Hong_Kong 29563 C 277 277
6 Hong_Kong 29564 T 277 277
7 Hong_Kong 29565 A 277 277
8 Hong_Kong 29566 T 277 277
9 Hong_Kong 29567 A 277 277
10 Hong_Kong 29568 T 277 277
11 Hong_Kong 29569 A 277 277
12 Hong_Kong 29570 A 277 277
13 Hong_Kong 29571 A 277 277
14 Hong_Kong 29572 C 277 277
15 Hong_Kong 29573 G 277 277
16 Hong_Kong 29574 T 277 277
17 Hong_Kong 29575 T 277 277
18 Hong_Kong 29576 T 277 277
19 Hong_Kong 29577 T 277 277
20 Hong_Kong 29578 C 277 277
21 Hong_Kong 29579 G 277 277
22 Hong_Kong 29580 C 277 277
23 Hong_Kong 29581 T 277 277
24 Hong_Kong 29582 T 277 277
25 Hong_Kong 29583 T 277 277
26 Hong_Kong 29584 T 277 277
27 Hong_Kong 29585 C T 277 276 Pro10Ser
28 Hong_Kong 29586 C 277 277
29 Hong_Kong 29587 G 277 277
30 Hong_Kong 29588 T 277 277
31 Hong_Kong 29589 T 277 277
32 Hong_Kong 29590 T 277 277
33 Hong_Kong 29591 A 277 277
34 Hong_Kong 29592 C 277 277
35 Hong_Kong 29593 G 277 277
36 Hong_Kong 29594 A 277 277
37 Hong_Kong 29595 T 277 277
38 Hong_Kong 29596 A 277 277
39 Hong_Kong 29597 T 277 277
40 Hong_Kong 29598 A 277 277
41 Hong_Kong 29599 T 277 277
42 Hong_Kong 29600 A 277 277
43 Hong_Kong 29601 G 277 277
44 Hong_Kong 29602 T 277 277
45 Hong_Kong 29603 C 277 277
46 Hong_Kong 29604 T 277 277
47 Hong_Kong 29605 A 277 277
48 Hong_Kong 29606 C 277 277
49 Hong_Kong 29607 T 277 277
50 Hong_Kong 29608 C 277 277
51 Hong_Kong 29609 T 277 277
52 Hong_Kong 29610 T 277 277
53 Hong_Kong 29611 G 277 277
54 Hong_Kong 29612 T 277 277
55 Hong_Kong 29613 G 277 277
56 Hong_Kong 29614 C 277 277
57 Hong_Kong 29615 A 277 277
58 Hong_Kong 29616 G 277 277
59 Hong_Kong 29617 A 277 277
60 Hong_Kong 29618 A 277 277
61 Hong_Kong 29619 T 277 277
62 Hong_Kong 29620 G 277 277
63 Hong_Kong 29621 A 277 277
64 Hong_Kong 29622 A 277 277
65 Hong_Kong 29623 T 277 277
66 Hong_Kong 29624 T 277 277
67 Hong_Kong 29625 C 277 277
68 Hong_Kong 29626 T 277 277
69 Hong_Kong 29627 C 277 277
70 Hong_Kong 29628 G 277 277
71 Hong_Kong 29629 T 277 277
72 Hong_Kong 29630 A 277 277
73 Hong_Kong 29631 A 277 277
74 Hong_Kong 29632 C 277 277
75 Hong_Kong 29633 T 277 277
76 Hong_Kong 29634 A 277 277
77 Hong_Kong 29635 C 277 277
78 Hong_Kong 29636 A 277 277
79 Hong_Kong 29637 T 277 277
80 Hong_Kong 29638 A 277 277
81 Hong_Kong 29639 G 277 277
82 Hong_Kong 29640 C 277 277
83 Hong_Kong 29641 A 277 277
84 Hong_Kong 29642 C 277 277
85 Hong_Kong 29643 A 277 277
86 Hong_Kong 29644 A 277 277
87 Hong_Kong 29645 G T 277 270 Val30Leu
88 Hong_Kong 29646 T 277 277
89 Hong_Kong 29647 A 277 277
90 Hong_Kong 29648 G 277 277
91 Hong_Kong 29649 A 277 277
92 Hong_Kong 29650 T 277 277
93 Hong_Kong 29651 G 277 277
94 Hong_Kong 29652 T 277 277
95 Hong_Kong 29653 A 277 277
96 Hong_Kong 29654 G 277 277
97 Hong_Kong 29655 T 277 277
98 Hong_Kong 29656 T 277 277
99 Hong_Kong 29657 A 277 277
100 Hong_Kong 29658 A 277 277
101 Hong_Kong 29659 C 277 277
102 Hong_Kong 29660 T 277 277
103 Hong_Kong 29661 T 277 277
104 Hong_Kong 29662 T 277 277
105 Hong_Kong 29663 A 277 277
106 Hong_Kong 29664 A 277 277
107 Hong_Kong 29665 T 277 277
108 Hong_Kong 29666 C 275 275
109 Hong_Kong 29667 T 275 275
110 Hong_Kong 29668 C 275 275
111 Hong_Kong 29669 A 275 275
112 Hong_Kong 29670 C 275 275
113 Hong_Kong 29671 A 275 275
114 Hong_Kong 29672 T 275 275
115 Hong_Kong 29673 A 275 275
116 Hong_Kong 29674 G 275 275