National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   918                                        
?                                            
A   51                                   1    
C   36                                        
D   51                                        
E   27                                        
F   51                                        
G   78                                        
H   21                                        
I   33                                        
K   33                                        
L   87                                        
M   30                                        
N   63                                        
P   39                                        
Q   42                                        
R   33                                        
S   48                                        
T   72                                        
V   81                                        
W   9                                        
Y   33                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 10055 A 11 11
1 Sierra_Leone 10056 G 11 11
2 Sierra_Leone 10057 T 11 11
3 Sierra_Leone 10058 G 11 11
4 Sierra_Leone 10059 G 11 11
5 Sierra_Leone 10060 T 11 11
6 Sierra_Leone 10061 T 11 11
7 Sierra_Leone 10062 T 11 11
8 Sierra_Leone 10063 T 11 11
9 Sierra_Leone 10064 A 11 11
10 Sierra_Leone 10065 G 11 11
11 Sierra_Leone 10066 A 11 11
12 Sierra_Leone 10067 A 11 11
13 Sierra_Leone 10068 A 11 11
14 Sierra_Leone 10069 A 11 11
15 Sierra_Leone 10070 A 11 11
16 Sierra_Leone 10071 T 11 11
17 Sierra_Leone 10072 G 11 11
18 Sierra_Leone 10073 G 11 11
19 Sierra_Leone 10074 C 11 11
20 Sierra_Leone 10075 A 11 11
21 Sierra_Leone 10076 T 11 11
22 Sierra_Leone 10077 T 11 11
23 Sierra_Leone 10078 C 11 11
24 Sierra_Leone 10079 C 11 11
25 Sierra_Leone 10080 C 11 11
26 Sierra_Leone 10081 A 11 11
27 Sierra_Leone 10082 T 11 11
28 Sierra_Leone 10083 C 11 11
29 Sierra_Leone 10084 T 11 11
30 Sierra_Leone 10085 G 11 11
31 Sierra_Leone 10086 G 11 11
32 Sierra_Leone 10087 T 11 11
33 Sierra_Leone 10088 A 11 11
34 Sierra_Leone 10089 A 11 11
35 Sierra_Leone 10090 A 11 11
36 Sierra_Leone 10091 G 11 11
37 Sierra_Leone 10092 T 11 11
38 Sierra_Leone 10093 T 11 11
39 Sierra_Leone 10094 G 11 11
40 Sierra_Leone 10095 A 11 11
41 Sierra_Leone 10096 G 11 11
42 Sierra_Leone 10097 G 11 11
43 Sierra_Leone 10098 G 11 11
44 Sierra_Leone 10099 T 11 11
45 Sierra_Leone 10100 T 11 11
46 Sierra_Leone 10101 G 11 11
47 Sierra_Leone 10102 T 11 11
48 Sierra_Leone 10103 A 11 11
49 Sierra_Leone 10104 T 11 11
50 Sierra_Leone 10105 G 11 11
51 Sierra_Leone 10106 G 11 11
52 Sierra_Leone 10107 T 11 11
53 Sierra_Leone 10108 A 11 11
54 Sierra_Leone 10109 C 11 11
55 Sierra_Leone 10110 A 11 11
56 Sierra_Leone 10111 A 11 11
57 Sierra_Leone 10112 G 11 11
58 Sierra_Leone 10113 T 11 11
59 Sierra_Leone 10114 A 11 11
60 Sierra_Leone 10115 A 11 11
61 Sierra_Leone 10116 C 11 11
62 Sierra_Leone 10117 T 11 11
63 Sierra_Leone 10118 T 11 11
64 Sierra_Leone 10119 G 11 11
65 Sierra_Leone 10120 T 11 11
66 Sierra_Leone 10121 G 11 11
67 Sierra_Leone 10122 G 11 11
68 Sierra_Leone 10123 T 11 11
69 Sierra_Leone 10124 A 11 11
70 Sierra_Leone 10125 C 11 11
71 Sierra_Leone 10126 A 11 11
72 Sierra_Leone 10127 A 11 11
73 Sierra_Leone 10128 C 11 11
74 Sierra_Leone 10129 T 11 11
75 Sierra_Leone 10130 A 11 11
76 Sierra_Leone 10131 C 11 11
77 Sierra_Leone 10132 A 11 11
78 Sierra_Leone 10133 C 11 11
79 Sierra_Leone 10134 T 11 11
80 Sierra_Leone 10135 T 11 11
81 Sierra_Leone 10136 A 11 11
82 Sierra_Leone 10137 A 11 11
83 Sierra_Leone 10138 C 11 11
84 Sierra_Leone 10139 G 11 11
85 Sierra_Leone 10140 G 11 11
86 Sierra_Leone 10141 T 11 11
87 Sierra_Leone 10142 C 11 11
88 Sierra_Leone 10143 T 11 11
89 Sierra_Leone 10144 T 11 11
90 Sierra_Leone 10145 T 11 11
91 Sierra_Leone 10146 G 11 11
92 Sierra_Leone 10147 G 11 11
93 Sierra_Leone 10148 C 11 11
94 Sierra_Leone 10149 T 11 11
95 Sierra_Leone 10150 T 11 11
96 Sierra_Leone 10151 G 11 11
97 Sierra_Leone 10152 A 11 11
98 Sierra_Leone 10153 T 11 11
99 Sierra_Leone 10154 G 11 11
100 Sierra_Leone 10155 A 11 11
101 Sierra_Leone 10156 C 11 11
102 Sierra_Leone 10157 G 11 11
103 Sierra_Leone 10158 T 11 11
104 Sierra_Leone 10159 A 11 11
105 Sierra_Leone 10160 G 11 11
106 Sierra_Leone 10161 T 11 11
107 Sierra_Leone 10162 T 11 11
108 Sierra_Leone 10163 T 11 11
109 Sierra_Leone 10164 A 11 11
110 Sierra_Leone 10165 C 11 11
111 Sierra_Leone 10166 T 11 11
112 Sierra_Leone 10167 G 11 11
113 Sierra_Leone 10168 T 11 11
114 Sierra_Leone 10169 C 11 11
115 Sierra_Leone 10170 C 11 11
116 Sierra_Leone 10171 A 11 11
117 Sierra_Leone 10172 A 11 11
118 Sierra_Leone 10173 G 11 11
119 Sierra_Leone 10174 A 11 11
120 Sierra_Leone 10175 C 11 11
121 Sierra_Leone 10176 A 11 11
122 Sierra_Leone 10177 T 11 11
123 Sierra_Leone 10178 G 11 11
124 Sierra_Leone 10179 T 11 11
125 Sierra_Leone 10180 G 11 11
126 Sierra_Leone 10181 A 11 11
127 Sierra_Leone 10182 T 11 11
128 Sierra_Leone 10183 C 11 11
129 Sierra_Leone 10184 T 11 11
130 Sierra_Leone 10185 G 11 11
131 Sierra_Leone 10186 C 11 11
132 Sierra_Leone 10187 A 11 11
133 Sierra_Leone 10188 C 11 11
134 Sierra_Leone 10189 C 11 11
135 Sierra_Leone 10190 T 11 11
136 Sierra_Leone 10191 C 11 11
137 Sierra_Leone 10192 T 11 11
138 Sierra_Leone 10193 G 11 11
139 Sierra_Leone 10194 A 11 11
140 Sierra_Leone 10195 A 11 11
141 Sierra_Leone 10196 G 11 11
142 Sierra_Leone 10197 A 11 11
143 Sierra_Leone 10198 C 11 11
144 Sierra_Leone 10199 A 11 11
145 Sierra_Leone 10200 T 11 11
146 Sierra_Leone 10201 G 11 11
147 Sierra_Leone 10202 C 11 11
148 Sierra_Leone 10203 T 11 11
149 Sierra_Leone 10204 T 11 11
150 Sierra_Leone 10205 A 11 11
151 Sierra_Leone 10206 A 11 11
152 Sierra_Leone 10207 C 11 11
153 Sierra_Leone 10208 C 11 11
154 Sierra_Leone 10209 C 11 11
155 Sierra_Leone 10210 T 11 11
156 Sierra_Leone 10211 A 11 11
157 Sierra_Leone 10212 A 11 11
158 Sierra_Leone 10213 T 11 11
159 Sierra_Leone 10214 T 11 11
160 Sierra_Leone 10215 A 11 11
161 Sierra_Leone 10216 T 11 11
162 Sierra_Leone 10217 G 11 11
163 Sierra_Leone 10218 A 11 11
164 Sierra_Leone 10219 A 11 11
165 Sierra_Leone 10220 G 11 11
166 Sierra_Leone 10221 A 11 11
167 Sierra_Leone 10222 T 11 11
168 Sierra_Leone 10223 T 11 11
169 Sierra_Leone 10224 T 11 11
170 Sierra_Leone 10225 A 11 11
171 Sierra_Leone 10226 C 11 11
172 Sierra_Leone 10227 T 11 11
173 Sierra_Leone 10228 C 11 11
174 Sierra_Leone 10229 A 11 11
175 Sierra_Leone 10230 T 11 11
176 Sierra_Leone 10231 T 11 11
177 Sierra_Leone 10232 C 11 11
178 Sierra_Leone 10233 G 11 11
179 Sierra_Leone 10234 T 11 11
180 Sierra_Leone 10235 A 11 11
181 Sierra_Leone 10236 A 11 11
182 Sierra_Leone 10237 G 11 11
183 Sierra_Leone 10238 T 11 11
184 Sierra_Leone 10239 C 11 11
185 Sierra_Leone 10240 T 11 11
186 Sierra_Leone 10241 A 11 11
187 Sierra_Leone 10242 A 11 11
188 Sierra_Leone 10243 T 11 11
189 Sierra_Leone 10244 C 11 11
190 Sierra_Leone 10245 A 11 11
191 Sierra_Leone 10246 T 11 11
192 Sierra_Leone 10247 A 11 11
193 Sierra_Leone 10248 A 11 11
194 Sierra_Leone 10249 T 11 11
195 Sierra_Leone 10250 T 11 11
196 Sierra_Leone 10251 T 11 11
197 Sierra_Leone 10252 C 11 11
198 Sierra_Leone 10253 T 11 11
199 Sierra_Leone 10254 T 11 11
200 Sierra_Leone 10255 G 11 11
201 Sierra_Leone 10256 G 11 11
202 Sierra_Leone 10257 T 11 11
203 Sierra_Leone 10258 A 11 11
204 Sierra_Leone 10259 C 11 11
205 Sierra_Leone 10260 A 11 11
206 Sierra_Leone 10261 G 11 11
207 Sierra_Leone 10262 G 11 11
208 Sierra_Leone 10263 C 11 11
209 Sierra_Leone 10264 T 11 11
210 Sierra_Leone 10265 G 11 11
211 Sierra_Leone 10266 G 11 11
212 Sierra_Leone 10267 T 11 11
213 Sierra_Leone 10268 A 11 11
214 Sierra_Leone 10269 A 11 11
215 Sierra_Leone 10270 T 11 11
216 Sierra_Leone 10271 G 11 11
217 Sierra_Leone 10272 T 11 11
218 Sierra_Leone 10273 T 11 11
219 Sierra_Leone 10274 C 11 11
220 Sierra_Leone 10275 A 11 11
221 Sierra_Leone 10276 A 11 11
222 Sierra_Leone 10277 C 11 11
223 Sierra_Leone 10278 T 11 11
224 Sierra_Leone 10279 C 11 11
225 Sierra_Leone 10280 A 11 11
226 Sierra_Leone 10281 G 11 11
227 Sierra_Leone 10282 G 11 11
228 Sierra_Leone 10283 G 11 11
229 Sierra_Leone 10284 T 11 11
230 Sierra_Leone 10285 T 11 11
231 Sierra_Leone 10286 A 11 11
232 Sierra_Leone 10287 T 11 11
233 Sierra_Leone 10288 T 11 11
234 Sierra_Leone 10289 G 11 11
235 Sierra_Leone 10290 G 11 11
236 Sierra_Leone 10291 A 11 11
237 Sierra_Leone 10292 C 11 11
238 Sierra_Leone 10293 A 11 11
239 Sierra_Leone 10294 T 11 11
240 Sierra_Leone 10295 T 11 11
241 Sierra_Leone 10296 C 11 11
242 Sierra_Leone 10297 T 11 11
243 Sierra_Leone 10298 A 11 11
244 Sierra_Leone 10299 T 11 11
245 Sierra_Leone 10300 G 11 11
246 Sierra_Leone 10301 C 11 11
247 Sierra_Leone 10302 A 11 11
248 Sierra_Leone 10303 A 11 11
249 Sierra_Leone 10304 A 11 11
250 Sierra_Leone 10305 A 11 11
251 Sierra_Leone 10306 T 11 11
252 Sierra_Leone 10307 T 11 11
253 Sierra_Leone 10308 G 11 11
254 Sierra_Leone 10309 T 11 11
255 Sierra_Leone 10310 G 11 11
256 Sierra_Leone 10311 T 11 11
257 Sierra_Leone 10312 A 11 11
258 Sierra_Leone 10313 C 11 11
259 Sierra_Leone 10314 T 11 11
260 Sierra_Leone 10315 T 11 11
261 Sierra_Leone 10316 A 11 11
262 Sierra_Leone 10317 A 11 11
263 Sierra_Leone 10318 G 11 11
264 Sierra_Leone 10319 C 11 11
265 Sierra_Leone 10320 T 11 11
266 Sierra_Leone 10321 T 11 11
267 Sierra_Leone 10322 A 11 11
268 Sierra_Leone 10323 A 11 11
269 Sierra_Leone 10324 G 11 11
270 Sierra_Leone 10325 G 11 11
271 Sierra_Leone 10326 T 11 11
272 Sierra_Leone 10327 T 11 11
273 Sierra_Leone 10328 G 11 11
274 Sierra_Leone 10329 A 11 11
275 Sierra_Leone 10330 T 11 11
276 Sierra_Leone 10331 A 11 11
277 Sierra_Leone 10332 C 11 11
278 Sierra_Leone 10333 A 11 11
279 Sierra_Leone 10334 G 11 11
280 Sierra_Leone 10335 C 11 11
281 Sierra_Leone 10336 C 11 11
282 Sierra_Leone 10337 A 11 11
283 Sierra_Leone 10338 A 11 11
284 Sierra_Leone 10339 T 11 11
285 Sierra_Leone 10340 C 11 11
286 Sierra_Leone 10341 C 11 11
287 Sierra_Leone 10342 T 11 11
288 Sierra_Leone 10343 A 11 11
289 Sierra_Leone 10344 A 11 11
290 Sierra_Leone 10345 G 11 11
291 Sierra_Leone 10346 A 11 11
292 Sierra_Leone 10347 C 11 11
293 Sierra_Leone 10348 A 11 11
294 Sierra_Leone 10349 C 11 11
295 Sierra_Leone 10350 C 11 11
296 Sierra_Leone 10351 T 11 11
297 Sierra_Leone 10352 A 11 11
298 Sierra_Leone 10353 A 11 11
299 Sierra_Leone 10354 G 11 11
300 Sierra_Leone 10355 T 11 11
301 Sierra_Leone 10356 A 11 11
302 Sierra_Leone 10357 T 11 11
303 Sierra_Leone 10358 A 11 11
304 Sierra_Leone 10359 A 11 11
305 Sierra_Leone 10360 G 11 11
306 Sierra_Leone 10361 T 11 11
307 Sierra_Leone 10362 T 11 11
308 Sierra_Leone 10363 T 11 11
309 Sierra_Leone 10364 G 11 11
310 Sierra_Leone 10365 T 11 11
311 Sierra_Leone 10366 T 11 11
312 Sierra_Leone 10367 C 11 11
313 Sierra_Leone 10368 G 11 11
314 Sierra_Leone 10369 C 11 11
315 Sierra_Leone 10370 A 11 11
316 Sierra_Leone 10371 T 11 11
317 Sierra_Leone 10372 T 11 11
318 Sierra_Leone 10373 C 11 11
319 Sierra_Leone 10374 A 11 11
320 Sierra_Leone 10375 A 11 11
321 Sierra_Leone 10376 C 11 11
322 Sierra_Leone 10377 C 11 11
323 Sierra_Leone 10378 A 11 11
324 Sierra_Leone 10379 G 11 11
325 Sierra_Leone 10380 G 11 11
326 Sierra_Leone 10381 A 11 11
327 Sierra_Leone 10382 C 11 11
328 Sierra_Leone 10383 A 11 11
329 Sierra_Leone 10384 G 11 11
330 Sierra_Leone 10385 A 11 11
331 Sierra_Leone 10386 C 11 11
332 Sierra_Leone 10387 T 11 11
333 Sierra_Leone 10388 T 11 11
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674 Sierra_Leone 10729 A 11 11
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