National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   918                                        
?                                            
A   51                                        
C   36                                        
D   51                                        
E   27                                        
F   51                                        
G   78                                        
H   21                                        
I   33                                        
K   33                                        
L   87                                        
M   30                                        
N   63                                        
P   39                                        
Q   42                                        
R   33                                        
S   48                                        
T   72                                        
V   81                                        
W   9                                        
Y   33                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 10055 A 10 10
1 Malta 10056 G 10 10
2 Malta 10057 T 10 10
3 Malta 10058 G 10 10
4 Malta 10059 G 10 10
5 Malta 10060 T 10 10
6 Malta 10061 T 10 10
7 Malta 10062 T 10 10
8 Malta 10063 T 10 10
9 Malta 10064 A 10 10
10 Malta 10065 G 10 10
11 Malta 10066 A 10 10
12 Malta 10067 A 10 10
13 Malta 10068 A 10 10
14 Malta 10069 A 10 10
15 Malta 10070 A 10 10
16 Malta 10071 T 10 10
17 Malta 10072 G 10 10
18 Malta 10073 G 10 10
19 Malta 10074 C 10 10
20 Malta 10075 A 10 10
21 Malta 10076 T 10 10
22 Malta 10077 T 10 10
23 Malta 10078 C 10 10
24 Malta 10079 C 10 10
25 Malta 10080 C 10 10
26 Malta 10081 A 10 10
27 Malta 10082 T 10 10
28 Malta 10083 C 10 10
29 Malta 10084 T 10 10
30 Malta 10085 G 10 10
31 Malta 10086 G 10 10
32 Malta 10087 T 10 10
33 Malta 10088 A 10 10
34 Malta 10089 A 10 10
35 Malta 10090 A 10 10
36 Malta 10091 G 10 10
37 Malta 10092 T 10 10
38 Malta 10093 T 10 10
39 Malta 10094 G 10 10
40 Malta 10095 A 10 10
41 Malta 10096 G 10 10
42 Malta 10097 G 10 10
43 Malta 10098 G 10 10
44 Malta 10099 T 10 10
45 Malta 10100 T 10 10
46 Malta 10101 G 10 10
47 Malta 10102 T 10 10
48 Malta 10103 A 10 10
49 Malta 10104 T 10 10
50 Malta 10105 G 10 10
51 Malta 10106 G 10 10
52 Malta 10107 T 10 10
53 Malta 10108 A 10 10
54 Malta 10109 C 10 10
55 Malta 10110 A 10 10
56 Malta 10111 A 10 10
57 Malta 10112 G 10 10
58 Malta 10113 T 10 10
59 Malta 10114 A 10 10
60 Malta 10115 A 10 10
61 Malta 10116 C 10 10
62 Malta 10117 T 10 10
63 Malta 10118 T 10 10
64 Malta 10119 G 10 10
65 Malta 10120 T 10 10
66 Malta 10121 G 10 10
67 Malta 10122 G 10 10
68 Malta 10123 T 10 10
69 Malta 10124 A 10 10
70 Malta 10125 C 10 10
71 Malta 10126 A 10 10
72 Malta 10127 A 10 10
73 Malta 10128 C 10 10
74 Malta 10129 T 10 10
75 Malta 10130 A 10 10
76 Malta 10131 C 10 10
77 Malta 10132 A 10 10
78 Malta 10133 C 10 10
79 Malta 10134 T 10 10
80 Malta 10135 T 10 10
81 Malta 10136 A 10 10
82 Malta 10137 A 10 10
83 Malta 10138 C 10 10
84 Malta 10139 G 10 10
85 Malta 10140 G 10 10
86 Malta 10141 T 10 10
87 Malta 10142 C 10 10
88 Malta 10143 T 10 10
89 Malta 10144 T 10 10
90 Malta 10145 T 10 10
91 Malta 10146 G 10 10
92 Malta 10147 G 10 10
93 Malta 10148 C 10 10
94 Malta 10149 T 10 10
95 Malta 10150 T 10 10
96 Malta 10151 G 10 10
97 Malta 10152 A 10 10
98 Malta 10153 T 10 10
99 Malta 10154 G 10 10
100 Malta 10155 A 10 10
101 Malta 10156 C 10 10
102 Malta 10157 G 10 10
103 Malta 10158 T 10 10
104 Malta 10159 A 10 10
105 Malta 10160 G 10 10
106 Malta 10161 T 10 10
107 Malta 10162 T 10 10
108 Malta 10163 T 10 10
109 Malta 10164 A 10 10
110 Malta 10165 C 10 10
111 Malta 10166 T 10 10
112 Malta 10167 G 10 10
113 Malta 10168 T 10 10
114 Malta 10169 C 10 10
115 Malta 10170 C 10 10
116 Malta 10171 A 10 10
117 Malta 10172 A 10 10
118 Malta 10173 G 10 10
119 Malta 10174 A 10 10
120 Malta 10175 C 10 10
121 Malta 10176 A 10 10
122 Malta 10177 T 10 10
123 Malta 10178 G 10 10
124 Malta 10179 T 10 10
125 Malta 10180 G 10 10
126 Malta 10181 A 10 10
127 Malta 10182 T 10 10
128 Malta 10183 C 10 10
129 Malta 10184 T 10 10
130 Malta 10185 G 10 10
131 Malta 10186 C 10 10
132 Malta 10187 A 10 10
133 Malta 10188 C 10 10
134 Malta 10189 C 10 10
135 Malta 10190 T 10 10
136 Malta 10191 C 10 10
137 Malta 10192 T 10 10
138 Malta 10193 G 10 10
139 Malta 10194 A 10 10
140 Malta 10195 A 10 10
141 Malta 10196 G 10 10
142 Malta 10197 A 10 10
143 Malta 10198 C 10 10
144 Malta 10199 A 10 10
145 Malta 10200 T 10 10
146 Malta 10201 G 10 10
147 Malta 10202 C 10 10
148 Malta 10203 T 10 10
149 Malta 10204 T 10 10
150 Malta 10205 A 10 10
151 Malta 10206 A 10 10
152 Malta 10207 C 10 10
153 Malta 10208 C 10 10
154 Malta 10209 C 10 10
155 Malta 10210 T 10 10
156 Malta 10211 A 10 10
157 Malta 10212 A 10 10
158 Malta 10213 T 10 10
159 Malta 10214 T 10 10
160 Malta 10215 A 10 10
161 Malta 10216 T 10 10
162 Malta 10217 G 10 10
163 Malta 10218 A 10 10
164 Malta 10219 A 10 10
165 Malta 10220 G 10 10
166 Malta 10221 A 10 10
167 Malta 10222 T 10 10
168 Malta 10223 T 10 10
169 Malta 10224 T 10 10
170 Malta 10225 A 10 10
171 Malta 10226 C 10 10
172 Malta 10227 T 10 10
173 Malta 10228 C 10 10
174 Malta 10229 A 10 10
175 Malta 10230 T 10 10
176 Malta 10231 T 10 10
177 Malta 10232 C 10 10
178 Malta 10233 G 10 10
179 Malta 10234 T 10 10
180 Malta 10235 A 10 10
181 Malta 10236 A 10 10
182 Malta 10237 G 10 10
183 Malta 10238 T 10 10
184 Malta 10239 C 10 10
185 Malta 10240 T 10 10
186 Malta 10241 A 10 10
187 Malta 10242 A 10 10
188 Malta 10243 T 10 10
189 Malta 10244 C 10 10
190 Malta 10245 A 10 10
191 Malta 10246 T 10 10
192 Malta 10247 A 10 10
193 Malta 10248 A 10 10
194 Malta 10249 T 10 10
195 Malta 10250 T 10 10
196 Malta 10251 T 10 10
197 Malta 10252 C 10 10
198 Malta 10253 T 10 10
199 Malta 10254 T 10 10
200 Malta 10255 G 10 10
201 Malta 10256 G 10 10
202 Malta 10257 T 10 10
203 Malta 10258 A 10 10
204 Malta 10259 C 10 10
205 Malta 10260 A 10 10
206 Malta 10261 G 10 10
207 Malta 10262 G 10 10
208 Malta 10263 C 10 10
209 Malta 10264 T 10 10
210 Malta 10265 G 10 10
211 Malta 10266 G 10 10
212 Malta 10267 T 10 10
213 Malta 10268 A 10 10
214 Malta 10269 A 10 10
215 Malta 10270 T 10 10
216 Malta 10271 G 10 10
217 Malta 10272 T 10 10
218 Malta 10273 T 10 10
219 Malta 10274 C 10 10
220 Malta 10275 A 10 10
221 Malta 10276 A 10 10
222 Malta 10277 C 10 10
223 Malta 10278 T 10 10
224 Malta 10279 C 10 10
225 Malta 10280 A 10 10
226 Malta 10281 G 10 10
227 Malta 10282 G 10 10
228 Malta 10283 G 10 10
229 Malta 10284 T 10 10
230 Malta 10285 T 10 10
231 Malta 10286 A 10 10
232 Malta 10287 T 10 10
233 Malta 10288 T 10 10
234 Malta 10289 G 10 10
235 Malta 10290 G 10 10
236 Malta 10291 A 10 10
237 Malta 10292 C 10 10
238 Malta 10293 A 10 10
239 Malta 10294 T 10 10
240 Malta 10295 T 10 10
241 Malta 10296 C 10 10
242 Malta 10297 T 10 10
243 Malta 10298 A 10 10
244 Malta 10299 T 10 10
245 Malta 10300 G 10 10
246 Malta 10301 C 10 10
247 Malta 10302 A 10 10
248 Malta 10303 A 10 10
249 Malta 10304 A 10 10
250 Malta 10305 A 10 10
251 Malta 10306 T 10 10
252 Malta 10307 T 10 10
253 Malta 10308 G 10 10
254 Malta 10309 T 10 10
255 Malta 10310 G 10 10
256 Malta 10311 T 10 10
257 Malta 10312 A 10 10
258 Malta 10313 C 10 10
259 Malta 10314 T 10 10
260 Malta 10315 T 10 10
261 Malta 10316 A 10 10
262 Malta 10317 A 10 10
263 Malta 10318 G 10 10
264 Malta 10319 C 10 10
265 Malta 10320 T 10 10
266 Malta 10321 T 10 10
267 Malta 10322 A 10 10
268 Malta 10323 A 10 10
269 Malta 10324 G 10 10
270 Malta 10325 G 10 10
271 Malta 10326 T 10 10
272 Malta 10327 T 10 10
273 Malta 10328 G 10 10
274 Malta 10329 A 10 10
275 Malta 10330 T 10 10
276 Malta 10331 A 10 10
277 Malta 10332 C 10 10
278 Malta 10333 A 10 10
279 Malta 10334 G 10 10
280 Malta 10335 C 10 10
281 Malta 10336 C 10 10
282 Malta 10337 A 10 10
283 Malta 10338 A 10 10
284 Malta 10339 T 10 10
285 Malta 10340 C 10 10
286 Malta 10341 C 10 10
287 Malta 10342 T 10 10
288 Malta 10343 A 10 10
289 Malta 10344 A 10 10
290 Malta 10345 G 10 10
291 Malta 10346 A 10 10
292 Malta 10347 C 10 10
293 Malta 10348 A 10 10
294 Malta 10349 C 10 10
295 Malta 10350 C 10 10
296 Malta 10351 T 10 10
297 Malta 10352 A 10 10
298 Malta 10353 A 10 10
299 Malta 10354 G 10 10
300 Malta 10355 T 10 10
301 Malta 10356 A 10 10
302 Malta 10357 T 10 10
303 Malta 10358 A 10 10
304 Malta 10359 A 10 10
305 Malta 10360 G 10 10
306 Malta 10361 T 10 10
307 Malta 10362 T 10 10
308 Malta 10363 T 10 10
309 Malta 10364 G 10 10
310 Malta 10365 T 10 10
311 Malta 10366 T 10 10
312 Malta 10367 C 10 10
313 Malta 10368 G 10 10
314 Malta 10369 C 10 10
315 Malta 10370 A 10 10
316 Malta 10371 T 10 10
317 Malta 10372 T 10 10
318 Malta 10373 C 10 10
319 Malta 10374 A 10 10
320 Malta 10375 A 10 10
321 Malta 10376 C 10 10
322 Malta 10377 C 10 10
323 Malta 10378 A 10 10
324 Malta 10379 G 10 10
325 Malta 10380 G 10 10
326 Malta 10381 A 10 10
327 Malta 10382 C 10 10
328 Malta 10383 A 10 10
329 Malta 10384 G 10 10
330 Malta 10385 A 10 10
331 Malta 10386 C 10 10
332 Malta 10387 T 10 10
333 Malta 10388 T 10 10
334 Malta 10389 T 10 10
335 Malta 10390 T 10 10
336 Malta 10391 T 10 10
337 Malta 10392 C 10 10
338 Malta 10393 A 10 10
339 Malta 10394 G 10 10
340 Malta 10395 T 10 10
341 Malta 10396 G 10 10
342 Malta 10397 T 10 10
343 Malta 10398 T 10 10
344 Malta 10399 A 10 10
345 Malta 10400 G 10 10
346 Malta 10401 C 10 10
347 Malta 10402 T 10 10
348 Malta 10403 T 10 10
349 Malta 10404 G 10 10
350 Malta 10405 T 10 10
351 Malta 10406 T 10 10
352 Malta 10407 A 10 10
353 Malta 10408 C 10 10
354 Malta 10409 A 10 10
355 Malta 10410 A 10 10
356 Malta 10411 T 10 10
357 Malta 10412 G 10 10
358 Malta 10413 G 10 10
359 Malta 10414 T 10 10
360 Malta 10415 T 10 10
361 Malta 10416 C 10 10
362 Malta 10417 A 10 10
363 Malta 10418 C 10 10
364 Malta 10419 C 10 10
365 Malta 10420 A 10 10
366 Malta 10421 T 10 10
367 Malta 10422 C 10 10
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371 Malta 10426 T 10 10
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776 Malta 10831 T 13 13
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779 Malta 10834 C 13 13
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