National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   918                                        
?                                            
A   51                                        
C   36                                        
D   51     1                                  
E   27                                        
F   51                                        
G   78                               1        
H   21                                        
I   33                                        
K   33                                        
L   87         1         1                    
M   30                                        
N   63                                        
P   39                                        
Q   42                                        
R   33                             1          
S   48                                        
T   72                                        
V   81         1                              
W   9                                        
Y   33                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Greece 10055 A 136 136
1 Greece 10056 G 136 136
2 Greece 10057 T 136 136
3 Greece 10058 G 136 136
4 Greece 10059 G 136 136
5 Greece 10060 T 136 136
6 Greece 10061 T 136 136
7 Greece 10062 T 136 136
8 Greece 10063 T 136 136
9 Greece 10064 A 136 136
10 Greece 10065 G 136 136
11 Greece 10066 A 136 136
12 Greece 10067 A 136 136
13 Greece 10068 A 136 136
14 Greece 10069 A 136 136
15 Greece 10070 A 136 136
16 Greece 10071 T 136 136
17 Greece 10072 G 136 136
18 Greece 10073 G 136 136
19 Greece 10074 C 136 136
20 Greece 10075 A 136 136
21 Greece 10076 T 136 136
22 Greece 10077 T 136 136
23 Greece 10078 C 136 136
24 Greece 10079 C 136 136
25 Greece 10080 C 136 136
26 Greece 10081 A 136 136
27 Greece 10082 T 136 136
28 Greece 10083 C 136 136
29 Greece 10084 T 136 136
30 Greece 10085 G 136 136
31 Greece 10086 G 136 136
32 Greece 10087 T 136 136
33 Greece 10088 A 136 136
34 Greece 10089 A 137 137
35 Greece 10090 A 137 137
36 Greece 10091 G 138 138
37 Greece 10092 T 138 138
38 Greece 10093 T 138 138
39 Greece 10094 G 138 138
40 Greece 10095 A 138 138
41 Greece 10096 G 139 139
42 Greece 10097 G A 139 138 Gly3278Ser
43 Greece 10098 G 139 139
44 Greece 10099 T 139 139
45 Greece 10100 T 139 139
46 Greece 10101 G 139 139
47 Greece 10102 T 139 139
48 Greece 10103 A 139 139
49 Greece 10104 T 139 139
50 Greece 10105 G 139 139
51 Greece 10106 G 139 139
52 Greece 10107 T 139 139
53 Greece 10108 A 139 139
54 Greece 10109 C 139 139
55 Greece 10110 A 139 139
56 Greece 10111 A 139 139
57 Greece 10112 G 139 139
58 Greece 10113 T 139 139
59 Greece 10114 A 139 139
60 Greece 10115 A 139 139
61 Greece 10116 C 139 139
62 Greece 10117 T 139 139
63 Greece 10118 T 139 139
64 Greece 10119 G 139 139
65 Greece 10120 T 139 139
66 Greece 10121 G 139 139
67 Greece 10122 G 139 139
68 Greece 10123 T 139 139
69 Greece 10124 A 139 139
70 Greece 10125 C 139 139
71 Greece 10126 A 139 139
72 Greece 10127 A 139 139
73 Greece 10128 C 139 139
74 Greece 10129 T 139 139
75 Greece 10130 A 139 139
76 Greece 10131 C 139 139
77 Greece 10132 A 139 139
78 Greece 10133 C 139 139
79 Greece 10134 T 139 139
80 Greece 10135 T 139 139
81 Greece 10136 A 139 139
82 Greece 10137 A 139 139
83 Greece 10138 C 139 139
84 Greece 10139 G 139 139
85 Greece 10140 G 139 139
86 Greece 10141 T 139 139
87 Greece 10142 C 139 139
88 Greece 10143 T 139 139
89 Greece 10144 T 139 139
90 Greece 10145 T 139 139
91 Greece 10146 G 139 139
92 Greece 10147 G 139 139
93 Greece 10148 C 139 139
94 Greece 10149 T 139 139
95 Greece 10150 T 139 139
96 Greece 10151 G 139 139
97 Greece 10152 A 139 139
98 Greece 10153 T 139 139
99 Greece 10154 G 139 139
100 Greece 10155 A 139 139
101 Greece 10156 C 139 139
102 Greece 10157 G 139 139
103 Greece 10158 T 139 139
104 Greece 10159 A 139 139
105 Greece 10160 G 139 139
106 Greece 10161 T 139 139
107 Greece 10162 T 139 139
108 Greece 10163 T 139 139
109 Greece 10164 A 139 139
110 Greece 10165 C 139 139
111 Greece 10166 T 139 139
112 Greece 10167 G 139 139
113 Greece 10168 T 139 139
114 Greece 10169 C 139 139
115 Greece 10170 C 139 139
116 Greece 10171 A 139 139
117 Greece 10172 A 139 139
118 Greece 10173 G 139 139
119 Greece 10174 A 139 139
120 Greece 10175 C 139 139
121 Greece 10176 A 139 139
122 Greece 10177 T 139 139
123 Greece 10178 G 139 139
124 Greece 10179 T 139 139
125 Greece 10180 G 139 139
126 Greece 10181 A 139 139
127 Greece 10182 T 139 139
128 Greece 10183 C 139 139
129 Greece 10184 T 139 139
130 Greece 10185 G 139 139
131 Greece 10186 C 139 139
132 Greece 10187 A 139 139
133 Greece 10188 C 139 139
134 Greece 10189 C 139 139
135 Greece 10190 T 139 139
136 Greece 10191 C 139 139
137 Greece 10192 T 139 139
138 Greece 10193 G 139 139
139 Greece 10194 A 139 139
140 Greece 10195 A 139 139
141 Greece 10196 G 139 139
142 Greece 10197 A 139 139
143 Greece 10198 C 139 139
144 Greece 10199 A 139 139
145 Greece 10200 T 139 139
146 Greece 10201 G 139 139
147 Greece 10202 C T 139 138 Leu3313Phe
148 Greece 10203 T 139 139
149 Greece 10204 T 139 139
150 Greece 10205 A 139 139
151 Greece 10206 A 139 139
152 Greece 10207 C 139 139
153 Greece 10208 C 139 139
154 Greece 10209 C 139 139
155 Greece 10210 T 139 139
156 Greece 10211 A 139 138
157 Greece 10212 A 139 138
158 Greece 10213 T 139 138
159 Greece 10214 T 139 138
160 Greece 10215 A 139 138
161 Greece 10216 T 139 138
162 Greece 10217 G 139 138
163 Greece 10218 A 139 138
164 Greece 10219 A 139 138
165 Greece 10220 G 139 138
166 Greece 10221 A 139 138
167 Greece 10222 T 139 138
168 Greece 10223 T 139 138
169 Greece 10224 T 139 138
170 Greece 10225 A 139 138
171 Greece 10226 C 139 138
172 Greece 10227 T 139 138
173 Greece 10228 C 139 138
174 Greece 10229 A 139 138
175 Greece 10230 T 139 138
176 Greece 10231 T 139 138
177 Greece 10232 C 139 138
178 Greece 10233 G 139 138
179 Greece 10234 T 139 138
180 Greece 10235 A 139 138
181 Greece 10236 A 139 138
182 Greece 10237 G 139 138
183 Greece 10238 T 139 138
184 Greece 10239 C 139 138
185 Greece 10240 T 139 138
186 Greece 10241 A 139 138
187 Greece 10242 A 139 138
188 Greece 10243 T 139 138
189 Greece 10244 C 139 138
190 Greece 10245 A 139 138
191 Greece 10246 T 139 138
192 Greece 10247 A 139 138
193 Greece 10248 A 139 139
194 Greece 10249 T 139 139
195 Greece 10250 T 139 139
196 Greece 10251 T 139 139
197 Greece 10252 C 139 139
198 Greece 10253 T 139 139
199 Greece 10254 T 139 139
200 Greece 10255 G 139 139
201 Greece 10256 G 139 139
202 Greece 10257 T 139 139
203 Greece 10258 A 139 139
204 Greece 10259 C 139 139
205 Greece 10260 A 139 139
206 Greece 10261 G 139 139
207 Greece 10262 G 139 139
208 Greece 10263 C 139 139
209 Greece 10264 T 139 139
210 Greece 10265 G 139 139
211 Greece 10266 G 139 139
212 Greece 10267 T 139 139
213 Greece 10268 A 139 139
214 Greece 10269 A 139 139
215 Greece 10270 T 139 139
216 Greece 10271 G 139 139
217 Greece 10272 T 139 139
218 Greece 10273 T 139 139
219 Greece 10274 C 139 139
220 Greece 10275 A 139 139
221 Greece 10276 A 139 139
222 Greece 10277 C 139 139
223 Greece 10278 T 139 139
224 Greece 10279 C 139 139
225 Greece 10280 A 139 139
226 Greece 10281 G 139 139
227 Greece 10282 G A 139 138 Arg3339Arg
228 Greece 10283 G 139 139
229 Greece 10284 T 139 139
230 Greece 10285 T 139 139
231 Greece 10286 A 139 139
232 Greece 10287 T 139 139
233 Greece 10288 T 139 139
234 Greece 10289 G 139 139
235 Greece 10290 G 139 139
236 Greece 10291 A 139 139
237 Greece 10292 C 139 139
238 Greece 10293 A 139 139
239 Greece 10294 T 139 139
240 Greece 10295 T 139 139
241 Greece 10296 C 139 139
242 Greece 10297 T 139 139
243 Greece 10298 A 139 139
244 Greece 10299 T 139 139
245 Greece 10300 G 139 139
246 Greece 10301 C 139 139
247 Greece 10302 A 139 139
248 Greece 10303 A 139 139
249 Greece 10304 A 139 139
250 Greece 10305 A 139 139
251 Greece 10306 T 139 139
252 Greece 10307 T 139 139
253 Greece 10308 G 139 139
254 Greece 10309 T 139 139
255 Greece 10310 G 139 139
256 Greece 10311 T 139 139
257 Greece 10312 A 139 139
258 Greece 10313 C 139 139
259 Greece 10314 T 139 139
260 Greece 10315 T 139 139
261 Greece 10316 A 139 139
262 Greece 10317 A 139 139
263 Greece 10318 G 139 139
264 Greece 10319 C 139 139
265 Greece 10320 T 139 139
266 Greece 10321 T 139 139
267 Greece 10322 A 139 139
268 Greece 10323 A 139 139
269 Greece 10324 G 139 139
270 Greece 10325 G 139 139
271 Greece 10326 T 139 139
272 Greece 10327 T 139 139
273 Greece 10328 G 139 139
274 Greece 10329 A 139 139
275 Greece 10330 T 139 139
276 Greece 10331 A 139 139
277 Greece 10332 C 139 139
278 Greece 10333 A 139 139
279 Greece 10334 G 139 139
280 Greece 10335 C 139 139
281 Greece 10336 C 139 139
282 Greece 10337 A 139 139
283 Greece 10338 A 139 139
284 Greece 10339 T 139 139
285 Greece 10340 C 139 139
286 Greece 10341 C 139 139
287 Greece 10342 T 139 139
288 Greece 10343 A 139 139
289 Greece 10344 A 139 139
290 Greece 10345 G 139 139
291 Greece 10346 A 139 139
292 Greece 10347 C 139 139
293 Greece 10348 A 139 139
294 Greece 10349 C 139 139
295 Greece 10350 C 139 139
296 Greece 10351 T 139 139
297 Greece 10352 A 139 139
298 Greece 10353 A 139 139
299 Greece 10354 G 139 139
300 Greece 10355 T 139 139
301 Greece 10356 A 139 139
302 Greece 10357 T 139 139
303 Greece 10358 A 139 139
304 Greece 10359 A 139 139
305 Greece 10360 G 139 139
306 Greece 10361 T 139 139
307 Greece 10362 T 139 139
308 Greece 10363 T 139 139
309 Greece 10364 G 139 139
310 Greece 10365 T 139 139
311 Greece 10366 T 139 139
312 Greece 10367 C 139 139
313 Greece 10368 G 139 139
314 Greece 10369 C 139 139
315 Greece 10370 A 139 139
316 Greece 10371 T 139 139
317 Greece 10372 T 139 139
318 Greece 10373 C 139 139
319 Greece 10374 A 139 139
320 Greece 10375 A 139 139
321 Greece 10376 C 139 139
322 Greece 10377 C 139 139
323 Greece 10378 A 139 139
324 Greece 10379 G 139 139
325 Greece 10380 G 139 139
326 Greece 10381 A 139 139
327 Greece 10382 C 139 139
328 Greece 10383 A 139 139
329 Greece 10384 G 139 139
330 Greece 10385 A 139 139
331 Greece 10386 C 139 139
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333 Greece 10388 T 139 134
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703 Greece 10758 T 135 135
704 Greece 10759 G 135 135
705 Greece 10760 A 135 135
706 Greece 10761 A 135 135
707 Greece 10762 G 135 135
708 Greece 10763 T 135 135
709 Greece 10764 A 135 135
710 Greece 10765 C 135 135
711 Greece 10766 A 135 135
712 Greece 10767 A 135 135
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714 Greece 10769 T 135 135
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721 Greece 10776 C 135 135
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