National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30                                      
C   9                                      
D   18                                      
E   9                                      
F   12                                      
G   27                                      
I   6                                      
K   21                                      
L   45                                      
M   6                                      
N   21                                      
P   18                 1                    
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                             1        
T   36                                      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Tunisia 12686 A 79 79
1 Tunisia 12687 A 79 79
2 Tunisia 12688 T 79 79
3 Tunisia 12689 A 79 79
4 Tunisia 12690 A 79 79
5 Tunisia 12691 T 79 79
6 Tunisia 12692 G 79 79
7 Tunisia 12693 A 79 79
8 Tunisia 12694 G 79 79
9 Tunisia 12695 C 79 79
10 Tunisia 12696 T 79 79
11 Tunisia 12697 T 79 79
12 Tunisia 12698 A 79 79
13 Tunisia 12699 G 79 79
14 Tunisia 12700 T 79 79
15 Tunisia 12701 C 79 79
16 Tunisia 12702 C 79 79
17 Tunisia 12703 T 79 79
18 Tunisia 12704 G 79 79
19 Tunisia 12705 T 79 79
20 Tunisia 12706 T 79 79
21 Tunisia 12707 G 79 79
22 Tunisia 12708 C 79 79
23 Tunisia 12709 A 79 79
24 Tunisia 12710 C 79 79
25 Tunisia 12711 T 79 79
26 Tunisia 12712 A 79 79
27 Tunisia 12713 C 79 79
28 Tunisia 12714 G 79 79
29 Tunisia 12715 A 79 79
30 Tunisia 12716 C 79 79
31 Tunisia 12717 A 79 79
32 Tunisia 12718 G 79 79
33 Tunisia 12719 A 79 79
34 Tunisia 12720 T 79 79
35 Tunisia 12721 G 79 79
36 Tunisia 12722 T 79 79
37 Tunisia 12723 C 79 79
38 Tunisia 12724 T 79 79
39 Tunisia 12725 T 79 79
40 Tunisia 12726 G 79 79
41 Tunisia 12727 T 79 79
42 Tunisia 12728 G 79 79
43 Tunisia 12729 C 79 79
44 Tunisia 12730 T 79 79
45 Tunisia 12731 G 79 79
46 Tunisia 12732 C 79 79
47 Tunisia 12733 C 79 79
48 Tunisia 12734 G 79 79
49 Tunisia 12735 G 79 79
50 Tunisia 12736 T 79 79
51 Tunisia 12737 A 79 79
52 Tunisia 12738 C 79 79
53 Tunisia 12739 T 79 79
54 Tunisia 12740 A 79 79
55 Tunisia 12741 C 79 79
56 Tunisia 12742 A 79 79
57 Tunisia 12743 C 79 79
58 Tunisia 12744 A 79 79
59 Tunisia 12745 A 79 79
60 Tunisia 12746 A 79 79
61 Tunisia 12747 C 79 79
62 Tunisia 12748 T 79 79
63 Tunisia 12749 G 79 79
64 Tunisia 12750 C 79 79
65 Tunisia 12751 T 79 79
66 Tunisia 12752 T 79 79
67 Tunisia 12753 G 79 79
68 Tunisia 12754 C 79 79
69 Tunisia 12755 A 79 79
70 Tunisia 12756 C 79 79
71 Tunisia 12757 T 79 79
72 Tunisia 12758 G 79 79
73 Tunisia 12759 A 79 79
74 Tunisia 12760 T 79 79
75 Tunisia 12761 G 79 79
76 Tunisia 12762 A 79 79
77 Tunisia 12763 C 79 79
78 Tunisia 12764 A 79 79
79 Tunisia 12765 A 79 79
80 Tunisia 12766 T 79 79
81 Tunisia 12767 G 79 79
82 Tunisia 12768 C 79 79
83 Tunisia 12769 G 79 79
84 Tunisia 12770 T 79 79
85 Tunisia 12771 T 79 79
86 Tunisia 12772 A 79 79
87 Tunisia 12773 G 79 79
88 Tunisia 12774 C 79 79
89 Tunisia 12775 T 79 79
90 Tunisia 12776 T 79 79
91 Tunisia 12777 A 79 79
92 Tunisia 12778 C 79 79
93 Tunisia 12779 T 79 79
94 Tunisia 12780 A 79 79
95 Tunisia 12781 C 79 79
96 Tunisia 12782 A 79 79
97 Tunisia 12783 A 79 79
98 Tunisia 12784 C 79 79
99 Tunisia 12785 A 79 79
100 Tunisia 12786 C 79 79
101 Tunisia 12787 A 79 79
102 Tunisia 12788 A 79 79
103 Tunisia 12789 C 79 79
104 Tunisia 12790 A 79 79
105 Tunisia 12791 A 79 79
106 Tunisia 12792 A 79 79
107 Tunisia 12793 G 79 79
108 Tunisia 12794 G 79 79
109 Tunisia 12795 G 79 79
110 Tunisia 12796 A 79 79
111 Tunisia 12797 G 79 79
112 Tunisia 12798 G 79 79
113 Tunisia 12799 T 79 79
114 Tunisia 12800 A 79 79
115 Tunisia 12801 G 79 79
116 Tunisia 12802 G 79 79
117 Tunisia 12803 T 79 79
118 Tunisia 12804 T 79 79
119 Tunisia 12805 T 79 79
120 Tunisia 12806 G 79 79
121 Tunisia 12807 T 79 79
122 Tunisia 12808 A 79 79
123 Tunisia 12809 C 79 79
124 Tunisia 12810 T 79 79
125 Tunisia 12811 T 79 79
126 Tunisia 12812 G 79 79
127 Tunisia 12813 C 79 79
128 Tunisia 12814 A 79 79
129 Tunisia 12815 C 79 79
130 Tunisia 12816 T 79 79
131 Tunisia 12817 G 79 79
132 Tunisia 12818 T 79 79
133 Tunisia 12819 T 79 79
134 Tunisia 12820 A 79 79
135 Tunisia 12821 T 79 79
136 Tunisia 12822 C 79 79
137 Tunisia 12823 C T 79 77 Ser4186Ser
138 Tunisia 12824 G 79 79
139 Tunisia 12825 A 79 79
140 Tunisia 12826 T 79 79
141 Tunisia 12827 T 79 79
142 Tunisia 12828 T 79 79
143 Tunisia 12829 A 79 79
144 Tunisia 12830 C 79 79
145 Tunisia 12831 A 79 79
146 Tunisia 12832 G 79 79
147 Tunisia 12833 G 79 79
148 Tunisia 12834 A 79 79
149 Tunisia 12835 T 79 79
150 Tunisia 12836 T 79 79
151 Tunisia 12837 T 79 79
152 Tunisia 12838 G 79 79
153 Tunisia 12839 A 79 79
154 Tunisia 12840 A 79 79
155 Tunisia 12841 A 79 79
156 Tunisia 12842 T 79 79
157 Tunisia 12843 G 79 79
158 Tunisia 12844 G 79 79
159 Tunisia 12845 G 79 79
160 Tunisia 12846 C 79 79
161 Tunisia 12847 T 79 79
162 Tunisia 12848 A 79 79
163 Tunisia 12849 G 79 79
164 Tunisia 12850 A 79 79
165 Tunisia 12851 T 79 79
166 Tunisia 12852 T 79 79
167 Tunisia 12853 C 79 79
168 Tunisia 12854 C 79 79
169 Tunisia 12855 C 79 79
170 Tunisia 12856 T 79 79
171 Tunisia 12857 A 79 79
172 Tunisia 12858 A 79 79
173 Tunisia 12859 G 79 79
174 Tunisia 12860 A 79 79
175 Tunisia 12861 G 79 79
176 Tunisia 12862 T 79 79
177 Tunisia 12863 G 79 79
178 Tunisia 12864 A 79 79
179 Tunisia 12865 T 79 79
180 Tunisia 12866 G 79 79
181 Tunisia 12867 G 79 79
182 Tunisia 12868 A 79 79
183 Tunisia 12869 A 79 79
184 Tunisia 12870 C 79 79
185 Tunisia 12871 T 79 79
186 Tunisia 12872 G 79 79
187 Tunisia 12873 G 79 79
188 Tunisia 12874 T 79 79
189 Tunisia 12875 A 79 79
190 Tunisia 12876 C 79 79
191 Tunisia 12877 T 79 79
192 Tunisia 12878 A 79 79
193 Tunisia 12879 T 79 79
194 Tunisia 12880 C 79 79
195 Tunisia 12881 T 79 79
196 Tunisia 12882 A 79 79
197 Tunisia 12883 T 79 79
198 Tunisia 12884 A 79 79
199 Tunisia 12885 C 79 79
200 Tunisia 12886 A 79 79
201 Tunisia 12887 G 79 79
202 Tunisia 12888 A 79 79
203 Tunisia 12889 A 79 79
204 Tunisia 12890 C 79 79
205 Tunisia 12891 T 79 79
206 Tunisia 12892 G 79 79
207 Tunisia 12893 G 79 79
208 Tunisia 12894 A 79 79
209 Tunisia 12895 A 79 79
210 Tunisia 12896 C 79 79
211 Tunisia 12897 C 79 79
212 Tunisia 12898 A 79 79
213 Tunisia 12899 C 79 79
214 Tunisia 12900 C 79 79
215 Tunisia 12901 T 79 79
216 Tunisia 12902 T 79 79
217 Tunisia 12903 G 79 79
218 Tunisia 12904 T 79 79
219 Tunisia 12905 A 79 79
220 Tunisia 12906 G 79 79
221 Tunisia 12907 G 79 79
222 Tunisia 12908 T 79 79
223 Tunisia 12909 T 79 79
224 Tunisia 12910 T 79 79
225 Tunisia 12911 G 79 79
226 Tunisia 12912 T 79 79
227 Tunisia 12913 T 79 79
228 Tunisia 12914 A 79 79
229 Tunisia 12915 C 79 79
230 Tunisia 12916 A 79 79
231 Tunisia 12917 G 79 79
232 Tunisia 12918 A 79 79
233 Tunisia 12919 C 79 79
234 Tunisia 12920 A 79 79
235 Tunisia 12921 C 79 79
236 Tunisia 12922 A 79 79
237 Tunisia 12923 C 79 79
238 Tunisia 12924 C 79 79
239 Tunisia 12925 T 79 79
240 Tunisia 12926 A 79 79
241 Tunisia 12927 A 79 79
242 Tunisia 12928 A 79 79
243 Tunisia 12929 G 79 79
244 Tunisia 12930 G 79 79
245 Tunisia 12931 T 79 79
246 Tunisia 12932 C 79 79
247 Tunisia 12933 C T 79 78 Pro4223Leu
248 Tunisia 12934 T 79 79
249 Tunisia 12935 A 79 79
250 Tunisia 12936 A 79 79
251 Tunisia 12937 A 79 79
252 Tunisia 12938 G 79 79
253 Tunisia 12939 T 79 79
254 Tunisia 12940 G 79 79
255 Tunisia 12941 A 79 79
256 Tunisia 12942 A 79 79
257 Tunisia 12943 G 79 79
258 Tunisia 12944 T 79 79
259 Tunisia 12945 A 79 79
260 Tunisia 12946 T 79 79
261 Tunisia 12947 T 79 79
262 Tunisia 12948 T 79 79
263 Tunisia 12949 A 79 79
264 Tunisia 12950 T 79 79
265 Tunisia 12951 A 79 79
266 Tunisia 12952 C 79 79
267 Tunisia 12953 T 79 79
268 Tunisia 12954 T 79 79
269 Tunisia 12955 T 79 79
270 Tunisia 12956 A 79 79
271 Tunisia 12957 T 79 79
272 Tunisia 12958 T 79 79
273 Tunisia 12959 A 79 79
274 Tunisia 12960 A 79 79
275 Tunisia 12961 A 79 79
276 Tunisia 12962 G 79 79
277 Tunisia 12963 G 79 79
278 Tunisia 12964 A 79 79
279 Tunisia 12965 T 79 79
280 Tunisia 12966 T 79 79
281 Tunisia 12967 A 79 79
282 Tunisia 12968 A 79 79
283 Tunisia 12969 A 79 79
284 Tunisia 12970 C 79 79
285 Tunisia 12971 A 79 79
286 Tunisia 12972 A 79 79
287 Tunisia 12973 C 79 79
288 Tunisia 12974 C 79 79
289 Tunisia 12975 T 79 79
290 Tunisia 12976 A 79 79
291 Tunisia 12977 A 79 79
292 Tunisia 12978 A 79 79
293 Tunisia 12979 T 79 79
294 Tunisia 12980 A 79 79
295 Tunisia 12981 G 79 79
296 Tunisia 12982 A 79 79
297 Tunisia 12983 G 79 79
298 Tunisia 12984 G 79 79
299 Tunisia 12985 T 79 79
300 Tunisia 12986 A 79 79
301 Tunisia 12987 T 79 79
302 Tunisia 12988 G 79 79
303 Tunisia 12989 G 79 79
304 Tunisia 12990 T 79 79
305 Tunisia 12991 A 79 79
306 Tunisia 12992 C 79 79
307 Tunisia 12993 T 79 79
308 Tunisia 12994 T 79 79
309 Tunisia 12995 G 79 79
310 Tunisia 12996 G 79 79
311 Tunisia 12997 T 79 79
312 Tunisia 12998 A 79 79
313 Tunisia 12999 G 79 79
314 Tunisia 13000 T 79 79
315 Tunisia 13001 T 79 79
316 Tunisia 13002 T 79 79
317 Tunisia 13003 A 79 79
318 Tunisia 13004 G 79 79
319 Tunisia 13005 C 79 79
320 Tunisia 13006 T 79 79
321 Tunisia 13007 G 79 79
322 Tunisia 13008 C 79 79
323 Tunisia 13009 C 79 79
324 Tunisia 13010 A 79 79
325 Tunisia 13011 C 79 79
326 Tunisia 13012 A 79 79
327 Tunisia 13013 G 79 79
328 Tunisia 13014 T 79 79
329 Tunisia 13015 A 79 79
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331 Tunisia 13017 G 79 79
332 Tunisia 13018 T 79 79
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334 Tunisia 13020 T 79 79
335 Tunisia 13021 A 79 79
336 Tunisia 13022 C 79 79
337 Tunisia 13023 A 79 79
338 Tunisia 13024 A 79 79