National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30                                      
C   9                                      
D   18                                      
E   9                                      
F   12                                      
G   27                                      
I   6                                      
K   21                                      
L   45                 1                    
M   6                                      
N   21                                      
P   18                 1                    
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36             1                        
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Thailand 12686 A 491 491
1 Thailand 12687 A 491 491
2 Thailand 12688 T 491 491
3 Thailand 12689 A 491 491
4 Thailand 12690 A 491 491
5 Thailand 12691 T 491 491
6 Thailand 12692 G 491 491
7 Thailand 12693 A 491 491
8 Thailand 12694 G 491 491
9 Thailand 12695 C 491 491
10 Thailand 12696 T 491 491
11 Thailand 12697 T 491 491
12 Thailand 12698 A 491 491
13 Thailand 12699 G 491 491
14 Thailand 12700 T 491 491
15 Thailand 12701 C 491 491
16 Thailand 12702 C 491 491
17 Thailand 12703 T 491 491
18 Thailand 12704 G 491 491
19 Thailand 12705 T 491 491
20 Thailand 12706 T 491 491
21 Thailand 12707 G 491 491
22 Thailand 12708 C 491 491
23 Thailand 12709 A 491 491
24 Thailand 12710 C 491 491
25 Thailand 12711 T 491 491
26 Thailand 12712 A 491 491
27 Thailand 12713 C 491 491
28 Thailand 12714 G 491 491
29 Thailand 12715 A 491 491
30 Thailand 12716 C 491 491
31 Thailand 12717 A 491 491
32 Thailand 12718 G 491 491
33 Thailand 12719 A 491 491
34 Thailand 12720 T 491 491
35 Thailand 12721 G 491 491
36 Thailand 12722 T 491 491
37 Thailand 12723 C 491 491
38 Thailand 12724 T 491 491
39 Thailand 12725 T 491 491
40 Thailand 12726 G 491 491
41 Thailand 12727 T 491 491
42 Thailand 12728 G 491 491
43 Thailand 12729 C 491 491
44 Thailand 12730 T 491 491
45 Thailand 12731 G 491 491
46 Thailand 12732 C 491 491
47 Thailand 12733 C 491 491
48 Thailand 12734 G 491 491
49 Thailand 12735 G 491 491
50 Thailand 12736 T 491 491
51 Thailand 12737 A 491 491
52 Thailand 12738 C 491 491
53 Thailand 12739 T 491 491
54 Thailand 12740 A 491 491
55 Thailand 12741 C 491 491
56 Thailand 12742 A 491 491
57 Thailand 12743 C 491 491
58 Thailand 12744 A 491 491
59 Thailand 12745 A 491 491
60 Thailand 12746 A 491 491
61 Thailand 12747 C 491 491
62 Thailand 12748 T 491 491
63 Thailand 12749 G 491 491
64 Thailand 12750 C 491 491
65 Thailand 12751 T 491 491
66 Thailand 12752 T 491 491
67 Thailand 12753 G 491 491
68 Thailand 12754 C 491 491
69 Thailand 12755 A 491 491
70 Thailand 12756 C 491 491
71 Thailand 12757 T 491 491
72 Thailand 12758 G 491 491
73 Thailand 12759 A 491 491
74 Thailand 12760 T 491 491
75 Thailand 12761 G 491 491
76 Thailand 12762 A 491 491
77 Thailand 12763 C 491 491
78 Thailand 12764 A 491 491
79 Thailand 12765 A 491 491
80 Thailand 12766 T 491 491
81 Thailand 12767 G 491 491
82 Thailand 12768 C 491 491
83 Thailand 12769 G 491 491
84 Thailand 12770 T 491 491
85 Thailand 12771 T 491 491
86 Thailand 12772 A 491 491
87 Thailand 12773 G 491 491
88 Thailand 12774 C 491 491
89 Thailand 12775 T 491 491
90 Thailand 12776 T 491 491
91 Thailand 12777 A 491 491
92 Thailand 12778 C 491 490
93 Thailand 12779 T 491 491
94 Thailand 12780 A 491 491
95 Thailand 12781 C 491 491
96 Thailand 12782 A 491 491
97 Thailand 12783 A 491 491
98 Thailand 12784 C 491 491
99 Thailand 12785 A 491 491
100 Thailand 12786 C 491 491
101 Thailand 12787 A 491 491
102 Thailand 12788 A 491 491
103 Thailand 12789 C 491 491
104 Thailand 12790 A 491 491
105 Thailand 12791 A 491 491
106 Thailand 12792 A 491 491
107 Thailand 12793 G 491 491
108 Thailand 12794 G 491 491
109 Thailand 12795 G 491 491
110 Thailand 12796 A 491 491
111 Thailand 12797 G 491 491
112 Thailand 12798 G 491 491
113 Thailand 12799 T 491 491
114 Thailand 12800 A 491 491
115 Thailand 12801 G 491 491
116 Thailand 12802 G 491 491
117 Thailand 12803 T 491 491
118 Thailand 12804 T 491 491
119 Thailand 12805 T 491 491
120 Thailand 12806 G 491 491
121 Thailand 12807 T 491 491
122 Thailand 12808 A 491 491
123 Thailand 12809 C 491 491
124 Thailand 12810 T 491 491
125 Thailand 12811 T 491 491
126 Thailand 12812 G 491 491
127 Thailand 12813 C 491 491
128 Thailand 12814 A 491 491
129 Thailand 12815 C 491 491
130 Thailand 12816 T 491 491
131 Thailand 12817 G 491 491
132 Thailand 12818 T 491 491
133 Thailand 12819 T 491 491
134 Thailand 12820 A 491 491
135 Thailand 12821 T 491 491
136 Thailand 12822 C 491 491
137 Thailand 12823 C 491 491
138 Thailand 12824 G 491 491
139 Thailand 12825 A 491 491
140 Thailand 12826 T 491 491
141 Thailand 12827 T 491 491
142 Thailand 12828 T 491 491
143 Thailand 12829 A 491 491
144 Thailand 12830 C 491 491
145 Thailand 12831 A 491 491
146 Thailand 12832 G 491 491
147 Thailand 12833 G 491 491
148 Thailand 12834 A 491 491
149 Thailand 12835 T 491 491
150 Thailand 12836 T 491 491
151 Thailand 12837 T 491 491
152 Thailand 12838 G 491 491
153 Thailand 12839 A 491 491
154 Thailand 12840 A 491 491
155 Thailand 12841 A 491 491
156 Thailand 12842 T 491 491
157 Thailand 12843 G 491 491
158 Thailand 12844 G 491 491
159 Thailand 12845 G 491 491
160 Thailand 12846 C 491 491
161 Thailand 12847 T 491 491
162 Thailand 12848 A 491 491
163 Thailand 12849 G 491 491
164 Thailand 12850 A 491 491
165 Thailand 12851 T 491 491
166 Thailand 12852 T 491 491
167 Thailand 12853 C 491 491
168 Thailand 12854 C 491 491
169 Thailand 12855 C 491 491
170 Thailand 12856 T 491 491
171 Thailand 12857 A 491 491
172 Thailand 12858 A 491 491
173 Thailand 12859 G 491 491
174 Thailand 12860 A 491 491
175 Thailand 12861 G 491 491
176 Thailand 12862 T 491 491
177 Thailand 12863 G 491 491
178 Thailand 12864 A 491 491
179 Thailand 12865 T 491 491
180 Thailand 12866 G 491 491
181 Thailand 12867 G 491 491
182 Thailand 12868 A 491 491
183 Thailand 12869 A 491 491
184 Thailand 12870 C 491 491
185 Thailand 12871 T 491 491
186 Thailand 12872 G 491 491
187 Thailand 12873 G 491 491
188 Thailand 12874 T 491 491
189 Thailand 12875 A 491 491
190 Thailand 12876 C 491 491
191 Thailand 12877 T 491 491
192 Thailand 12878 A 491 491
193 Thailand 12879 T 491 491
194 Thailand 12880 C 491 491
195 Thailand 12881 T 491 491
196 Thailand 12882 A 491 491
197 Thailand 12883 T 491 491
198 Thailand 12884 A 491 491
199 Thailand 12885 C 491 491
200 Thailand 12886 A 491 491
201 Thailand 12887 G 491 491
202 Thailand 12888 A 491 491
203 Thailand 12889 A 491 491
204 Thailand 12890 C 491 491
205 Thailand 12891 T 491 491
206 Thailand 12892 G 491 491
207 Thailand 12893 G 491 491
208 Thailand 12894 A 491 491
209 Thailand 12895 A 491 491
210 Thailand 12896 C 491 491
211 Thailand 12897 C T 491 490 Pro4211Leu
212 Thailand 12898 A 491 491
213 Thailand 12899 C 491 491
214 Thailand 12900 C 491 491
215 Thailand 12901 T 491 491
216 Thailand 12902 T 491 491
217 Thailand 12903 G 491 491
218 Thailand 12904 T 491 491
219 Thailand 12905 A 491 491
220 Thailand 12906 G 491 491
221 Thailand 12907 G 491 491
222 Thailand 12908 T 491 491
223 Thailand 12909 T 491 491
224 Thailand 12910 T 491 491
225 Thailand 12911 G 491 491
226 Thailand 12912 T 491 491
227 Thailand 12913 T 491 491
228 Thailand 12914 A 491 491
229 Thailand 12915 C 491 491
230 Thailand 12916 A 491 491
231 Thailand 12917 G 491 491
232 Thailand 12918 A 491 491
233 Thailand 12919 C 491 491
234 Thailand 12920 A 491 491
235 Thailand 12921 C 491 491
236 Thailand 12922 A 491 491
237 Thailand 12923 C 491 491
238 Thailand 12924 C 491 491
239 Thailand 12925 T 491 491
240 Thailand 12926 A 491 491
241 Thailand 12927 A 491 491
242 Thailand 12928 A 491 491
243 Thailand 12929 G 491 491
244 Thailand 12930 G 491 491
245 Thailand 12931 T 491 491
246 Thailand 12932 C 491 491
247 Thailand 12933 C 491 491
248 Thailand 12934 T 491 491
249 Thailand 12935 A 491 491
250 Thailand 12936 A 491 491
251 Thailand 12937 A 491 491
252 Thailand 12938 G 491 491
253 Thailand 12939 T 491 491
254 Thailand 12940 G 491 491
255 Thailand 12941 A 491 491
256 Thailand 12942 A 491 491
257 Thailand 12943 G 491 491
258 Thailand 12944 T 491 491
259 Thailand 12945 A 491 491
260 Thailand 12946 T 491 491
261 Thailand 12947 T 491 491
262 Thailand 12948 T 491 491
263 Thailand 12949 A 491 491
264 Thailand 12950 T 491 491
265 Thailand 12951 A 491 491
266 Thailand 12952 C 491 491
267 Thailand 12953 T 491 491
268 Thailand 12954 T 491 491
269 Thailand 12955 T 491 491
270 Thailand 12956 A 491 491
271 Thailand 12957 T 491 491
272 Thailand 12958 T 491 491
273 Thailand 12959 A 491 491
274 Thailand 12960 A 491 491
275 Thailand 12961 A 491 491
276 Thailand 12962 G 491 491
277 Thailand 12963 G 491 491
278 Thailand 12964 A 491 491
279 Thailand 12965 T 491 491
280 Thailand 12966 T 491 491
281 Thailand 12967 A 491 491
282 Thailand 12968 A 491 491
283 Thailand 12969 A 491 491
284 Thailand 12970 C 491 491
285 Thailand 12971 A 491 491
286 Thailand 12972 A 491 491
287 Thailand 12973 C 491 491
288 Thailand 12974 C T 491 489 Leu4237Leu
289 Thailand 12975 T 491 491
290 Thailand 12976 A 491 491
291 Thailand 12977 A 491 491
292 Thailand 12978 A 491 491
293 Thailand 12979 T 491 491
294 Thailand 12980 A 491 491
295 Thailand 12981 G 491 491
296 Thailand 12982 A 491 491
297 Thailand 12983 G 491 491
298 Thailand 12984 G 491 491
299 Thailand 12985 T 491 491
300 Thailand 12986 A 491 491
301 Thailand 12987 T 491 491
302 Thailand 12988 G 491 491
303 Thailand 12989 G 491 491
304 Thailand 12990 T 491 491
305 Thailand 12991 A 491 491
306 Thailand 12992 C 491 491
307 Thailand 12993 T 491 491
308 Thailand 12994 T 491 491
309 Thailand 12995 G 491 491
310 Thailand 12996 G 491 491
311 Thailand 12997 T 491 491
312 Thailand 12998 A 491 491
313 Thailand 12999 G 491 491
314 Thailand 13000 T 491 491
315 Thailand 13001 T 491 491
316 Thailand 13002 T 491 491
317 Thailand 13003 A 491 491
318 Thailand 13004 G 491 491
319 Thailand 13005 C 491 491
320 Thailand 13006 T 491 491
321 Thailand 13007 G 491 491
322 Thailand 13008 C 491 491
323 Thailand 13009 C 491 491
324 Thailand 13010 A 491 491
325 Thailand 13011 C T 491 487 Thr4249Ile
326 Thailand 13012 A 491 491
327 Thailand 13013 G 491 491
328 Thailand 13014 T 491 491
329 Thailand 13015 A 491 491
330 Thailand 13016 C 491 491
331 Thailand 13017 G 491 491
332 Thailand 13018 T 491 491
333 Thailand 13019 C 491 491
334 Thailand 13020 T 491 491
335 Thailand 13021 A 491 491
336 Thailand 13022 C 491 491
337 Thailand 13023 A 491 491
338 Thailand 13024 A 491 491