National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30                                      
C   9                                      
D   18           1                          
E   9                                      
F   12                                      
G   27                                      
I   6                                      
K   21                                      
L   45                                      
M   6             1                        
N   21                                      
P   18                                      
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36             1                 1      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Slovenia 12686 A 148 148
1 Slovenia 12687 A 148 148
2 Slovenia 12688 T 148 148
3 Slovenia 12689 A 148 148
4 Slovenia 12690 A 148 148
5 Slovenia 12691 T 148 148
6 Slovenia 12692 G 148 148
7 Slovenia 12693 A 148 148
8 Slovenia 12694 G 148 148
9 Slovenia 12695 C 148 148
10 Slovenia 12696 T 148 148
11 Slovenia 12697 T 148 148
12 Slovenia 12698 A 148 148
13 Slovenia 12699 G 148 148
14 Slovenia 12700 T 148 148
15 Slovenia 12701 C 148 148
16 Slovenia 12702 C 148 148
17 Slovenia 12703 T 148 148
18 Slovenia 12704 G 148 148
19 Slovenia 12705 T 148 148
20 Slovenia 12706 T 148 148
21 Slovenia 12707 G 148 148
22 Slovenia 12708 C 148 148
23 Slovenia 12709 A 148 148
24 Slovenia 12710 C 148 148
25 Slovenia 12711 T 148 148
26 Slovenia 12712 A 148 148
27 Slovenia 12713 C 148 148
28 Slovenia 12714 G 148 148
29 Slovenia 12715 A 148 148
30 Slovenia 12716 C 148 148
31 Slovenia 12717 A 148 148
32 Slovenia 12718 G 148 148
33 Slovenia 12719 A 148 148
34 Slovenia 12720 T 148 148
35 Slovenia 12721 G 148 148
36 Slovenia 12722 T 148 148
37 Slovenia 12723 C 148 148
38 Slovenia 12724 T 148 148
39 Slovenia 12725 T 148 148
40 Slovenia 12726 G 148 148
41 Slovenia 12727 T 148 148
42 Slovenia 12728 G 148 148
43 Slovenia 12729 C 148 148
44 Slovenia 12730 T 148 148
45 Slovenia 12731 G 148 148
46 Slovenia 12732 C 148 148
47 Slovenia 12733 C 148 148
48 Slovenia 12734 G 148 148
49 Slovenia 12735 G 148 148
50 Slovenia 12736 T 148 148
51 Slovenia 12737 A 148 148
52 Slovenia 12738 C 148 148
53 Slovenia 12739 T 148 148
54 Slovenia 12740 A 148 148
55 Slovenia 12741 C 148 148
56 Slovenia 12742 A 148 148
57 Slovenia 12743 C 148 148
58 Slovenia 12744 A 148 148
59 Slovenia 12745 A 148 148
60 Slovenia 12746 A 148 148
61 Slovenia 12747 C 148 148
62 Slovenia 12748 T 148 148
63 Slovenia 12749 G 148 148
64 Slovenia 12750 C 148 148
65 Slovenia 12751 T 148 148
66 Slovenia 12752 T 148 148
67 Slovenia 12753 G 148 148
68 Slovenia 12754 C 148 148
69 Slovenia 12755 A 148 148
70 Slovenia 12756 C 148 148
71 Slovenia 12757 T 148 148
72 Slovenia 12758 G 148 148
73 Slovenia 12759 A G 148 147 Asp4165Gly
74 Slovenia 12760 T 148 148
75 Slovenia 12761 G 148 148
76 Slovenia 12762 A 148 148
77 Slovenia 12763 C 148 148
78 Slovenia 12764 A 148 148
79 Slovenia 12765 A 148 148
80 Slovenia 12766 T 148 148
81 Slovenia 12767 G 148 148
82 Slovenia 12768 C 148 148
83 Slovenia 12769 G 148 148
84 Slovenia 12770 T 148 148
85 Slovenia 12771 T 148 148
86 Slovenia 12772 A 148 148
87 Slovenia 12773 G 148 148
88 Slovenia 12774 C 148 148
89 Slovenia 12775 T 148 148
90 Slovenia 12776 T 148 148
91 Slovenia 12777 A 148 148
92 Slovenia 12778 C 148 148
93 Slovenia 12779 T 148 148
94 Slovenia 12780 A 148 148
95 Slovenia 12781 C 148 148
96 Slovenia 12782 A 148 148
97 Slovenia 12783 A 148 148
98 Slovenia 12784 C 148 148
99 Slovenia 12785 A 148 148
100 Slovenia 12786 C 148 148
101 Slovenia 12787 A 148 148
102 Slovenia 12788 A 148 148
103 Slovenia 12789 C T 148 147 Thr4175Ile
104 Slovenia 12790 A 148 148
105 Slovenia 12791 A 148 148
106 Slovenia 12792 A 148 148
107 Slovenia 12793 G 148 148
108 Slovenia 12794 G 148 148
109 Slovenia 12795 G 148 148
110 Slovenia 12796 A 148 148
111 Slovenia 12797 G 148 148
112 Slovenia 12798 G 148 148
113 Slovenia 12799 T 148 148
114 Slovenia 12800 A 148 148
115 Slovenia 12801 G 148 148
116 Slovenia 12802 G 148 148
117 Slovenia 12803 T 148 148
118 Slovenia 12804 T 148 148
119 Slovenia 12805 T 148 148
120 Slovenia 12806 G 148 148
121 Slovenia 12807 T 148 148
122 Slovenia 12808 A 148 148
123 Slovenia 12809 C 148 148
124 Slovenia 12810 T 148 148
125 Slovenia 12811 T 148 148
126 Slovenia 12812 G 148 148
127 Slovenia 12813 C 148 148
128 Slovenia 12814 A 148 148
129 Slovenia 12815 C 148 148
130 Slovenia 12816 T 148 148
131 Slovenia 12817 G 148 148
132 Slovenia 12818 T 148 148
133 Slovenia 12819 T 148 148
134 Slovenia 12820 A 148 148
135 Slovenia 12821 T 148 148
136 Slovenia 12822 C 148 148
137 Slovenia 12823 C 148 148
138 Slovenia 12824 G 148 148
139 Slovenia 12825 A 148 148
140 Slovenia 12826 T 148 148
141 Slovenia 12827 T 148 148
142 Slovenia 12828 T 148 148
143 Slovenia 12829 A 148 148
144 Slovenia 12830 C 148 148
145 Slovenia 12831 A 148 148
146 Slovenia 12832 G 148 148
147 Slovenia 12833 G 148 148
148 Slovenia 12834 A 148 148
149 Slovenia 12835 T 148 148
150 Slovenia 12836 T 148 148
151 Slovenia 12837 T 148 148
152 Slovenia 12838 G 148 148
153 Slovenia 12839 A 148 148
154 Slovenia 12840 A 148 148
155 Slovenia 12841 A 148 148
156 Slovenia 12842 T 148 148
157 Slovenia 12843 G 148 148
158 Slovenia 12844 G 148 148
159 Slovenia 12845 G 148 148
160 Slovenia 12846 C 148 148
161 Slovenia 12847 T 148 148
162 Slovenia 12848 A 148 148
163 Slovenia 12849 G 148 148
164 Slovenia 12850 A 148 148
165 Slovenia 12851 T 148 148
166 Slovenia 12852 T 148 148
167 Slovenia 12853 C 148 148
168 Slovenia 12854 C 148 148
169 Slovenia 12855 C 148 148
170 Slovenia 12856 T 148 148
171 Slovenia 12857 A 148 148
172 Slovenia 12858 A 148 148
173 Slovenia 12859 G 148 148
174 Slovenia 12860 A 148 148
175 Slovenia 12861 G 148 148
176 Slovenia 12862 T 148 148
177 Slovenia 12863 G 148 148
178 Slovenia 12864 A 148 148
179 Slovenia 12865 T 148 148
180 Slovenia 12866 G 148 148
181 Slovenia 12867 G 148 148
182 Slovenia 12868 A 148 148
183 Slovenia 12869 A 148 148
184 Slovenia 12870 C 148 148
185 Slovenia 12871 T 148 148
186 Slovenia 12872 G 148 148
187 Slovenia 12873 G 148 148
188 Slovenia 12874 T 148 148
189 Slovenia 12875 A 148 148
190 Slovenia 12876 C 148 148
191 Slovenia 12877 T 148 148
192 Slovenia 12878 A 148 148
193 Slovenia 12879 T 148 148
194 Slovenia 12880 C 148 148
195 Slovenia 12881 T 148 148
196 Slovenia 12882 A 148 148
197 Slovenia 12883 T 148 148
198 Slovenia 12884 A 148 148
199 Slovenia 12885 C 148 148
200 Slovenia 12886 A 148 148
201 Slovenia 12887 G 148 148
202 Slovenia 12888 A 148 148
203 Slovenia 12889 A 148 148
204 Slovenia 12890 C 148 148
205 Slovenia 12891 T 148 148
206 Slovenia 12892 G 148 148
207 Slovenia 12893 G 148 148
208 Slovenia 12894 A 148 148
209 Slovenia 12895 A 148 148
210 Slovenia 12896 C 148 148
211 Slovenia 12897 C 148 148
212 Slovenia 12898 A 148 148
213 Slovenia 12899 C 148 148
214 Slovenia 12900 C 148 148
215 Slovenia 12901 T 148 148
216 Slovenia 12902 T 148 148
217 Slovenia 12903 G 148 148
218 Slovenia 12904 T 148 148
219 Slovenia 12905 A 148 148
220 Slovenia 12906 G 148 148
221 Slovenia 12907 G 148 148
222 Slovenia 12908 T 148 148
223 Slovenia 12909 T 148 148
224 Slovenia 12910 T 148 148
225 Slovenia 12911 G 148 148
226 Slovenia 12912 T 148 148
227 Slovenia 12913 T 148 148
228 Slovenia 12914 A 148 148
229 Slovenia 12915 C 148 148
230 Slovenia 12916 A 148 148
231 Slovenia 12917 G 148 148
232 Slovenia 12918 A 148 148
233 Slovenia 12919 C 148 148
234 Slovenia 12920 A 148 148
235 Slovenia 12921 C 148 148
236 Slovenia 12922 A G 148 147 Thr4219Thr
237 Slovenia 12923 C 148 148
238 Slovenia 12924 C 148 148
239 Slovenia 12925 T 148 148
240 Slovenia 12926 A 148 148
241 Slovenia 12927 A 148 148
242 Slovenia 12928 A 148 148
243 Slovenia 12929 G 148 148
244 Slovenia 12930 G 148 148
245 Slovenia 12931 T 148 148
246 Slovenia 12932 C 148 148
247 Slovenia 12933 C 148 148
248 Slovenia 12934 T 148 148
249 Slovenia 12935 A 148 148
250 Slovenia 12936 A 148 148
251 Slovenia 12937 A 148 148
252 Slovenia 12938 G 148 148
253 Slovenia 12939 T 148 148
254 Slovenia 12940 G 148 148
255 Slovenia 12941 A 148 148
256 Slovenia 12942 A 148 148
257 Slovenia 12943 G 148 148
258 Slovenia 12944 T 148 148
259 Slovenia 12945 A 148 148
260 Slovenia 12946 T 148 148
261 Slovenia 12947 T 148 148
262 Slovenia 12948 T 148 148
263 Slovenia 12949 A 148 148
264 Slovenia 12950 T 148 148
265 Slovenia 12951 A 148 148
266 Slovenia 12952 C 148 148
267 Slovenia 12953 T 148 148
268 Slovenia 12954 T 148 148
269 Slovenia 12955 T 148 148
270 Slovenia 12956 A 148 148
271 Slovenia 12957 T 148 148
272 Slovenia 12958 T 148 148
273 Slovenia 12959 A 148 148
274 Slovenia 12960 A 148 148
275 Slovenia 12961 A 148 148
276 Slovenia 12962 G 148 148
277 Slovenia 12963 G 148 148
278 Slovenia 12964 A 148 148
279 Slovenia 12965 T 148 148
280 Slovenia 12966 T 148 148
281 Slovenia 12967 A 148 148
282 Slovenia 12968 A 148 148
283 Slovenia 12969 A 148 148
284 Slovenia 12970 C 148 148
285 Slovenia 12971 A 148 148
286 Slovenia 12972 A 148 148
287 Slovenia 12973 C 148 148
288 Slovenia 12974 C 148 148
289 Slovenia 12975 T 148 148
290 Slovenia 12976 A 148 148
291 Slovenia 12977 A 148 148
292 Slovenia 12978 A 148 148
293 Slovenia 12979 T 148 148
294 Slovenia 12980 A 148 148
295 Slovenia 12981 G 148 148
296 Slovenia 12982 A 148 148
297 Slovenia 12983 G 148 148
298 Slovenia 12984 G 148 148
299 Slovenia 12985 T 148 148
300 Slovenia 12986 A 148 148
301 Slovenia 12987 T 148 148
302 Slovenia 12988 G T 148 121 Met4241Ile
303 Slovenia 12989 G 148 148
304 Slovenia 12990 T 148 148
305 Slovenia 12991 A 148 148
306 Slovenia 12992 C 148 148
307 Slovenia 12993 T 148 148
308 Slovenia 12994 T 148 148
309 Slovenia 12995 G 148 148
310 Slovenia 12996 G 148 148
311 Slovenia 12997 T 148 148
312 Slovenia 12998 A 148 148
313 Slovenia 12999 G 148 148
314 Slovenia 13000 T 148 148
315 Slovenia 13001 T 148 148
316 Slovenia 13002 T 148 148
317 Slovenia 13003 A 148 148
318 Slovenia 13004 G 148 148
319 Slovenia 13005 C 148 148
320 Slovenia 13006 T 148 148
321 Slovenia 13007 G 148 148
322 Slovenia 13008 C 148 148
323 Slovenia 13009 C 148 148
324 Slovenia 13010 A 148 148
325 Slovenia 13011 C 148 148
326 Slovenia 13012 A 148 148
327 Slovenia 13013 G 148 148
328 Slovenia 13014 T 148 148
329 Slovenia 13015 A 148 148
330 Slovenia 13016 C 148 148
331 Slovenia 13017 G 148 148
332 Slovenia 13018 T 148 148
333 Slovenia 13019 C 148 148
334 Slovenia 13020 T 148 148
335 Slovenia 13021 A 148 148
336 Slovenia 13022 C 148 148
337 Slovenia 13023 A 148 148
338 Slovenia 13024 A 148 148