National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30                                      
C   9                                      
D   18                                      
E   9                                      
F   12                                      
G   27                                      
I   6                                      
K   21                                      
L   45                                      
M   6                                      
N   21                                      
P   18                                      
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36                                      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 12686 A 11 11
1 Sierra_Leone 12687 A 11 11
2 Sierra_Leone 12688 T 11 11
3 Sierra_Leone 12689 A 11 11
4 Sierra_Leone 12690 A 11 11
5 Sierra_Leone 12691 T 11 11
6 Sierra_Leone 12692 G 11 11
7 Sierra_Leone 12693 A 11 11
8 Sierra_Leone 12694 G 11 11
9 Sierra_Leone 12695 C 11 11
10 Sierra_Leone 12696 T 11 11
11 Sierra_Leone 12697 T 11 11
12 Sierra_Leone 12698 A 11 11
13 Sierra_Leone 12699 G 11 11
14 Sierra_Leone 12700 T 11 11
15 Sierra_Leone 12701 C 11 11
16 Sierra_Leone 12702 C 11 11
17 Sierra_Leone 12703 T 11 11
18 Sierra_Leone 12704 G 11 11
19 Sierra_Leone 12705 T 11 11
20 Sierra_Leone 12706 T 11 11
21 Sierra_Leone 12707 G 11 11
22 Sierra_Leone 12708 C 11 11
23 Sierra_Leone 12709 A 11 11
24 Sierra_Leone 12710 C 11 11
25 Sierra_Leone 12711 T 11 11
26 Sierra_Leone 12712 A 11 11
27 Sierra_Leone 12713 C 11 11
28 Sierra_Leone 12714 G 11 11
29 Sierra_Leone 12715 A 11 11
30 Sierra_Leone 12716 C 11 11
31 Sierra_Leone 12717 A 11 11
32 Sierra_Leone 12718 G 11 11
33 Sierra_Leone 12719 A 11 11
34 Sierra_Leone 12720 T 11 11
35 Sierra_Leone 12721 G 11 11
36 Sierra_Leone 12722 T 11 11
37 Sierra_Leone 12723 C 11 11
38 Sierra_Leone 12724 T 11 11
39 Sierra_Leone 12725 T 11 11
40 Sierra_Leone 12726 G 11 11
41 Sierra_Leone 12727 T 11 11
42 Sierra_Leone 12728 G 11 11
43 Sierra_Leone 12729 C 11 11
44 Sierra_Leone 12730 T 11 11
45 Sierra_Leone 12731 G 11 11
46 Sierra_Leone 12732 C 11 11
47 Sierra_Leone 12733 C 11 11
48 Sierra_Leone 12734 G 11 11
49 Sierra_Leone 12735 G 11 11
50 Sierra_Leone 12736 T 11 11
51 Sierra_Leone 12737 A 11 11
52 Sierra_Leone 12738 C 11 11
53 Sierra_Leone 12739 T 11 11
54 Sierra_Leone 12740 A 11 11
55 Sierra_Leone 12741 C 11 11
56 Sierra_Leone 12742 A 11 11
57 Sierra_Leone 12743 C 11 11
58 Sierra_Leone 12744 A 11 11
59 Sierra_Leone 12745 A 11 11
60 Sierra_Leone 12746 A 11 11
61 Sierra_Leone 12747 C 11 11
62 Sierra_Leone 12748 T 11 11
63 Sierra_Leone 12749 G 11 11
64 Sierra_Leone 12750 C 11 11
65 Sierra_Leone 12751 T 11 11
66 Sierra_Leone 12752 T 11 11
67 Sierra_Leone 12753 G 11 11
68 Sierra_Leone 12754 C 11 11
69 Sierra_Leone 12755 A 11 11
70 Sierra_Leone 12756 C 11 11
71 Sierra_Leone 12757 T 11 11
72 Sierra_Leone 12758 G 11 11
73 Sierra_Leone 12759 A 11 11
74 Sierra_Leone 12760 T 11 11
75 Sierra_Leone 12761 G 11 11
76 Sierra_Leone 12762 A 11 11
77 Sierra_Leone 12763 C 11 11
78 Sierra_Leone 12764 A 11 11
79 Sierra_Leone 12765 A 11 11
80 Sierra_Leone 12766 T 11 11
81 Sierra_Leone 12767 G 11 11
82 Sierra_Leone 12768 C 11 11
83 Sierra_Leone 12769 G 11 11
84 Sierra_Leone 12770 T 11 11
85 Sierra_Leone 12771 T 11 11
86 Sierra_Leone 12772 A 11 11
87 Sierra_Leone 12773 G 11 11
88 Sierra_Leone 12774 C 11 11
89 Sierra_Leone 12775 T 11 11
90 Sierra_Leone 12776 T 11 11
91 Sierra_Leone 12777 A 11 11
92 Sierra_Leone 12778 C 11 11
93 Sierra_Leone 12779 T 11 11
94 Sierra_Leone 12780 A 11 11
95 Sierra_Leone 12781 C 11 11
96 Sierra_Leone 12782 A 11 11
97 Sierra_Leone 12783 A 11 11
98 Sierra_Leone 12784 C 11 11
99 Sierra_Leone 12785 A 11 11
100 Sierra_Leone 12786 C 11 11
101 Sierra_Leone 12787 A 11 11
102 Sierra_Leone 12788 A 11 11
103 Sierra_Leone 12789 C 11 11
104 Sierra_Leone 12790 A 11 11
105 Sierra_Leone 12791 A 11 11
106 Sierra_Leone 12792 A 11 11
107 Sierra_Leone 12793 G 11 11
108 Sierra_Leone 12794 G 11 11
109 Sierra_Leone 12795 G 11 11
110 Sierra_Leone 12796 A 11 11
111 Sierra_Leone 12797 G 11 11
112 Sierra_Leone 12798 G 11 11
113 Sierra_Leone 12799 T 11 11
114 Sierra_Leone 12800 A 11 11
115 Sierra_Leone 12801 G 11 11
116 Sierra_Leone 12802 G 11 11
117 Sierra_Leone 12803 T 11 11
118 Sierra_Leone 12804 T 11 11
119 Sierra_Leone 12805 T 11 11
120 Sierra_Leone 12806 G 11 11
121 Sierra_Leone 12807 T 11 11
122 Sierra_Leone 12808 A 11 11
123 Sierra_Leone 12809 C 11 11
124 Sierra_Leone 12810 T 11 11
125 Sierra_Leone 12811 T 11 11
126 Sierra_Leone 12812 G 11 11
127 Sierra_Leone 12813 C 11 11
128 Sierra_Leone 12814 A 11 11
129 Sierra_Leone 12815 C 11 11
130 Sierra_Leone 12816 T 11 11
131 Sierra_Leone 12817 G 11 11
132 Sierra_Leone 12818 T 11 11
133 Sierra_Leone 12819 T 11 11
134 Sierra_Leone 12820 A 11 11
135 Sierra_Leone 12821 T 11 11
136 Sierra_Leone 12822 C 11 11
137 Sierra_Leone 12823 C 11 11
138 Sierra_Leone 12824 G 11 11
139 Sierra_Leone 12825 A 11 11
140 Sierra_Leone 12826 T 11 11
141 Sierra_Leone 12827 T 11 11
142 Sierra_Leone 12828 T 11 11
143 Sierra_Leone 12829 A 11 11
144 Sierra_Leone 12830 C 11 11
145 Sierra_Leone 12831 A 11 11
146 Sierra_Leone 12832 G 11 11
147 Sierra_Leone 12833 G 11 11
148 Sierra_Leone 12834 A 11 11
149 Sierra_Leone 12835 T 11 11
150 Sierra_Leone 12836 T 11 11
151 Sierra_Leone 12837 T 11 11
152 Sierra_Leone 12838 G 11 11
153 Sierra_Leone 12839 A 11 11
154 Sierra_Leone 12840 A 11 11
155 Sierra_Leone 12841 A 11 11
156 Sierra_Leone 12842 T 11 11
157 Sierra_Leone 12843 G 11 11
158 Sierra_Leone 12844 G 11 11
159 Sierra_Leone 12845 G 11 11
160 Sierra_Leone 12846 C 11 11
161 Sierra_Leone 12847 T 11 11
162 Sierra_Leone 12848 A 11 11
163 Sierra_Leone 12849 G 11 11
164 Sierra_Leone 12850 A 11 11
165 Sierra_Leone 12851 T 11 11
166 Sierra_Leone 12852 T 11 11
167 Sierra_Leone 12853 C 11 11
168 Sierra_Leone 12854 C 11 11
169 Sierra_Leone 12855 C 11 11
170 Sierra_Leone 12856 T 11 11
171 Sierra_Leone 12857 A 11 11
172 Sierra_Leone 12858 A 11 11
173 Sierra_Leone 12859 G 11 11
174 Sierra_Leone 12860 A 11 11
175 Sierra_Leone 12861 G 11 11
176 Sierra_Leone 12862 T 11 11
177 Sierra_Leone 12863 G 11 11
178 Sierra_Leone 12864 A 11 11
179 Sierra_Leone 12865 T 11 11
180 Sierra_Leone 12866 G 11 11
181 Sierra_Leone 12867 G 11 11
182 Sierra_Leone 12868 A 11 11
183 Sierra_Leone 12869 A 11 11
184 Sierra_Leone 12870 C 11 11
185 Sierra_Leone 12871 T 11 11
186 Sierra_Leone 12872 G 11 11
187 Sierra_Leone 12873 G 11 11
188 Sierra_Leone 12874 T 11 11
189 Sierra_Leone 12875 A 11 11
190 Sierra_Leone 12876 C 11 11
191 Sierra_Leone 12877 T 11 11
192 Sierra_Leone 12878 A 11 11
193 Sierra_Leone 12879 T 11 11
194 Sierra_Leone 12880 C 11 11
195 Sierra_Leone 12881 T 11 11
196 Sierra_Leone 12882 A 11 11
197 Sierra_Leone 12883 T 11 11
198 Sierra_Leone 12884 A 11 11
199 Sierra_Leone 12885 C 11 11
200 Sierra_Leone 12886 A 11 11
201 Sierra_Leone 12887 G 11 11
202 Sierra_Leone 12888 A 11 11
203 Sierra_Leone 12889 A 11 11
204 Sierra_Leone 12890 C 11 11
205 Sierra_Leone 12891 T 11 11
206 Sierra_Leone 12892 G 11 11
207 Sierra_Leone 12893 G 11 11
208 Sierra_Leone 12894 A 11 11
209 Sierra_Leone 12895 A 11 11
210 Sierra_Leone 12896 C 11 11
211 Sierra_Leone 12897 C 11 11
212 Sierra_Leone 12898 A 11 11
213 Sierra_Leone 12899 C 11 11
214 Sierra_Leone 12900 C 11 11
215 Sierra_Leone 12901 T 11 11
216 Sierra_Leone 12902 T 11 11
217 Sierra_Leone 12903 G 11 11
218 Sierra_Leone 12904 T 11 11
219 Sierra_Leone 12905 A 11 11
220 Sierra_Leone 12906 G 11 11
221 Sierra_Leone 12907 G 11 11
222 Sierra_Leone 12908 T 11 11
223 Sierra_Leone 12909 T 11 11
224 Sierra_Leone 12910 T 11 11
225 Sierra_Leone 12911 G 11 11
226 Sierra_Leone 12912 T 11 11
227 Sierra_Leone 12913 T 11 11
228 Sierra_Leone 12914 A 11 11
229 Sierra_Leone 12915 C 11 11
230 Sierra_Leone 12916 A 11 11
231 Sierra_Leone 12917 G 11 11
232 Sierra_Leone 12918 A 11 11
233 Sierra_Leone 12919 C 11 11
234 Sierra_Leone 12920 A 11 11
235 Sierra_Leone 12921 C 11 11
236 Sierra_Leone 12922 A 11 11
237 Sierra_Leone 12923 C 11 11
238 Sierra_Leone 12924 C 11 11
239 Sierra_Leone 12925 T 11 11
240 Sierra_Leone 12926 A 11 11
241 Sierra_Leone 12927 A 11 11
242 Sierra_Leone 12928 A 11 11
243 Sierra_Leone 12929 G 11 11
244 Sierra_Leone 12930 G 11 11
245 Sierra_Leone 12931 T 11 11
246 Sierra_Leone 12932 C 11 11
247 Sierra_Leone 12933 C 11 11
248 Sierra_Leone 12934 T 11 11
249 Sierra_Leone 12935 A 11 11
250 Sierra_Leone 12936 A 11 11
251 Sierra_Leone 12937 A 11 11
252 Sierra_Leone 12938 G 11 11
253 Sierra_Leone 12939 T 11 11
254 Sierra_Leone 12940 G 11 11
255 Sierra_Leone 12941 A 11 11
256 Sierra_Leone 12942 A 11 11
257 Sierra_Leone 12943 G 11 11
258 Sierra_Leone 12944 T 11 11
259 Sierra_Leone 12945 A 11 11
260 Sierra_Leone 12946 T 11 11
261 Sierra_Leone 12947 T 11 11
262 Sierra_Leone 12948 T 11 11
263 Sierra_Leone 12949 A 11 11
264 Sierra_Leone 12950 T 11 11
265 Sierra_Leone 12951 A 11 11
266 Sierra_Leone 12952 C 11 11
267 Sierra_Leone 12953 T 11 11
268 Sierra_Leone 12954 T 11 11
269 Sierra_Leone 12955 T 11 11
270 Sierra_Leone 12956 A 11 11
271 Sierra_Leone 12957 T 11 11
272 Sierra_Leone 12958 T 11 11
273 Sierra_Leone 12959 A 11 11
274 Sierra_Leone 12960 A 11 11
275 Sierra_Leone 12961 A 11 11
276 Sierra_Leone 12962 G 11 11
277 Sierra_Leone 12963 G 11 11
278 Sierra_Leone 12964 A 11 11
279 Sierra_Leone 12965 T 11 11
280 Sierra_Leone 12966 T 11 11
281 Sierra_Leone 12967 A 11 11
282 Sierra_Leone 12968 A 11 11
283 Sierra_Leone 12969 A 11 11
284 Sierra_Leone 12970 C 11 11
285 Sierra_Leone 12971 A 11 11
286 Sierra_Leone 12972 A 11 11
287 Sierra_Leone 12973 C 11 11
288 Sierra_Leone 12974 C 11 11
289 Sierra_Leone 12975 T 11 11
290 Sierra_Leone 12976 A 11 11
291 Sierra_Leone 12977 A 11 11
292 Sierra_Leone 12978 A 11 11
293 Sierra_Leone 12979 T 11 11
294 Sierra_Leone 12980 A 11 11
295 Sierra_Leone 12981 G 11 11
296 Sierra_Leone 12982 A 11 11
297 Sierra_Leone 12983 G 11 11
298 Sierra_Leone 12984 G 11 11
299 Sierra_Leone 12985 T 11 11
300 Sierra_Leone 12986 A 11 11
301 Sierra_Leone 12987 T 11 11
302 Sierra_Leone 12988 G 11 11
303 Sierra_Leone 12989 G 11 11
304 Sierra_Leone 12990 T 11 11
305 Sierra_Leone 12991 A 11 11
306 Sierra_Leone 12992 C 11 11
307 Sierra_Leone 12993 T 11 11
308 Sierra_Leone 12994 T 11 11
309 Sierra_Leone 12995 G 11 11
310 Sierra_Leone 12996 G 11 11
311 Sierra_Leone 12997 T 11 11
312 Sierra_Leone 12998 A 11 11
313 Sierra_Leone 12999 G 11 11
314 Sierra_Leone 13000 T 11 11
315 Sierra_Leone 13001 T 11 11
316 Sierra_Leone 13002 T 11 11
317 Sierra_Leone 13003 A 11 11
318 Sierra_Leone 13004 G 11 11
319 Sierra_Leone 13005 C 11 11
320 Sierra_Leone 13006 T 11 11
321 Sierra_Leone 13007 G 11 11
322 Sierra_Leone 13008 C 11 11
323 Sierra_Leone 13009 C 11 11
324 Sierra_Leone 13010 A 11 11
325 Sierra_Leone 13011 C 11 11
326 Sierra_Leone 13012 A 11 11
327 Sierra_Leone 13013 G 11 11
328 Sierra_Leone 13014 T 11 11
329 Sierra_Leone 13015 A 11 11
330 Sierra_Leone 13016 C 11 11
331 Sierra_Leone 13017 G 11 11
332 Sierra_Leone 13018 T 11 11
333 Sierra_Leone 13019 C 11 11
334 Sierra_Leone 13020 T 11 11
335 Sierra_Leone 13021 A 11 11
336 Sierra_Leone 13022 C 11 11
337 Sierra_Leone 13023 A 11 11
338 Sierra_Leone 13024 A 11 11