National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30 1                                    
C   9                                      
D   18                                      
E   9                                      
F   12                                      
G   27                                      
I   6                                      
K   21                     1                
L   45                                      
M   6                                      
N   21                                      
P   18                                      
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36                                      
V   18                                      
W   3                                      
Y   15                                     1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Senegal 12686 A 135 135
1 Senegal 12687 A 135 135
2 Senegal 12688 T 135 135
3 Senegal 12689 A 135 135
4 Senegal 12690 A 135 135
5 Senegal 12691 T 135 135
6 Senegal 12692 G 135 135
7 Senegal 12693 A 135 135
8 Senegal 12694 G 135 135
9 Senegal 12695 C 135 135
10 Senegal 12696 T 135 135
11 Senegal 12697 T 135 135
12 Senegal 12698 A 135 135
13 Senegal 12699 G 135 135
14 Senegal 12700 T 135 135
15 Senegal 12701 C 135 135
16 Senegal 12702 C 135 135
17 Senegal 12703 T 135 135
18 Senegal 12704 G 135 135
19 Senegal 12705 T 135 135
20 Senegal 12706 T 135 135
21 Senegal 12707 G 135 135
22 Senegal 12708 C 135 135
23 Senegal 12709 A 135 135
24 Senegal 12710 C 135 135
25 Senegal 12711 T 135 135
26 Senegal 12712 A 135 135
27 Senegal 12713 C 135 135
28 Senegal 12714 G 135 135
29 Senegal 12715 A 135 135
30 Senegal 12716 C 135 135
31 Senegal 12717 A 135 135
32 Senegal 12718 G 135 135
33 Senegal 12719 A 135 135
34 Senegal 12720 T 136 136
35 Senegal 12721 G 136 136
36 Senegal 12722 T 136 136
37 Senegal 12723 C 136 136
38 Senegal 12724 T 136 136
39 Senegal 12725 T 136 136
40 Senegal 12726 G 136 136
41 Senegal 12727 T 136 136
42 Senegal 12728 G 136 136
43 Senegal 12729 C 136 136
44 Senegal 12730 T 136 136
45 Senegal 12731 G 136 136
46 Senegal 12732 C 136 136
47 Senegal 12733 C 136 136
48 Senegal 12734 G 136 136
49 Senegal 12735 G 136 136
50 Senegal 12736 T 136 136
51 Senegal 12737 A 136 136
52 Senegal 12738 C 136 136
53 Senegal 12739 T 136 136
54 Senegal 12740 A 136 136
55 Senegal 12741 C 136 136
56 Senegal 12742 A 136 136
57 Senegal 12743 C 136 136
58 Senegal 12744 A 136 136
59 Senegal 12745 A 136 136
60 Senegal 12746 A 136 136
61 Senegal 12747 C 136 136
62 Senegal 12748 T 136 136
63 Senegal 12749 G 136 136
64 Senegal 12750 C 136 136
65 Senegal 12751 T 136 136
66 Senegal 12752 T 136 136
67 Senegal 12753 G 136 136
68 Senegal 12754 C 136 136
69 Senegal 12755 A 136 136
70 Senegal 12756 C 136 136
71 Senegal 12757 T 136 136
72 Senegal 12758 G 136 136
73 Senegal 12759 A 136 136
74 Senegal 12760 T 136 136
75 Senegal 12761 G 136 136
76 Senegal 12762 A 136 136
77 Senegal 12763 C 136 136
78 Senegal 12764 A 136 136
79 Senegal 12765 A 136 136
80 Senegal 12766 T 136 136
81 Senegal 12767 G 136 136
82 Senegal 12768 C 136 136
83 Senegal 12769 G 136 136
84 Senegal 12770 T 136 136
85 Senegal 12771 T 136 136
86 Senegal 12772 A 136 136
87 Senegal 12773 G 136 136
88 Senegal 12774 C 136 136
89 Senegal 12775 T 136 136
90 Senegal 12776 T 136 136
91 Senegal 12777 A 136 136
92 Senegal 12778 C 136 136
93 Senegal 12779 T 136 136
94 Senegal 12780 A 136 136
95 Senegal 12781 C T 136 135 Tyr4172Tyr
96 Senegal 12782 A 136 136
97 Senegal 12783 A 136 136
98 Senegal 12784 C 136 136
99 Senegal 12785 A 136 136
100 Senegal 12786 C 136 136
101 Senegal 12787 A 136 136
102 Senegal 12788 A 136 136
103 Senegal 12789 C 136 136
104 Senegal 12790 A 136 136
105 Senegal 12791 A 136 136
106 Senegal 12792 A 136 136
107 Senegal 12793 G T 136 135 Lys4176Asn
108 Senegal 12794 G 136 136
109 Senegal 12795 G 136 135
110 Senegal 12796 A 136 135
111 Senegal 12797 G 136 135
112 Senegal 12798 G 136 135
113 Senegal 12799 T 136 135
114 Senegal 12800 A 136 135
115 Senegal 12801 G 136 135
116 Senegal 12802 G 136 135
117 Senegal 12803 T 136 135
118 Senegal 12804 T 136 135
119 Senegal 12805 T 136 135
120 Senegal 12806 G 136 135
121 Senegal 12807 T 136 135
122 Senegal 12808 A 136 135
123 Senegal 12809 C 136 135
124 Senegal 12810 T 136 135
125 Senegal 12811 T 136 135
126 Senegal 12812 G 136 136
127 Senegal 12813 C 136 136
128 Senegal 12814 A 136 136
129 Senegal 12815 C 136 136
130 Senegal 12816 T 136 136
131 Senegal 12817 G 136 136
132 Senegal 12818 T 136 136
133 Senegal 12819 T 136 136
134 Senegal 12820 A 136 136
135 Senegal 12821 T 136 136
136 Senegal 12822 C 136 136
137 Senegal 12823 C 136 136
138 Senegal 12824 G 136 136
139 Senegal 12825 A 136 136
140 Senegal 12826 T 136 136
141 Senegal 12827 T 136 136
142 Senegal 12828 T 136 136
143 Senegal 12829 A 136 136
144 Senegal 12830 C 136 136
145 Senegal 12831 A 136 136
146 Senegal 12832 G 136 136
147 Senegal 12833 G 136 136
148 Senegal 12834 A 136 136
149 Senegal 12835 T 136 136
150 Senegal 12836 T 136 136
151 Senegal 12837 T 136 136
152 Senegal 12838 G 136 136
153 Senegal 12839 A 136 136
154 Senegal 12840 A 136 136
155 Senegal 12841 A 136 136
156 Senegal 12842 T 136 136
157 Senegal 12843 G 136 136
158 Senegal 12844 G 136 136
159 Senegal 12845 G 136 136
160 Senegal 12846 C 136 136
161 Senegal 12847 T 136 136
162 Senegal 12848 A 136 136
163 Senegal 12849 G 136 136
164 Senegal 12850 A 136 136
165 Senegal 12851 T 136 136
166 Senegal 12852 T 136 136
167 Senegal 12853 C 136 136
168 Senegal 12854 C 136 136
169 Senegal 12855 C 136 136
170 Senegal 12856 T 136 136
171 Senegal 12857 A 136 136
172 Senegal 12858 A 136 136
173 Senegal 12859 G 136 136
174 Senegal 12860 A 136 136
175 Senegal 12861 G 136 136
176 Senegal 12862 T 136 136
177 Senegal 12863 G 136 136
178 Senegal 12864 A 136 136
179 Senegal 12865 T 136 136
180 Senegal 12866 G 136 136
181 Senegal 12867 G 136 136
182 Senegal 12868 A 136 136
183 Senegal 12869 A 136 136
184 Senegal 12870 C 136 136
185 Senegal 12871 T 136 136
186 Senegal 12872 G 136 136
187 Senegal 12873 G 136 136
188 Senegal 12874 T 136 136
189 Senegal 12875 A 136 136
190 Senegal 12876 C 136 136
191 Senegal 12877 T 136 136
192 Senegal 12878 A 136 136
193 Senegal 12879 T 136 136
194 Senegal 12880 C 136 136
195 Senegal 12881 T 136 136
196 Senegal 12882 A 135 135
197 Senegal 12883 T 135 135
198 Senegal 12884 A 135 135
199 Senegal 12885 C 135 135
200 Senegal 12886 A 135 135
201 Senegal 12887 G 135 135
202 Senegal 12888 A 135 135
203 Senegal 12889 A 135 135
204 Senegal 12890 C 135 135
205 Senegal 12891 T 135 135
206 Senegal 12892 G 135 135
207 Senegal 12893 G 135 135
208 Senegal 12894 A 135 135
209 Senegal 12895 A 135 135
210 Senegal 12896 C 135 135
211 Senegal 12897 C 135 135
212 Senegal 12898 A 135 135
213 Senegal 12899 C 135 135
214 Senegal 12900 C 135 135
215 Senegal 12901 T 135 135
216 Senegal 12902 T 135 135
217 Senegal 12903 G 135 135
218 Senegal 12904 T 135 135
219 Senegal 12905 A 135 135
220 Senegal 12906 G 135 135
221 Senegal 12907 G 135 135
222 Senegal 12908 T 135 135
223 Senegal 12909 T 135 135
224 Senegal 12910 T 135 135
225 Senegal 12911 G 135 135
226 Senegal 12912 T 135 135
227 Senegal 12913 T 135 135
228 Senegal 12914 A 135 135
229 Senegal 12915 C 135 135
230 Senegal 12916 A 135 135
231 Senegal 12917 G 135 135
232 Senegal 12918 A 135 135
233 Senegal 12919 C 135 135
234 Senegal 12920 A 135 135
235 Senegal 12921 C 135 135
236 Senegal 12922 A 135 135
237 Senegal 12923 C 135 135
238 Senegal 12924 C 135 135
239 Senegal 12925 T 135 135
240 Senegal 12926 A 135 135
241 Senegal 12927 A 135 135
242 Senegal 12928 A 135 135
243 Senegal 12929 G 135 135
244 Senegal 12930 G 135 135
245 Senegal 12931 T 135 135
246 Senegal 12932 C 135 135
247 Senegal 12933 C 135 135
248 Senegal 12934 T 135 135
249 Senegal 12935 A 135 135
250 Senegal 12936 A 135 135
251 Senegal 12937 A 135 135
252 Senegal 12938 G 135 135
253 Senegal 12939 T 135 135
254 Senegal 12940 G 135 135
255 Senegal 12941 A 135 135
256 Senegal 12942 A 135 135
257 Senegal 12943 G 135 135
258 Senegal 12944 T 135 135
259 Senegal 12945 A 135 135
260 Senegal 12946 T 135 135
261 Senegal 12947 T 135 135
262 Senegal 12948 T 135 135
263 Senegal 12949 A 135 135
264 Senegal 12950 T 135 135
265 Senegal 12951 A 135 135
266 Senegal 12952 C 135 135
267 Senegal 12953 T 135 135
268 Senegal 12954 T 135 135
269 Senegal 12955 T 135 135
270 Senegal 12956 A 135 135
271 Senegal 12957 T 135 135
272 Senegal 12958 T 135 135
273 Senegal 12959 A 135 135
274 Senegal 12960 A 135 135
275 Senegal 12961 A 135 135
276 Senegal 12962 G 135 135
277 Senegal 12963 G 135 135
278 Senegal 12964 A 135 135
279 Senegal 12965 T 135 135
280 Senegal 12966 T 135 135
281 Senegal 12967 A 135 135
282 Senegal 12968 A 135 135
283 Senegal 12969 A 135 135
284 Senegal 12970 C 135 135
285 Senegal 12971 A 135 135
286 Senegal 12972 A 135 135
287 Senegal 12973 C 135 135
288 Senegal 12974 C 135 135
289 Senegal 12975 T 135 135
290 Senegal 12976 A 135 135
291 Senegal 12977 A 135 135
292 Senegal 12978 A 135 135
293 Senegal 12979 T 135 135
294 Senegal 12980 A 135 135
295 Senegal 12981 G 135 135
296 Senegal 12982 A 135 135
297 Senegal 12983 G 135 135
298 Senegal 12984 G 135 135
299 Senegal 12985 T 135 135
300 Senegal 12986 A 135 135
301 Senegal 12987 T 135 135
302 Senegal 12988 G 135 135
303 Senegal 12989 G 135 135
304 Senegal 12990 T 135 135
305 Senegal 12991 A 135 135
306 Senegal 12992 C 135 135
307 Senegal 12993 T 135 135
308 Senegal 12994 T 135 135
309 Senegal 12995 G 135 135
310 Senegal 12996 G 135 135
311 Senegal 12997 T 135 135
312 Senegal 12998 A 135 135
313 Senegal 12999 G 135 135
314 Senegal 13000 T 135 135
315 Senegal 13001 T 135 135
316 Senegal 13002 T 135 135
317 Senegal 13003 A 135 135
318 Senegal 13004 G 135 135
319 Senegal 13005 C 135 135
320 Senegal 13006 T C 135 125 Ala4247Ala
321 Senegal 13007 G 135 135
322 Senegal 13008 C 135 135
323 Senegal 13009 C 135 135
324 Senegal 13010 A 135 135
325 Senegal 13011 C 135 135
326 Senegal 13012 A 135 135
327 Senegal 13013 G 135 135
328 Senegal 13014 T 135 135
329 Senegal 13015 A 135 135
330 Senegal 13016 C 135 135
331 Senegal 13017 G 135 135
332 Senegal 13018 T 135 135
333 Senegal 13019 C 135 135
334 Senegal 13020 T 135 135
335 Senegal 13021 A 135 135
336 Senegal 13022 C 135 135
337 Senegal 13023 A 135 135
338 Senegal 13024 A 135 135