National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G I K L M N P Q R S T V W Y
-   339                                      
?                                          
A   30                                 1    
C   9                                      
D   18                                      
E   9                                      
F   12         1                            
G   27                                      
I   6             1                        
K   21                     1                
L   45                 1                    
M   6                                      
N   21                                      
P   18                                      
Q   12                                      
R   18                                      
S   15                                      
T   36             3                        
V   18                                 1    
W   3                                      
Y   15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 12686 A 944 944
1 Saudi_Arabia 12687 A 944 944
2 Saudi_Arabia 12688 T 944 944
3 Saudi_Arabia 12689 A 944 944
4 Saudi_Arabia 12690 A 944 944
5 Saudi_Arabia 12691 T 944 944
6 Saudi_Arabia 12692 G 944 944
7 Saudi_Arabia 12693 A 944 944
8 Saudi_Arabia 12694 G 944 944
9 Saudi_Arabia 12695 C 944 944
10 Saudi_Arabia 12696 T 944 944
11 Saudi_Arabia 12697 T 944 944
12 Saudi_Arabia 12698 A 944 944
13 Saudi_Arabia 12699 G 944 944
14 Saudi_Arabia 12700 T 944 944
15 Saudi_Arabia 12701 C 944 944
16 Saudi_Arabia 12702 C 944 944
17 Saudi_Arabia 12703 T 944 944
18 Saudi_Arabia 12704 G 944 944
19 Saudi_Arabia 12705 T 944 944
20 Saudi_Arabia 12706 T 944 944
21 Saudi_Arabia 12707 G 944 944
22 Saudi_Arabia 12708 C 944 944
23 Saudi_Arabia 12709 A 944 944
24 Saudi_Arabia 12710 C 944 944
25 Saudi_Arabia 12711 T 944 944
26 Saudi_Arabia 12712 A 944 944
27 Saudi_Arabia 12713 C 944 944
28 Saudi_Arabia 12714 G 944 944
29 Saudi_Arabia 12715 A 944 944
30 Saudi_Arabia 12716 C 944 944
31 Saudi_Arabia 12717 A 944 944
32 Saudi_Arabia 12718 G 944 944
33 Saudi_Arabia 12719 A 944 944
34 Saudi_Arabia 12720 T 944 944
35 Saudi_Arabia 12721 G 944 944
36 Saudi_Arabia 12722 T 944 944
37 Saudi_Arabia 12723 C 944 944
38 Saudi_Arabia 12724 T 944 944
39 Saudi_Arabia 12725 T 944 944
40 Saudi_Arabia 12726 G 944 944
41 Saudi_Arabia 12727 T 944 944
42 Saudi_Arabia 12728 G 944 944
43 Saudi_Arabia 12729 C 944 944
44 Saudi_Arabia 12730 T 944 944
45 Saudi_Arabia 12731 G 944 944
46 Saudi_Arabia 12732 C 944 944
47 Saudi_Arabia 12733 C 944 944
48 Saudi_Arabia 12734 G 944 944
49 Saudi_Arabia 12735 G 944 944
50 Saudi_Arabia 12736 T 944 944
51 Saudi_Arabia 12737 A 944 944
52 Saudi_Arabia 12738 C 944 944
53 Saudi_Arabia 12739 T 944 944
54 Saudi_Arabia 12740 A 944 944
55 Saudi_Arabia 12741 C T 944 942 Thr4159Ile
56 Saudi_Arabia 12742 A 944 944
57 Saudi_Arabia 12743 C 944 944
58 Saudi_Arabia 12744 A 944 944
59 Saudi_Arabia 12745 A 944 944
60 Saudi_Arabia 12746 A 944 944
61 Saudi_Arabia 12747 C T 944 943 Thr4161Ile
62 Saudi_Arabia 12748 T 944 944
63 Saudi_Arabia 12749 G 944 944
64 Saudi_Arabia 12750 C 944 944
65 Saudi_Arabia 12751 T 944 944
66 Saudi_Arabia 12752 T 944 944
67 Saudi_Arabia 12753 G 944 944
68 Saudi_Arabia 12754 C 944 944
69 Saudi_Arabia 12755 A 944 944
70 Saudi_Arabia 12756 C 944 944
71 Saudi_Arabia 12757 T 944 944
72 Saudi_Arabia 12758 G 944 944
73 Saudi_Arabia 12759 A 944 944
74 Saudi_Arabia 12760 T 944 944
75 Saudi_Arabia 12761 G 944 944
76 Saudi_Arabia 12762 A 944 944
77 Saudi_Arabia 12763 C 944 944
78 Saudi_Arabia 12764 A 944 944
79 Saudi_Arabia 12765 A 944 944
80 Saudi_Arabia 12766 T 944 944
81 Saudi_Arabia 12767 G 944 944
82 Saudi_Arabia 12768 C 944 944
83 Saudi_Arabia 12769 G 944 944
84 Saudi_Arabia 12770 T 944 944
85 Saudi_Arabia 12771 T 944 944
86 Saudi_Arabia 12772 A 944 944
87 Saudi_Arabia 12773 G 944 944
88 Saudi_Arabia 12774 C 944 944
89 Saudi_Arabia 12775 T 944 944
90 Saudi_Arabia 12776 T 944 944
91 Saudi_Arabia 12777 A 944 944
92 Saudi_Arabia 12778 C 944 944
93 Saudi_Arabia 12779 T 944 944
94 Saudi_Arabia 12780 A 944 944
95 Saudi_Arabia 12781 C 944 944
96 Saudi_Arabia 12782 A 944 944
97 Saudi_Arabia 12783 A 944 944
98 Saudi_Arabia 12784 C 944 944
99 Saudi_Arabia 12785 A 944 944
100 Saudi_Arabia 12786 C 944 944
101 Saudi_Arabia 12787 A 944 944
102 Saudi_Arabia 12788 A 944 944
103 Saudi_Arabia 12789 C T 944 943 Thr4175Ile
104 Saudi_Arabia 12790 A 944 944
105 Saudi_Arabia 12791 A 944 944
106 Saudi_Arabia 12792 A 944 944
107 Saudi_Arabia 12793 G T 944 943 Lys4176Asn
108 Saudi_Arabia 12794 G 944 944
109 Saudi_Arabia 12795 G 944 944
110 Saudi_Arabia 12796 A 944 944
111 Saudi_Arabia 12797 G 944 944
112 Saudi_Arabia 12798 G 944 944
113 Saudi_Arabia 12799 T 944 944
114 Saudi_Arabia 12800 A 944 944
115 Saudi_Arabia 12801 G 944 944
116 Saudi_Arabia 12802 G 944 944
117 Saudi_Arabia 12803 T 944 944
118 Saudi_Arabia 12804 T 944 944
119 Saudi_Arabia 12805 T 944 944
120 Saudi_Arabia 12806 G 944 944
121 Saudi_Arabia 12807 T 944 944
122 Saudi_Arabia 12808 A 944 944
123 Saudi_Arabia 12809 C 944 944
124 Saudi_Arabia 12810 T 944 944
125 Saudi_Arabia 12811 T 944 944
126 Saudi_Arabia 12812 G 944 944
127 Saudi_Arabia 12813 C T 944 943 Ala4183Val
128 Saudi_Arabia 12814 A 944 944
129 Saudi_Arabia 12815 C T 944 943 Leu4184Leu
130 Saudi_Arabia 12816 T 944 944
131 Saudi_Arabia 12817 G 944 944
132 Saudi_Arabia 12818 T 944 944
133 Saudi_Arabia 12819 T 944 944
134 Saudi_Arabia 12820 A 944 944
135 Saudi_Arabia 12821 T 944 944
136 Saudi_Arabia 12822 C 944 944
137 Saudi_Arabia 12823 C 944 944
138 Saudi_Arabia 12824 G 944 944
139 Saudi_Arabia 12825 A 944 944
140 Saudi_Arabia 12826 T 944 944
141 Saudi_Arabia 12827 T 944 944
142 Saudi_Arabia 12828 T 944 944
143 Saudi_Arabia 12829 A 944 944
144 Saudi_Arabia 12830 C 944 944
145 Saudi_Arabia 12831 A 944 944
146 Saudi_Arabia 12832 G 944 944
147 Saudi_Arabia 12833 G 944 944
148 Saudi_Arabia 12834 A 944 944
149 Saudi_Arabia 12835 T 944 944
150 Saudi_Arabia 12836 T 944 944
151 Saudi_Arabia 12837 T 944 944
152 Saudi_Arabia 12838 G 944 944
153 Saudi_Arabia 12839 A 944 944
154 Saudi_Arabia 12840 A 944 944
155 Saudi_Arabia 12841 A 944 944
156 Saudi_Arabia 12842 T 944 944
157 Saudi_Arabia 12843 G 944 944
158 Saudi_Arabia 12844 G 944 944
159 Saudi_Arabia 12845 G 944 944
160 Saudi_Arabia 12846 C 944 944
161 Saudi_Arabia 12847 T 944 944
162 Saudi_Arabia 12848 A 944 944
163 Saudi_Arabia 12849 G 944 944
164 Saudi_Arabia 12850 A 944 944
165 Saudi_Arabia 12851 T 944 944
166 Saudi_Arabia 12852 T 944 944
167 Saudi_Arabia 12853 C T 944 942 Phe4196Phe
168 Saudi_Arabia 12854 C 944 944
169 Saudi_Arabia 12855 C 944 944
170 Saudi_Arabia 12856 T 944 944
171 Saudi_Arabia 12857 A 944 944
172 Saudi_Arabia 12858 A 944 944
173 Saudi_Arabia 12859 G 944 944
174 Saudi_Arabia 12860 A 944 944
175 Saudi_Arabia 12861 G 944 944
176 Saudi_Arabia 12862 T 944 944
177 Saudi_Arabia 12863 G 944 944
178 Saudi_Arabia 12864 A 944 944
179 Saudi_Arabia 12865 T 944 944
180 Saudi_Arabia 12866 G 944 944
181 Saudi_Arabia 12867 G 944 944
182 Saudi_Arabia 12868 A 944 944
183 Saudi_Arabia 12869 A 944 944
184 Saudi_Arabia 12870 C 944 944
185 Saudi_Arabia 12871 T 944 944
186 Saudi_Arabia 12872 G 944 944
187 Saudi_Arabia 12873 G 944 944
188 Saudi_Arabia 12874 T 944 944
189 Saudi_Arabia 12875 A 944 944
190 Saudi_Arabia 12876 C 944 944
191 Saudi_Arabia 12877 T 944 944
192 Saudi_Arabia 12878 A 944 944
193 Saudi_Arabia 12879 T 944 944
194 Saudi_Arabia 12880 C T 944 942 Ile4205Ile
195 Saudi_Arabia 12881 T 944 944
196 Saudi_Arabia 12882 A 944 944
197 Saudi_Arabia 12883 T 944 944
198 Saudi_Arabia 12884 A 944 944
199 Saudi_Arabia 12885 C 944 944
200 Saudi_Arabia 12886 A 944 944
201 Saudi_Arabia 12887 G 944 944
202 Saudi_Arabia 12888 A 944 944
203 Saudi_Arabia 12889 A 944 944
204 Saudi_Arabia 12890 C 944 944
205 Saudi_Arabia 12891 T 944 944
206 Saudi_Arabia 12892 G 944 944
207 Saudi_Arabia 12893 G 944 944
208 Saudi_Arabia 12894 A 944 944
209 Saudi_Arabia 12895 A 944 944
210 Saudi_Arabia 12896 C 944 944
211 Saudi_Arabia 12897 C 944 944
212 Saudi_Arabia 12898 A 944 944
213 Saudi_Arabia 12899 C 944 944
214 Saudi_Arabia 12900 C 944 944
215 Saudi_Arabia 12901 T 944 944
216 Saudi_Arabia 12902 T 944 944
217 Saudi_Arabia 12903 G 944 944
218 Saudi_Arabia 12904 T 944 944
219 Saudi_Arabia 12905 A 944 944
220 Saudi_Arabia 12906 G 944 944
221 Saudi_Arabia 12907 G 944 944
222 Saudi_Arabia 12908 T 944 944
223 Saudi_Arabia 12909 T 944 944
224 Saudi_Arabia 12910 T 944 944
225 Saudi_Arabia 12911 G 944 944
226 Saudi_Arabia 12912 T 944 944
227 Saudi_Arabia 12913 T 944 944
228 Saudi_Arabia 12914 A 944 944
229 Saudi_Arabia 12915 C 944 944
230 Saudi_Arabia 12916 A 944 944
231 Saudi_Arabia 12917 G 944 944
232 Saudi_Arabia 12918 A 944 944
233 Saudi_Arabia 12919 C 944 944
234 Saudi_Arabia 12920 A 944 944
235 Saudi_Arabia 12921 C 944 944
236 Saudi_Arabia 12922 A 944 944
237 Saudi_Arabia 12923 C 944 944
238 Saudi_Arabia 12924 C 944 944
239 Saudi_Arabia 12925 T 944 944
240 Saudi_Arabia 12926 A 944 944
241 Saudi_Arabia 12927 A 944 944
242 Saudi_Arabia 12928 A 944 944
243 Saudi_Arabia 12929 G 944 944
244 Saudi_Arabia 12930 G 944 944
245 Saudi_Arabia 12931 T 944 944
246 Saudi_Arabia 12932 C 944 944
247 Saudi_Arabia 12933 C 944 944
248 Saudi_Arabia 12934 T 944 944
249 Saudi_Arabia 12935 A 944 944
250 Saudi_Arabia 12936 A 944 944
251 Saudi_Arabia 12937 A 944 944
252 Saudi_Arabia 12938 G 944 944
253 Saudi_Arabia 12939 T 944 944
254 Saudi_Arabia 12940 G T 944 943 Val4225Val
255 Saudi_Arabia 12941 A 944 944
256 Saudi_Arabia 12942 A 944 944
257 Saudi_Arabia 12943 G 944 944
258 Saudi_Arabia 12944 T 944 944
259 Saudi_Arabia 12945 A 944 944
260 Saudi_Arabia 12946 T 944 944
261 Saudi_Arabia 12947 T 944 944
262 Saudi_Arabia 12948 T 944 944
263 Saudi_Arabia 12949 A 944 944
264 Saudi_Arabia 12950 T 944 944
265 Saudi_Arabia 12951 A 944 944
266 Saudi_Arabia 12952 C 944 944
267 Saudi_Arabia 12953 T 944 944
268 Saudi_Arabia 12954 T 944 944
269 Saudi_Arabia 12955 T 944 944
270 Saudi_Arabia 12956 A 944 944
271 Saudi_Arabia 12957 T 944 944
272 Saudi_Arabia 12958 T 944 944
273 Saudi_Arabia 12959 A 944 944
274 Saudi_Arabia 12960 A 944 944
275 Saudi_Arabia 12961 A 944 944
276 Saudi_Arabia 12962 G 944 944
277 Saudi_Arabia 12963 G 944 944
278 Saudi_Arabia 12964 A 944 944
279 Saudi_Arabia 12965 T 944 944
280 Saudi_Arabia 12966 T 944 944
281 Saudi_Arabia 12967 A 944 944
282 Saudi_Arabia 12968 A 944 944
283 Saudi_Arabia 12969 A 944 944
284 Saudi_Arabia 12970 C 944 944
285 Saudi_Arabia 12971 A 944 944
286 Saudi_Arabia 12972 A 944 944
287 Saudi_Arabia 12973 C 944 944
288 Saudi_Arabia 12974 C 944 944
289 Saudi_Arabia 12975 T 944 944
290 Saudi_Arabia 12976 A 944 944
291 Saudi_Arabia 12977 A 944 944
292 Saudi_Arabia 12978 A 944 944
293 Saudi_Arabia 12979 T 944 944
294 Saudi_Arabia 12980 A 944 944
295 Saudi_Arabia 12981 G 944 944
296 Saudi_Arabia 12982 A 944 944
297 Saudi_Arabia 12983 G 944 944
298 Saudi_Arabia 12984 G 944 944
299 Saudi_Arabia 12985 T 944 944
300 Saudi_Arabia 12986 A 944 944
301 Saudi_Arabia 12987 T 944 944
302 Saudi_Arabia 12988 G 944 944
303 Saudi_Arabia 12989 G 944 944
304 Saudi_Arabia 12990 T 944 944
305 Saudi_Arabia 12991 A 944 944
306 Saudi_Arabia 12992 C 944 944
307 Saudi_Arabia 12993 T 944 944
308 Saudi_Arabia 12994 T 944 944
309 Saudi_Arabia 12995 G 944 944
310 Saudi_Arabia 12996 G 944 944
311 Saudi_Arabia 12997 T 944 944
312 Saudi_Arabia 12998 A 944 944
313 Saudi_Arabia 12999 G 944 944
314 Saudi_Arabia 13000 T 944 944
315 Saudi_Arabia 13001 T 944 944
316 Saudi_Arabia 13002 T 944 944
317 Saudi_Arabia 13003 A 944 944
318 Saudi_Arabia 13004 G 944 944
319 Saudi_Arabia 13005 C 944 944
320 Saudi_Arabia 13006 T 944 944
321 Saudi_Arabia 13007 G 944 944
322 Saudi_Arabia 13008 C 944 944
323 Saudi_Arabia 13009 C 944 944
324 Saudi_Arabia 13010 A 944 944
325 Saudi_Arabia 13011 C 944 944
326 Saudi_Arabia 13012 A 944 944
327 Saudi_Arabia 13013 G 944 944
328 Saudi_Arabia 13014 T 944 944
329 Saudi_Arabia 13015 A 944 944
330 Saudi_Arabia 13016 C 944 944
331 Saudi_Arabia 13017 G 944 944
332 Saudi_Arabia 13018 T 944 944
333 Saudi_Arabia 13019 C 944 944
334 Saudi_Arabia 13020 T 944 944
335 Saudi_Arabia 13021 A 944 944
336 Saudi_Arabia 13022 C 944 944
337 Saudi_Arabia 13023 A 944 944
338 Saudi_Arabia 13024 A 944 944